HÓA SINH TRAO ĐỔI CHẤT

• Lý thuyết: 30 tiết
(3 bài thường kỳ + 1 giữa kỳ + 1 cuối kỳ)
• Thực hành: 30 tiết (5 bài báo cáo tại lớp).

GV: LÂM KHẮC KỶ

 The Light Reactions
(Calvin cycle)
ĐỀ CƯƠNG
Gluconeogenesis Glycogen Synthesis

HYDRATECARBON Glycogen
Degradation

The Pentose
Glycolysis Phosphate
Amino Pathway
Acid
PROTEIN Synthesis Fatty Acid Lipid
Synthesis Synthesis
Urea Cycle LIPID
Fatty Acid
Degradation
 Tymoczko • Berg • Stryer

Biochemistry:
A Short Course
Third Edition

CHAPTER 15
Metabolism: Basic
Concepts and Design

© 2015 W. H. Freeman and Company

Chapter 15 Outline
Việc tạo ra năng
The generation lượng từ
of energy thực
from phẩm
food xảyin ra
occurs theo
three ba giai
stages:
đoạn:
1. Large molecules in food are broken down into smaller
1. molecules
Các đại phân tửprocess
in the trong thực phẩm được phân cắt thành
of digestion.
các phân
2. The manytửsmall
nhỏ hơn trong quáare
molecules trìnhprocessed
tiêu hóa. into key
2. molecules
Nhiều phân tử nhỏ đượcmost
of metabolism, xử lýnotably
thành các phân
acetyl tử chính
CoA.
tham
3. ATP gia vào quá
is produced trình
from thetrao đổi chất,
complete đáng chú
oxidation ý nhất
of the là
acetyl
acetyl CoA.of acetyl CoA.
component
3. ATP được sản xuất từ quá trình oxy hóa hoàn toàn thành
phần acetyl của acetyl CoA.
Figure 15.1 Stages of
catabolism.
Việc thu nhận năng
lượng từ nhiên liệu có
thể được chia thành
ba giai đoạn.
 Energy
Năng lượngis required
cần thiếttocho power
sự comuscle contraction,
cơ, di chuyển tế bàocell movement,
và sinh and
tổng hợp.
biosynthesis.có được năng lượng bằng cách thu ánh sáng mặt trời.
Phototrophs
Phototrophs
Hóa trị thu được obtain energy
năng lượngby thông
capturingquasunlight.
quá trình oxy hóa nhiên liệu
Chemotrophs obtain energy through the oxidation of carbon fuels.
carbon.
Basic principles
Nguyên tắc cơ bản govern energy
chi phối manipulations
sự tạo năng lượng trongin all cells:
tất cả các tế bào:
• 1.Các
Molecules
phân tử are degraded
bị suy thoái hoặcor tổng
synthesized
hợp từngstepwise
bước trong in một
a series of
loạt các
reactions
phản ứng gọi termed
là conmetabolic
đường trao pathways.
đổi chất.
• 2.ATP
ATPlàisnăng
the energy currency
lượng của of life.
cuộc sống.
• 3.ATP
ATPcócan thểbeđược
formed
hìnhbythành
the oxidation
do quá trìnhof carbon
oxy hóa fuels.
nhiên liệu carbon.
• 4.Mặc
Although
dù nhiều many reactions
phản ứng xảyoccur
ra bên inside
tronga một
cell, tế
there
bào,are
mộta số
limited
phản
number
ứng hạn chế of reaction
do các phảntypesứnginvolving
trung gianparticular
liên quanintermediates
khác xảy rathat
khá
are biến
phổ common cho tấtto all metabolic
cả các con đườngpathways.
trao đổi chất.
• 5.Con
Metabolic
đường pathways
trao đổi chấtare có
highly
những regulated.
nguyên tắc rất nghiêm ngặt.
 Metabolism
Trao đổi chấtislà amột
series of các
chuỗi linked reactions
phản thatliên
ứng được convert
kết đểa
specificđổi
chuyển reactant
một cơinto a specific
chất product.
cụ thể thành một sản phẩm cụ thể.

The bộ
Toàn entire set ofứng
các phản cellular metabolic
trao đổi chất củareactions are gọi
tế bào được called
là
intermediary
chuyển metabolism.
hóa trung gian.
Hình 15.2 Chuyển hóa glucose.
Glucose được chuyển hóa thành pyruvate trong 10
phản ứng liên kết. Trong điều kiện yếm khí,
pyruvate được chuyển hóa thành lactate và trong
điều kiện hiếu khí, thành acetyl CoA. Các nguyên
tử carbon có nguồn gốc glucose của acetyl CoA sau
đó được oxy hóa thành CO2.
ConMetabolic
đường trao đổi chất
pathways can becódivided
thể được chia
into two thành hai loại:
types:
Con đường dị hóa đốt cháy nhiên liệu carbon để tổng hợp ATP.
1. Catabolic pathways combust carbon fuels to synthesize ATP.

Con2.đường đồng
Anabolic hóa use
pathways sử ATP
dụng
andATP và giảm
reducing power sức mạnh để
to synthesize largetổng hợp các
phân tử sinh học lớn.
biomolecules.

Some pathways, called amphibolic pathways, can function anabolically or

Mộtcatabolically.
số con đường, được gọi là amphibolic pathways, có thể vừa đồng
hóa vừa dị hóa.
MặcAlthough
dù conanabolic
đườngand catabolic pathways may have reactions in common, the
đồng hóa và dị hóa có thể có các phản ứng chung,
regulated, irreversible reactions are always distinct.
nhưng phần lớn được quy định, không thể đảo ngược và luôn khác biệt.
Hình 15.3 Con
đường trao đổi
chất.
[Từ Bách khoa toàn
thư về bộ gen và bộ
gen
(www.genome.ad.jp
/kegg).]
In
Đểorder to construct
xây dựng một conađường
metabolic
traopathway,
đổi chất,two
cần criteria must be met:
2 yêu cầu:
1.
1. The
Cácindividual
phản ứngreactions mustcụ
cá nhân phải bethể.
specific.
2.
2.The
Conpathway
đường in totaltổng
trong must
sốbe thermodynamically
phải favorable.
thuận lợi về mặt nhiệt động.

Một phản ứng nhiệt động không thuận lợi trong một con
A thermodynamically unfavorable reaction in a pathway can
đường có thể được thực hiện bằng cách ghép nó với một
be made to occur by coupling it to a more favorable reaction.
phản ứng thuận lợi hơn.
Năng lượng
Energy derived
có nguồn
from gốc
fuels
từ nhiên
or light
liệuishoặc
converted
ánh sánginto
được
chuyển đổitriphosphate
adenosine thành adenosine
(ATP),triphosphate (ATP), currency.
the cellular energy năng lượng
của tế bào.
The
Quá hydrolysis
trình thủy of ATPATP
phân is làexergonic
exergonicbecause
vì đơn vịthe triphosphate
triphosphate chứaunit
hai
contains two phosphoanhydride
liên kết phosphoanhydride khôngbonds that are unstable.
ổn định.

The
Năngenergy
lượngreleased onphóng
được giải ATP hydrolysis
khi thủy is used
phân to được
ATP powersửa dụng
host of
để
cellular
cung cấpfunctions.
năng lượng cho một loạt các chức năng của tế bào.
Hình 15.4 Cấu trúc của ATP, ADP và AMP.
Những adenylat này bao gồm adenine (màu xanh); một ribose (màu đen); và một đơn vị
tri-, di- hoặc monophosphate (màu đỏ). Nguyên tử phốt pho trong cùng của ATP được
chỉ định là Pα, một P ở giữa và một P ngoài cùng.
 Consider the following endergonic reaction.

Coupling this reaction with ATP hydrolysis renders the formation of B exergonic.
Phosphoryl-transfer potential―the
Khả năng chuyển photphoryl standard
energy năng lượngfree
tự doenergy of
tiêu chuẩn
hydrolysis―is a means
của quá trình thủy phân ―oflàcomparing
một phươngthe
tiệntendency ofxuorganic
để so sánh hướng
molecules to transfer
của các phân tử hữu acơphosphoryl
để chuyểngroup to an phosphoryl
một nhóm acceptor molecule.
thành một
phân tử chấp nhận.

ATPhas
ATP có khả năng
a high chuyển phosphorylpotential
phosphoryl-transfer cao vì babecause
yếu tố chính:
of three key factors:
• Charge
1. Sạc đẩy.repulsion.
• Resonance
2. Ổn định cộng hưởng.
stabilization.
• Increase
3. Tăng entropy
in entropy
• Stabilization
4. Ổn định bằng bycách hydrat hóa.
hydration.
Figure 15.5 Resonance structures of
Hình 15.6 Cấu trúc cộng hưởng có thể cải thiện.
Cấu trúc cộng hưởng với cho-phosphate của ATP thường thấp hơn so với
orthophosphate tự do.
 ATP has
ATP có khả năng chuyển phosphoryl
a phosphoryl-transfer potentialtrung gian giữabetween
intermediate các hợp
chất tiềm
high năng phosphoryl
phosphoryl- potential cao có nguồn derived
compounds gốc từ các phânfuel
from tử
nhiên liệu and
molecules đếnacceptor
phân tử chất nhận, that
molecules khi có yêu cầu
require thebổ sung nhóm
addition of a
phosphorylgroup
phosphoryl vì nhufor
cầucellular
tế bàoneeds.
tăng cao.
Hình 15.7 ATP có vị trí trung tâm trong các phản ứng chuyển phosphoryl.
Vai trò của ATP là năng lượng tế bào thông qua mối quan hệ của nó với các hợp chất phosphoryl hóa khác.
ATP có tiềm năng chuyển phosphoryl là trung gian trong số các phân tử phosphoryl hóa quan trọng về mặt
sinh học.
Các hợp chất tiềm năng chuyển phosphoryl cao (1,3-BPG), PEP và creatine phosphate có nguồn gốc từ quá
trình chuyển hóa các phân tử nhiên liệu được sử dụng để cung cấp năng lượng cho quá trình tổng hợp ATP.
Cơ bắp contains
Muscle chứa đủonly
ATP enough
để cungATPcấptonăng lượng
power cho contraction
muscle sự co cơ chưa
for
đầy than
less một giây.
a second.
Creatine phosphate
Creatine phosphate cancó thể tái tạo ATP
regenerate ATPtừ ADP,
from choallowing
ADP, phép cung cấp
a short
năng of
burst lượng cho as
activity đợtinhoạt động ngắn khi có nhu cầu khẩn cấp.
a sprint.

Khi các
Once thekho lưu trữ
creatine creatine phosphate
phosphate bị cạn kiệt,ATP
stores are depleted, ATPmust
phải
được
be tạo ra bằng
generated con đường
by metabolic trao đổi chất.
pathways.
Figure 15.9 Sources of ATP during exercise.
Tập thể dục ban đầu được cung cấp bởi các hợp chất chuyển phosphoryl cao hiện có (ATP và
creatine phosphate). Sau đó, ATP phải được tái sinh bằng con đường trao đổi chất.
Phosphate và este có vai trò đặc biệt trong sinh học vì
nhiều lý do;and its esters are especially prominent in
Phosphate
• Esteforphosphate
biology không ổn định về nhiệt động lực
several reasons;
1. Phosphate
học, nhưng esters
chúngareổnthermodynamically
định về mặt độngunstable,
học. yet
• they
Esteare kinetically ổn
phosphate stable.
định vì các điện tích âm vốn có
2. Phosphate
ngăn cản sự esters are stable because the inherent
thủy phân.
• negative charges
Bởi vì các este resist hydrolysis.
phosphate ổn định động học, chúng
3. Because phosphate esters are kinetically stable, they are
là các phân tử điều tiết lý tưởng, được thêm vào
ideal regulatory molecules, added to molecules by
các phân tử bằng kinase và được loại bỏ bởi
kinases and removed by phosphatases.
phosphatase.
 ATP
ATP iscung
the cấp
immediate
trực tiếpdonor of freecho
năng lượng energy for biological
các hoạt động sinh
activities. However,
học. Tuy nhiên, the amount
số lượng ATP bị of
hạnATP is limited.
chế.

Consequently,
Do đó, ATP phảiATP
đượcmust be liên
tái chế constantly recycled
tục để cung to provide
cấp năng lượng
energy
cho tolượng
năng powercủa
thetếcell.
bào.
Figure 15.10 The ATP–ADP cycle.
Chu trình thể hiện cơ chế cơ bản của
trao đổi năng lượng trong các hệ
thống sinh học.
 Phản ứng oxy
Oxidation hóa liên
reactions quan đến
involve loss mất electron thường
of electrons. được kết
Such reactions
hợp với
must các phản
be coupled ứngreactions
with thu electron. Cácelectrons.
that gain phản ứngThe ghép đôi
paired
được gọi làare
reactions phản ứng oxy
called hóa - khử.
oxidation-reduction reactions or redox
Các nguyên tử carbon trong nhiên liệu được oxy hóa để tạo ra
reactions.
CO2 carbon
The và cuốiatoms
cùng incácfuels
electron được oxy
are oxidized chấp CO
to yield nhận
, để the
and tạo
2
thành H2O.
electrons are ultimately accepted by oxygen to form H 2O.
Nguyên
The moretửreduced
carbon acàng giảmatom
carbon thì năng lượng
is, the moretựfree
do energy
được giải
is
phóng càng
released uponnhiều khi bị oxy hóa.
oxidation.
Chấtare
Fats béoa là nguồn
more thực phẩm
efficient hiệu quả
food source hơn
than glucose
glucose vì chất fats
because béo
giảm
are nhiều
more hơn.
reduced.
Figure 15.11 Free energy of oxidation of single-carbon compounds.
Figure 15.12 Prominent fuels.
Chất béo là nguồn nhiên liệu hiệu quả hơn so với
carbohydrate như glucose vì số carbon trong chất béo giảm
nhiều hơn khi bị oxy hóa.
Bản essence
The chất của of
quácatabolism
trình dị hóa
is làcapturing
thu giữ năng lượng của
the energy of
quá trình
carbon oxy hóaascarbon
oxidation ATP. từ ATP.

Sự oxy hóa
Oxidation of nguyên tử carbon
the carbon có thể
atom may formtạo thành mộtwith
a compound hợp
chất phosphoryl-transfer
high có khả năng chuyểnpotential
phosphoryl
thatcao,
cansau đóbe
then có use
thể
được
to sử dụngATP.
synthesize để tổng hợp ATP.
Hai đặc
Two điểm chungare
characteristics chocommon
sự kích hoạt:
to activated carriers:
• The
1. Cáccarriers
chất mang
are ổn định động
kinetically học trong
stable in thetrường hợpofkhông
absence có
specific
chất xúc tác cụ thể.
catalysts.
• The
2. Sự metabolism
trao đổi chấtofcủa các nhóm
activated được
groups kích hoạt được
is accomplished thực
with a
hiện number
small với một số lượng nhỏ chất mang.
of carriers.
 ATPislàan
ATP một chất mang
activated được
carrier kích hoạt của
of phosphoryl các nhóm
groups. phosphoryl.
Other activated
Các chất
carriers aremang kích hoạt
common khác phổ biến
in biochemistry, andtrong
oftencác phản
they are ứng hóa
derived
sinh vitamins.
from thường có nguồn gốc từ vitamin.

Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD +) và flavin

Nicotinamide adenine dinucleotide (NAD+) and flavin adenine
adenine dinucleotide
dinucleotide (FAD) carry(FAD) mang
activated các electron
electrons derivedhoạt
fromhóa
the có
nguồn gốc
oxidation of từ quá trình oxy hóa nhiên liệu.
fuels.
Figure 15.13 A nicotinamide-derived electron carrier.
(A) NAD+ là chất mang điện tử năng lượng cao, có nguồn gốc từ vitamin niacin (nicotinamide)
có màu đỏ.
Figure 15.13 A nicotinamide-derived electron carrier.
(B) NAD + bị giảm xuống thành NADH.
Figure 15.14 The structure of the oxidized form of flavin adenine dinucleotide (FAD).
Chất mang điện tử này bao gồm vitamin riboflavin (hiển thị màu xanh lam) và đơn vị ADP (hiển
thị màu đen).
Nicotinamide
Nicotinamide adenine
adeninedinucleotide
dinucleotidephosphate
phosphate(NADP
(NADP+)+)
là
is một
an chất mang điện
activated tử được
carrier kích hoạtfor
of electrons để sinh tổng
reductive
hợp khử.
biosyntheses.
Figure 15.16 The structure of nicotinamide adenine dinucleotide phosphate (NADP +).
NADP+ cung cấp điện tử cho quá trình sinh tổng hợp.
Lưu ý rằng vị trí phản ứng giống nhau trong NADP+ và NAD+.
Coenzyme A (CoA hoặc CoASH) là chất mang được hoạt hóa
các nhóm acyl cũng như nhóm acetyl.
Việc chuyển nhóm acyl là exergonic vì thioester không ổn
định.
Figure 15.17 The structure of coenzyme A (CoA-SH).
 • Pantothenate,
Pantothenate, dễ isdàng
which thuobtained
readily được từfrom
lòng
eggđỏ trứng,
yolks, is alàcomponent
thành phầnofcủa coenzyme
coenzyme A. A.
• Các
The pantothenatemust
pantothenate phải được kích hoạt bởi
be activated by
pantothenatekinase
pantothenate kinase before
trước khiit nó
cancó thể
be
được kết hợp
incorporated into vào coenzyme
coenzyme A. A.
• Đột biếnin trong
Mutations pantothenate
pantothenate kinasekinase
resultdẫn
in
đến thoái hóa thần kinh.
neurodegeneration.
The
Các vitamin
B vitaminsB hoạt
function
độngas
như
coenzymes.
coenzyme.
Vitamins
Vitamin A,A,C,C,D,D,EE,vàand
K đóng
K play
nhiều
a variety
vai trò
ofkhác
roles,nhau,
but do
nhưng
not
serve
khôngaphục
coenzymes.
vụ coenzyme.
Figure 15.18 Structures of some of the B vitamins.
Figure 15.19 Structures of some vitamins that do not function
as coenzymes.
Cân bằng nội môi xảy ra khi môi trường sinh hóa ổn
định, được duy trì bằng cách điều tiết các quá trình sinh
hóa.
Ba yêu cầu cho quá trình điều tiết:
1. Số lượng enzyme có mặt.
2. Hoạt tính xúc tác của enzyme.
3. Khả năng tiếp cận của chất nền.
Figure 15.20 Homeostasis.
Duy trì môi trường tế bào
không đổi đòi hỏi phải điều
hòa trao đổi chất phức tạp,
chỉ là việc điều phối việc sử
dụng các bể dinh dưỡng
The quantity
Số lượng of enzyme
enzyme present
hiện tại có thểcan be quy
được regulated
định ởatmức
theđộ
level
phiênofmã
gene
gentranscription.
Hoạt động xúc tác được điều hòa theo quy luật hoặc bằng
Catalytic activity is regulated allosterically or by covalent
cách điều chỉnh cộng hóa trị.
modification.
Hormone phối hợp hoạt động trao đổi chất, thường bằng
Hormones coordinate metabolic activity, often by
cách kích thích sự biến đổi cộng hóa trị của các enzyme
instigating the covalent modification of allosteric enzymes.
allosteric.
• The
Tình trạngstatus
energy năng oflượng củaistế
the cell bàoan
often thường là một
important điều
regulator
ofchỉnh
enzymequan trọng của hoạt động enzyme.
activity.
• Two
Hai phương
common thức phổ biến
means are được
used sửto dụng đểenergy
assess đánh giástatus:
tình
trạng charge
energy năng lượng: điện tích năng
and phosphorylation lượng và tiềm năng
potential.
phosphoryl hóa.
Figure 15.21 Energy charge regulates metabolism.
Nồng độ ATP cao ức chế tỷ lệ tương đối của con đường tạo ATP (dị hóa) điển hình và kích thích
con đường sử dụng ATP (đồng hóa) điển hình.
•Opposing
Phản ứng reactions, such
đối nghịch, as fatty
như tổng hợp vàacid
thoáisynthesis and
hóa acid béo,
degradation,
có thể xảymay
ra ởoccur in different
các khoang tế bàocellular compartments.
khác nhau.
•Regulating thedòng
Điều chỉnh flux chất
of substrates
nền giữa between compartments
các ngăn được is
sử dụng để
used to regulate
điều metabolism.
chỉnh quá trình trao đổi chất.
Trao đổi chất là tổng số các phản ứng hóa học diễn ra bên trong tế bào nhờ có
dòng năng lượng và sự tham gia của các enzyme. Trao đổi chất có thể được chia
thành hai phần chủ yếu: dị hoá (catabolism) và đồng hoá (anabolism). 

Các kiểu giải phóng năng luợng

Các kiểu giải phóng năng luợng
Các con đường dị hóa