育 教

教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 铮
闫 合
合 育
因 教
副研究员 硕士研究生导师
育 育
合 因教
上海交通大学医学院附属第九人民医院辅助生殖科 育 教
美国哈佛大学访问学者 合 因教 合因
美国人类遗传学会会员
合 教育
育
因 教
亚太生殖医学会会员 育 育 育 合因
因教
合 波士顿医学遗传学者会会员 教 教
合 合因
中国妇幼保健协会精准医学专业委员会青年委员 合因
育
教 育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 育
HGVS标准变异命名和基因转录本选择
合因
教
因 教育
合因 教
合 育
育 因教
因 教 合
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
闫 铮 合 因 教 合
合 教育
育
2021.1.31
教 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教 育
育 因
合 因教
CONTENT教育 01 背景知识介绍 合
育
育 教
合因 因 教
合因
合02 HGVS 标准变异命名
育
育 因 教
因教 合
合 育 03 常用工具介绍
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
合 04 基因转录本的选择
因 教 合
合 教育
教育 05 实操练习 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
背景知识介绍
 育 因教
因 教
Genome, Chromosome and Gene（基因组、染色体和基因） 合
合 教育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 基因组教 育
=基因＋非编码DNA 育 育 合
合 因 因 教 教
合 合
核基因组 =(23条常染色体＋2条性染色体)的全部DNA
合 因
育 教育
教 因
合因 合
http://sitn.hms.harvard.edu/flash/2012/issue127a/

育 教育
 育 教
教 Gene Structure （基因结构） 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因 3’UTR

因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育 Pre mRNA

因教 育 育
合 教 育 教
合因Mature mRNA 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教
5’UTR指哪段序列？
教 教
合因
3’UTR指哪段序列？
合CDS指哪段序列？CDS与ORF一样吗？
合因
育
思考题：
Non Coding Sequence指哪段序列？
教育
因 教 什么是GT-AG法则？
因
合
什么是中心法则？

育 合
https://en.wikipedia.org/wiki/Template:Eukaryote_gene_structure

教育
 育 因教
教The Human Genome Project （人类基因组计划） 合
合因 教育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
http://sitn.hms.harvard.edu/flash/2019/lessons-from-the-human-genome-project/ https://www.sanger.ac.uk/data/genome-reference-consortium/
 育 因教
教
Reference
因 VS. Person’s Genome（参考基因组与个人基因组） 合
合 教 育
合因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
https://www.veritasgenetics.com/our-thinking/whole-story/
 育 因教
教 Next Generation Sequencing （二代测序） 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
Microbial Technology for the Welfare of Society pp 313-341
 育 因 教
教 Human Genome Variation (人类基因组变异） 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 因 因
合 https://m.ensembl.org/info/genome/variation/prediction/predicted_data.html
合 育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
合因
合因 HGVS
教 标准变异命名
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 因教 教 教
合 合因 因
育 合 育
教 因 教
因 合
合 育 教育
 育 教
教 变异的命名 合因
合因 教育
合因
• GJB2 V37I 育 育
面临的问题： 因教
教
• GJB2 Val37Ile
因 合
合 教 育 我们该如何命名一个变异？
育 育
• GJB2 c.109G>A 因 教 因 教
合 因
合 这些不同的符号含义是什么？ 合
• rs72474224 育
育 因 教
• chr13-20763612-C-T
教 (hg19) 合
因 这些不同的符号按照什么规则排列？
•合chr13-20189473-C-T
教 育 (hg38)
因
• NM_004004.6(GJB2):c.109G>A 教 育 教育
合 因 育 因
• NM_004004.6:n.287G>A 合 因 教 合
合 教育
• NM_004004.6(GJB2):p.(Val37Ile)
育 因
因 教 育 合
•
合 教
NC_000013.10:g.20763612C>T 教育 育
需要统一的变异命名规则！
教
合因 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
教 HGVS标准变异命名 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
教育
https://varnomen.hgvs.org
合 育
 育 教
教 HGVS标准变异命名 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因 教 合因
合
建立一个稳定、有意义、便于记忆且明确的命名系统，并不断更新和修正 教育
教 育 因
因 育 育 合
合 stable,
教 meaningful, memorable,
教 and unequivocal.
教 育
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
合 因
教育
教 育 因
举例：NG_012232.1(NM_004006.2):c.357+1G>A
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因 教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
合因
教育
教 育 因
举例：NG_012232.1(NM_004006.2):c.357+1G>A
因 育 合
合 教 育 教育
合因 合 因教
合 因
教 育
教 育 因
因 参考序列（Reference) 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育
变异位置（Position） 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 因教 教 变异类型 教 （Variant）
合 合因 合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育
举例：NG_012232.1(NM_004006.2):c.357+1G>A 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
参考序列（Reference)： NCBI或Ensembl公共数据库的参考序列ID； 育
教(LRG)数据库的参考序列ID.
教 育 Locus Reference Genomic 因
sequence
因 合
合 育
因
变异位置（Position）:教 变异在DNA,RNA和蛋白质序列的位置
育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
变异类型
教育 （Variant）: 替换(>)，缺失(del)，重复(dup)，插入(ins)，移码(fs)等 因
因 育 育 育 合
合 因 教 教 教
合 合 因
：在参考序列之后紧跟着一个冒号，用于分隔参考序列和突变信息 因
育 合 育
教 因 教
合因 育 合 教育
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
合 因
1. 格式 注意：全部为大写字母＋“下划线”
教 育
育
教 prefix Molecule type 因
因
Reference
育 合
合 NC_ 教complete genomic molecule, 育 usually reference 教 育
合因 assembly 合因教 合因
NG_ /ENSG_ incomplete genomic sequence (gene)
教 育
教 育NM_ /ENST_ mRNA/cDNA sequence (exon 因
sequence only, should
合
合因 NP_ /ENSP_ 育 not be used for intron variants description)

因教 protein sequence
育 育
LRG_ 合 教
stable reference sequences for diagnostic育
因 reporting
因 教
合 protein)
(DNA, mRNA,
因 教 合
合
参考序列如果是NCBI数据库中的ID必须同时包含编号(accession)和版本号(version)信息 教育
教育如：NC_000013.10, 其中的000013代表编号，10代表版本号 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因
参考序列如果是Ensembl数据库中的ID必须同时包含编号(accession)和版本号(version)信息
合 因
如：ENSG00000165474.8,其中的00000165474代表编号，8代表版本号 因
育 合 育
教 参考序列如果是LRG数据库中的ID仅包含独特编号信息
因 教
合因 如：LRG_1,其中的1代表编号，没有版本号育 合 教育
 育 因 教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
因
说明：举例使用的序列和名称均为本人设计的教学材料，不代表真实基因情况
合 育
教 (GRCh37)
Chromosome
教 育 NC_00013.10
因
因 育 合
NC_00013.11 (GRCh38)
合 教 育 教育
合因
Exon 1
合
Exon 2 因 教 Exon 3
合 因 Exon 4 Exon 5
DNA
教 育 NG_008358.1
教 育 因
合
合因
pre-mRNA
育
因 教 育 NM_003023.1 育
mRNA 合 教 AAAAAAAAAAAAAAAAAAA

育 教
合因 因
NM_003995.2
教
AAAAAAAAAAAAAAAAAAA

因 合
合 教育
Protein教
育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
NP_002345.3 因
合因
NP_002456.1
育 合 教育
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教育
合因
教 育
举例： 育 因
因 教 合
合 教育 育 育
教
合因 合 因教
合因
教育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=GJB2
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教育
合因
教 育
举例： 育 因
因 教 合
合 教育 育 育
教
合因 合 因教
合因
教育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教 育 教
因
合因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2706

育 合 教育
 教
教育
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
合因
合因 教育
合因
教育
举例： 育 因
因教 合
合 教育 育 育
因 教 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/2706
教育
 教
教育
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
合因
合因 教育
合因
举例： 教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000165474;r=13:20187463-20192938;t=ENST00000382848
 教
教育
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
合因
合因 教育
合因
举例： 教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG00000165474;r=13:20187463-20192938;t=ENST00000382848
 育 因教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教育
因
合 基因座参考基因组
Locus Reference Genomic (LRG) 教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教育 优点：

教 育 因 以基因为单位
因 合 每个基因对应唯一LRG ID
合 育 不会改变
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合 缺点：
不是所有基因都有LRG ID
合 更新较慢 教 育
教 育 使用不广泛 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
http://www.lrg-sequence.org/search/?query=*
 教
教育
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
合因
合因 教育
因
举例：Locus Reference Genomic (LRG)
合
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教育
合因 合 因 教
合因
教育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/lrgex/LRG_1350.xml
 育 因教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
教 合
合因 教 育
合 因
教 育
举例： NM_004004.5(GJB2):c.109G>A
育 因
因 教 合
合 教 育 育 育
教
合因 因教
合 LRG（独特编号） 育 合因
Description RefSeq（编号+版本号）
育 因 教
因 教level 合
合 育
Gene
因 教
NG_008358.1:g.8503G>A
育 LRG_1350:g.8503G>A
育
合 NM_004004.5:c.109G>A
因 教 育 因 教
三个层面 mRNA
合 因 教
LRG_1350t1:c.109G>A
合
Protein NP_003995.2:p.Val37Ile 合
LRG_1350p1:p.Val37Il
教育
教 育 因
因 育 育
e
育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因 教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
教 合
合因 教 育
合 因
教 育
举例： NM_004004.5(GJB2):c.109G>A
育 因
(位置前缀 +位置数字) 注意：全部为小写字母＋”点“
因 教 合
合 教 育 育 育
教
合因 合 因 教
合 因
教 育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
HUMAN MUTATION, Vol. 37, No. 6, 564–569, 2016
 育 因 教
教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型 合
合因 教 育
说明：举例使用的序列和名称均为本人设计的教学材料，不代表真实基因情况
因
Exon 2 合 育
Exon 1
育
Exon 3
因 教 Exon 4
DNA
教 合
合因
ATG TAA

教 育 育 育
教
合因 教 因
c.12
c.-9 c.-9+5 c.-8-4c.-8 c.- c.1 c.6 c.12+3 c.13-1 c.13 c.50 c.*1 c.*9 c.*9+5 c.*10-4 c.*10
1

合 因 合
ATGGTGGACTTC
…ctag GGTC…GACAG gtgact…ctgag GCCTTCGG TGTG…TCGTAA
gtggt…ggag 育
教 Intron3
GTCTTGGAG gtgactt…ggctgag GTCTGGACAG cttcgag…

教 育
Exon 1 Intron1 Exon 2 Intron2 Exon因3 Exon 3

因 合
合 育
mRNA
因 教 ATGGTGGACTTC TGTG…TCGTAA
GGTC…GACAG GCCTTCGG
CTCTTCGG
育
Exon (CDS)
育Exon (UTR)
GTCTTGGAG GTCTGGACAG

合 Exon 1
因 教
Exon 2 Exon 3
育 Exon 4
因 教
合 M V D F C … S *因 教 合 Intron
Protein 合 Amino acid
教 育
教 育 因
因 育 Rules for
育 c. position
育 合
合 教 教 教
合因UTR exon: renumbering
CDS exon: c.1 is
因the “A” in start
合 after -/* (- for 5’UTR,
codon
因
育 合 * for 3’UTR) 育
教 Intron: “c.” position plus + / -
因 教
合因 育 合 教育
 育 因 教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
教 合
合 因 育
因
At the molecular level, we discriminate three elementary 教 of variants:
types
合 育
育 因 教
1. A direct change of a sequence: substitution (SNV), and a small duplication, deletion, insertion (Indels)
教 合
合因 教 育 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
育
教in the number of copies of a sequence : a large deletion 合
2. A change 因
or duplication
合 因
(CNV)
教 育
因 教 育 教 育variants (SV)
合 因 育 因
Structure
合 因 教 合
合
3. A change of the position of a sequence: an inversion or translocation.
教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
Current Protocols in Human Genetics 7.13.1-7.13.19, July 2016

合因 育 合 教育
 育 因 教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
教 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 (SNV) 因
因 合
合 育
(Indels)

因 教(SV) 育 育
合 因 教 育 因 教
(CNV) 合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 合
structural variation includes育copy-number variation, insertions, deletions, inversions, and translocations
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 合
Genetic variation, comparative genomics, and the diagnosis of disease. N Engl J Med 2019;381:64-74

育 教育
 育 因教
变异命名的关键三要素：参考序列+变异位置+变异类型
教 合
合因 教 育
合 因
举例：
教 育
育
教• Variant: >, =, del, dup, ins, inv, 因
因 育 合 fs…
（主要针对序列改变）
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
Current Protocols in Human Genetics 7.13.1-7.13.19, July 2016

因
合因 育 合 教育
 育 教
合因
置换 （Substitution)
因教
合
举例： 教育
说明：举例使用的序列和名称均为本人设计的教学材料，不代表真实基因情况
c.1 c.11
合因
教 育
Reference 育 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA 因gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
DNA
因 教 gtggag ATGGTGAACAGGAA gtggtggag TGTGTCGTACA 合 gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
合
NG_000011.2 Sample
教 育 育 育
教
合因 Exon1 合因教 Exon2 合 因
Exon3
mRNA Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG TAC 教 育AAC TCG TAA GTG TAA
教 育 Sample ATG GTG AAC AGG AAT GTG TCG 因TAC AAC TCG TAA GTG TAA
合
合因
NM_000023.1

教 育 NM_000023.1:c.11T> “>”表示置换
Protein 因
Reference M V N M N V S育 Y N S * 育
合 Sample M V N R 因
教 G
NM_000023.1:c.11t>g
育 因 教 碱基必须大写
NP_003002.1
合 N V S Y N S *
因 教 合
NP_003002.1:p.(Met4Arg)
合 ‘( )’表示预测的氨基酸的变化，未经验证
教 育
教 育 NP_003002.1:p.(M4R) 因
因 育 育 育 合
合 错义变异 （Missense 教
variant）
教
NM_000023.1:p.(M4R)
教
合因
由于DNA链上的碱基替换改变了mRNA上特定的遗传密码， 合 因
合 因
育
育
并引起合成的多肽链中的一个氨基酸被另一个氨基酸取代
教 教
因
合因 育 合 教育
 育 置换 （Substitution) 教
因教 合因
合
举例： 教育
c.1
合因 c.18

育
教 ACTCGTAAGTGTAAgtggag
Reference 育 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgag
DNA
教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTTTCGTACA合 因
合 因
NG_000011.2 Sample
育 gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
育
教 育 教
合因 因 教
合 因
mRNA Reference ATG GTG AAC 合ATG AAT GTG TCG TAC 育
AAC TCG TAA GTG TAA
育 Sample ATG GTG AAC ATG AAT GTT TCG因
教
TAC AAC TCG TAA GTG TAA
教
NM_000023.1
合
合因 育 NM_000023.1:c.18G>T
Protein 教 M V N M N V S育Y N S *
Reference
因 育
合Sample M V N R 因 教
N V S Y N S * 育 因 教
NP_003002.1:p.(Val6=)
NP_003002.1
合 因 教 合 “=”表示氨基酸没有改变

合 NP_003002.1:p.(Val6Val)
教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合同义变异 教
（Synonymous variant）
教 教
合因
单个碱基的替换可能只改变了信使RNA上特定的密码子， 合 因
合 因
育
育
但由于密码子具有简并性，因此并不影响氨基酸的正常编码
教 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 置换 （Substitution)
合因
合因 教育
举例：
合因 c.24
c.1
教 育
教 育 因
gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
DNA Reference
因 育 合
合Sample gtggag ATGGTGAACATGAA
NG_000011.2
教 gtggtggag TGTGTCGTAAA gtgacgag ACTCGTAAGTGTAA
育 教 育 gtggag

合 因 因 教 因
合 育 合
mRNA 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因 教 AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教
NM_000023.1 Sample ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG 合 TAA AAC TCG TAA GTG TAA
合 育
因 教 育 NM_000023.1:c.24C>A 育
Protein 合
Reference M V N M N
因 教
V S Y N S * 育 因 教
NP_003002.1:p.(Tyr8Ter)
NP_003002.1 Sample M V N合R N V S *
因 教 合
NP_003002.1:p.(Tyr8*)
合 “Ter”/“*”表示终止密码子
教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合无义变异 （Nonsense 教
variant）
因 教 教
合 合 因 因
由于单个碱基的替换引起出现了终止密码子，从而提前终止了
育 合 育
多肽链的合成，产生的蛋白大都失去了活性或丧失了正常的功能
教 因 教
合因 育 合 教育
 育 教
教 置换 （Substitution)
合因
合因 教 育
举例： 因
合 c.15-1
c.1
教 育
育
教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA 因
DNA
因
Reference
育 合 gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
合Sample gtggag ATGGTGAACATGAA
NG_000011.2 教 育 教 育
Gtggtggat TGTGTCGTACA gtgacgag ACTCGTAAGTGTAA gtggag

合 因 因 教 因
合 育 合
mRNA 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因 教 AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教 Sample ？ 合
合
NM_000023.1
育
因 教 育 育
NG_000011.2(NM_000023.1):c.15-1G>T
Protein 合
Reference M V N M N
因 教
V S Y N S * 育 因 教
NP_003002.1 Sample ？ 合 因 教
NP_003002.1:p.?合
“?”表示氨基酸改变未知
合 NM_000023.1:c.15- 教 育
教 育 1G>T 因
因 育 育 育 合
合剪接位点变异 （splicing site
因 教 variant） 教 教
合 合 因 因
当变异发生在内含子的剪接位点，导致正常的剪接不能发生，
育 合 育
教
从而影响正常的mRNA转录和蛋白质翻译。
因 教
合因 育 合 教育
 育 缺失 （Deletion/del) 因 教
教 合
合因 3‘原则： 当变异发生在含有相同碱基或氨基酸位置时，则认为变异发生在最靠近3’端的序列位置
教 育
举例：
合 因
c.1 c.7

教 育
教 育 因
gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
DNA Reference
因 育 合
合Sample gtggag ATGGTG_ACATGAA
NG_000011.2
教 gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
育 教 育
合因 c.8
合 因 教
合 因
育
教 AAC TCG TAA GTG TAA
mRNA
教 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG TAC
因
因
NM_000023.1 Sample ATG GTG ACA TGA 合
合 育
NM_000023.1:c.7de

因 教 lNM_000023.1:c.8del
育Y N S * NM_000023.1:c.8del 教育
Protein 合Sample
Reference M V N M
因
N 教
V S
育 因
NP_003002.1 M V T 合
* A 教 合
NP_003002.1:p.(Asn3Thrfs*2)
因
合 “fs”表示frameshift移码
教育
教 育 NP_003002.1:p.(Asn3ThrfsTer2) 因
移码变异因 （frame-shift variant）育 育 育
NP_003002.1:p.(Asn3fs) 合
合 因 教 教 教
合
由于DNA某位点碱基的缺失或插入，引起读码框架变化，
合 因 因
造成下游的密码子发生改变，编码成不同的氨基酸序列，
育 合 育
教
经常会导致终止密码子提前出现，翻译提前终止。
因 教
合因 育 合 教育
 育 教
教 缺失 （Deletion/del)
合因
合因 c.1 教 育
c.16
举例： 因
合 育
DNA Reference 育 gtggag ATGGTGAACATGAA
gtggtggag
因 教
TGTGTCGTACA gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag T___TCGTACA
合 gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
合因
NG_000011.2 Sample
教 育 育 育
因 教 因教
合 因 合
mRNA Reference ATG GTG AAC 合ATG AAT GTG TCG TAC 育 AAC TCG TAA GTG TAA
NM_000023.1 育 Sample ATG GTG AAC ATG AAT ___ TCG因 教 AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教 合
合 育 NM_000023.1:c.16_18del
Protein
因 教
Reference M V N M N V
育
S Y N S * 育
NP_003002.1 合 Sample
因
M V N R N 教 S Y N S * 育
“_”为下划线

因 教
合 因 教
NM_000023.1:c.16-18del
合
合 NP_003002.1:p.(Val6del) 教 育
教 育 没有发生移码，只是缺失了1个氨基酸 因
因 育 育 育 合
合框内缺失 教
（In-frame deletion）
教 教
合因
在蛋白质翻译过程中，出现一个或几个完整密码子被删除， 合 因
合 因
育
育
而其他密码子仍正常翻译，这种变异就叫作框内缺失
教 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
合因
插入 (Insertion/ins)
因教
合
举例： c.1 c.5 教 育
合 因
教 育
gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
DNA Reference
教 育 因 gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
gtggag ATGGTTAGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA
合
合因
NG_000011.2 Sample
教 育 育 育
因 教 因 教
合
Reference ATG GTG AAC 合
因 合
mRNA ATG AAT GTG TCG TAC 育 AAC TCG TAA GTG TAA
NM_000023.1 育 Sample ATG GTT AGA ACA TGA 因 教
因 教 合
NM_000023.1:c.5_6insT
合 育 A
Protein Reference
因 教 M V N M N V S Y N S * NM_000023.1:c.5insTA
育 育
NP_003002.1 合 Sample M V R T *
因 教 育 因
插入是在两个碱基之间 教
合 因 教 合
NM_000023.1:c.5_6ins
合 ins后面必须写插入的碱基序列
教 育
教 育 NP_003002.1:p.(Asn3Argfs*3) 因
移码变异因 （frame-shift 育
variant）
育 育 合
合 因 教 教 教
合
由于DNA某位点碱基的缺失或插入，引起读码框架变化，
合 因 因
造成下游的密码子发生改变，编码成不同的氨基酸序列，
育 合 育
教
经常会导致终止密码子提前出现，翻译提前终止。
因 教
合因 育 合 教育
 育 教
合因
教 插入 (Insertion/ins)
合 因 育
举例： c.1
因 教 c.27

合 育
DNA Reference 育 gtggag ATGGTGAACATGAA
gtggtggag
因 教
TGTGTCGTACA gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
因 教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA
NG_000011.2 Sample 合 gtgacgag ACAGATCGTAAGTGTAAgtggag
合 教 育 育 育
教
合因 因 教
合 因
mRNA Reference ATG GTG AAC 合ATG AAT GTG TCG TAC 育 AAC TCG TAA GTG TAA
育 Sample ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因
教
TAC AAC AGA TCG TAA GTG TAA
因 教
NM_000023.1
合
合 育 NM_000023.1:c.27_28insAGA
Protein 教 M V N M N V S育Y N S *
Reference
因 育
NP_003002.1 合Sample M V N M 因 教
N V S Y N R S * 育 教
NP_003002.1:p.(Asn9_Ser10insArg)
因
合 因 教 合
NP_003002.1:p.(9_10insArg)
合 没有发生移码变异，只是插入了1个氨基酸 教 育
教 育 因
框内插入因 （In-frame insertion） 育 育 育 合
合 因 教 教 教
合
蛋白质翻译过程中，出现一个或几个完整密码子的插入，
合 因 因
育
而其他密码子仍正常翻译，这种变异就叫作框内插入 合 育
教 因 教
合因 育 合 教育
 育 重复 (Duplication/dup) 因 教
教 合
合因 当一个变异既可以描述成插入，又可以描述成重复时，优先描述成重复 教 育
举例： c.8
合 因
c.1
教 育
教 育 因
gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgagACTCGTAAGTGTAAgtggag
DNA Reference
因 育 合
合Sample gtggagATGGTGAAAACATGAA
NG_000011.2
教 gtggtggagTGTGTCGTACAgtgacgag ACTCGTAAGTGTAA gtggag
育 教 育
合因 合 因 教
合 因
育
教 AAC TCG TAA GTG TAA
mRNA
教 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG TAC
因
因
NM_000023.1 Sample ATG GTG AAA ACA TGA 合
合 育 NM_000023.1:c.8_9insAA
因 教 育Y N S * NM_000023.1:c.7_8dup 育
Protein 合Sample
Reference M V N M N
因 教
V S
育 因 教
NP_003002.1 M V K合 T *
因 教NM_000023.1:c.7_8dupAA
合
合 NP_003002.1:p.(Asn3Lysfs*3) 教育
教 育 因
移码变异 （frame-shift variant）
因 育 育 育 合
思考题：如果c.7位置重复了一个A，下列写法哪个对
合 NM_000023.1:c.7dup 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
育
NM_000023.1:c.8dup
教
注意考虑3’原则
教
因
合因 育 合 教育
 育 重复 (Duplication/dup) 教
因教 合因
合 c.1 教 育 c.25
举例： 因
合 育
DNA Reference
育 教
gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA gtgacgag ACTCGTAAGTGTAAgtggag
因gtgacgag ACAACTCGTAAGTGTAAgtggag
教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA
合
合因
NG_000011.2 Sample
教 育 育 育
因 教 因 教
合
Reference ATG GTG AAC 合
因 合
mRNA ATG AAT GTG TCG TAC 育 AAC TCG TAA GTG TAA
NM_000023.1 育 Sample ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因 教 AAC AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教 合
合 育
Protein
因 教
Reference M V N M N V S Y N S *
育 NM_000023.1:c.25_27dup
育
NP_003002.1 合 Sample 教
M V N M N V S Y N N S *
因 育 因 教
NM_000023.1:c.27_28insAAC
合 因 教 合
NP_003002.1:p.(Asn9dup)
合 教 育
教 育 没有发生移码变异，只重复了1个氨基酸 因
框内插入因 （In-frame insertion） 育 育 育 合
合 因 教 教 教
合
蛋白质翻译过程中，出现一个或几个完整密码子的插入，
合 因 因
育
而其他密码子仍正常翻译，这种变异就叫作框内插入 合 育
教 因 教
合因 育 合 教育
 育 教
教 缺失-插入 （Deletion-Insertion / delins)
合因
合因 教育
举例：
合因
c.1 c.8
教 育
育
教 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA 因
DNA
因
Reference
育 合 gtgacgagACTCGTAAGTGTAA gtggag
合Sample gtggag ATGGTGAGGGCATGAA
NG_000011.2 教 育 教 育
gtggtggag TGTGTCGTACAgtgacgag ACTCGTAAGTGTAA gtggag

合 因 因 教 因
合 育 合
mRNA 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因 教 AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教 Sample ATG GTG AGG GCA TGA 合
合
NM_000023.1
育
因 教 育 育
NM_000023.1:c.8delinsGGG
Protein 合
Reference M V N M N
因 教
V S Y N S * 育 因 教
“delins’表示缺失碱基的同时插入碱基
NP_003002.1 Sample M V R 合
A * 因 教 合
NM_000023.1:c.8delAinsGGG
合 教 育
教 育 NP_003002.1:p.(Asn3Argfs*3) 因
因 育 育 育 合
教
合 ‘delins’经常会导致移码变异发生，但不是一定会! 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 倒置 （Inversion/inv) 因 教
教 合
合因 当一个变异既可以描述成缺失-插入，又可以描述成倒置时，优先描述成倒置 教 育
举例：
合 因
c.1 c.7
教 育
教 育 gtggag ATGGTGAACATGAA gtggtggag TGTGTCGTACA
因
DNA Reference
因 育 合 gtgacgagACTCGTAAGTGTAA gtggag
合
NG_000011.2 Sample gtggag ATGGTGGTTATGAA
教 育 教 育
gtggtggag TGTGTCGTACAgtgacgag ACTCGTAAGTGTAA gtggag

合 因 因 教 因
合 育 合
mRNA 育 Reference ATG GTG AAC ATG AAT GTG TCG因 教 AAC TCG TAA GTG TAA
TAC
因 教 Sample ATG GTG GTT ATG AAT GTG TCG 合 TAC AAC TCG TAA GTG TAA
合
NM_000023.1
育
因 教 育 NM_000023.1:c.7_9delinsGTT育
Protein 合
Reference M V N M N V
因 教 S Y N S *
育 因 教
NP_003002.1 Sample M V V 合 M N V S Y N S *
因 教
NM_000023.1:c.7_9inv
合
合 “inv’表示缺失的碱基与插入的碱基反向互补 教育
教 育 NM_000023.1:c.7_9invGTT
因
因 注意inv和delins的区别！ 育 育 育
NP_003002.1:p.(Asn3Val) 合
合 教 教 教
合因
inv 最少要出现2个碱基改变 合 因
合 因
育
教 育
delins可以最少插入1个碱基
教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 顺式（in cis) 和反式（in trans) 合因
合因 教 育
因
• Variant: allele information 合 教 育
教 育 因
因 育 合
合in cis : two variants
教 on 1
育 A A
教 育
chromosome
合因
顺式：两个变异在同一个染色体
合 因 教 B 合 因B
in育trans : two variants on different chromosomes
育
教 in cis in trans
教反式：两个变异在不同染色体 合 因
合 因 Example:
教 育 A= c.15A>G
因 教 育 教 育
合
in cis: c.[15A>G; 200A>G]
因 育 B= c.
因
200A>G
合 因 教 合
in trans: c.[15A>G];[200A>G] 合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因
Phase unknown : c.[15A>G(;)200A>G]
因
合 合 因
育 教 育
教 因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 育
合因教
因教育
常用工具介绍
合因教
合 育
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
教育
Current Protocols in Human Genetics 7.13.1-7.13.19, July 2016
合 育
 育 因 教
常用工具（一）
教 Mutalyzer: name check and position convert 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合
https://mutalyzer.nl/
教育
 育 因 教
常用工具（一）
教 Mutalyzer: name check and position convert 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合
https://mutalyzer.nl/
教育
 育 因 教
常用工具（一）
教 Mutalyzer: name check and position convert 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合
https://mutalyzer.nl/
教育
 育 因 教
常用工具（二）：VariantValidator
教 合
合因 教育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教育
合因 合 因教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因 合 因
https://variantvalidator.org/
合 育 教育
 育 因 教
常用工具（二）：VariantValidator
教 合
合因 教育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教育
合因 合 因教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因 合 因
https://variantvalidator.org/
合 育 教育
 育 因 教
常用工具（二）：VariantValidator
教 合
合因 教育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教育
合因 合 因教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因 合 因
https://variantvalidator.org/
合 育 教育
 育 因教
常用工具（三）：ClinGen
教 Allele Registry 合
合因 教 育
合 因
教育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
http://reg.clinicalgenome.org/redmine/projects/registry/genboree_registry/landing
 育 因教
常用工具（三）：ClinGen
教 Allele Registry 合
合因 教 育
合 因
教育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
http://reg.clinicalgenome.org/redmine/projects/registry/genboree_registry/allele?hgvsOrDescriptor=NM_004004.5%3Ac.109G>A
 育 教
教 其他学习资料 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
教育
https://varnomen.hgvs.org
合 育
 育 教
教 其他学习资料 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合 因 因
育 合
http://www.hgvs.org/varnomen/HGVS-basics2017.pdf 育
教 因 教
因 合
合 育 教育
 育 教
教 其他学习资料 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
教 其他学习资料 合因
合因 教育
合因
教 育
教育 Joey: Hi, we detected a noncanonical 因
JAG1 splicing variant,
合
合因 教育NG_007496.1(JAG1):c.2917-8C>A. Further cDNA sequencing
indicated that the JAG1 育 transcript of the proband were
教 育
合因 heterozygous
23 sequence 合 因 教
for r.2916_2917ins2917-6_2917-1.
from positions c.2917-6 to c.2917-1 (TTTTAG)
The因
合
intron

was inserted in the mutant transcript,教

育
consequently. Thus, the
教 育 splicing variant could be predicted因 to introduce a premature
合
合因 育
termination codon (PTC) in position 974 (p.G973Ffs*2). Do you
think the variant nomenclature (NG_007496.1(JAG1):c.2917-
因 教 育
8C>A/r.2916_2917ins2917-6_2917-1/p.G973Ffs*2) are 育
合 教
correct? Thank you!
因 育 因 教
合 因 教 合
HGVS: Yes, based on 合 教育
教 育 http://varnomen.hgvs.org/recommendations/protein/variant/frameshift/
因
因 育 and "insertions from intron sequences which give premature translation
育 as frame shifts", I think育 合
合 因 教 termination are described
教 教
LRG_1191t1:c.2917-

合 I use合
因
8C>A r.2916_2917ins2917-6_2917-1 p.Gly973Phefs*2
the LRG as the preferred reference 因
is correct. Note

育 合 sequence and the preferred 3-

育
教
letter amino acid code.
因 教
合因 育 合 教育
 育 教
教 其他学习资料 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合 因
https://b.socrative.com/login/student/ (classroom
合 ID: HGVSmutnomen)
育 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 育
合因教
因教育
基因转录本的选择
合因教
合 育
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 可变剪接产生不同的转录本和蛋白质 因 教
因 教 合
合 教 育
可变剪接（Alternative Splicing）是指转录形成的前体RNA通过去除内含子、保留外显子形成
合 因
mature RNA的过程，从而实现一个基因同时编码多种蛋白质，实现生物功能多样性。
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合因 教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 7种可变剪接类型 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合 （AP）
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 https://www.biowolf.cn/TCGA/Variable_shear.html
教育
 育 教
教 基因转录本的选择 合因
合因 教育
合因
可参考的一些数据库 教育
育 教 因
因 育 合
合
• NCBI 教 育 教育
因 教
• Ensembl 合MANE 合因
育 合因
育 因教
•教Clinvar 合
合因• HGMD 育
因 教 育 育
• Varsome 合 教 育 教
合因 因教 合因
• GTEx 合 教育
育
教
因• Reference (PubMed/Google
育 search)
育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
教 RefSeq (NCBI)合因
合因 教育
合因
• RefSeq (NCBI): Transcripts are designated by a教
育
curation.
育
教 annotations are independent of the 合 因
因These genome build
合 (GenBank). Refseq教 育 gene are the most 育 thoroughly curated 育
教
合因 合 因 教
合 因
• Prefixes: 育
教it is published
教 育 • N_: Transcript supported by some evidence, 因
whether
因 literature or GenBank cDNA or EST data. 合
合 • X_: Predicted育 transcripts that are not confirmed with curation or evidence.
因
• M: mRNA,
教 R: non-coding教 育 P: protein 育
合 因
RNA,
育 因 教
e.g. NM: mRNA transcript supported by evidence 教
合 因 合
合 教育
育• Predominant transcript set for Clinical Labs/Clinical Annotation 因
因 教 Pipelines, Research
育 publications
育 (gene curation) 合
合 教 教 教 育
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
举例： 合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合 因
合 育https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/89869#reference-sequences
教育
 育 教
教 Ensembl 合因
合因 教育
合因
教育
育
• Ensembl/GENCODE
教 (EMBL-EBI): 因
因 育 合
合
• Transcripts designated
教 by automatic
育 and manual annotation.
教育
Sequence合is因 predictive, pulled 教 from the genome build.
因directly 因
合 育 合
育 因 教
因教• ENST label is for mRNA (ENSP is for protein)
合
合 育
因 教 育 transcripts: 育
• References
合 that use Ensembl
教 教
因 教育 因
• gnomAD/ExAC,合100,000Genomes Project
因 合
• GTEx 合 教育
教 育 • Decipher 因
因 育
• COSMIC 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教 育
举例： 育 因
因 教 Corresponding 合 RefSeq
合 教 育 育 育
教
合因 合 因 教
合 因
教 育
教育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Gene/Summary?db=core;g=ENSG00000139151;r=12:18683169-18738100
 育 因 教
MANE 教 ：Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI project 合
合因 教 育
The goal of this project：
合 因
教 育
provide a minimal set 育 of matching RefSeq and Ensembl transcripts of human protein-coding
教a matched pair are identical (5’ UTR, coding region and 因 genes, where
因
the transcripts from 合 3’ UTR), but retain their
respective合 identifiers. MANE Select:育 1 transcript per locus (50% released in Dec 2018) 育
教 育 教
合因 因 教
合into two groups: 育 合 因
The MANE transcript set is classified
育 因 教
因
1. MANE 教Select: One high-quality representative transcript per protein-coding 合 gene that is well-supported
合 育by experimental data and represents the biology of the gene.
2. MANE Plus Clinical: 因 教 chosen to supplement
Transcripts 育 育
MANE Select when needed for clinical variant reporting.
合 因 教 育 因 教
Features of MANE Select transcripts 合 因 教 合
1. 100% identical for RefSeq and Ensembl (UTRs and coding) 合 教 育
2. Aligned育 因
3. 因
教 to GRCh38, which is the newer genome build
育 育 合
合 教
Transcripts are well-supported, expressed, and conserved
教 教 育
合因 因
4. Transcripts are fairly stable
合 合 因
育 教 育
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/MANE/

教 因
合因 European Molecular Biology Laboratories-European Bioinformatics 合
NCBI: National Center for Biotechnology Information
EMBL-EBI:
育 Institute
教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
教育
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/MANE/
合 育
 育 因 教
MANE 教
：Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI project
合
合因 教 育
合 因
举例： 教 育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 合 教育
https://asia.ensembl.org/Homo_sapiens/Transcript/Summary?db=core;g=ENSG0000016547
育
4;r=13:20187463-20192938;t=ENST00000382848
 育 因教
MANE 教
：Matched Annotation from NCBI and EMBL-EBI project 合
合 因 育
举例： 因 教
合 育
育 因 教
因 教 合
合 教 育 育 育
教
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因It is usually a single 因
合transcript per gene 合 因
育
教 育 It is stable and does not change 教
因
合因 育 合 教育
http://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/lrgex/LRG_1350.xml
 育 教
教 Clinvar 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 教育
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
育
 育 教
教 Clinvar 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 因
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/variation/17023/
合
合 育 教育
 育 因教
教 Human Gene Mutation Database (HGMD) 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
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合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
http://www.hgmd.cf.ac.uk/ac/gene.php?gene=GJB2
 育 教
教 Varsome 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合 因
教育
https://varsome.com/
合 育
 育 教
合因
教 Varsome
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 因
https://varsome.com/variant/hg19/NM_004004.6(GJB2)%3Ac.109G>A
合
合 育 教育
 育 Varsome 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 因教
教 Genotype-Tissue Expression project (GTEx) 合
合因 教 育
因
合 adults, post-mortem 育
53 non-diseased tissue sites from ~1000
育 因 教
因 教 合
合 教 育 育 育
教
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 合 教育
https://gtexportal.org/home/gene/GJB2

育
 育 因教
教 Genotype-Tissue Expression project (GTEx) 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
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合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
https://gtexportal.org/home/gene/GJB2
 育 因教
教 Genotype-Tissue Expression project (GTEx) 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
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合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 合 教育
https://gtexportal.org/home/gene/GJB2

育
 育 因教
教 Genotype-Tissue Expression project (GTEx) 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
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合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
https://gtexportal.org/home/gene/GJB2
 育 因教
教 合
合因 Reference (PubMed/Google育search)
教
合 因
利用关键词搜索 教育
教育 因
因 育 合
合 教
• “XX Gene Transcript Expression” 育 教 育
合因 因 教
合因
• “XX Gene Human Transcript合Expression” 教 育
育 因
•教
因 “XX Gene Isoforms” 合
合 育
因 教
• “XX Gene Splicing” 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教 Clinically Relevant Transcripts Curation 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教 Clinically Relevant Transcripts Curation 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教育 教
因
合因 合 教育
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 20, No. 6, November 2018

育
 育 因教
教 Clinically Relevant Transcripts Curation 合
合因 教 育
合 因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合因
育
教育 教
因
合因 合 教育
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 20, No. 6, November 2018

育
 育 因 教
教 Clinically Relevant Transcripts Curation 合
合因 教 育
Example : Exons of Uncertain Significance 合 因
教 育
Endothelin 3 (EDN3)
教 育 - Waardenburg syndrome (autosomal 因
recessive)
• RefSeq合 因 育
lists 5 Transcripts, all share exons 1-3, 5
合
• There is a frameshift variant 教in exon 4 in 0.6% of 育
Finnish European alleles in 教
gnomAD
育
(including 2
合 因 因 教 因
homozygotes)
合 育 合
• GTEx predicts exon 4 to be spliced out where EDN3 is expressed 教
• Calls 教
育
into question the pathogenicity of two DM variants in合 因
HGMD that are located in exon 4
合因 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教 育
教 育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教 育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 关于转录本选择的一些建议 合因
合因 教育
合因
教育
教育
• 目前没有通用的答案
因
因 育 合
合 教
• 对于有很多变异报道的基因，可以参考ClinVar、HGMD和Varsome上使用的转录本
育 教育
合 因 因 教 因
合
• 对于没有或很少变异报道的基因，可以考虑MANE select转录本 育 合
育 因教
因 教 合
• 对于没有或很少变异报道的基因，没有MANE select转录本可以考虑选择最长转录本
合 育
因 教 育
• 要考虑到转录本在不同组织的表达差异，参考GTEx和其他RNA测序数据库 育
合 因 教 育 因教
合 因 教 合
• 临床相关转录本Curation可以给出更多的信息，比如有临床意义的转录本，有临床意义的外显子,
合 育
育 因教
因 教
不同组织的转录本
育 育 合
教
合 • 更多的经验积累+用心的深入分析和思考 教 教 育
合因 合因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 育
合因教
因教育
实操练习 合因
教
合 育
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教 育
合 因
• Reference + Position + Variant 教 育
育
教• Mutalyzer: name check and position 因
因 育 合 convert
合 教 育 教 育
合因 合 因 教
合 因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因 教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 https://mutalyzer.nl/
育 合
合 教 教 教
合因 合因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例1：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 教育
https://mutalyzer.nl/name-checker?description=NM_004004.6%3Ac.32del
育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例1：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 教育
https://mutalyzer.nl/name-checker?description=NM_004004.6%3Ac.35del
育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例1：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
https://mutalyzer.nl/name-checker?description=NM_004004.6%3Ac.35del
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例2：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例2：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例2：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
常用工具（一）：
教 Mutalyzer 合因
合因 教育
合因
举例2：
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 因教
教
基因检测报告和发表文章一定要检查变异的命名是否正确！ 合
合因 教育
合因
教育
教 育 课后作业：检查这几个变异是否真的写错了？
因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教 育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合 因
合 因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教
基因检测报告和发表文章一定要检查变异的命名是否正确！ 合
合因 教育
合因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教
基因检测报告和发表文章一定要检查变异的命名是否正确！ 合
合因 教育
合因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因教
教
基因检测报告和发表文章一定要检查变异的命名是否正确！ 合
合因 教育
合因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
因
合因 育 合 教育
 育 因 教
教
基因检测报告和发表文章一定要检查变异的命名是否正确！ 合
合因 教育
合因
教 育
教 育 因
因 育 合
合 教 育 教 育
合因 合 因教
合因
教育
教 育 因
因 合
合 育
因教 育 育
合 因 教 育 因 教
合 因 教 合
合 教育
教育 因
因 育 育 育 合
合 教 教 教
合因 合因
合因
育
教育 教
密码子：TGA 因
密码子：TAG
合因 育 合 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 教
合因教

合因教育 练习题 教育
合因

育 教育
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合因
合 育 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
因 教
合 合因
育 合因
育 因教
因教 合
合 育
因教 育 育
合 教 育 教
合因 因教 合因
合 教育
育
因 教 育 育 育 合因
合 因教 教 教
合 合因 合因
育
教育 教
因 合 因
合 育
https://b.socrative.com/login/student/ (classroom 教育
 育 教
教 合因
合因 教育
合因
教育
教育 因
因 育 合
合 教 育 教育
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