Professional Documents
Culture Documents
1 חלבונים
1 חלבונים
החלבונים מהווים מרכיב מרכזי של התא החי ,הם תופסים כ 50% -מהמסה של החומר היבש בתא
ואחראים למבנה התא ולפעילות הביוכימית המתקיימת בו.
החלבונים הם פולימרים טבעיים העשויים מ 20 -חומצות אמינו .לכל חומצה אמינית יש את האופי
הכימי שלה (הידרופיליות\הידרופוביות וכו') ,וע"י צירופים שונים של המונומרים ניתן לקבל חלבונים
בעלי מבנה ותפקוד המתאימים לצרכים הרבים של התא.
האופי של החומצה האמינית מתבטא באופי החלבון ,למשל רוב החומצות האמיניות שמרכיבות חלבון
שמתמוסס במים הן בעלות אופי הידרופילי.
סוגי חלבונים:
חלבונים מבניים :חלבונים בעלי מבנה קשיח ,המתאימים למבנה ולחיזוק התא (עור ,שיער,
ציפורניים ,קרומי התאים).
חלבונים גלובולריים (חלבוני תפקוד) :חלבונים גמישים היוצרים מבנה תלת מרחבי המאפשר
פעילות ביוכימית (נוגדנים ,הורמונים ,שריר ,קרישה ,אנזימים ,המוגלובין ,מיוגלובין).
חלק מהחלבונים נקשרים לקבוצות נוספות כגון יוני מתכות ומולקולות אורגניות שונות המגדילות את
תחום הפעילות ומאפשרות ביצוע של פעילויות ביוכימיות מורכבות.
קצה קרבוקסילי
קצה אמיני
איזומריה אופטית :לכל חומצה אמינית ,חוץ מגליצין ,יש שני איזומרים אופטיים .D\L -בחלבונים כל
החומצות האמיניות הן מסוג .L
לגליצין אין איזומרים אופטיים כיוון שיש לה שתי קבוצות דומות שקשורות לפחמן המרכזי.
בתמיסה מימית ב pH( pH=7פיזיולוגי) ,החומצה האמינית
מקבלת צורה הכוללת שני יונים בעלי מטען הפוך (צוויטריון).
זאת בעקבות יציאת Hמהקבוצה הקרבוקסילית וקשירת H
לקבוצה האמינית.
ציסטאין :החומצה האמינית היחידה שיכולה ליצור קשרי ,S-Sשמאפשרים קשר קוולנטי בין חומצות
אמינו רחוקות .דנטורציה בחלקה שוברת קשרי .S-S
ארבעת חומצות האמינו ציסטאין ,טירוזין ,היסטידין וארגינין הן חומצות אמינו חצי חיוניות בעיקר
בילדים ,משום שהמסלולים המטבוליים אינם מפותחים באופן מלא.
קיימות חומצות אמיניות נוסף על ה 20-המקודדות ע"י ה DNA -אך הן חומצות אמיניות שעברו
שינויים מטבוליים לאחר שילובן בחלבון .כתוצאה מכך הן בעלות מבנה שונה.
קיימים מצבים בהם חומצות אמינו מתפקדות כבודדות ולא כחלק מחלבון,
למשל :PABAחומצת אמינו לא שגרתית המצויה באי-קולי ואינה משולבת
בחלבונים .משלבים אותה בקרם הגנה בגלל יכולתה לקלוט קרינת UVבטבעת
הארומטית ולהפוך את אנרגיית הקרינה לחום.
קביעת מטען חלבון ברמות pHשונות:
כאשר החומצה האמינית נמצאת בתמיסה חומצית ,ועוברת טיטרציה ע"י בסיס חזק -ה pH-הולך
ועולה ,ומטען הח"א הופך מחיובי לשלילי .זאת בגלל העובדה שלכל ח"א יש לפחות 2קבוצות
טעונות (קבוצה אמינית ,קבוצה קרבוקסילית ובמקרים מסויימים יש שייר בעל מטען).
בהתחלה ,ב pH -נמוך מאוד ,יון +Hעדיין לא עוזב את קבוצת הקרבוקסיל בגלל היותה חומצה
חלשה .החומצה החלשה מתחילה להתפרק בסביבות ( pH=2,3המטען הופך שלילי יותר).
כאשר ממשיכים להעלות את ה ,pH -מגיעים למצב בו כל יוני +Hעזבו את הקרבוקסיל ,ויוני Hשל
+
הנקודה האיזואלקטרית ( :)PIה pH -בו סך המטען על פני החומצה האמינית שווה לאפס
(המטענים מאזנים אחד את השני) .נקודה זו נמצאת בתוך טווח מסוים בו המטען שווה לאפס,
והיא הרחוקה ביותר משתי הנקודות בהן משתנה המטען.
הנקודה האיזואלקטרית היא הממוצע בין שני ה pKa -ביניהם המטען שווה לאפס.
כאשר ממשיכים להעלות את ה ,pH -משתחרר יון +Hגם מהאמין ,ומתקבל מטען שלילי.
מטען 1-
מטען 0
מטען ½-
מטען ½+
מטען 1+
לחומצה אספרטית ולחומצה גלוטמית יש שתי קבוצות חומציות -קרבוקסיל ושייר חומצי ,שבקצה שלו
קבוצה נוספת של קרבוקסיל .במהלך טיטרציה עם בסיס חזק ,יש 3נקודות מהן משתחרר יון .+H
ה +H -הראשון יצא מקבוצת הקרבוקסיל שאינה נמצאת בשייר ,בגלל קרבתה לקבוצת האמין
שמייצבת את המטען השלילי שלה .ה +H -השני שיצא הוא זה שקשור לקבוצת הקרבוקסיל שנמצאת
בשייר ,וה +H -האחרון שיצא הוא זה שנמצא בקבוצת האמין.
חומצה
אספרטית
חומצה
גלוטמית
החומצה האמינית היסטידין בעלת 3מטענים -מטען חיובי
על גבי הטבעת .בטבעת יש קשרים כפולים וזוג
האלקטרונים של החנקן משתתף בתנועת האלקטרונים
בתוך הטבעת .כך נוצר מצב שהחנקן פחות בסיסי מחנקן של
קבוצת אמין רגילה .ב pH=6 -המימן עוזב את האמין (באמין
רגיל זה קורה ב.)pH=11-12 -
בין pH=6ל pH=9.17 -המטען הוא ,0באזור זה נמצאת הנקודה
האיזואלקטרית.
לחומצה זו חשיבות גדולה מכיוון שהמטען שלה משתנה בpH -
פיזיולוגי -בתנאי הגוף חומצה זו בעלת היכולת הגדולה ביותר
לשנות את מטענה .לכן היא מרכזית מאוד בתהליכים רבים.
pKaשל קבוצה קרבוקסילית פשוטה -בסביבות pKa .4.8של קבוצה קרבוקסילית בח"א .2.34 -
pKaשל קבוצה אמינית פשוטה -בסביבות pKa .10.6של קבוצה אמינית בח"א .9.6 -
הקשר הפפטידי:
הקשר הפפטידי המחבר בין שתי חומצות אמינו נוצר בין החנקן
האמיני לפחמן הקרבוקסילי תוך יציאת מולקולת מים (יציאת H
ו .) OH-מתקבלת קבוצה אמידית.H-N-C=O :
ה N-האמידי פחות בסיסי מה N-האמיני שהיה לפני יצירת הקשר הפפטידי.
המבנה שנוצר -פפטיד שמורכב ממספר חומצות אמינו ,מכיל רק בקצוות קבוצות בעלות מטען
(אמינית או קרבוקסילית) .אין מטענים באמצע השרשרת ,אלא אם כן מצויים בה שיירים בעלי מטען.
מטען הפפטיד יחושב לפי מטען הקצוות ,תוך התחשבות בשיירים בעלי מטען במידה ויש כאלה.
הנקודה האיזואלקטרית היא הממוצע בין המטענים בקצוות ומטעני השיירים (אם יש כאלה).
דוגמא:
הקשר הפפטידי הוא בעל אופי של קשר כפול חלקי .אורך הקשר C-Nהוא 1.32Åוהוא קצר מקשר
C-Nיחיד רגיל ( ,)1.48Åאך ארוך יותר מקשר ).C=N (1.27Å
קיימת תנועת אלקטרונים מהקשר הכפול C=Oאל הקשר היחיד C-Nולהיפך ,מה שמסביר את היעדר
האופי הבסיסי של החנקן האמידי .נוצר אורביטל מולקולרי יציב על פני שלושת האטומים
חנקן-פחמן-חמצן .מבנה זה מקנה קשיחות לקשר הפפטידי (מישורי) ,ואינו מאפשר סיבוב חופשי
מסביב לקשר .כך נשמר מבנה הטרנס בין אטום המימן הקשור לחנקן לבין אטום החמצן הקשור
לפחמן ביחס של .1:1000המימן והחמצן צריכים להיות משני צידי הקשר (טרנס) ,מה ששומר על כך
הוא הקשר .C=N
תכונות אלה מקטינות את יכולת הפיתול של החומצות האמיניות וכך שומר החלבון על המבנה
המרחבי שלו ,שהוא החשוב ביותר לתפקודו של החלבון.
טרנס
ציס
הגבלה על יכולת הסיבוב קיימת גם בנוכחות קבוצות Rנפחיות .ככל שקבוצות ה Rנפחיות יותר,
ההפרעה המרחבית גדולה יותר והחלבון קשיח יותר .לחלבון גמיש יש בממוצע קבוצות Rקטנות
יותר.
סוג של מבנה שניוני בו קיימים קשרי מימן בין חומצות אמיניות הנמצאות על אותו רצף .השרשרת
הפוליפפטידית מתארגנת כסליל צפוף לאורך ציר דמיוני ,כיוונו בדר"כ ימני (יציב יותר מאשר הכיוון
השמאלי).
הסליל מוחזק ע"י קשרים מימניים בין החמצן הקרבונילי והמימן האמיני הנמצאים אחד מתחת לשני
במרחק של כ 4-חומצות אמינו ( 3.6ח"א בממוצע -למשל :תחילת ח"א 3מחוברת לסוף ח"א .)6
כאן באה לידי ביטוי חשיבות מבנה הטרנס :כאשר החמצן והמימן נמצאים בכיוונים הפוכים הם יכולים
ליצור את הקשרים בסליל .α
במבט מלמעלה לאורך הציר שמסביבו נוצר הסליל ,ניתן לראות שקבוצות ה R-פונות החוצה ולא
מפריעות לקשרים בתוך הסליל .החלל שנוצר במרכז הוא דחוס ומונע כניסת מולקולות מים שהיו
מתחרות בקשרי המימן המייצבים את המבנה הסלילי .מבנה זה מקנה יציבות לחלבון ולכן זוהי
הצורה הנפוצה ביותר.
הפרשי הגובה לאורך הסליל בין ח"א סמוכות הם .nm 0.15הן מסתובבות ב 100o -אחת ביחס
לשניה.
המרחק לאורך הסליל הדמיוני בין מרכז סיבוב אחד לשני הוא .nm 0.54
amino acids X 0.15 nm = 0.54 nm 3.6
:β sheet
צורה נוספת של המבנה השניוני ,בה הסלילים של השרשראות הפוליפפטידיות מונחים במרחב זה
לצד זה ונראים כמו קפל במשטח .מבנה זה פחות נפוץ מסליל .α
גם צורה זו מתבססת על קשרי מימן ומחייבת מבנה של טרנס ( Oו H-לא באותו צד) .קשרי המימן
נוצרים בין אזורים של אותה שרשרת או בין שרשראות שונות.
Parallel Anti-parallel
יכולים להיות שני מצבים של שרשראות שנמצאות אחת מול השניה:
- Parallelמקבילות -בעלות כיווניות זהה.
- Anti-parallelאנטי מקבילות -בעלות כיווניות מתחלפת.
מבנה זה יציב יותר מהמבנה המקביל ,מפני שקשרי המימן קרובים
יותר אחד לשני וחזקים יותר מאשר הקשרים במבנה המקביל.
מבנה " βפתוח" יותר ממבנה .αהמחזוריות שנמדדה בפיזור קרני Xהיא
של .0.7-0.65nm
בכל חלבון (במבנה αאו ,)βיש חומצות אמיניות שהן לא חלק מהמבנה,
תפקידן לייצר קטעי ביניים בין מבנה שניוני אחד לשני.
חלבון גמיש מכיל כמות רבה של חומצות אמיניות שאינן נמצאות במבנה
αאו ,βאלא בקטעי הביניים.
בליעת :UV
חלבון בעל חומצות אמינו עם טבעות ארומטיות קולט קרינת UVבאורך גל של .280nm
יתרונות:
הבדיקה מהירה ונוחה.
אינה מצריכה הכנת עקום כיול.
אינה הורסת את החלבון -ניתן לשוב ולהשתמש בו.
חסרונות:
לכל חלבון קבוע בליעה שונה ,לכן יש להכיר את קבוע החלבון הספציפי של החלבון אותו
מעוניינים למדוד.
השיטה אינה מדוייקת.
מתאים לבדיקת כמות חלבון נקי ולא תערובת חלבונים .כמו כן ,מתאים כאשר כמות החלבון קטנה
מאוד ולא רוצים לבזבז אותו.
אסור שבתמיסה יהיו אלמנטים קולטי קרינה אחרים ,כמו חלקיקים שאינם מומסים או חומרי צבע.
שיטת ברדפורד:
שיטה ספקטרוסקופית למדידת ריכוז חלבון .השיטה מתבססת על השינוי בצפיפות האופטית של
חומר הצבע קומאסי כתוצאה מתגובתו עם חומצות אמינו בסיסיות וחומצות בעלות שיירים ארומטיים
שמרכיבות את החלבון .לכן התוצאה תלויה בהרכב החומצות האמיניות של החלבון הנמדד.
התגובה עם החלבון גורמת לשינוי צבעו של חומר הצבע -ככל שריכוז החלבון בתמיסה גבוה יותר,
כך התמיסה תהיה בעלת צפיפות אופטית גבוהה יותר .כלומר :צבע חזק יותר מעיד על כמות רבה
יותר של חלבון בתמיסה.
הצפיפות האופטית נמדדת בספקטרומטר באורך גל של .595nm
דיאליזה:
הפרדה בין מאקרומולקולות למולקולות קטנות (יונים ,חד סוכרים).
שקית הדיאליזה מורכבת ממברנה חצי חדירה המכילה נקבים
קטנים ,שמונעים את יציאת החלבונים ומאפשרים את יציאתן של
המולקולות הקטנות בלבד.
יש להחליף את התמיסה החיצונית מדי פעם על מנת לשמור על
מפל ריכוזים גבוה ,שיגרום למולקולות הקטנות לצאת אל התמיסה
החיצונית.
מחליף אניונים
מחליף קטיונים
הפרדה תוך ניצול הזיקה הספציפית של החלבון הנדרש לליגנד הקשור לפולימר:
זוהי שיטת ההפרדה הטובה ביותר כיוון שזהו זיהוי ספציפי .אולם ,על מנת לעבוד
בשיטה זו יש להכיר את תכונות החלבון .שיטה זו מבוססת על בידוד החלבון ע"י
קשירת הליגנד שלו.
הליגנד המתאים קשור לפולימר שנמצא בקולונה ,ותערובת החלבונים זורמת דרכו.
החלבון הספציפי יקשר לליגנד ,ולאחר מכן על מנת לשחרר את החלבון מחליפים אותו
בליגנדים אחרים שיקשרו במקומו לפולימר.
אלקטרופורזה:
שיטה אנליטית לבדיקת מספר החלבונים בדוגמא .בשיטה זו מתקבלת הפרדה
ברורה בין החלבונים .יוצרים ג'ל דרכו החלבונים יכולים לנוע ,כאשר מפעילים
את השדה החשמלי החלבונים נעים כלפי מטה .הגורמים המשפיעים על
תנועת החלבונים בג'ל הם:
-גודל המטען :חלבון בעל מטען גדול יותר ינוע מהר יותר כלפי מטה בעקבות
משיכה חזקה יותר.
-גודל השדה החשמלי.
-צפיפות הג'ל :אם הג'ל צפוף ,המעבר דרכו קשה יותר ותנועת החלבונים איטית
יותר .מתקבלת הפרדה בין חלבונים בעלי גדלים קרובים -ג'ל צפוף מבטא את
ההבדלים ביניהם.
הג'ל הוא פולימר מצולב אשר יוצר מבנה תלת מימדי .כדי ליצור קשרי הצלבה
(קשרים בין פולימר לפולימר) יש צורך בקבוצה פונקציונלית שלישית .צפיפות
הג'ל גדלה ככל שיש יותר קשרים בין שרשראות הפולימרים.
הג'ל חייב להיות אינרטי (אינו מגיב עם הסביבה).
על מנת לעשות דנטורציה לחלבון :מריצים את החלבונים עם מולקולות ,SDSבעלות מטען שלילי.
מולקולות ה SDS -נקשרות לחלבון ביחס למספר החומצות האמיניות ( 2 - 2:1מולקולות SDSעל
כל ח"א) .נוצרת מעטפת שלילית מסביב לחלבון ,המטענים השליליים מתרחקים אחד מהשני למרחק
מקסימלי ותוך כדי כך הם פותחים את המבנה השלישוני ופותחים קשרי .S-Sגם המים עוזרים
לדנטורציה.
הדנטורציה שעבר החלבון יצרה מצב בו כל החלבונים בעלי מטען שלילי וחסרי מבנה .השיקול היחיד
שיפריד יהיה גודל החלבון (אורך שרשרת הח"א) :ככל שיהיה גדול יותר ינוע לאט יותר בג'ל .חלבונים
ארוכים ישארו למעלה וחלבונים קצרים ירדו למטה .כך מתקבלת הפרדה על בסיס גודל.
על מנת לדעת משקל של חלבון :מריצים בג'ל דוגמאות מוכרות של חלבונים לצורך כיול.
על סמך התוצאות יוצרים סולם של המשקל .לאחר מכן מריצים את החלבון בעל המשקל הלא
ידוע באותם תנאים .ניתן להעריך את המשקל שלו לפי הסולם שנוצר בכיול.
מיקוד איזואלקטרי (:)isoelectric focusing
שיטה המבוססת על אלקטרופורזה של חלבונים למציאת הנקודה האיזואלקטרית.
דוגמת חלבונים מונחת על ג'ל פוליאקרילאמיד ,שבנוי בגרדיינט .pHהפעלת
השדה החשמלי תגרום לחלבונים לנוע.
המקום בו החלבון נעצר מעיד על הנקודה האיזואלקטרית של החלבון :כאשר
חלבון מגיע ל pH -הנמצא בנקודה האיזואלקטרית שלו ,המטען החשמלי
שלו מתאפס וכתוצאה מכך הוא מאבד את כושר התנועה שלו.
שינוי במבנה השלישוני הגורם לאיבוד הפעילות באופן חלקי או מלא .הגורמים לדנטורציה פוגעים
בקשרים המייצבים את המבנה השלישוני -קשרי מימן ,אינטראקציות הידרופוביות ויוניות .בדר"כ
נפגע גם המבנה השניוני ,גם אותו כוחות אלה מייצבים.
חלבון שעובר דנטורציה מאבד מהמסיסות שלו .מה שחשוב לחלבון הידרופילי הוא מעטפת המכילה
ח"א עם תכונות מסיסות .כאשר החלבון עובר דנטורציה ,המבנה נהרס והח"א הפנימיות
(ההידרופוביות) חשופות למים .דבר זה מקטין את מסיסות החלבון ,והוא עלול לשקוע.
דנטורציה ורנטורציה :תהליכים קואופרטיביים (שיתופיים) -איטיים בתחילתם ומהירים יותר עם
התקדמות התהליך.
רנטורציה -תהליך בו החלבון חוזר למבנה שלו לאחר דנטורציה .תהליך זה קורה כיוון שהחלבון
שואף להגיע למבנה היציב ביותר שלו ,שהוא המבנה השלישוני.
לאחר דנטורציה ,החלבון נמצא במצב של שרשרת חומצות אמינו .כדי לדעת איזה חומצות אמינו
מרכיבות את החלבון ואת הסדר שלהן יש לפרק את השרשרת.
על מנת לגלות את רצף חומצות האמינו ,עובדים עם אנזימים שונים ,בעיקר פרוטאזות (חלבונים
שמפרקים חלבונים אחרים ע"י שבירת הקשר הפפטידי) .קיימים אנזימים שמפרקים חלבונים באזורים
ספציפיים .כמו כן ,קיימים גם חומרים כימיים שעושים פעולה זו ,כמו ציאנוגן ברומיד.
מטרתם :העברת חמצן מרקמת הריאות לכל התאים לצורך פעולת הנשימה.
המיוגלובין נמצא בתוך התאים בגוף ובעיקר בתאי השריר (שם יש צורך בכמות גדולה של חמצן
ובגמישות באספקת החמצן) ומתפקד כמאגר חמצן זמין לתא .המיוגלובין משחרר את החמצן לתאים
באמצעות דיפוזיה.
תאים שמשתמשים בכמות קבועה של חמצן אינם זקוקים למיוגלובין ,ומקבלים את החמצן ע"י דיפוזיה
בלבד.
ההמוגלובין נמצא בתאי הדם האדומים ,שמכילים בעיקר אותו ואינם כוללים את המרכיבים האחרים
של התא .תפקידם היחיד הוא להיות נשאים של חמצן .הההמוגלובין משחרר את החמצן בסמוך
לתאים ,שם החמצן נקשר למיוגלובין.
לאחר המעבר בריאות ,ההמוגלובין רווי ב 96% -חמצן ובחזרתו ב .64% -המבנה המרחבי האלוסטרי
של ההמוגלובין הוא זה המאפשר לו להיות עם זיקה גבוהה לחמצן בריאות ועם זיקה נמוכה יותר
בתאים ולשחררו בתאים למולקולת המיוגלובין.
ריאות שריר
הגרף של ההמוגלובין הוא גרף סיגמואידי (דמוי ,)Sאשר מראה על חלבון שיתופי.
לחץ החמצן ברקמה משפיע על כמות החמצן המשתחררת מההמוגלובין:
בריאות pO2=100mmHg :ההמוגלובין קושר חמצן ביעילות 96% -מהאתרים רוויים.
בשריר במנוחה pO2 = 40mmHg 75% :מאתרי ההמוגלובין רוויים.
בשריר במאמץ pO2=20mmHg 30% :מאתרי ההמוגלובין רוויים.
בריכוזים נמוכים של חמצן ,הזיקה של ההמוגלובין לחמצן נמוכה .רק כאשר מגיעים לריכוזים גבוהים
יותר ( 26מ"מ כספית) ההמוגלובין מגיע ל 50% -רוויה .במיוגלובין 50%רוויה מתקבלת ב 2.8 -מ"מ
כספית.
בריאות הלחץ החלקי של החמצן הוא גבוה ,והזיקה של ההמוגלובין והמיוגלובין גבוהה ושווה .לכן
בריאות ההמוגלובין קושר טוב את החמצן .המיוגלובין נמצא בתא ,שם ריכוז החמצן נמוך ,לכן נתון זה
אינו משפיע על פעולתו.
כאשר הפער בין הזיקה של המיוגלובין לזיקה של ההמוגלובין גדל (בשריר במאמץ) ,המעבר מזיקה
נמוכה לגבוהה יהיה מהיר יותר.
כאשר הפער בין שתי הזיקות הוא נמוך (בשריר במנוחה) ,כמות קטנה יותר של חמצן תעבור
מההמוגלובין למיוגלובין.
ההמוגלובין הוא חלבון אלוסטרי :בעל מבנה רביעוני 4 -תת יחידות הקושרות חמצן.
יש שיתופיות בקישור ובשחרור החמצן לתת היחידות (עקומת קישור סיגמואידית) .החמצן הוא
מודולטור חיובי :קישור החמצן לאחת מקבוצות ההמוגלובין גורם לכך שהקישור לקבוצה הבאה יהיה
טוב יותר .קשירת חמצן יוצרת שינוי במבנה אשר מגדיל את הזיקה לחמצן.
ניתן לראות זאת בעקומת הקישור של ההמוגלובין :בקשירת החמצן הראשון הזיקה היא נמוכה .לאחר
הקשירה הראשונה השיפוע עולה (הזיקה גדלה) ,ולאחר עוד קשירה השיפוע הופך חד יותר.
שינוי הקונפורמציה בהמוגלובין:
ההמוגלובין עובר שינוי במבנה שמתאפשר בזכות המבנה הרביעוני ,והופך אותו למעין שני חלבונים.
בעקבות כך ,בריאות יש לו זיקה גבוהה לחמצן ובתאים יש לו זיקה נמוכה לחמצן.
שיפוע הגרף מבטא את מקדם היל .מקדם היל מקסימלי יבוטא בגרף
משופע יותר.
כל הגורמים האלה מאפשרים להמוגלובין לקשור חמצן בריאות בזיקה גבוהה ולשחרר אותו בתאים
ע"י הקטנת הזיקה אליו.
אפקט בוהר ( - )Bohrככל שכמות ה CO2 -ו\או יוני +Hעולה ,זיקת ההמוגלובין לחמצן תרד
והחמצן ישתחרר יותר טוב.
יוני המימן הם מודולטור אלוסטרי .קישורם להמוגלובין מייצב את קונפורמציית Tוכתוצאה מכך
האפיניות לחמצן יורדת.
בנוכחות יוני ( +Hסביבה חומצית) ,נוצרים קשרי מימן בין היסטידין ( )His146ואספרטט (.)Asp94
קשרים אלה נוצרים בעקבות העובדה שנקשר פרוטון לקבוצה האמינית של ההיסטידין ,שהופך אותה
ל . +NH3 -המטען החיובי בעל משיכה גבוהה למטען השלילי של קבוצת -COOאשר על האספרטט.
קשרי המימן מייצבים את המבנה המתוח Tשל ההמוגלובין ומקטינים את הזיקה שלו לחמצן.
כאשר החומציות נמוכה +NH3 ,מאבד את הפרוטון ואין משיכה בין ההיסטידין לאספרטט .במצב כזה
הקשר נחלש ,החלבון נהיה פחות מתוח ויכול לעבור למצב - Rהגדלת הזיקה לחמצן.
בשריר פעיל ,החומציות עולה בגלל יצירת חומצה לקטית ועליית ריכוז ,CO2ויש צורך בתוספת חמצן
לתא .ניתן להשיג זאת ע"י הקטנת הזיקה של ההמוגלובין לחמצן.
ככל שה pH -יורד ,ההפרש בזיקה של ההמוגלובין לעומת זו של המיוגלובין הולך וגדל ,ומעבר החמצן
מההמוגלובין למיוגלובין מהיר יותר.
ב pH-גבוה יחסית (רקמה לא פעילה) הפער ביניהם קטן יותר ומעבר החמצן הוא איטי יותר.
ה BPG -נקשר להמוגלובין ומקטין את זיקתו לחמצן פי .26על גבי מולקולת ה BPG -כמות רבה של
מטענים שליליים .כשהיא נמצאת במרכז ההמוגלובין ,מספר חומצות אמינו בעלות מטענים חיוביים
נקשרות למטענים השליליים שלה .דבר זה מחזק את מבנה ,Tבעל הזיקה הנמוכה לחמצן ,ובעקבות
כך משתחרר חמצן מההמוגלובין.
ה BPG -מצוי בתאי הדם האדומים של האדם ושל מינים רבים.
במצבי היפוקסיה -ירידה במעבר החמצן לרקמות (מחסור בתאי דם אדומים,
תפקוד לקוי של הריאות ,עליה בגובה -שם ריכוז החמצן נמוך יותר) ,כמות
ה BPG -בתאי הדם האדומים עולה על מנת לשפר את מעבר החמצן לרקמות.
בריאות -לחץ החמצן האטמוספרי מספיק גבוה ,לכן אין שם השפעה של .BPG
הרעלת פחמן חד חמצני (:)CO
ה CO -הוא גז חסר צבע וריח ,תוצר בעירה לא מושלמת (ללא נוכחות מספקת של חמצן).
מהווה מעכב תחרותי של המוגלובין ,בעל אפיניות גבוהה פי 210מזו של החמצן .קישורו להמוגלובין
מקטין את שחרור החמצן לרקמות (בעקבות יצירת שינוי במבנה המרחבי של ההמוגלובין) ,ואת
קישור החמצן להמוגלובין בריאות .כתוצאה מכך גורם להיפוקסיה של הרקמות.
הטיפול -הרחקה מהגורם שמשחרר COוחשיפה לריכוז גבוה של חמצן.
אנמיה חרמשית:
מחלה גנטית שנגרמת בעקבות מוטציה בגן שמייצר את ההמוגלובין .בעקבות המוטציה ,ח"א גלוטמט
(בעלת מטען) מוחלפת בח"א וואלין (חסרת מטען) .כתוצאה מהשינוי ,מולקולות המוגלובין מתחברות
אחת לשניה ויוצרות צבר .בסופו של דבר ,מולקולות ההמוגלובין עלולות לשקוע ולעקם את תא הדם
הלבן ,ובכך להקטין את יכולתו לעבור במעברים הצרים של נימי הדם.
אולם ניתן להתגבר על בעיה זו אם הלב מזרים את הדם מהר מספיק .התחברות מולקולות
ההמוגלובין לוקחת 30שניות .אם הדם יספיק לעבור במחזור הדם בפרק זמן זה ,מולקולות
ההמוגלובין לא יתחברו ולא תהיה חסימה של מעבר הדם.
מחלה זו עזרה במניעת מעבר טפיל המלריה ,בעקבות העובדה שהוא מסוגל לעבור רק בין תאי דם
אדומים שאינם עברו את המוטציה.
מעבר המוגלובין מהאם לעובר:
ההמוגלובין העוברי ( )HbFקושר BPGפחות חזק מאשר ההמוגלובין המבוגר ( .)HbMבעקבות כך,
להמוגלובין העוברי יכולת קשירת חמצן טובה יותר מאשר להמוגלובין המבוגר .יכולת זו מאפשרת
לעובר קליטת חמצן טובה יותר מהדם השלייתי.
ההבדל בין HbFל HbM -נובע משינוי בהרכב חומצות האמינו באתר הקושר .בבוגר יש 4שיירים של
היסטידין בעלי מטען חיובי ,ובעובר שתי קבוצות היסטידין מוחלפות בסרין -חסרת מטען .כתוצאה
מכך ,יורדת הזיקה ל BPG -בעל המטען השלילי.
אנזימים
תכונות האנזימים:
השפעה קינטית ולא תרמודינמית :מנמיכים אנרגיית שפעול ,אך אינם משפיעים על קבוע שיוויי
המשקל ועל השינוי באנרגיה החופשית ∆ Gשל התגובה .תגובה כימית תתרחש רק במידה
וקיימת ירידה באנרגיה החופשית ∆ ,Gאך המהירות תלויה באנרגיית האקטיבציה.
לא עוברים שינוי כתוצאה מהתגובה :האנזימים אינם המגיבים בתגובה אלא מהווים מתווכים ,הם
יכולים לחזור ולפעול על הסובסטרט .לכן אין צורך בריכוזים גבוהים של אנזימים.
ספציפיות :האנזימים ספציפיים כלפי הסובסטרט עליו הם פועלים או כלפי סוג הריאקציה בה הם
משתתפים .קיימים הבדלים ברמות הספציפיות .הספציפיות דרושה בשביל לבצע בקרה על
האנזימים.
חלק מהאנזימים זקוקים למולקולה נוספת -קו-פקטור .הקו-פקטורים יכולים להיות חומרים אורגנים
(ויטמינים) או אנאורגנים (מתכות) .הם נמצאים בתוך המבנה של האנזים ובעלי תפקיד חשוב
בהתאמה בין האנזים לסובסטרט.
כאשר:
- Eאנזים.
- Sסובסטרט.
- ESקומפלקס אנזים-סובסטרט .מכיל את שלבי הביניים:
- *ES -שבירת הקשרים בסובסטרט.
- EP -קומפלקס אנזים-תוצר ,לפני שהתוצר עזב.
- Pתוצר.
קצב התגובה האנזימטית הוא מסדר ראשון .כלומר ,הכפלת ריכוזו של מגיב אחד תגרום להכפלת
קצב התגובה( .הכפלת ריכוז שני המגיבים תגרום לקצב התגובה לגדול פי .)4
שלב קובע המהירות :השלב שעל פיו נקבע קצב התגובה .בתגובה האנזימטית שלב זה הוא השלב בו
התצמיד מתפרק לתוצר.
במצב של ש.מ קצב יצירת התצמיד שווה לקצב פירוקו.
Vmax
. ( - )Bמהירות הריאקציה היא מחצית מהמהירות המקסימלית -
2
] V max [ S
=V משוואת מיכאליס מנטן:
] Km +[ S
מתארת את ההתנהגות הקינטית של התגובות האנזימטיות :מהירות הריאקציה האנזימטית כתלות
בריכוז סובסטרט משתנה.
מיכאליס :ריכוז הסובסטרט שבו מהירות הריאקציה היא מחצית 1 - Km
Vmaxקבוע=Km
2
מהמהירות המקסימלית .ככל ש Km -גדול יותר ,הזיקה לסובסטרט קטנה יותר.
על מנת לחשב את Kmו Vmax -במעבדה לעתים יש צורך בריכוזי סובסטרט גבוהים .כדי להימנע
מכך ניתן לחשב אותם מהצורה הלינארית של משוואת מיכאליס-מנטן .כמו כן ,הגרף הלינארי מדויק
יותר מהגרף של מיכאליס-מנטן ,לכן קל יותר לחשב דרכו את Kmו.Vmax -
את עקומת ,Lineweaver-Burkהמאפשרת חישובי Kmו Vmax -יש לבצע בערכים בין 0.25מVmax -
עד .0.75זאת משום שבערכי Sגבוהים הגרף כבר באזור הרוויה והשיפוע מאוד קטן ,מה שיפריע
לחשב את ,Kmובערכי Sנמוכים השיפוע יהיה גדול מדי .כאשר לא יודעים ,בודקים מספר ערכים
ומכיוון שעוסקים בקו ישר ניתן להשמיט נקודות בריכוזים לא נוחים.
עיכוב אנזימטי תחרותי:
מעכבים הם חומרים שמאטים את פעילות האנזים .מעכבים אלה הם הפיכים ונקשרים לאנזים בקשר
שאינו קוולנטי.
קיימים מעכבים בלתי הפיכים שנקשרים בקשר קוולנטי לאתר הפעיל.
מעכב תחרותי:
מעכב תחרותי הוא חומר אשר דומה במבנה שלו לסובסטרט (אך לא זהה לו),
ונקשר לאתר הפעיל של האנזים .הסובסטרט והמעכב לא יכולים להיקשר לאנזים
באותה העת ,לכן הם מתחרים ביניהם על הגישה לאתר הפעיל של האנזים.
החומר המעכב Iיקשר לאנזים במקום הסובסטרט ,Sאולם קיים שינוי קטן במקום
בו מתבצעת הריאקציה -מה שמונע את התגובה .נוצר קומפלקס EIשמתפרק
לאחר פרק זמן מסוים ללא קבלת תוצר.
ניתן להתגבר על עיכוב מסוג זה באמצעות ריכוזים גבוהים במידה מספקת של
סובסטרט .כך התחרות בין הסובסטרט למעכב תהיה לטובת הסובסטרט -הוא זה שיקשר לאתר
הפעיל.
לרוב ,המעכבים התחרותיים דומים במבנה לזה של הסובסטרט של האנזים.
יש גם מעכבים תחרותיים שלא באתר הקישור אך הם נדירים.
מעכבים מעורבים נקשרים גם לאנזים וגם ל ,ES -אך משיכתם לשתי הצורות שונה.
מעכבים אלו מגדילים את ה( Km -מפריעים להיקשרות הסובסטרט) ומקטינים את הVmax -
(מפריעים לתהליך הזירוז בתצמיד ה.)ES -
:Uncompetitive inhibitor
מעכב יחסית נדיר ,שנקשר לאתר שאיננו האתר הפעיל רק לאחר שנקשר אליו
הסובסטרט .קישור הסובסטרט מביא לשינוי מסוים באתר אחר של האנזים,
המאפשר רק אז קישור של המעכב הגורם לחיזוק הקומפלקס ESומקטין את
מהירות היווצרות .P
מעכבים אלה מקטינים את ה( Km -מגדילים את הזיקה לסובסטרט) ומקטינים
את ה( Vmax -מפריעים לשחרור התוצר).
אנזימים אלוסטריים:
האנזימים האלוסטריים חייבים להיות בעלי לפחות שני מבנים חלבוניים (מבנה רביעוני).
מודל מונו :הקישור לאתר הראשון באנזים המורכב ממספר יחידות פותח יותר אפשרויות
לקישור ESבגלל המעבר ממצב Tלמצב .R
הגרף של אנזים אלוסטרי (שיתופי) הוא גרף סיגמואידי.
(א') כאשר כמות התוצר גדולה ,יש צורך להקטין את הפעילות .לשם כך התוצר נקשר לאתר
האלוסטרי של האנזים הראשון ויפסיק את פעילותו.
(ב') כאשר כמות הסובסטרט גבוהה ,יש צורך לזרז את התהליך .לשם כך הסובסטרט מהווה
מודולטור חיובי הומוטרופי ומזרז את פעילות האנזים הראשון.
יכול להיות שלאנזים יהיו שני אתרים -לאחד נקשר הסובסטרט ולשני נקשר התוצר (המעכב).
(ג') הסובסטרט מגיע לשלב ביניים ,ומשם הולך למספר מסלולים.
-על מנת לעכב את כל התהליך P1 -ו P2 -יעכבו את התהליכים שמובילים ליצירתם.
-כאשר תוצר אחד ( P1או )P2בעודף והשני לא -העיכוב יתבצע רק על התהליך שמביא לתוצר
שבעודף.