教育

教育 因
因 合
合 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 安 因
合 宇
教
合因
教育
教育 副研究员 因
因 合
合 育 复旦大学人类表型组研究院
教 育 育
合因
复旦大学人类遗传学与人类学系
因 教 育 因
哈佛医学院麻省总院基因组医学中心访问学者
教
因 教
合 卫健委出生缺陷防治培训遗传病组专家 合
合 教育
教 育 上海市遗传学会临床遗传与遗传咨询专业委员会副主任委员
因
因 育 育
上海市医学会分子诊断专科分会遗传学组委员
育 合
合 教 教 教
合因 合因上海市医师学会检验医师分会遗传性疾病专业组成员
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
合 教育
合因 CG&GC 教育
教育 因
合
合因 教 育 育 教育
合因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因教 @基因检测与遗传咨询实践能力培训（综第一期） 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因教 合
合 教育
育 安宇
教 合因
因 教 育 育
复旦大学人类表型组研究院 育
合 教 教
合因 合因
2021.2.2 合 因
育
教育 教
因 合因 育
合 育
 教育
教育 因
因
人类遗传变异的种类 合
合 教育
合因 育
教
教育
• 染色体畸变： 染色体数目改变
合因
合因 教育 染色体结构变异
育 教 育
合 因 教
基因组不平衡事件（拷贝数变异/微缺失微重复）
因
基因组结构变异 因 合
合 育 1. 拷贝数变异是基因组变
育 拷贝数中性的杂合性缺失（AOH/LOH）
因 教
•教基因组水平的变异 合 异的一种形式，>1Kb
合 因 单亲二倍体（UPD）

教 育转座子（Transposons） 2. 指南评估>50bp区段的
因 教 育
散在重复序列（LINE，SINE，Alu）
教 育
非正常拷贝数量的变异。
合 因 育 因
合
外显子水平的缺失和重复
因 教 合
基因突变 合 教 育
教 育 甲基化 因
因 育 育 育 合
合 教
• 基因水平的变异 等位基因差异表达
教 教
合因 基因印记 因
合 合 因
育
教 育 剪切变异
教
因 动态突变
合 因 育
合 育
 教育
教育 因
合
CNV致病性评估内容
合因
教育
合因 育
育 因 教
教 合
合因 CNV致病性评估的相关知识点
教 育 育 教育
合因 因 教 因
合 育 合
教 育 CNV致病性ACMG指南评估的原则 因 教
因 合
合 育
因 教
相关问题的处理策略和方法 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教
合因 合因由浅入深 注重实用
因 教
育 合 育
教 因 教
合因 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合 育
获得拷贝数变异（CNVs）数据 合因
教
教 育
教 育 CNV因inner和outer
合
合因
CNVs的检测技术平台
教育 育 教育
合 因 二代测序技术
因 教 因
染色体微阵列芯片（CMA） CNV
合 calling
育 合
SNP育array aCGH
NGS
因 教
因 教
• Affy • Agilent
• WGS（NIPT-plus， 合 inner
high-confidence
合 • illumina • Oxford 育 CNVseq） outer

因 教 • WES
育 育
CNV的检测区域 合 因 教 育 因 教
合 因 教
Overlap重叠合（50%or70%以上）
目标区域的 V 全基因组范围 合 教 育
育 Whole- 因
S
（疾病panel或OMIM）
因教 育 genome
育 合
合 因 教 教 教 育
合 合 因 因
CNV检测探针的覆盖密度
育 合 育
教 因 教
合 因 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合 育
根据CNV的致病机制解读致病的可能性 合因
教
教 育
CNV的致病机制教 育 Haploinsufficiency Triplosensitivity
因
合
合因
单倍剂量不足 三倍剂量敏感
教 育 育 育
因
• 剂量效应（LOF/GOF） 教 因 教
合 合 因 合
教 育
育
• 位置效应
教 (位于基因的启动子，增强子，CpG岛， 因
TAD区域）
因 合
合 育
• 基因融合或打断 教 育 育
合因 教 教
因 教 育 因
合 因 合
CNV解读指南包括下面评估 合 育
育 因教
因 教
•
育
基因组含量，剂量敏感性预测，预计的功能性影响
育 合
教
合 • 基于医学文献、数据库、案例： 教 教 育
合因 合因
合 因
育
教 育
在人群中频率，在疾病个体中发生率，遗传模式（新发，遗传自父方或母方）和分离状况，遗传方
教
因 式（AD，AR，XL），疾病表型是否相符 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合 教育
什么是单倍剂量不足(HI) 合因 和三倍剂量敏感（TS） 育
育 因 教
教 合
合因
对于大多数基因来说，一个拷贝足以支持二倍体生物的正常生长和发育，但是一小
教育 育 育
部分称为单倍剂量不足（HI）的基因对降低的基因剂量表现出极大的敏感性，一个
Haploinsufficiency（HI）因 教 因 教
单倍剂量不足 合 等位基因正常表达产生的蛋白质或基因产物不足维持正常生理功能。
合 因 合
教 育
教 育 因
多数是LOF突变：包括缺失和基因突变，如 Williams syndrome，也有例外
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合Triplosensitivity（TS）教 教
对增加的基因剂量表现出极大的敏感性。
教
三倍剂量敏感 合因
合因
拷贝数重复导致。
合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合 教
ClinGen剂量敏感评定工作组
育
合 因
（ClinGen Dosage Sensitivity Curation Working育
Group）
育 因 教
因 教 合
•合 育
最初评定基因: ISCA 180K芯片包含的基因/区域
教 育 育
因 教 因 教
•
合
较多评定基因: 神经发育疾病相关基因
合 因 合
• 目前已完成: 1409 个基因和80个基因组区域的评估，包含3个工作小组：
教育
教 育– 神经发育工作小组: 评估神经发育疾病（如智力障碍、自闭症、癫痫等）相关基因 因
因 合
合 – 复发性CNV工作小组: 开发用于评估复发性CNV、低外显率CNV的评价体系
育
– 遗传性肿瘤工作小组:
因 教 评估遗传性肿瘤中的剂量敏感基因
育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合因 育
合 https://dosage.clinicalgenome.org/
育
 教育
CNV致病性评估的相关知识点
教 育 因
因 合
合 育
CNVs的种类与发生机制有关 因 教
合 育
育
• 复发性CNV（Recurrent）vs 非复发性CNVs
因 教
因 教 合
合 教 育 育 育
LC LC
因 教 因 教
R R
合 合 因 合
教育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 无关键区域或关键基因育 因 教
• 有关键基因或者关键区域（CR，critical
合Region）vs
因 教 合 2q23.1微
合 缺失综合征
教 育
教 育 TBX1
65因cases
育 合
合因 缺失综合征 因教
22q11.2 微

因 教 育
教 育 38kb-
19Mb
合 合 合因
育 教 育
因 教 因
合 育 合MBD5
70%-80%的患者含有约3Mb的缺失（包含ABCD四个区域）， 有10-30%的患者含有1.5Mb的缺失(包含AB)。 育
Michael E et al. AJGH
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合
人类基因组和变异数据库（非肿瘤） 教 育
合 因
GeneBank（NCBI）
教 育
参考基因组数据，比对，功能
教育 因 注释，整合其他数据库和分析
人类基因组数据库 合
Ensemble Genome Viewer （EMBL-EBI)
合因 教育UCSC Human Genome 育 Browser
工具，可视化浏览
教育
合因 因 教 因
合 育 合
育 教
DGV（Database of Genomic Variants
因 ） 整合芯片，测序获得的变异
因 教 合 Database） （SNV，CNV），变异在人
合 自然人群变异数据库育 gnomAD（Genome Aggregation 群里中频率分布，族群信息，
因 教 dbVar (NCBI) 育 可视化浏览器 育
合 因 教 育 因 教
PGG（Population Genomics and 教
Genetics）
合 因 合
DECIPHER（using
合
Ensembl 教 育
教 育 因
因 育 Resources） 育 OMIM
育 合
整合芯片，测序获得的变异
合 因 教
疾病人群变异数据库
教 教
合 ClinVar
合 因 Geneimprint 因
（SNV，CNV），疾病的表

育 合 型HPO ，可视化搜索引擎
育
教 ClinGen GeneReview
因 教
合因 HGMD 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
ACMG&ClinGen
合 对CNV致病性评估的指南
教育
合因 育
育 因 教 CNVs解读存在的痛点
201 因教 合
1 合 教 育 育 育
因 教 因 教
• 三分类体系，多
合 合 因 合 数变异划分为
教 育
育 VUS，实用性差
201因
教 合因 201
合
3 育 8
因教 育 • 主观评判多，实
育
合 因教 育 因教 验室间一致性差
合 因 教 201
合
合 8 • 评估条款不够严育
教
教育 因
谨，CNV评估趋
因 育 育 育 合
于保守，模糊性
合 教 教 教
2020
合因 合因 合因 CNV解读异质性和模糊性
育
教育 教
降低对临床诊断和治疗的实用性
202因 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估的相关知识点
教 因
因 合
合 育
CNVs变异解读新指南更新的特点 教
合因 育
育 因 教
因 教 合
• 合
五分类等级，增加精确性
教 育 育 育
因 教 因 教
合 合 因 合
教 育
育
• 基于证据的量化评分框架，提高评判的一致性
教 因
因 合
合 • Very strong(0.9/-0.9)育 • Moderate(0.3/-0.3)
CNV与SNV指南评价标准趋同融合

因 教
• Strong (0.45/-0.45) 育
• Supporting(0.15/-0.15) 例如：3 PM（0.3）=LP（0.9）；育
合 因 教 育 教
1 PS+2PM（0.3）=P
因
合 因 教
（>0.99） 合
• 致病性分类与临床表型区分开 合
区分“变异分类” 和“临床意义”
教育
教 育 • 评判变异的致病性的证据可能案例临床表型不
因
因 育 育 一致（甚至没有相关表型）或者外显不全或者
育 合
合 教 教 表现度有差异
教
合因
• 解读单个基因内发生的CNV 合因
(缺失和重复)
合 因
• 几乎80%的判断异质性来自X染色体上女性携
育
教 育 带的变异
教
因 • 发病年龄
合 因 育
合 育
 教育
教育 因
合
CNV致病性评估内容
合因
教育
合因 育
育 因 教
教 合
合因 CNV致病性评估的相关知识点
教 育 育 教育
合因 因 教 因
合 育 合
教 育 CNV致病性ACMG指南评估原则 因 教
因 合
合 育
因 教
相关问题的处理策略和方法 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教
合因 合因由浅入深 注重实用
因 教
育 合 育
教 因 教
合因 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估原则
教 因
因 合
合 教育
讲解的内容和顺序 合因
教 育
教育 因
因 Haploinsufficiency
育 合 讲解顺序
合 教
单倍剂量不足 育 教育
因 教 因
区域层面 合 Triplosensitivity合因 育 合
育 三倍剂量敏感
基本流程：足够证据支持
教
教 合 因
合 因
教 育
Haploinsufficiency 育
因 教 教育
基因层面 合 单倍剂量不足
因 育 因
合 因 教 合
Triplosensitivity 难
三倍剂量敏感
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合因 证据有限 育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教育
使用ACMG/ClinGen指南解读CNV
合因 育
育 因 教
教
评估流程5个方面 合
合因 教 育 育 教育
合 因 因教 因
Section 1 评估区域的基因组内容合 育 合
育 因 教
因 教
Section 2 合
是否与明确的HI或良性基因/区域存在重叠（缺失）
合 育
因教
Section 2 是否与明确的TS或良性基因/区域存在重叠（重复）
育 育
合 因教 育 因 教
合
Section 3 评价编码蛋白质基因数量 因 教 合
合 教育
Section
育 4 使用来源于文献和数据库的病例对基因/区域进行详细评估 因
因 教 育 育 合
合 Section 5 因 教
评估当前病例遗传模式/家族史
教 教 育
合 合因 合因
育
教 育 教
因 合因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教 育
Section 1 评估区域的基因组内容 合因 育
育(基因，外显子，调控-TAD 和其他) 因 教
教
基因组内含成分 合
合因 教 育 育 教 育
CN-
合 因 因 教
https://cnvcalc.clinicalgenome.org/cnvcalc/cnv-loss 因
LOSS 合 育 合
育 因 教
因 教 合
合 基因内2E 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教 Total: 0
CN- https://cnvcalc.clinicalgenome.org/cnvcalc/cnv-gain
合 因 教 合 points
Gain 合 教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 因 教 教 教
合 合 因 因
基因内2I
育 合 育
教 因 教
Total: -0.6 points
合 因 https://cnvcalc.clinicalgenome.org/cnvcalc/ 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教 育
Section 1 重要功能元件是什么？ 合因 育
育 因 教
因 教
例子：functional important elements 合
合 教 育 育 育
7q36.3 ZRS (SHH 因
cis-regulatory) duplication region
教 (within LMBR1 intron 5)
因 教
合
SHOX enhancer recurrent 47.5
因
kb
合 缺失（在SHOX基因下游160kb处） 合
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 教
鼓励大家更新相关研究进展，
因
合 因 教 合 特别是非编码区的基因调控，
合 位置效应
教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因
Benito-Sanz et al., J Med Genet. 2012
育
合 育 Jul;49(7):442-50. PMID: 22791839
 教育
育 因
非基因区Intergenic
因 教 CNV 合
合 教 育
UCSC 因 lncRNA
合 育
育 因 教
教 合
合因 教 育 育 教育
合因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因教 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 Redin, Nature Genetics 2017
育 育 合
合 教 ClinTAD
教 教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 Journal of Human Genetics 2019 Feb
育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教
新指南更新的特点 因
因 合
合 教育
Section 2 是否与明确的HI基因/区域存在重叠（缺失）
合因 育
育 因 教
Section 教2 是否与明确的TS基因/区域存在重叠（重复）合
合因标题内容 教 育 育 教育
因 教 因
2A 完全重叠, 1分 合 因 合
合 育 HI/TS区域
育
2B 部分重叠，0分 因 教
因 教 1 合
完全重叠：1.0分
部分重叠：0分
合 1
缺 因教育 育 育
合 因教 育 因 教
失 合 因 教 合
合 教育
教 育 因
Tip
育 合
合因 重 因教 1 教 育
教 育 可以比它大，
合 1 合因 因 不能比它小
育 复 合 育
教 因 教
合 因 合 育
育
 教育
教育
CNV致病性评估原则-区域层面
新指南更新的特点
因 合因
合 教育
Section 2 是否与明确的HI基因/区域存在重叠（缺失）
合因 育
育是否与明确的TS基因/区域存在重叠（重复） 因 教
Section 教2 合
合因 教 育 育 教 育
因 教 因
2A 完全重叠, 1分 合 因 合
合 育 HI/TS区域
育
2B 部分重叠，0分 因 教
因 教 合 完全重叠：1.0分
合 育 部分重叠：0分
缺 因教 育 育
合 因 教 育 因 教
失 合 因 教 合
合 教育
教 育 因
Tip
育 合
合因 重 因教 1 1
1 因
教 育
教 育 可以比它大，
合 合
1 1 合因 不能比它小
育 复 0 教 育
因 教 因
合 育 合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合
Section 2 部分重叠的几种情况 教育
合因 育
育
• 与已知致病基因，HI/TS基因及关键基因有重叠
教
因 需要判断是否导致相关基因LOF，
教 合
合因 育
• 不包含已知的致病基因，HI/TS
教 基因及关键区域
育
遵循2C-2E条款（基因内）
教 育
合 因
• 或致病基因或者关键区域不明确 因教 因
合 育 合
做单个基因基因剂量HI或TS的评定
• 或不存在致病基因或关键区域
育 因教
因 教 合
为什么缺失
合 育 讨论这么多

因 教 育 情况
育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
缺 合 基因内评估 育
Tip教
失教 育 因
因 育 育 育 合
部分重叠压
合 教 教 教 在HI基因区域
合因 合因 合 因
育
需要考虑基因

教 育 教
内情况
因
合因 育 合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教 育
合因
Section 2 是否与明确的良性基因/区段存在重叠（缺失/重复） 育
育 因 教
教 合
缺 合2F因完全包含, -1分教育 育 育 Tip
2G 部分重叠，0分因 -1
教 因 教 只要涉及了
失 合 -1
合 因
育 合 额外的编码
基因就不妙
育
0
因 教
因 教 0
合
合 育
因 教 育 育
重 2C 完全包含,
合
-1分
因
为什么重复
教
讨论这么多
育 因 教
教
复 2D 片段比良性区段短，-1分 合 合
情况 -1
因
合 -1 育
2E
育 片段比良性区段短，打断了编码基因，0分 0
因 教
因 教 育 育 -1 合
合 因 教
2F 片段比良性区段大，未包含其他编码基因，-1分
教 0
教 育 Tip
合 合因 因
2G与明确良性CNV区段重叠，但包含其他基因组区段，0分
育 合 育 可以比它小，
教 因 教 不能比它大

合因 合 育
（有其他基因）

育
 教育
教育
CNV致病性评估原则-区域层面
新指南更新的特点
因 合因
合 教 育
Section 2 缺失和重复有差别的地方（1） 合因
教 育
教 育 因
缺 合因 2H 两个或以上HI预测指标提示区段内至少有一个基因是HI基因完全重叠,
育 合 0.15分 只能用一次
教 育 教 育
失 因 • HI predictors教 (2H) 因
合 合 因 合
什么是HI预 gnomAD pLI score is ≥0.90 (upper
教 育
bound of the o/e CI < 0.35)
教 育 测指标？
AND 因
因 合
DECIPHER HI index is ≤10%
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合0-10%)可
HI index ：High ranks (e.g. 因 教 合
能 合 教 育
教 育 Low ranks (e.g. 90-100%)不可能 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
LOEUF score "loss-of-function observed/expected upper bound fraction.“

教 育 HI<10% 教
high LOEUF scores suggest a relatively higher tolerance to inactivation.

因
pHI (or %HI): Probability of being a haploinsufficient gene
合 因 育
合 育
 教育
教育
CNV致病性评估原则-区域层面
新指南更新的特点
因 合因
合 教育
Section 2 缺失和重复有差别的地方（2）
合因
教 育
育
评估HI基因或区段的拷贝数增加
教 Gene1 因 Gene2 Gene3
重 合因 育 合
2H 包含HI基因或区段教0分
重复为什么
要评估HI区 育 0 2H
教 育
复 合 因 域呢？ 教
因 因
断裂点位于其他基因内 合 0育 合 2L
育
2L一个或者两个断裂点位于无明确临床意义的基因内 0分 因
教
因 教 合 2L
合 断裂点位于HI基因内 育
因教 育 2I 育
合 因教 育 因 教
2J-2k
合 教 合
合因 教 育
教 育 基因内评估 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合
Section 3 评估编码蛋白质基因数量 教 育
合因 育
3A,3B,3C 育Score 0 0.45 因 教
0.9
因 教 合
合 Duplication
教 育 0-34 35-49
育
50 and more 育
Deletion因 0-24 教 25-34 35 and more 因 教
合 合 因 合
5000 clinical CNVs
教 育
教 育 因
因 合 勾选蛋白编码基因
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育
section3： 育 育 合
合 教 教 教
合因 Recommend counting合 因 each cluster/family as a single
合 因 gene.
育 Exceptions include gene families in which individual genes are known to be育
教 因 教 associated

合 因 with disease 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
如何合理应用数据库进行CNV解读
合 教 育
合因 育
需查询内容 育 使用的数据库
因 教
因 教
1. 是否是/包含Pathogenic CNV regions/gene 合
ClinGen Dosage Sensitivity Curation,
合 教 育 UCSC
育 with ClinGen CNVs track 育
（HI/TS）
因 教 因 教
合
2. 是否与已报道疾病CNV重合（overlap）
合 因 UCSC，DECIPHER/ISCA，ClinVar, ClinGen
合
3. 是否与已报道自然人群CNV重合（overlap） DGV, gnomAD, 教 育
教 育 因
因4. CNV区段包含多少蛋白质编码基因 合
DECIPHER，UCSC
合UCSC 查询 育
因 教 育 DECIPHER 查询 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 已经评估 因
育 的基因合 育
教 因 教
合 因 HI 基因 合 育
育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教育
Section 4 使用来源于文献和数据库的病例-对基因/区域进行评估 合因
教 育
教 育
• 目的：寻找已经报道的文献证据（CNV–临床表型） 因
合
合因 教 育 育
病例-对照和人群的证据 http://vassarstats.net/
教 育
因
合4A-4K 因 教 因
罕见的CNV 计算发表文献或者数据库中携带CNV
合
有相同表型的病例数目
育 合
Individual
育 case evidence
因 教
因 教 计算人群数据库中CNV的数目
合
合 非罕见的CNV 4L-4O 育
因
Case–control and 教
population evidence 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因教 合
统计分析
合 教育
教 育 • Chi-squre， p-value
因
因 育 •
育
OR值和置信区间
育 合
合 教 教
OR = DE/HE/ DN/HN
教
合因 •
合因 因
P-value<0.05：很有用，但不要过度解读
合 育
教 育 • OR>5, 给予一个方向和程度，置信区间给予确信度
教
因 •
合 因
有效群体大小(effective size) ,是否考虑混杂因素
育
合 •
育
阴性和阳性结果都要慎重
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教 育
Section 4 （1）罕见的CNV 4A-4K 因
• Phenotyp 育
合 育
因 教
e表型高度特异,
因 教 且为该基因/区域特有 Highly specific, relatively 合
unique (4A)
教 育
•合表型罕见于普通人群，且通常与单个基因有关；某些情况下，表型为某种疾病特有 育 育
因 教 因教
• 例如：唇凹 (IRF6);合 K-F环 (ATP7B); VIII因子活性低
合 因 (F8) ，
合
• 先天性畸形：骨骼发育不良，中线面部缺陷，前脑发育不全
教 育
教 育 因 syndrome）
因 • 表型的组合：眼部缺陷，心脏缺陷，胸膜闭锁，生长延迟，生殖器异常和耳畸形（CHARGE 合
合 表型高度特异, 非该基因/区域特有 育 Highly specific, not necessarily unique (4B)
因 教 育 育
• 表型罕见于普通人群，但并非某种单基因病所特有
合 因 教 育 因 教
• 例如：脑白质营养不良 (47 entries 合 in OMIM); 早期婴儿型癫痫性脑病
因 教 (68 合 in OMIM); 痉挛性截瘫
entries
(68 entries in OMIM)，手指畸形，无脑回畸形 合 教 育
教
育
表型非特异, 存在遗传异质性 Not highly specific, and/or with high genetic heterogeneity (4C) 合因
因 教 育 育 育
合 • 教
表型可能在正常人群观察到；可能受非遗传因素影响；可能与多种疾病/综合征相关
教
合因 智力障碍 (非特异性);
• 例如：发育迟缓; 合因 自闭症; 癫痫 (分型不明) 合 因
育
教 育 教
 表型不一致
因 Not consistent (4D)
合 因 张军玉育
合 育
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合 教 育
Section 4 （2）罕见的CNV 合因 4A-4K
教 育
• Inheritanc教 育 因
因 合
eDe合novo (4A-4D) 育 育
因 教 教 育 教
• 证据强弱与表型特异性以及是否为confirmed
合 因 de novo有关
合 因
• Confirmed de novo: 亲缘关系鉴定, 母源鉴定合 (XL), Trio-WES/WGS 育
育
 Unknown inheritance (4E) 因 教
因 教
• 仅用于表型高度特异病例，且不能确定遗传方式 合
合 Segregations (4F-4H) 育
因 教 育 育
• 统计genotype合 +/phenotype+ 教
个体，以及肯定携带者
因 (obligate carrier);
育 教
家系间共分离次数可累加
因
合
• 如变异来自候选基因测序，而非WES/WGS等，可调低默认赋分 因 教 合
合
• 参考ClinGen Gene Curation计算方法，但对于单个家系1次共分离即可计入 教育
育
 Non-segregations
教 (4I-4K) 因
因 育 育 育 合
合 • 教
特殊情况可赋0分：表型模拟、常见疾病、表现度、外显率、
教 教
合因
临床检查充分性、印记基因、限性遗传、嵌合体、隐性遗传等
合因 合 因
育
教 育 教
因 4I 合 因 4J
育 4
合 育 张军玉
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合 教 育
Section 4 （3）罕见的CNV 4A-4K
合因 育
• Inheritanc 育 • Phenotyp 举例： 教
因 HI）与明确临床表型相关，2个案例
教 合
e De因 e • CNV包含geneX（unclear
• 新发的合 novo (4A-4D) 教育
4A 表型高度特异, 且为该基因/区域特有
4B 表型高度特异, 非该基因/区域特有 育 教育
（4A），一个验证父母（0.45pt），一个未验证（0.30pt），总分

合 因
4C 表型非特异, 存在遗传异质性
因 教 0.75pt 因
4D 表型不一致 合 育 合
• CNV包含geneX临床意义未知，三个新发案例都有ID表型（4C），
育 因 教
因 教
Phenotype 证据 赋分 总
验证了父母关系，前面两个案例赋值各0.15pt，第三个案例可以多
合
合 育 计
给0.15pt，总分为0.15+0.15+0.30=0.6pt
4A 表型高度特异, 且为该基因/区
因 教
确定为新发变异：各0.45 0.9 • 如果只发现一个de novo案例，而且gene的临床意义未知，可以加上
育 internal lab的案例作为表型异质性评估的证据，但是这里用了就不 育
域特有
合 假设为新发变异：各0.30
（范围0.15-0.45）
因 教 育 因 教
4B 表型高度特异, 非该基因/区域 确定为新发变异：各0.30 合 因
能再在section教5 中再使用 合
特有 假设为新发变异：各0.15
（范围0-0.45） 合
• 对于4D的使用，如果有2个报道，一个是7岁表现为DD，而另外一个
教育
教 育
4C 表型非特异, 存在遗传异质性 确定为新发变异：各0.15 新生儿，只表现先天畸形，尽管表型不一致，可能有表型未显现的 因
因 育
假设为新发变异：各0.10
育 育 合
合 教
（范围0-0.30）
教 问题，所以赋值为0
教
合因 因
4D 表型不一致 各0（范围0至-0.30） -

合 0.3
合 因
• 对于4D的使用，5个案例，一个DD，一个先心但发育正常，一个生

育 殖器异常但发育正常，2个正常数据库中，赋值为-0.3
教 育
教
The ClinGen SVI de novo criteria（ PS2 & PM6 ）（有功能实验可增加赋值0.45 each） 因
合因 合
https://clinicalgenome.org/site/assets/files/3461/svi_proposal_for_de_novo_criteria_v1_0.pdf
育 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教 育
Section 4 （4）罕见的CNV 4A-4K
合因 育
育 因 教
因 教
• Inheritanc • Phenotyp合
合 e 育 育
教
• 新发的 De novo (4A-4D) 4Ee
育 表型高度特异, 且为该基因/区域特有教
• 未知的Unknown 合因inheritance (4E) 合因教 4E 表型高度特异, 非该基因/区域特有 合因
教 育
教 育
Phenotype 证据 赋分 因 总计
因 合
合 4E 表型高度特异
育
，但变异遗传方式不明确 各0.10（范围0至0.15） 总计0.30

因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
注释：
合 因 教 合
• 早期的文献报道通常没有家系的信息，表型的描述不够全面
合 教育
教 育
• 查阅这些文献，需要使用表型高度特异的案例，比较inheritance明确的先证者的表型，不能使用非特异性表
因
因 育
型（孤独症，发育迟缓等），赋值需要谨慎
育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合
Section 4 （5）罕见的CNV 4A-4K 教 育
因
合Phenotype 赋分育
• Inheritance育 证据 教 总计
教 4F.报道家系中3-4次共分离 因 0.15
因 合 0.45
合
• 家系中分离 Segregations 育 (4F-4H) 4G.报道家系中5-6次共分离 0.30
育
因 教 教 育 教
合 因
4H.报道家系中7次以上共分离 0.45
合 因
注释： 合 育
育 + , phenotype +) 和肯定携带者(obligate carrier)的pedigree 因
教
因 教
• 统计(genotype
合
• CNV解读单个家系分离可以计入（gene curation需要≧4分离(显性或X连锁)，≧2分离（隐性）），家系分离个数可以累
合 育
加
因 教 育 育
合
• 同一个家系中可能有表型的表现度不同，仍然可以作为同一个
因 教 育 因 教
合
例如；孤独症，ID，癫痫，精神分裂症，携带相同的CNV，可以作为脑疾病障碍谱系
因 教 合
合 教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合因
合 4seg 6seg 0.30pt 育
育 0.15pt
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合
Section 4 （5）罕见的CNV 4A-4K 教育
合因 • Phenotyp 育
• Inheritanc 育 e 教
教 合 因
4I 表型高度特异, 且为该基因/区域特有

e 因 4J 表型高度特异, 非该基因/区域特有

合
• 家系中不分离
教 育 (4I-4K)
Non-segregations 4K 表型非特异, 存在遗传异质性
育 育
因 教 表型不一致
因 教
合 合 因 合
Phenotype 证据 赋分

教 育 总计

教 育
4I. 报道家系中, 其他受累者与先证者表型一致,但未检出相同变异
因
每个家庭-0.45（范围0至-0.45） 总计-0.90

因 4J.报道家系中，其他未受累者无先证者特异表型，但检出相同变异
合
每个家庭-0.30（范围0至-0.30） 总计-0.90

合 育
4K.报道家系中，其他未受累者无先证者非特异表型，但检出相同变异 每个家庭-0.15（范围0至-0.15） 总计-0.30

因 教 育 育
注释：
合 因教 育 因 教
合 教 合
• 4I，通常在常见疾病如乳腺癌，或者在遗传与非遗传病因都存在的疾病如心肌肥大，考虑是否存在拟表型（适当降分）
因
合
• 4J-4K，评估家系中个体是否有表型很重要，注意临床表现度差异，外显率差异，年龄依赖的外显率，临床表型细微变化，
教育
教 育
无法临床全面评估（科室隔离），新的疾病未被识别。 因
因 育 育 育 合
合 因 教
• 4J， 例如，一个罕见眼病需要散孔检查，如做了这个检查无此表型（-0.30pt），但如果是做了全身检查没有这个表型，
教 教
则使用0.
合 合 因 因
育 合 育
• 4K，例如孤独症，如果使用孤独症量表评估确定无此表型（-0.15pt），如果文献中未提及如何评估的，只结论未有ASD
教 因 教
合 因 表型，则考虑降级-0.1，或者不给负分，0分。
合 育
育
 教育
教育 因
因 合
合
查询合适的病例数据 教育
合因 育
• Published育 Literature, Public Databases, and/or
因 教 Internal
教
Laboratory
因 Data 育 合
合 教 育 教育
因
合 medical literature 合因
peer-reviewed 教 因
育 合
育 因 教
因 教 ClinVar, DECIPHER 合
合 育
因 教
internal laboratory databases 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
UCS 教育 合因
因
C合
arr[GRCh37]17p12(13,352,066-16,333,401)x1
教育
ClinGen 合因 育
CNV 育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
ClinVar
CNV
合因 合因教
合因
教育
育
因 教 合因
合 DECIPHE 育
教 育 育
R CNV
合因 因教 育 因教
合 教 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 DGV 因教 教 教
CNV 合 合
DGV Gold
因 因
育 合 育
教 Stand
因教
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
DECIPHER
合 GRCh38 因教 育
/ISCA 合 育 novo/inconsistent
Individual case evidence-de
教
教育 phenotype 因
合ISCA Consortium
合因 教 育 育 教 育
合因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因教 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
教育 因
DECIPHER
因 合
合 教育
/ISCA 合因 育
育 教
合因
De novo 或者
教
合因
Inherited
教育 育 育
教
合因 合因教
合因
教育
育
因教 合因
合 育
Matching 教 育 育
因 教 教
patients 合 因 教育 因
合 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合
Section 4 （7）非罕见的CNV因4L-4O 教 育
合 育
病例-对照及人群证据 育 因 教
教 合
合因
Phenotype 证据

教 育 赋分

育
总计
育
4L. 病例组(表型一致、特异、明确)与对照组的差异具有统计学意义
因 教
每项研究0.45（范围0-0.45） 总计0.45
因 教
合
4M. 病例组(表型不一致、非特异或不明确)与对照组的差异具有统计学意义
合 因 每项研究0.30（范围0-0.30） 总计0.45 合
4N. 病例组与对照组间不具有统计学差异
教 育
教 育 每项研究-0.90（范围0至-
0.90）
因
总计-0.90

因4O. 与正常人群变异重叠 （>=1%） -1（范围0至-1） 合 -1

合 育
注释：
因 教 育 育
• 统计力大小（statistic合 教
power）、偏差和其他混杂因素较小（年龄、种族、地域等因素差异越小）、案例和对照的检测方
因 育 因 教
法越一致，这些方面越严谨，统计学意义越明显 合 因 教 合
• 进行判断这个结果是否可靠需要临床的诊断（重要），如果不符合，可以降到0分。 合 教育
教 育
• 需要查找正常人数据库的频率，Genomic Variants (DGV) or the gnomAD structural variant (SV) dataset 因
因 • 4O: DGV Gold Standard教
育 育 育 合
合 dataset：>1% (-1pt)
教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
育 因
DGV查询：1因 教 CNV (12.9%， 4/31）是4O吗？ 合
合 教
案例分析：arr[GRCh37]
育
19p13.11(18291753_18311626) x3
合因 育
育
1% threshold for category 4O (-1) 教
Check the number of variants/number of samples
因 classifying something
教 合
tested before automatically
合因 教 育 育
as Benign based on population frequency.
育 教
合 因 因 教 因
合 In this instance,
育 合
the frequency of 12.9% is
育 based
因 教 on 4 observations across 31
因 教 合 samples tested.
合
DGV Gold Standard Dataset 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教 育
教 育 因
因
gnomAD: 79/21684(het) 教育 育 育 合
合 教 教
合因
4/21684(hom)
合 因 This frequency is >> the 1% threshold in category
4O – should合
因
we assign -1 points and classify
育 this
教 育 CNV as benign? 教
因 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 因
因 合
合 教育
Section 4 需要注意的内容 合因 育
育 因 教
教 合
合因 育
• 如果CNV在群体里发现存在，但与检索的CNV不同，CNV
教 育 gain和CNV loss相反，不能排除致病
教 育
性。 合因 因教 因
合 育 合
育
• 如果CNV在群里里发现存在杂合，不表示纯合不致病 因 教
因 教 合
合• CNV size可能因为使用的平台不同不一样，需要了解包含了多少基因
育
因 教 育 育
合 因教 育 因
• 在数据库中报道相对高发生率的CNV更可能被确认为良性，但发表的文献有时候反复引用一个病
教
合 因 教 合
例，需要注意 合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合
Section 5 评估当前病例遗传模式/家族史 教 育
合 因
• Inheritanc育 教 育
e 教 合 因
• De novo
合 因 (5A)
育Section 4 新发的 De novo (4A-
育
教 4D) 育 • Phenotyp教
• inheritance (5B-5C)
合 因 因 教 e合 因
合 • 表型高度特异, 且为该基因/区域特有
育 • 表型高度特异, 非该基因/区域特有
育
• inheritance (5D) Section 4 家系中分离Segregations
因 教
因 教 (4F-4H) 合 • 表型非特异, 存在遗传异质性

合• Non-segregations (5E) 育Section 4 家系中不分离Non-segregations (4I-4K)• 表型不一致

因 教 育 育
Phenotype 证据 合 因 教 赋分 育 因 教 总计

5A. 按照第四部分“新发变异”的相应类别进行评分 合 因 教
Section 合(4A-4D) 0.45
4 新发的 De novo
5B. CNV遗传自无异常表型父母, 患者表型特异、明确，且无家族史。
合-0.30（范围0至-0.45） -0.45
教 育
5C.教
育 -0.30 因
因
CNV遗传自无异常表型父母, 患者表型非特异，且无家族史。
育 育
-0.15（范围0至-0.30）
育 合
5D. CNV遗传自无异常表型父母, 教
合 5E. 按照第四部分“不共分离”的相应类别进行评分
CNV在家庭中与表型共分离
教 Section 4 家系中分离
教 (4F-4H) 0.45

合因 合因 Section因
合
4 家系中不分离 (4I-4K)
育
-0.45

教 育 教
因
如果父母检出携带CNV，需要评估父母的临床表型
合 因 育
合 育
 教育
CNV致病性评估原则-区域层面
教 育 因
因 合
合
Section 5 评估当前病例遗传模式/家族史教育
合因 育
育 因 教 • Phenotyp
• Inheritance
因 教 （遗传不适用和无法确定，信息不全） 合 e
• 表型高度特异, 且为该基因/区域特有
合 教育 育 育
• 表型高度特异, 非该基因/区域特有
因 教 因 教
合 合 因 • 表型非特异,
合
存在遗传异质性

教 育 • 表型不一致

教 育 因
Phenotype
因 证据 赋分合 总计
合5F. 遗传信息不适用或无信息 育 0 0
因 教 育 育
5G. 遗传信息不适用或无信息。患者表型非特异，
合 因 教 0.1（范围0至0.15）
育 因 教 0.15
但与类似病例所描述的表型一致
5H. 遗传方式无法明确或信息不全。 合 因 教
0.30（范围0至0.30） 合 0.30
患者表型高度特异，且与类似病例所描述的表型一致 合 教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-基因层面
教 因
因 合
合 教育
讲解的内容和顺序 合因
教 育
教育 因
合
合因 Haploinsufficiency
教 育
单倍剂量不足 育 教育
因 教 因
区域层面 合 Triplosensitivity合因 育 合
育 三倍剂量敏感
因 教
因教 合
合 育
因 教Haploinsufficiency 育 育
基因层面 合 单倍剂量不足
因 教 育 因 教
合 因 教 合
Triplosensitivity
三倍剂量敏感
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合因 育
合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-基因层面
教 因
因 合
合
基因内的CNV的解读 教育
合因
查询的相关网站和数据库：
CN Loss 与HI基因部分重叠（2C-2E） 教育
UCSC，DECIPHER
育
合因
NMD prediction
CN Gain因
教
与HI基因部分重叠（2H-2K） Spicing Prediction
教 育
合 与良性区段部分重叠但打断蛋白编码基因（2D-2G） 育 育
Functional domain Prediction
因 教 因 教 转录激活
合 5’UTR区、启动子
合 因
剪切区 3’UTR区
合
教 育 转录降低

教 育 转录调控区 编码区
因 破坏成熟mRNA
因 TF结合区
合2D-1.仅包含3’非翻译区 NMD降解
0分
合 2C-2.仅包含基因5’UTR区域育 2C-1. 基因编码区
教 0.45分
育
1分
2D-2.仅包含最后一个外显子，且这个外显
因 子中有其他已知致病性变异报道 教育
0.9
合含其他外显子，可能会导致无义
2D-4.除最后一个外显子之外还包
因 教 育 因 分

合 教 合
2D-3.仅包含最后一个外显子，且这个外显
1分 因 0.45分
突变介导的mRNA衰变
合
子中无其他已知致病性变异报道
教 育
教 育 2E.两个断裂点均位于同一个基因内（PVS1） 因
因 育 育 育 合
2J. 一个断点在HI基因内部（表型不一致）
合 教 2I. 两个断点在HI基因内部
教 教
0分

合因 （PVS1）
合因
2D.片段长度比明确良性区段重复小，断裂点不影响编码蛋白质基因 -1分
合 因
2K. 一个断点在HI基因内部（表型特异和一致）
育
0.45分

教 育
2E.片段长度比明确良性区段重复小，断裂点影响编码蛋白质基因 0分
教
因 2F.片段长度比明确良性区段重复大，但未包含其他编码蛋白质基因 -1分
合 因 育
合 2G.与明确的良性区段重叠，但包含基因组的其他区段
育 0分
 教育
育
CNV致病性评估原则-基因层面
教 因
因 合
CNV断点在5UTR
合 育
以及 3UTR （缺失）
教
合因
5UTR和启动子区
教 育
教育 因
合
合因 教 育 育 证据：
教育
合因 因教 •
因
APC基因单倍剂量不足是家族性腺瘤性息肉症（FAP）已知的病因

合 •
育 合
5UTR区缺失引起APC表达量减少 (PMID: 21643010, 23725351,

育 因 教
25243319) （2C-2：only 5UTR is involved，0.45）

因 教 •
合 含有这个缺失的4个病例有FAP的表型 (Internal database):4E
4H
合 育
• 一个7代的家系中至少11个患病个体有 (PMID:21643010) :

因 教 育
(0.45)
育
3UTR区 合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
证据：MLH1 与Lynch Syndrome有关

教 育 • 因
合
最后一个外显子缺失不导致NMD

因 教 育 育 •
育
去除了MLH1-PMS2 dimerization domain
合 教 教
合因 合因
• 该区已经报道有几个截短的变异和错义变异或在内部数据库中存在

合因(PMID: 12799449, 16338176) (2D-2, 0.9)

育 •
教育
发现至少2个个体，携带MLH1相关的缺失导致lynch syndrome，以及微

因 教 因
卫星不稳定（ MSI-H and IHC ）(4E，0.1）

合 育 合 育
 教育
育
CNV致病性评估原则-基因层面
教 因
因 合
合
CNV断点在基因编码区（缺失或重复） 教育
合因 育
• 导致移码 育 因 教
因 教 合
合• 通常导致NMD（2D-4：0.45-1）
教 育 育 育
• 可能不会导致NMD 因 教 因 教
合 合 因 合
• 无移码，框内缺失或者重复 教育
教 育 因
因 • 通常不导致NMD 合
合 • 可能引起必要的氨基酸残基缺失， 育
教
因 domain) 育 育
功能异常合 (functional
因 教 育 因 教
（del：2E， 参考PVS1条款） 合 因 教 合
（dup：2I-2K，参考PVS1和表型） 合 教育
教 育 因
因 育
Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) 育
育 合
合 教 教
框内缺失 （In-frame deletion）

教
合因 合因 合因
育
教 育 教
因 合因 育
框内重复 （In-frame duplication）
合 育
 教 育
先选择转录本教 育 MANE
因
因
Clinically Relevant Transcripts Curation 合 Matched Annotation between

合 育 教
the NCBI and EMBL-EBI

UCSC 合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 合因教
合因
教育
育
Locus
因 教 Reference Genomic (LRG) 合因
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因教
合 教 合
exon 4 合因 教育
举例 : Exons of育Uncertain Significance 因
因 教
Endothelin 3 (EDN3) - 教育 育 合
合 Waardenburg syndrome 因 教 教育
合
(autosomal recessive) 合因 因
育 合 育
教 因教
合因 育
http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/lrgex/LRG_311.xml 合 育
https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2019/03/12/mane-select-v0-5/
 教育
育 DECIHPHER 因
如何识别功能域
因教 合
合 教育
ClinGen 专家意见 合因 育
育 耳聋基因KCNQ4 教
教 合因
合因 教 育 育 教 育
合 因 因教 因
合 育 合
Missense
育 因教 Constrain
因 教 合
合 育
因 教 Uniprot育 育
合Glyin Gly-X-Y of COL4A3/4/5因
pore-forming region; 教 育 因 教
合 因 教 合
其他识别功能域在线软件： 合 教育
教 育
• CCRs (constrained coding 因
因 regions) 育 育 育 合
合 • PER (pathogenic 因 教 enriched 教 教
Region) 合 合 因 因
育 合 育
• 教 Simple ClinVar
因 教
因
合 • Varsek 合
https://www.uniprot.org/uniprot/ 育
育
 教育
育 因
基因内的CNV怎样处理？
因教 PVS1 和PM4条款 合
合 教育
合因 育
育 教 PVS1=0.9.（范围：0.45-0.90）
教 合因
合因 教育 育 教 育
合因 合因教
合 因
PVS1_强=0.45（范围：0.30-0.90）

教育
育
因教 合因 PVS1_强=0.45（范围：0.30-0.90）
合 育
教 育 育
合因
PVS1_中或者PM4=0.30

因教 育 因 教 （范围：0.15-0.45）

合 教 合 PVS1_强=0.45（范围：0.30-0.90）

合因
（框内插入或缺失）

教 育
PVS1=0.9.（范围：0.45-0.90）
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因
PVS1_强=0.45（范围：0.30-0.90）
合因 因
育 合 育
教 因 教
PVS1_支持=0.15（范围：0-0.30）

合因 育 合et al. 2018 (PMID: 育

Abou Tayoun
 教育
育
CNV致病性评估原则 证据有限
教 因
因 合
合 育
证据有限的CNV解读，如何提高赋值分数 教
合因 育
育
• 不包含蛋白质编码基因或者任何已知 因 教
教 合
合因
跟进功能注释研究进展，如ENCODE以及TAD的
有重要功能的元件 育
教 育 相关研究领域
教 育
合 因 因 教 因
• 病例证据有限，家系共分离证据缺乏合 育 合
跟进病例研究进展，查找最新资料
育 因 教
因 教 合
合 • 病例-对照及人群证据缺乏 育 跟进人群队列研究，或进行Meta分析
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
• 不包含明确的HI/TS基因 合 因教 合
合 教育
教 育
CNV候选基因选择策略
按照ClinGen gene 因
因 育
– 已进行剂量敏感评定 (Dosage Sensitivity curation)，但未达到3分的基
育 育 dosage 合
合 因
因 教 教 教
指南进行HI/TS基
– OMIM Morbid基因
合 合 因 因 因评定
Riggs et al. 2012. Towards an evidence-based
– OMIM基因
育 合 育
process for the clinical interpretation of copy

教– HI predictor (gnomAD pLI, Decipher HI index) 提示单倍剂量不足的基

因 教
number variation. Clin Genet 81(5):403-12.
因 因
合 – 研究论文中报道过的表型相关基因 合 育
育
 教育
CNV致病性评估原则 证据有限
教 育 因
因 合
合
ClinGen单个基因HI/TS评定步骤 教育
合因 育
• 在哪里查找病例 育 ? 首选文献 (其他来源: • 单倍剂量不足HI评分： 因 教
因 教 合
合
公共数据库、本地数据库) 教 育 育 ① 缺失只涉及当前评定基因 育
因 教 因 教
• 哪些类型的变异可以纳入? 合 合 因 ② 当前评定基因可能导致LOF的变异： 合
教 育
教 育  基因内预测可发生NMD的 LOF变异 (e.g.,
因nonsense, frameshift, exon del, splicing)
因 合
合 育  如果功能证据证实可导致LOF(甲基化，TAD）
因
• 评定和赋分原则与CNV解读新指南中
教 育 • 三倍剂量敏感TS评分： 教育
合 因 教 育 因
Section4一致，但分数累加无最大值限 合 因 教 合
• 重复只包含当前评定基因，不包括其他基因
制 育
合 教 育
教 合 因
因 • 病例证据 (4A-4K)
教 育 育 育
合 教 教
• 病例-对照和人群数据合因 (4L-4O) 合因 合 因
育
育
• 单倍剂量不足预测工具
教 (2H): pLI>0.9, DECIPHER HI 教
因 score<10%
合 因 育
合 育
 教 育
CNV致病性评估原则
教 育 证据有限 因
因 合
合 教 育
ClinGen基因剂量敏感评定原则：HI/TS分数的意义
合因 育
HI/TS 教育
ClinGen剂量敏感评定第
因 教 ClinGen剂量敏感评定
Score因 意义
育
一版指南 合 新指南
合 教 (2011 – 育
2019/2) (2019/2 - ) 育
教
3 合
足够证据支持
因 P (3 LOF)因 教 P (≥0.99 points 合 因
= HI/TS score 3)
合 育
2育 部分证据支持 LP/VUS (2 LOF)
因 教
LP (0.90-0.98 points = HI/TS score 2)
因教 合 VUS (0.10-0.89 points = HI/TS score
合 1 很少证据支持 育 VUS (1 LOF)
因 教 育 1) 育
合 因 教 育(-0.89-0 points
因 教
0 没有证据支持
合VUS/LB
因教VUS 合 = HI/TS score 0)

剂量不敏感 LB/B
合 LB/B (-0.90 to -0.98 教
points/≤-0.99)
育
教 育
40
因
因 育 育 育 合
合 30 教
常染色体隐性遗传基因 教
常染色体隐性遗传相关基因
教
合因 合 因
合 因
育
教-1 育 不评定 用于不评定的基因，如假基因
教
因 新指南HI score =2，亦可提示变异 (整个基因缺失/基因内LOF变异) 致病性分级为:
合 因 Likely Pathogenic
育
合 育
 教育
教 育 因
举例因 arr(GRCh37) 12p11.23p11.22 (2771551_29628080)x1 dn 合
合 No additional clinical information provided 育
因 教
Section1: 合
1 教 育 3 Section3: 14
零分 教 育 因 genes
因 育 合 零分
合 教 育 教 育
合 因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因 教 合
合 育
因 教 育 育
2 Section2: 合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
零分 合 教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
HI<10%
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
gnomAD:
pLI 0.81. o/e
教 育 教 0.48
因
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
合
两条路的选择 教 育
合 因
Section 1
初步评估基因组内容
教育
育
教 合因
(X) Section 2 否与明确的HI或良性基因/区域存在重叠
合因 教育 (X) Section 3 评价编码蛋白质基因数量
育 教育
合因 合因教
合因
教育
育
教
策略1: 继续按照CNV分析指南评估
因 合因
合 4 使用来源于文献、数据库的病例对基因/区域进行详细评估
Section 育
因 教
Section 5 评估当前病例遗传模式/家族史 育 育 curation
合 因 教 育 教
策略2:先进行HI
因
因教
合 Section 4 使用来源于文献、数据库的病例对基因/区域进行详细评估
合
合
Section 5 评估当前病例遗传模式/家族史
教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
如果CNV与明确的HI基因/区域存在重叠时
合 因 ,可直接跳至Section 5
育
教 育 教
因 合 因 育
合 育
 教育
教 育
HI curation 因
因 合
PTHHL
合 is Brachydactyly Type
教 育 E（BDE）:
OMIM-Morbid, Autosomal
合因 Dominant 育
育 因教
教 合
合因 教 育 育 教 育
合 因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因 教 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因教 合
合 教 育
教 育 因
短指，有报道矮小，牙齿发
因 育 育 育 合
合 教 教 教
育迟缓，但不影响智力
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合因 育
合 育
 教育
HI curation
评估的证据
教 育 因
因 合
合 • 短指： 表型高度特异, 非该基因/区域特有 教育
条款 证据 合因 得分 育
sec4 4B 育
Thomas-Teinturieret al. 2016 (PMID: 26640227): De novo
因 教
0.1/0.15
因 教 c.101+3delAAGT 预测spicing 未验证父母，其他原因无法排除 合
合 De Pereda 教 育 28211986): De novo c.166C>T
et al. 2017 (PMID:
育 (p.R56*) 未验证 0.1/0.15 育
novo 父母，其他原因无法排除因 教 因 教
合 al. 2016 (PMID: 26763883):
Jamsheeret
合 因
De novo c.166C>T (p.R56*) 0.1/0.15 合
未验证父母，其他原因无法排除
教 育
教 育4E Klopockiet al. 2010 (PMID: 20170896): heterozygous (p.K120X) 遗传方式
因 0.1/0.15
因 未知 合
合 4H： Jamsheeret al.育 2016 (PMID: 26763883): c.258delC (p.N87Tfs*18) ，分离:2 0.45
总分离7 Reyes因
教 育 育
Bae et al. 2018 (PMID 29947179):
et al. 2018 (PMID: 30458061):教 教
c.169C>T (p.Arg57*) WES， 遗传自有相同表型母亲
合 因
A>G,-3 up-stream of PTHLH exon 3,
育 因
未测其他患者，报道家系中分离个数：1
分离：3
合
Bae et al. 2018 (PMID:29947179):c.169C>T (p.Arg57*), 分离：1 因 教 合
合 教 育
教 育 Thomas-Teinturieret al. 2016 (PMID: 26640227): c.47_101+73del128，分
因
0.85-1.05（HI维持2分或者3分）
因
离：1
育 育 育 合
合 4O DGV and
因 教 gnomAD 人群中未发现相似大小CNV
教 教 0

sec5 5H 合 合 因 因 0.15-0.3
育
打电话问主治医生是否患者有短指表型：有，不知道父母遗传信息
合 育
教 4D 打电话问主治医生是否患者有短指表型：没有
还需要做什么：问清楚医生是打电话问父母的还是看到的，另外，做X射线检测是否BDE不典型 0到-0.3
因 教
合 因 合 育
育
 教育
教育
HI curation 因
因 合
合
评估的证据总结 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 表型高度特异,
• 短指：
教 育 非该基因/区域特有
育 教 育
合 因 因 教 因
• 根据文献材料获得得分：0.85分（严谨） 合 育 合
育 因 教
因 教
• 最后的得分根据病例本身的证据： 合
合 育
因教
• 如果患者有BDE： Section5:教 育
0.15-0.3分， 结论：致病性CNV 教育
合 因 育 因
合
• 如果患者没有BDE（X-ray），4D：0到-0.3，结论：VUS因 教 合
合 教育
教 育
• 如果患者表型不能获得：没有相反证据，由于前面保守的打分，实际可以得到 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因
0.90分，结论：可能致病性CNV
合因 合 因
育
教 育 教
因 合因 育
合 育
 教育
教育 因
合
CNV致病性评估内容
合因
教育
合因 育
育 因 教
教 合
合因 CNV致病性评估的相关知识点
教 育 育 教育
合因 因 教 因
合 育 合
教 育 CNV致病性ACMG指南评估原则 因 教
因 合
合 育
因 教
相关问题的处理策略和方法 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教
合因 合因由浅入深 注重实用
因 教
育 合 育
教 因 教
合因 合 育
育
 教育
育
相关问题的处理策略和方法
教 因
因 表型的异质性 合
合 育
(1) 复发性CNV处理策略 合因
教
教 育
教 育 因
外显率 合
合因 教 育 育 教 育
合 因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
因 教 合
合 育
因 教 育 育
合
Am J Hum Genet. 2010 Oct
教
8;87(4):494-504 hot spot in Genome
因 育 因 教
recurrent NDD 合 CNVs 因 教 合 发生率比较高：
合
12,252mother–father–child trios
1q21.1del （1:2000）教 育
教 育 分析了26个recurrent CNV 0.05% 因
因 育 育 育 合
15q11.2 dup
合 因 教 发生率：活婴儿占0.48%，
教 de novo 34%， 教
1 in 200 （1:4000）
15q13.3 del （1:2500）
合 合 因 因 16p11.2 del (1:2000)
育 遗传自母方多 合 育 (1:4000)
17q12 del
教 因 教
22q11.2 del (1:12000)
合 因Eur J Hum Genet. 2021 Jan;29(1):205-215. 合 育
育
 教育
相关问题的处理策略和方法
教 育 因
因 合
合 育
复发性CNV：致病性+中、低、外显率 教
合因 育
育 因 教
因 教
• 一些复发区域在分类和报告方面存在相当大的困难，因
合
为它们与降低的外显率和表现度的差异有关，内部缺乏
合 教 育 育 育
共识
因 教 因 教
合 合 因 合
育
15个基因的单倍剂量和三倍剂量都致病
教
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
ClinGen Low Penetrance/Risk Allele 合 Working
因 教 合
Group：
Pathogenic low penetrance 替换 reduced penetrance
合 教育
育
low penetrance,
教 Moderate penetrance, High Penetrance 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
https://clinicalgenome.org/working-groups/low-penetrance-risk-allele-working-group/
育
教 育 教
• 可以针对外显率较高的常染色体显性基因/基因组区域
因 合 因 育
合 育
 教育
育
相关问题的处理策略和方法
教 因
因 合
合 育
(2)讨论临床上描述的“正常”的个体 合因
教
教 育
教育 因
合
合因
临床上描述的“正常”的个体，需要注意外显不全，表现度差异，发病年龄，印记的效应的影响
教 育 育 育
因
• 不完全外显Incomplete 教
penetrance: CNV是致病的，但可能父母是携带者没有症状
因 教
合 合 因 合
育
• 表现度差异（Variable expressivity）：没有症状的携带者可能是亚临床表现，可能有出现时间
教
教 育
的早晚情况 因
因 合
合 • 基因印记情况：CNV是在印记区域，来自一个亲本（没症状）
育
因 教 育 育
合 因 教
• 限性性状：只局限在一个性别（如前列腺，卵巢，卵子，精子） 育 因 教
合 因教 合
• 未检测第二个变异：等位基因可能有突变，或者有修饰基因或元件的问题 合 教育
教•
育
父母嵌合体：CNV不会出现在所有组织，父母可能没有表型 因
因 育 育 育 合
因 教
合 • 性别信息很重要，因为X连锁的CNVs可能在女性中没有表型，另外性染色体的CNV在数据库中
教 教
合 合 因 因
可能被过滤掉了（被低估）
育 合 育
教 因 教
合因 合 育
育
 教育
育
相关问题的处理策略和方法
教 因
因 合
合 育
(3)评估X染色体上的CNVs 合因
教
教 育
教育 因
因
• 由于X连锁变异遗传性（通常），您可能无法经常使用de
育 合 novo证据
合 教 育 教 育
• 最常见的证据是：合因 因 教 因
合 育 合
育 因 教
• 分离证据：不要人为地夸大分离计数（基因型+、没有的未受累的女性携带者）
因教 合
合 育
因 教
• 无家族史、遗传自未受累母亲的单个男性病例：
育 育
合 因教 育 因 教
• 仔细评估保守估计 合 因 教 合
合 教育
育• 若有神经发育障碍（NDD），查询X染色体上有多少与NDD相关的基因
教 合因
因 教 育 育 育
合 教
• 是否排除了导致该表型的其他潜在原因？
教
合因 合因
合因
育
教 育
• 是否有任何功能数据支持突变导致表型？
教
因 合因 育
合 育
 教育
教 育
相关问题的处理策略和方法 因
因 合
合 教 育
(4) 如何评估AR基因相关的CNV？ 合因 育
育 因 教
因 教 合
合 教 育
• 指南主要针对适合外显率的常染色体显性基因/基因组区域的CNV。育 育
因 教 因 教
合 因
• 补充材料1：评估多基因CNV时，“优先考虑与合适突变机制引起的显性遗传性疾病相关
合 合
教 育
教 育
的区域基因。” 因
因 合
合 • 虽然指南不是为了评估AR基因而建立的，但要求人们不要忽视这样的情况：当患者显然
育
因 教
是LOF致病机制的CNV的携带者 育 育
合 因 教 育 因 教
• 必须AR是明确致病基因（Gene合 教
Curation strong or definitive）
因 合
• 仔细评估LOF是否是致病机制
合 教育
教 育 因
因 育
• 如果不明显，不适合评定为致病性 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因 合 因
育
教 育 教
因 合因 育
合 育
 教育
教育 因
继续深入认识VUS
因 合
合 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 合因教
合因
教育
育
因教 合因
合 育
教 育 育
合因 因教 育 因教
合 教 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
合 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 因教
合因
育 咨询和关爱 合
从了解开始
教育
因教 合因
合 育
教 育 育
合因 因教 育 因教
合 教 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
合 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 合因教
合因
教育
育
因教 合因
合 育
教 育
heyin@synergene.cn 育
合因 因教 育 因教
合 教 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 育
 教育
教育 因
因 合
合 教育
合因 育
育 教
教 合因
合因 教育 育 教育
合因 合因教
合因
教育
育
因教 合因
合 育
教 育 育
合因 因教 育 因教
合 教 合
合因 教育
教 育 因
因 育 育 合
合 教 教 联系我们 教育
合因 合因 合因
育
教 育 地址：江西省赣州市和君小镇和君楼304办公室 教
因
合因
合因教育微信订阅号 合因教育知识店铺 邮箱：heyin@synergene.com 合
育
67
育