G.

Mendel – ziedziczenie cech według określonych zasad

F. Miescher – pierwsza izolacja DNA
W. Bateson – wprowadzenie terminu genetyka
W. Johannsen – wprowadzenie terminu gen
T. Morgan – chromosomowa teoria dziedziczności
P. Levene – identyfikacja deoksyrybozy i nukleotydów, rozróżnienie DNA i RNA
R. Franklin, M. Wilkins, J. Watson, F. Crick – odkrycie struktury DNA Nobel 1962

Geny:
- Podstawwe jednostki dziedziczności
- Przekazywane potomstwu
- Znajdują się na chromosomach
- Odcinek łańcucha DNA zawierający informację (zapisana w sekwencji nukleotydów) o mającym powstać białku,
- Człowiek 23 000 muszka owocowa 13 000
- Rozmieszczone na chromosomach nierównomiernie

Genom – komplet informacji genetycznej zawarty w haploidalnym zestawie chromosomów

>90% sekwencje niekodujące**; 10% sekwencje kodujące
(eksony + obszary niekodujące (introny) + obszary regulatorowe)

**>90% sekwencje niekodujące

- funkcjonalne ncDNA
- telomery
- obszary regulatorowe – fragmenty DNA sterujące aktywnością genów
- niefunkcjonalne ncDNA
- sekwencje powtarzające się
- pseudogeny
- transpozony – skaczące elementy
- 5-8% - ślady po przebytych chorobach, wbudowany do DNA materiał genetyczny retrowirusów

Genotyp – zapis alleli danego genu; zespół wszystkich genów danego organizmu

Allel – jedna z dwóch lub większej liczby form danego genu

Fenotyp – zbiór obserwowanych cech organizmu, jest produktem interakcji genotypu i środowiska

Genotyp – zespół wszystkich genów danego organizmu

Gen dominujący – zawsze ujawnia się fenotypowo (w homozygocie jak i heerozygocie)

Gen recesywny – ujawnia się tylko w homozygocie

Morfologia chromosomów:
- ramiona krótkie/długie = p-górne; q-dolne
- centomer – przewężenie pierwotne, przez które ramię krótkie łączy się z długim, razem tworząc chromatydę
- telomery
- organizator jąderka (NOR, przewężenie wtórne)

Typy morfologiczne chromosomów:

- chromosom metacentryczny – centromer prawie dokładnie w środku długości chromosomu
- chromosom submetacentryczny – centromer położony jest w pobliżu środka chromosomu
- chromosom akrocentryczny – centromer położony subterminalnie, czyli blisko końca chromatyd
- chromosom telocentryczny – centromer położony terminalnie czyli na końcu chromosomu, dlatego posiada tylko jedną parę ramion (nie
występuje u ludzi)

Włókno nukleosomowe 11nm

Oktamer histonowy (bogate w lizynę i argininę
Skład chemiczny chromatyny:
- DNA 36,5%
- białka histonowe (zasadowe) 37,55%
- białka niehistonowe (kwaśne) 10,5%
- RNA 9,5%
- woda, jony wapnia i magnezu

Rodzaje chromatyny:
- Euchromatyna – jasna, luźna, słabo barwiąca się, stanowi rozwinięty fragment chromosomu
- Heterochromatyna – ciemna, zwarta, silnie barwiąca się, odcinek chromosomu który nie uległ rozluźnieniu. Może być zlokalizowana
terminalnie (na końcach chromosomów), interstycjalnie (środkowo) oraz w regionie centromerowym (u wyższych Eukaryota)

Euchromatyna:
- duża aktywność transkrypcyjna, bogata w pary G-C
- mało zmetylowanych cytozyn
- duża acetylacja histonów rdzenia
- osłabione wiązanie histonu H1
- ulega replikacji we wczesnej i środkowej fazie S cyklu komórkowego

Centromer – czyli przewężenie pierwotne

- zawiera odcinki tzw. Satelitarnego DNA (heterochromatyna), składające się z tandemowych powtórzeń krótkich odcinków DNA bogatych
w pary A-T
- charakterystyczne dla gatunku i unikatowe w jego genomie
- zapewnia prawidłową segregację chromosomów w czasie podziałów komórkowych
- po obu stronach centromeru jest białkowa struktura czyli kinetochor (każda chromatyda ma swój kinetochor) do którego wiążą się
mikrotubule wrzeciona kariokinetycznego, co zapewnia ruch chromosomów/chromatyd do przeciwległych biegunów komórki, co sprawia,
że centromer przemieszcza się jako pierwszy

Telomery
- znajdują się na końcach chromosomów
- zbudowane z około 250-1500 tandemowych powtórzeń sekwencji bogatych w guaninę 5’ – TTAGGG – 3’
- długość powtórzeń telomerowych jest zależna od rodzaju chromosomu, typu komórki oraz jej statusu biologicznego
- chronią chromosomy przed degeneracją i fuzją końców
- przy każdym podziale komórki dchodzi do ich skracania – „licznik podziałów”
- tandemowo powtórzone sekwencje telomerowe, połączone są z szeregiem wyspecjalizowanych białek (shelterin), dzięki czemu
telomer tworzy wewnętrzne wiązania i formuje dwie pętle: D-loop i T-loop
- TRF1, TRF2 wykazują wysokie powinowactwo do swuniciowych powtórzonych sekwencji telomerów. Białko POT1 rozpoznaje
jednoniciowe powtórzenia bogate w guaninę ulokowane na końcach 3’ telomerów.
Rap1, TPP1, TIN2 stabilizują kompleks
- nie zawierają żadnych genów i w konsekwencji nie kodują żadnych białek
- bliżej środka chromosomu sekwencja telomerowa zaczyna ulegać subtelnym zmianom – tzw. Obszar subtelomeowy, gdzie oprócz
powtórzeń TTAGGG zaczynają pojawiać się sekwencje kodujące
(obszar zawierający zarówno sekwencje niekodujące jak i kodujące)
- w miarę przesuwania się w stronę środka chromosomu sekwencje stają się coraz bardziej różnorodne, aż stają się unikatowe i
zaczynają kodować białka, są to pierwsze geny, tzw. Geny okołotelomerowe
Telomery – skracanie:
- skrócone telomery tracą zdolność do wiązania niezbędnych białek i tworzenia pętli T, co prowadzi do powstania tzw. Wolnych
końców, przez co mogą zlepiać się z innymi chromosomami
- gdy telomer zanika, dochodzi do odsłonięcia ostatnich sekwencji TTAGGG, a białka DDBP gromadzą się na końcach chromosomu,
przez co stają się niedostępne dla reszty komórki
- inne białka regulatorowe, takie jak TP53, CDK2, cyklina E, P21, regulowane obecnością DDBP, zaczynają się uaktywniać:
Prowadzi to do zatrzymania cyklu komórkowego i skierowanie komórki na drogę apoptozy czy starzenia komórkowego

Telomeraza:
- na skutek skracania się telomerów, większość komórek umiera z chwilą osiągnięcia wieku określonego tzw. Limitem Hayflicka (- 50
podziałów)
- część komórek (+/- jedna na 3 mln) zaczyna wytwarzać telomerazę – enzym przeznaczony do rekonstrukcji telomerów
enzym zbudowany z:
- katalitycznej podjednostki o aktywności odwrotnej transkryptazy TERT, matrycy RNA – TERC, białka – dyskeryny
- całość wiąże się do końca 3’ nici bogatej w guaninę i dobudowuje do niej terminalny odcinek
- wydłużony na nowo telomer przestaje przyłączać cząsteczki DDBP, a komórka zaczyna się dzielić tak długo, jak długo ma
telomery

NOR – przewężenie wtórne, organizator jąderka

- region kodujący cząsteczki rRNA podzielony intronami
- liczba i rozmieszczenie NOR-ów na chromosomach jest charakterystyczne dla gatunku
- w interfazie ulegają dekondensacji i tworzy się wokół nich jąderko

Rodzaje dziedzicznia:
 Autosomalne – geny umiejscowione są na autosomach
o Dominujące i recesywne
 Sprzężone z płcią – geny umiejscowione na chromosomie X
o Dominujące i recesywne
 Sprzężenie genów ze sobą – geny leżą na tym samym chromosomie
o Całkowite lub częściowe
 Wielogenowe – w dziedziczenie danej cechy zaangażowane jest wiele loci, które mogą być położone na różnych chromosomach
 Mitochondrialne – geny położone w DNA mitochondrialnym

Dziedziczenie autosomalne dominujące:

- Wystąpienie cechy/choroby warunkuje jedna zmieniona kopia genu o charakterze dominującym
- część z dominujących osób genetycznych manifestują się od momentu narodzin
- inne dotykają osoby w wieku dojrzałym – choroby z penetracją zależną od wieku

Dziedziczenie dominujące sprzężone z chromosomem X

- Mężczyźni i kobiety-nosicielki zmutowanego genu (na chromosmie X) wykazują objawy choroby
- Heterozygotyczne kobiety (nosicielki) mają 50% szans przekazania zmutowanego genu zarówno córce jak i synowi
- Hemizygotyczni mężczyźni przekazują zmutowany gen wszystkim córkom, nigdy synom

Dziedziczenie recesywne sprzężone z chromosomem X

- Mężczyźni zawsze wykazują objawy choroby, z kolei kobiety heterozygoyczne (nosicielki) nie wykazują cech choroby, jedynie
homozygotyczne
- Heterozygotyczne kobiety mają 50% szans przekazania zmutowanego genu swemu potomstwu, zarówno synom jak i córkom
- Hemizygotyczny chory mężczyzna przekazuje mutowany gen wszystkim córkom, nigdy synom .

Dziedziczenie wielogenowe/wieloczynnikowe:
- Jedna cecha uwarunkowana jest kilkoma genami nieallelicznymi
- Jest efektem współoddziaływania wielu czynników genetycznych i środowiskowych
- Geny i czynniki środowiskowe, które wpływają na ukształtowanie danej cechy ogą być różne u różnych osób
- Większość różnic fenotypowych pomiędzy ludźmi jest efektem dziedziczenia wieloczynnikowego
-
Dziedziczenie mitochondrialne:
- Dziedziczenie informacji genetycznej zawartej w genomie mitochondrialnym (mtDNA)
- Nie jest zgodne z prawami Mendla
- U ssaków i ptaków mitochondria wraz ze znajdującym się w nich mtDNA dziedziczone są niemal wyłącznie w linii matczynej, gdyż
pochodzą z oocytu (dziedziczenie matczyne)

Zmienność rekombinacyjna:
- Międzychromosomowa – wynik niezależnej segregacji chromosomów opartej na mechanizmach mejozy i prawach Mendla
- Wewnątrzchromosomowa – związana z crossing-over (wymiana odcinków między chromosomami)
Zmienność mutacyjna:
- Konsekwencją mutacji jest powstanie nowych genotypów
- Jest spowodowana nagłym, skokowym i bezkierunkowym zmianom DNA, czyli mutacjom
- Nie każda mutacja jest dziedziczma (mutacje komóek somatycznych nie są przekazywane potomstwu, wyjątek: org rozmnażające
się bezpłciowo)

DNA – kwas deoksyrybonukleinowy:

- 2 łańcuchy, biegnące antyrównolegle (koniec 5’ jednej nici leży naprzeciw końca 3’ drugiej nici)
- Łańcuchy zwijają się wokół wspólnej osi i tworzą tzw. Prawoskrętną lub lewoskrętną formę DNA
- Nośnikiem informacji genetycznej są zasady azotowe
o Reszty cukrowe i fosforanowe pełnią funkcję strukturalną

DNA – składniki podstawowe:

- DNA jest polimerem zbudowanym z jednostek monomerycznych – deoksyrybonukleinowych
- Każdy nukleotyd składa się z zasady azotowej, cukru i grupy fosforanowej
- Zasadami azotowymi są:
o Puryny (adenina, guanina)
o Pirymidyny (cytozyna, tymina, uracyl)

Nukleozyd – zasada purynowa lub pirymidynowa połączona wiązaniem N-glikozydowym z cukrem

Nukleotyd – nukleozyd połączony wiązaniem estrowym z kwasem ortofosforowym (zasada+cukier+fosforan)

 mogą zawirać 1, 2, lub 3 reszty fosforanowe

Trifosforan adenozyny (ATP) jest najpowszechniejszym sośnikiem energii w komórce.

Budowa łańcucha DNA:

- Szwedzcy uczeni zmieniali hydrofilowe środowisko DNA w środowisko hydrofobowe
- Okazało się, że helisa zaczęła się rozwijać na granicy środowiska hydrofilowego i hydrofobowego
- Jest to potrzebne do replikacji, transkrypcji czy naprawy DNA
- Wykazano, że utrzymanie razem nici jest spowodowane hydrofobowym wnętrzem molekuł zanurzonych w środowisku
składającym się głównie z wody
- Czyli mamy hydrofobowe otoczenie i hydrofobowe molekuły odpychające otaczającą je wodę
- Gdy hydrofobowe molekuły znajdują się w hydrofilowym środowisku, grupują się razem, by zmniejszyć swoją ekspozycję na wodę
- Wiązania wodorowe nadal odgrywają ważną rolę, ale prawdopodobnie są zaangażowane w sekwencjowanie par zasad, a nie
scalenie dwóch nici razem

 najistotniejszą cechą DNA jest kolejność nukleotydów w łańcuchu polinukleotydowym

- cecha ta jest charakterystyczna gatunkowo, a nawet osobniczo i stanowi pierwotne źródło informacji genetycznej

DNA – nośnik informacji genetycznej

- W obrębie cząsteczki DNA występują tzw. Rowki:
Większy i mniejszy
- Rowki znajdują się wzdłuż cząsteczki, równolegle do szkieletu fosfodiestrowego
- Dzięki rowkom, z cząsteczką DNA mogą oddziaływać różnorodne białka, które wiążą się ze swoistymi sekwencjami
nukleotydowymi
(w rowkach „wystają” grupy chemiczne zasad azotowych)

DNA – formy:
- Wyróżniamy kilka form DNA: A, B, C, D, E, G, H oraz Z
- Większość z tych struktur znaleziono tylko w rygorystycznych warunkach doświadczalnych
o Wszystkie formy DNA różnią się między sobą:
 Liczbą par zasad, które budują każdy zwój helisy
 Nachyleniem (kąt między każdą parą zasad)
 Średnicą cząsteczki heliksu
 Kierunkiem skrętu, tj. prawy lub lewy skręt podwójnego heliksu

B-DNA
- Uważana za główną, najczęściej pojawiającą się formą DNA w warunkach fizjologicznych
- Najbardziej uwodniona forma

A-DNA
- Odmiana struktury B
- Prawoskrętna, luźniej skręcona
- Helisa A-DNA jest bardziej zwarta i szersza w stosunku do B-DNA
- Posiada szerszy mniejszy rowek, natomiast większy rowek jest węższy i głębszy
 - Grupy fosforanowe wiążą znacznie mniej cząsteczek wody niż w helisie B-DNA, dlatego forma A jest częściowo uwodniona

Z-DNA
- Lewoskrętna helisa, która w porównaniu do pozostałych form jest najmniej skręcona
- Helisa charakteryzuje się najmniejszą średnicą
- Obecność formy Z-DNA stwierdzono u muszki owocowej

Pary typu Watsona-Cricka (A – T; G – C) nie są jedynym ułożeniem zasad spotykanych w obrębie DNA

Parowanie typu Hoogsteena – występuje w cząsteczkach RNA oraz trójniciowych i czteroniciowych kompleksach DNA oraz w DNA
pozostającym w kompleksie z niektórymi związkami interkalującymi czy białkami

Trójniciowy DNA:
Jest wynikiem zmian konformacyjnych zachodzących w dupleksie, w wyniku czego helisa jest w stanie zasocjować trzecią nić do dużego
rowka DNA

Trójniciowy DNA może być dwojakiego rodzaju:

- Pir-Pur-Pir – powstanie tripleksu uwarunkowane jest występowaniem dwuniciowej sekwencji o charakterze homopurynowo-
homopirymidynowy, trzecia nić homopirymidynowa i układa się w większym rowku dupleksu równolegle do nici purynowej, a jej zasady
azotowe tworzą z nią wiązania Hoogsteena
- Pir-Pur-Pur – do dupleksu asocjuje za pomocą wiązań wodorowych trzecia nić zawierająca piryny i tworzy wiązania Hoogsteena
antyrównolegle z nicią purynową dupleksu

Czteroniciowy DNA:
- Podstawową jednostką 4-niciowego DNA jst tetrada-G, którą tworzą cztery pierścienie guaniny ułożone w jednej płaszczyźnie i
połączone wiązaniami wodorowymi Hoogstena i dodatkowo przez kation metalu (najczęściej jest to potas lub sód)
- Czteroniciowe DNA są łatwe do zsyntetyzowania w warunkach labolatoryjnych, a w ludzkim gnomie powstają spontanicznie w
regionach promotorowych i w telomerach
Epigenetyka
- „ponad” klasyczną genetyką – Waddingtona w 1942
- 2 rodzaje metylacji:
o Metylacja zachowawcza – odpowiada za metylacje nowo zsyntetyzowanej nici DNA po replikacji w miejscach
komplementarnych do miejsc metylowanych w nici rodzicielskiej – dzięki temu wzór metylacji może być dziedziczony po
podziale komórki
o Metylacja de novo – polega na przyłączaniu grup metylowych w całkowicie nowych miejscach, przez co zmianie ulega
wzór metylacji
- Modyfikacje epigenetyczne są rodzajem znaczników molekularnych
- Zajmuje się badaniem zmian w ekspresji genów nie wynikających z modyfikacji sekwencji w nici DNA
- Dodawane są do nici DNA przez odpowiednie enzymy np. metylotransferazy, acetylotransferazy
- Modyfikacje mogą decydować czy dany gen ulega ekspresji czy nie
- Modyfikacje nie zmieniają struktury nici DNA, nie są rodzajem mutacji genetycznej
- Za pomocą modyfikacji epigenetycznych organizm może kontrolować przebieg wielu kluczowych procesów biologicznych (rozwój
poszczególnych tkanek i narządów w życiu płodowym)

Modyfikacje epigenetyczne:
- Metylacja DNA, czyli przyłączenie za pomocą metylotransferaz DNA grup metylowych do cytozyny
- Demetylacja DNA, czyli odłączenie za pomocą demetylaz DNA grup metylowych z cytozyny

Modyfikacjom epigenetycznym podlegają także białka, na które jest nawinięta nić DNA, czyli histony:
- Metylacja reszt lizynowych i argininowych histonów za pomocą metylotransferaz histonów
- Demetylacja reszt lizynowych i argininowych histonów za pomocą demetylaz histonowych
- Acetylacja reszt lizynowych histonów za pomocą acetylotransferaz histonowych
- Deacetylacja reszt lizynowych histonów za pomocą deacetylazy histonów
- Fosfoylacja reszt serynowych histonów za pomocą kinaz
- Ubikwitynacja reszt lizynowych histonów polegająca na przyłączeniu do histonów białka ubikwityny za pomocą enzymów E1, E2 i
E3
- Rybozylacja reszt glutaminy i argininy histonów polegająca na przyłączeniu nukleotydów ADP-rybozy za pomocą polimerazy i
transferazy
- Nietypową modyfikacją epigenetyczną są tzw. Niekodujące cząsteczki RNA np. mikroRNA (miRNA)  są to krótkie jednoniciowe
cząsteczki RNA które mogą regulować ekspresję genów poprzez blokowanie powstawania białek

Nukleozydy:
- Nukleozydy purynowe:
Adenozyna
Guanozyna
- Nukleozydy pirymidynowe
Cytydyna
Urydyna (RNA)
Tymidyna

RNA – budowa
- Długi, nierozgałęziony polimer zbudowany z nukleotydów połączonych wiązaniami fosfodiestrowymi
- Cukrem budującym RNA jest ryboza
- Z adeniną łączy się komplementarnie uracyl (pirymidyna)
- Zazwyczaj jednoniciowy
o Postać dwuniciowa wystepuje głównie jako materiał genetyczny niektórych wirusów
- Formy przestrzenne tworzone przez RNA są stabilizowane prze występujące miejscami fragmenty dwuniciowe przez paroanie
różnych odcinków tej samej nici, co decyduje o strukturze całej cząsteczki: pętli (rRNA), szpilki do włosów (tRNA), wybrzuszeń lub
wewnętrznych pętli

DNA vs RNA
DNA RNA
Budowa Polimer, deoksyryboza, zasady Polimer, ryboza, zasady azotowe,
azotowe, reszty fosforanowe reszty fosforanowe
Lokalizacja Jądro, mitochondria Jądro, cytoplazma, mitochondria
Cukier deoksyryboza Ryboza
Zasady azotowe Adenina, cytozyna, guanina, Adenina, cytozyna, guanina,
tymina uracyl
Parowanie zasad A=T, G=C A=U, G=C
Struktura Podwójna helisa Pojedyncze nici, podwójne nici,
struktura spinki do włosów i pętli
Funkcja Przechowywanie i przekazywanie Regulacja ekspresji genów,
informacji genetycznej synteza białek, inhibicja ekspresji
 genów

RNA w zależności od funkcji możena podzielić na:

- RNA kodujące (mRNA)
- RNA niekodujące (rRNA, tRNA, snRNA, snoRNA, miRNA, siRNA)

Informacyjny RNA (mRNA) – kodujące RNA 4%

- mRNA tworzą jednoniciowe, proste łańcuchy o różnej długości
- powstaje na matrycy DNA w procesie transkrypcji
- przenosi przepisaną informację genetyczną z DNA z jądra komórkowego do cytoplazmy na rybosomy
- zawiera informację o kolejności aminokwasów w białkach powstających w procesie translacji (DNA nie może opuszczać jądra
komórkowego)
- powstaje w procesie transkrypcji (eukariota) ma charakter pre-mR$NA (heterogenny), który następnie podlega obróbce
potranskrypcyjnej
- krótko po translacji ulega degradacji

rybosonalny RNA (rRNA)

- obecne u wszystkich organizmów, wchodzi w skła rybosomów (50-70%) i jest odpowiedzialny za ih strukturę, funkcję wraz z
towarzyszącymi białkami
- u eukariotów występuje w cytoplazmie(rybosomy), ale także w jądrze komórkowym (gł. W jąderku, gdzie odbywa się synteza)
- decyduje o kształcie i wielkości rybosomów, a także o rozmieszczeniu białek rybosomalnych
- jest pojedynczym łańcuchem, mocno poskręcanym, tworzącym pętle, z fragmentami dwuniiowymi, gdzie występują wiązania
wodorowe między komplementarnymi zasadami, staowi ok. 80% komórkowego funkcjonalnego RNA
- ułatwia współdziałanie mRNA i tRNA co skutkuje translacją
 u eukariotów można wyróżnić 2 lokalizacje rybosomów:
- rybosomy wolne – swobodnie pływające cytoplazmie (służą do syntezy białek nieeksportowanych poza komórkę: enzymy
wewnątrzkomórkowe, białkowe elementy błon komórkowych, białka wdrujące do jądra, białka cytoplazmy czy białka
cytoszkieletu)
- rybosomy związane z błoną – lub przyczepione do retikulum endoplazmatycznego (szorstkiej siateczki śród), w których następuje
synteza białek eksportowanych transportowanych przez siateczkę śródplazmatyczną także poza błony komórki – hormony
białkowe, kolagen, białka wydzielnicze, enzymy lizosomalne, białka wchodzące w skład błon)
 o tym czy rybosom będzie wolny czy związany z błoną decyduje sekwencja sygnałowa w syntetyzowanym przez niego białku
- podjednostki rybosomu są zbudowane z białek i rRNA
- podjednostki rybosomu są ze sobą połączone tylko podczas translacji, potem się rozdzielają
- podczas inicjacji translacji blisko siebie znajdujące się podjednostki łączą się ze sobą, odtwarzając rybosom

w komórkach ssaków cząsteczki pre-rRNA są cięte przez rybonukleazy i po procesie dojrzewania tworzą różne podjednostki wyznaczone na
podstawie stałej sedymentacji:
- duża podjednostka zawiera: 28S, 5,8S, 5S rRNA
- mała podjednostka zwiera: 18S rRNA
28S, 5,8S, 18S polimeraza RNA I
5S polimeraza RNA III
 współczynnik sedymentacji w jednostkach Svedberga (S), jest zależny od wielkości i kształtu cząsteczek, a obrazuje prędkości ich
osiadania (sedymentacji) podczas wirowania w gradiencie gęstości

Transportowy RNA (tRNA)

- zadaniem tRNA jest rozpoznanie kodu genetycznego mRNA i przenoszenie zaktywowanych aminokwasów z cytoplazmy na
kompleks mRNA-rybosom, gdzie zachodzi biosynteza białka
- w białkach wsytępuje 21 rodzajów aminokwasów, a w każdej komórce jest ok. 50-60 różnych typów tRNA, wielu aminokwasom
przyporządkowanych jest kilka typów tRNA
- geny tRNA w komórkach eukariotycznych transkrybuje polimeraza RNA III tworząc duże transkrypty w postaci prekursorowego
pre-tRNA .
- zawiera krótkie fragmenty, w postaci podwójnego heliksu (miejsca występowania naprzeciwko komplementarnych zasad)
- stanowi 15% komórkowego funkcjonalnego RNA
- około 10% zmodyfikowanych nukleotydów:
o inozyna (I) zdeaminowana adeniana
o Metyloguanina (mG)
o Pseudourydyna i dihydrourydyna
o Rybotymidyna (T)

- W cząsteczce tRNA wyróżniamy 5 ramion:

o Aminokwasowe (na samej górze))
o Dihydrourydynow (dihydrouracylowe) (po lewej)
o Antykodonowe (na samym dole)
o Zmienne (dodatkowe)
o TYC (pseudourydynowe) (po prawej)
Ramię aminokwasowe (akceptorowe) słżuży do przyłączania aminokwasu w postaci reszty aminoacylowej:
- Na końcu 3’  układ nukleotydów CCA
- Na końcu 5’  w 80% przypadków nukleotyd G; 20% nukleotyd C lub A\
- Po przył.aczeniu reszty aminoacetylowej na końcu 3’ powstaje układ aminoacylo-tRNA

Ramię dihydrourydynowe = ramię D

- składa się z krótkiego odcinka sparowanego (3-4 pz) i pętli D zwanej dihydrourydynową (DHU), zawierającej zmodyfikowaną
zasadę dihydrouracyl
- Ma znaczenie rozpoznawcze dla syntezy aminoacylo-tRNA

Ramię antykodonowe
- Składa się z krótkiego odcinka sparowanego (5pz) i 7-nukleotydowej pętli, w której skład wchodzą 3 nukleotydy tworzące
antykodon
- Antykodon jest komplementarny do kodonu określonego aminokwasu, znajdującego się w sekwencji kodującej mRNA
o Obecność inozyny (zdeaminowana adenina) w antykodonie umożliwia cząsteczce tRNA rozpoznawanie więcej niż jednego
kodonu (I-A,C lub U)
o Ta tolerancja odnosi się jednak do trzeciej zasady kodonu, ponieważ pierwsza i duga zasada kodonu tworzą wyłącznie
polączenia: G-C i A-U

Ramie zmienne (dodatkowe)

Jest najbardziej zmiennym elementem i może mieć rożną długość, od bardzo słabo zaznaczonej, składającej się z 3 nukleotydów do
długiego ramienia utworzonego aż z 21 nukleotydów

Ramię pseudourydynowe (TYC)

Zwane tez ramieniem T, składa się z odcinka sparowanego (5pz) i pętli zawierającej niezmienne sekwencje nukleotydowe G TYC w którym Y
oznacza uracyl połączony z rybozą wiązaniem C-glikozydowym zamiast N-glikozydowym; służy do łączenia się z rybosomem

snRNA mały jądrowy RNA

zwany również U-RNA, bogaty w uracyl, zaangażowany w wycinanie intronów z pre-mRNA, znajdujące się w jądrze i jest ściśle związany z
białkami tworząc kompleksy snRNPs (małe jądrowe rybonukleproteiny)

snoRNA mały jąderkowy RNA

występuje w obszarach jąderkowych jąder komórkowych eukariotów, modyfikuje chemicznie rRNA poprzez kierowanie enzymami, które
dokonują tych modyfikacji na poziomie nukleotydów.
- Mechanizm działania snoRNA opiera się na hybrydyzacji do komplementarnych regionów rRNA podlegających modyfikacji
- snoRNA bierze udział w impritingu genów zlokalizowanych na chromosomach płciowych

miRNA mikroRNA
- jest małym regulatorowym RNA o długości 20-26 nukleotydów, jego funkcja to wyciszanie ekspresji genów poprzez blokowanie
translacji w procesie zwanym interferencją RNA
- jest początkowo transkrybowane jako pre-miRNA (75 nukleotydów), które przedostaje się z jądra komórkowego do cytoplazmy i
tam zostaje przecięty do rozmiarów funkcjonalnego miRNA przy udziale endonukleazy Dicer
- większość miRNA wiążę się z mRNA poprzez niedskonałe parowanie zasad

siRNA mały interferencyjny RNA

- wystepuje w formie 2-niciowej (dsRNA 20-25 nukleotydów), bierze udział w interferencji RNA – wyciszenie ekspresji genów
- mechnizm interferencji RNA z udziałem soRNA opiera się na komplementarności sekwencji siRNA do fragmentu wyciszanego genu
- dwuniciowy dsRNA po przenikanięciu z jądra do cytoplazmy zostaje przecięty przez endonukleazę Dicer na 2 jednoniciowe odcinki
siRNA, które hybrydyzują do transkryptu odpowiedniego genu (mRNA) blokując translację

kod genetyczny
- sposób zapisania informacji o dziedziczeniu w DNA czyli dziedziczeniu budowy białek i organizacji wzrostu i życia komórki
- stały i niezmienny szyfr, jakim posługuje się każda komórka, aby przetłumaczyć sekwencję nukleotydów na język białka
- w niezmienionej formie występuje on u wszystkich żywych organizmów
- każdy z 20 aminokwasów jest kodowany przez trójkę (triplet) zasad, tzw. Kodon; ponieważ występują 4 zasady, liczba możliwych
kodonów wynosi 64; stad pojedynczy aminokwas może być kodoway przez więcej niż jeden kodon

kodowanie informacji genetycznej:

- określone kodony ustalają początek i koniec łańcuchów polipeptydowych
- metionina kodowana przez kodon inicjujący AUG znajduje się na początku łańcucha
- natomiast 3 kodony (nonsensowne) są sygnałem zakończenia translacji
 - kodony STOP:
UAA – ochre
UAG – amber
UGA – opal

Cechy kodonu genetycznego:

1. zdeterminowany i kolinearny – kodon na mRNA wyznacza ściśle określony aminokwas oraz ich kolejność
2. zdegenerowany czyli wieloznaczny – jeden aminokwas może być zapisany za pomocą kilku różnych kodonów
3. niezachodzący – ten sam nukleotyd wchodzi w skąd jedynie jednego kodonu
4. bezprzecinkowy – nie istnieją nukleotydy spełniające rolę znaków przystankowych oddzielające od siebie poszczególne kodony
5. uniwersalny – te same kodony wyznaczają takie same aminokwasy u wszystkich organizmów pro- i eukariotycznych

Rekombinacja genetyczna – proces wymiany materiały genetycznego, w wyniku którego powstają nowe genotypy
- nie prowadzi do powstania nowych genów, lecz jedynie do tworzenia się różnych kombinacji już istniejących sekwencji
- jest wynikiem losowego łączenia się gamet o różnym składzie genetycznym, segregacji chromosomów oraz procesu crossing-over
zachodzącego w trakcie mejozy (rozmnażanie płciowe)
- jest głównym źródłem występującej w przyrodzie zmienności dziedzicznej oraz podstawą dla procesów ewolucyjnych
- jedna z metod usuwania uszkodzeń powstałych w DNA
- 2 homologiczne dupleksy ustawiają się względem siebie
- W każdym z dupleksów jeden łańcuch jest przcinany przez endonukleazę
- Do jednoniciowego DNA przyłącza się białko RecA

rekombinacja zlokalizowana – umiejscowiona lub specyficzna dla miejsca – wymaga jedynie krótkich obszarów homologii

rekombinacja niehomologiczna – inaczej nieuprawniona – zachodzi między niespokrewnionymi sekwencjami lub o niewielkiej homologii
 konieczna jest obecność specyfivznych enzymów rozpoznających sygnalne sekwencje w obu, ulegających rekombinacji cząsteczkach

Konwersja genów – na skutek naprawy uszkodzen DNA jeden a alleli przekształcany jest w drugi
Proces ten , nazywamy też korektą sekwencji, może zachodzić wewnątrz jednego chromosomu lub pomiędzy dwoma chromosomami

Modele rekombinacji homologicznej: (między cz. DNA o wysokiej homologii) białko RecA aktywowane przez ATP
1. model Robina Hollidaya
- Powstały kompleks pośredni tzw. Figura
krzyżowa Hollidaya może być przycinany i
ponownie łączony na dwa sposoby:
 Przecięcie nici dokonujących inwazji –
prowadzi do cząsteczek różniące się od
rodzicielskich jedynie wymienionymi
regionami
 Przecięcie nici niedokonujących inwazji,
prowadzi do powstania produktów, których
jedna połowa pochodzi z jednego
rodzicielskiego dupleksu DNA, a druga z
drugiego

2. Model Meselsona-Raddinga (Aviemore)

- Rozpoczyna się od nacięcia pojedynczej nici jednego z homologów, po czym wolny koniec dokonuje inwazji nienaruszonej
podwójnej helisy z homologicznej pozycji i odsuwa jedną z nici tworząc pętlę D
- Następuje przecięcie wypchniętej nici w miejscu połączenia obszaru jedno i dwuniciowego prowadząc do powstania
heterodupleksu
- Ligacja prowadzi do wytworzenia genetycznie niesymetrycznego połączenia Hollidaya
- Może dojść również do migracji połączenia, po którym heterodupleksy tworzą się na obu niciach
- Rozdzielenie połączenia może zachodzić na dwa sposoby
 3. Model Szostaka – model przerywania obu nici
- Rozpoczyna się dwuniciowym pęknięciem jednego z homologów
- Następnie w wyniku działalności endonukleazy powstają wystające końce, z których jeden dokonuje inwazji
homologicznego dupleksu, a następnie odsuwa swój odpowiednik wytwarzając pętlę D
- Do końców 3’ dołącza się polimeraza DNA, która prowadzi syntezę łańcuch
- Ligaza łączy dwuniciowe struktury, tworząc w ten sposób połączenia Hollidaya, które rozdzielają się podobnie jak w
modelu Hollidaya

-
-
Przepływ informacji genetycznej:

1. Replikacja (DNA – DNA)

2. Transkrypcja (DNA – RNA)
3. Translacja (RNA – białko)

Replikacja DNA – podwojenie materiału genetycznego (faza S interfazy)

- Cel: wyposażenie komórek potomnych w kompletną informację genetyczną (pełen zestaw genów)
- Replikacja rozpoczyna się w specjalnych obszarach zwanych miejscami inicjacji replikacji ori (u eukariota wiele, bogate w pary A-T)
do których przyłącza się helikaza rozrywająca wiązania wodorowe w matrycowym DNA
- Powstają widełki replikacyjne
- Po rozdzieleniu komplementarnych nici przez helikazę DNA
powstają fragmenty jednoniciowego DNA wykaujące tendencję
do tworzenia krótkich, dwuniciowych fragmentów o strukturze
spinki do włosów
o Stanowią one przeszkodę dla polimerazt, problem
likwiduje białko wiążące jednoniciowy DNA, które
przeciwdziała ponownemu połączeniu się rozplecionych
łańcuchów
- Przed helikazę dołącza się tropoizomeraza I, która poprzedza jej
ruch wzdłuż matrycy DNA i niweluje naprężenia skręceniowe
powstające w trakcie rozplatania cząsteczki nie mogącej się
swobodnie obracać
 o Odwracalnie przecina wiązanie fosfodiestrowe jednej z nici DNA
o Cała cząsteczka może swobodnie obracać się wokół wiązania obecnego na drugiej nici
- Przebiega jednocześnie w dwóch niciach
- Nowe łańcuchy syntetyzowane są zawsze w kierunku od 5’ do 3’
- Wydłużenie nici wiodącej (prowadzącej) odbywa się w sposób ciągły, zgodnie z ruchem widełek replikacyjnych
- Synteza drugiej nici – opóźnionej – przebiega w kierunku przeciwnym do ruchu widełek, w sposób nieciągły, w wyniku czego nowa
nić powstaje w postaci krótkich fragmentów zwanych fragmentami Okazaki
- Każdy fragment inicjuje prymaza (eukarota 2 podjednostki,mniejsza – aktywność polimerazt RNA zależna od DNA; prokariota 2
podjednostki prymazy wiązana jest polimeraz DNA-alfa i podjednostka B), która syntetyzuje startery RNA i inicjuje syntezę DNA,
którą przejmuje polimeraza 8 i e DNA
- Startery RNA (primery) 1-10 nukleotydów, są później usuwane i zastępowane odpowiednimi fragmentami DNA
- Za syntezę nici wiodącej odpowiedzialny jest kompleks białko PCNA (antygen jądowy proliferujących komórek, który ma formę
pierścienia przesuwającego się po nici DNA podczas replikacji) oraz polimeraza DNA 8
- Za syntezę nici opóźnionej odpowiedzialny jest kompleks PCNA/polimeraza DNA 8 oraz PCNA/polimeraza DNA e

- Po inicjacji replikacji przez startery RNA, przyłącza się do nich polimeraza 8 DNA, która syntetyzuje DNA dobudowując nową nić po
primera
- Pod koniec syntezy RNAza H wycina startery, a polimeraza DNA zapelnia lukę
 - Ligaza łączy fragmenty w jedną nić
- E Eukariota replikacja kończy się w momencie, gdy widełki replikacyjne napotkają sekwenję terminalną dodaną na końcu liniowego
DNA (w telomerze chromosomu)

Białka biorące udział w replikacji:

 Topoizomeraza – niweluje napięcia torsyjne podwójnej helisy DNA
 Helikaza – rozrywa wiązania wodorowe między nićmi matrycowego DNA
 Prymaza – syntetyzuje startery RNA
 Polimeraza DNA (8,e) – jest odpowiedzialna za syntezę nowych nici oraz dobudowuje DNA w miejscu usuniętych starterów
 RNAza H – usuwa startery RNA
 Ligaza DNA – łączy fragmenty Okazaki, katalizuje tworzenie się wiązania fosfodiestrowego między grupą 3’ – OH, a grupą 5’ –
fosforanową (proces ten wymaga nakładu energii, zgromadzonej głównie w ATP)

Polimeraza DNA działa w dwóch trybach:

Polimeryzacji (P) i edycji (E):
- Jeśli polimeraza wprowadzi błędny nukleotyd do nowej nici, zmienia się jej kształt i wchodzi w tryb edycji ( E), staje się wtedy
egzonukleazą odcinającą błędnie wprowadzony nukleotyd
- Po usunięciu błędnego nukleotydu polimeraza wchodzi w tryb polimeryzacji i kontynuuje replikację DNA
- Polimeraza DNA jest utrzymywana na matrycy przez ruchomą „obręcz” białko tj. co chroni ją przed łatwym odpadaniem od
matrycy

Topoizomeraza II – powoduje nacięcie podwójnych nici DNA i przejście jednej nici poprez drugą
- Nacięcia wprowadzane przez tropoizomerazę są odwracalne i nie pozostawiają śladu

- Podczas replikacji polimeraza DNA przesuwa się tylko w jednym kierunku

- Polimeraza DNA rozpoczyna budowanie nowej nici dobudowując ją do startera/primera
- Primery są degradowane i zastępowane nicią DNA
- Przy każdej replikacji miejsce przyczepu primera najbliższego telomerowi nie może zostać skopiowane, ponieważ polimeraza nie
może się cofać
- Replikacji towarzyszy skracanie nici potomnych, a w konsekwencji skracanie chromosomu – starzenie replikacyjne
- Obecność telomerazy zapobiega skracaniu, ale jest obecna tylko w niektórych typach komórek
 o Telomeraza jest kompleksem RNA i białka – dyskretny; wiąże się do końca 3’ nici bogatej w guaninę, przeprowadza
odwrotną transkrypcję tych odcinków, posługując się jako „matrycą” nie DNA, ale RNA, będącym częścią składową tego
enzymu.

Ekspresja genów: produkcja białek

 Gen jest sekwencją DNA kodującą pojedynczy polipetyd
 Transkrypcja to przepisanie informacji zawartej w DNA i mRNA
 Translacja to wykorzystanie informacji na mRNA do syntezy białka

Ekspresja genu obejmuje transkrypcję fragmentu DNA do RNA oraz translację RNA na polipeptyd

Odczytywanie informacji dotyczącej białek odbywa się w 2 procesach:

- transkrypcji genów
- translacji/produkcji białek

 Podczas replikacji każda nić DNA służy jako matryca do syntezy nowej komplementarnej nici, natomiast w procesie transkrypcji
informacja uzyskiwana jest tylko z jednej z dwóch dostępnych nici
 Transkrypt pre-mRNA jest komplementarny do nici matrycowej (nić antysensowna) i homologiczny z nicią kodującą (nić
sensowna) z uwzględnieniem faktu, że tymina (T) zastąpiona jest przez uracyl (U)

Transkrypcja (jądro komórkowe)

 Transkrypcji podlega odcinek DNA znajdujący się między promotorem, który znajduje się w niewielkiej odległości przed
transkrybowanym genem a terminatorem czyli miejscem zakończenia transkrypcji genu
 Cząsteczka mRNA powstaje w kierunku 5’  3’

 Jednostką transkrypcyjną genu jest region DNA przepisywany na pre-mRNA

 W skłąd genów komórek eukariotycznych wchodzą eksony (kodujący DNA) oraz introny (niekodujący), które rozpoczynają się
kolejno ułożonymi zasadami GT, a kończą AG
 Na początku pierwszego i na końcu ostatniego eksonu danego genu znajdują się sekwencje UTR, które podlegają transkrypcji do
mRNA, ale nie ulegają translacji do białek
 Za miejscem UTR (koniec 5’) znajduje się kodon inicjujący transkrypcję ATG oraz na końcu 3’ znajduje się sekwencja terminatorowa
transkrypcję AATAAA

Region UTR:
- Rejon mRNA niepodlegający translacji, którego funkcje związane są z kontrolą translacji
- Sekwencje UTR położone są terminalnie z obydwu stron cząsteczki mRNA, otaczając tym samym rejon ulegający translacji
(sekwencję kodującą – CDS) od strony 5’ oraz 3’
- Podstawowe znaczenie regulacyjne regionów UTR związane jest z obecnością sekwencji cis (sekwencje regulatorowe) wiążących
czynniki trans (miRNA, czynniki translacyjne, rybosomy), które determinują stabilność i trwałość mRNA, kierunek transportu i
 docelowe miejsce mRNA w komórce, częstość inicjacji translacji, szybkość i wydajność syntezy białek, procesy edycji
potranskrypcyjnej mRNA, recykling i degradację mRNA

Elementy cis występujące w regionie 5’ UTR:

- Sekwencja liderowa, której właściwości wynikają z I-, II- i III- rzędowej struktury RNA
- Eukariotyczne miejsce wiązania rybosomu
- Miejsce inicjacji translacji (kodon AUG)
- Wewnętzrne miejsce wiązania rybosomu umożliwiające translację niezależną od czapeczki 7mG
- Element odpowiadający na żelazo
- Sekwencje rozpoznawane przez białka regulatorowe, wpływające na stabilność mRNA i translację

Elementy cis występujące w regionie 3’ UTR:

- Sekwencje AURE bogate w adeninę i uracyl (wywierające wpływ na stabilność mRNA oraz na częstość inicjacji translacji)
- Sekwencje będące sygnałem do poliadenylacji: AAUAAA (zabezpieczające RNA przed szybką degradacją, zwiększające wydajność
translacji)
- Sygnały lokalizacji komórkowej (sekwencje wpływające na lokalizację mRNA w komórce)
- Sekwencje wiążące cząsteczki regulatorowe miRNA (hamujące inicjację i wydajność translacji)

Czynniki trans (białka, oligonukleotydy, metabolity), niezależne od sekwencji mRNA:

 Białkowe czynniki inicjacji translacji
 Białkowe czynniki elongacji translacji
 Białkowe czynniki terminacji translacji
 Białka wpływające na stabilność mRNA
 Naturalne, komórkowe cząsteczki miRNA
 Naturalne, komórkowe cząsteczki snRNA
 Metabolitowe czynniki trans: glukoza
 Jonowe czynniki trans: żelazo, selen

Transkrypcja (jądro komórkowe):

Elongacja – wydłużenie nici RNA:
- Polimeraza RNA przesuwając się wzdłuż nici DNA odczytuje kolejne zasady azotowe i syntetyzuje nić mRNA zgodnie z zasadą
komplementarności (G – C; A – U)
- Druga nić DNA nie ulega transkrypcji
- Przed wbudowaniem zasady azotowej przez polimerazę RNA, cząsteczki trifosforanów ulegają defosforylacji

Terminacja – zachodzi, gdy polimeraza RNA dotrze do sekwencji kończącej zwanej terminatorem (AATAAA):
- Następuje oddzielenie polimerazy RNA od DNA
- Odłącza się gotowa cząsteczka pre-mRNA, która jest produktem transkrypcji – transkryptem pre-mRNA
- Odtworzone zostają również wiązania wodorowe pomiędzy nićmi DNA

Klasy polimeraz RNA w komórkach eukariotycznych:

Polimeraza RNA Lokalizacja Kontrola syntezy
 I Jąderko rRNA (28S, 18S, 5,8S)
II Jądro mRNA, snRNA
III Jądro 5SrRNA, tRNA, snRNA
Mitochondrialna Mitochondrium mtRNA

Czynniki transkrypcyjne (białka), pomagają polimerazie RNA II, w transkrypcji (który gen i kiedy), wiążąc się do położonych w obrębie genu
sekwencji wzmacniających (enhantery), zwiększających poziom transkrypcji lub wyciszających (silencery) zmniejszących poziom
transkrypcji. Inne białka pomagają polimerazie RNA II w odnalezieniu miejsca początku i końca transkrypcji.

 Sekwencje od strony 5’ genu (po lewej stronie przy kierunku 5’  3’) nazywane są „upstream”, natomiast te od strony 3’ –
„downstream”
 Sekwencje, które regulują transkrypcję genów, to sekwencje regulatorowe zwane elementami cis, występują w grupach w rejonie
promotora i enhancera genu, nie kodują białek, lecz są miejscem wiązania białkowych czynników transkrypcyjnych (czynników
trans czyli białek wiążących DNA), które modyfikują transkrypcję genów, zwiększając lub zmniejszając dostępność określonych
sekwencji DNA

W regionie promotora większości genów znajdują się specyficzne sekwencje DNA:

- kaseta TATA
- kaseta CAAT

Kaseta TATA:
składa się z sekwencji bogatych w pary AT (najczęściej TATAA) i znajduje się ok. 25 pz przed miejscem startu transkrypcji (upstream)
Zazwyczaj nie występuje w rejonie promotorów genów metabolizmu podstawowego np. geny kodujące aktynę (geny strukturalne), które
podlegają ciągłej ekspresji na niskim poziomie, a w regionach promotorowych zawierają sekwencje bogate w pary GC.

Kaseta CAAT:
Składa się z sekwencji CAAT i znajduje się ok. 80 pz przed miejscem startu transkrypcji (upstream)
Informacyjny RNA (mRNA)
mRNA powstaje w procesie transkrypcji (w komórkach eukariotycznych), ma charakter pre-mRNA (heterogenny), który następnie podlega
obróbce potranskrypcyjnej

Obróbka potranskrypcyjna:
 Wycięcie sekwencji niekodujących czyli intronów (splicing)
 Czapeczka CAP położoną na końcu 5’ (przyłączenie zmodyfikowanego nukleotydu 7-metyloguaniny)
 Ogon poli-A na końcu 3’ (poliadenylowanie – dodanie serii nukleotydów adeninowych od 200-250)

Czapeczka CAP:
- Chroni mRNA przed 5’ egzonukleazami w cytoplazmie
- Stanowi sygnał umożliwiający rozpoznanie przez rybosom początku cząsteczki mRNA

Ogon poli-A:
- Poliadenylacja odbywa się w jądrze komórkowym
- Zabezpiecza cząsteczkę mRNA przed degradacją przez egzonukleazy, zanim zdąży opuścić jądro komórkowe
- Każda translacja powoduje odłączenie części adenozyn i po określonej liczbie cykli translacyjnych mRNA pozostaje bez ogona i
zostaje zdegradowane

Splicing – składanie genu, polega na wycinaniu intronów z pre-mRNA i połączeniu eksonów tworząc dojrzały produkt mRNA
 może odbywać się również bez udziału spliceosomu, gdzie sam intron pełni funkcję rybozymu - autosplicing

Rybozymy – subst. Zbudowane z RNA zdolne do katalizowania pewnych reakcji chemicznych np. mogą katalizować wycięcie określonego
fragmentu samej siebie lub innej cząsteczki RNA

Indukcja splicingu:
- Intron musi posiadać sygnały: sekwencję GU na końcu 5’ i sekwencję AG na końcu 3’ oraz tzw. Miejsce rozgałęzienia, w którym
znajduje się nukleotyd adeninowy (A)
- Sekwencje sygnałowe są rozpoznawane przez małe cząsteczki RNA bogate w uracyl (U1, U2, U3, U4, U5 i U6), które tworzą
komplementarne połączenia RNA-RNA, które jeżeli występują w jądrze noszą nazwę snRNA jeśli w cytoplazmie to scRNA

1. Połączenie U1cnRNA z pre-mRNA (homologia sekwencji) i cięcie na poziomie miejsca donorowego w pozycji G (koniec 5’) przy
sekwencji GU
2. Uwolniony koniec 5’ miejsca donorowego łączy się wiązaniem fosfodiestrowym z miejscem rozgałęzienia A, do którego jest
przyłączony U2snRNA
3. Do tej struktury przyłączają się U4snRNA, U5snRNA i U6snRNA
4. Powstaje komplementy spliceosom (UsnRNA+białka=snRNP) i pre-mRNA
5. Koniec 3’ oH uwolnionego eksonu 1 jest naprzeciw miejsca akceptorowego
 6. Poprzez proces transestryfikacji (przeniesienie wiązania estrowego do miejsca akceptorowego) następuje jego wiązanie z końcem
5’ następnego eksonu 2
7. Intron jest uwalniany w postaci lassa

Splicing alternatywny – łączenie ze sobą różnych eksonów, niekoniecznie po kolei, za pominięciem niektórych
- W ten sposób z jednego fragmentu DNA może powstać więcej niż jedna cząsteczka mRNA, co jest źródłem zmienności białek

 nowo utworzona nić RNA jeszcze w jądrze podlega modyfikacjom, czyli obróbce potranskrypcyjnej i jest gotowa do transportu do
cytoplazmy

 nie zawsze transkrypcja przebiega wg opisanego schematu:

- U wirusów, retrowirusów (HIV) genom złożony jest z cząsteczki RNA, która jest przepisywana na dwuniciową kopię DNA
- Proces ten nosi nazwę odwrotnej transkrypcji

Uszkodzenia DNA – rodzaje:

 Jednoniciowe pęknięcia DNA (SSB)
 Dwuniciowe pęknięcia DNA (DSB)
 Utrata zasady azotowej
 Interkalacja czynnika pomiędzy par zasad
 Modyfikacje chemiczne zasad azotowych (hydrolityczna deaminacja, alkilacja, oksydacja)
 Wiązania poprzeczne (krzyżowe) wewnątrz- i zewnątrzniciowe
 Fotouszkodzenia

Pęknięcie nici DNA (jednoniciowe SSB i dwuniciowe DSB):

 Powstają jako następstwa działania mutagenów, ale także podczas normalnego metabolizmu komórek, w czasie replikacji,
transkrypcji czy rekombinacji
 SSB nie stanowią poważnego zagrożenia dla komórki (naprawy), chyba, że nastepuje ich nagromadzenie w niewielkiej odległości,
co skutkuje powstaniem DSB
 DSB sa często nieprawidłowo naprawiane lub nierozpoznawane przez enzymy naprawcze, co może skutkować aberracjami
chromosowymi, a także zablokowaniem replikacji i wejściem komórek w apoptozę

Utrata zasady azotowej:

 miejsca pozbawione zasady azotowej nazywane są miejscami AP (apurynowe/apirymidynowe)
 do depurynacji dochodzi 20x częściej niż do depirymidyzacji DNA

Hydrolityczne zerwanie wiązania B-N-glikozydowego pomiędzy cukrem a zasadą azotową

- Powstają na skutek działania RFT wytworzonymi działaniem UV, związków alkilujących, szoku termicznego
- W efekcie wystąpienie miejsc AP w DNA mogą powstać mutacje ponktowe, aberracje chromosomowe, zaburzenia transkrypcji,
pęknięcia nici

Interkalacja:
- Wnikanie płaskich cząsteczek, między zasady azotowe w łańcuchu DNA, co powoduje zwiększenie odległości między nimi
- Interkalacja powoduje wydłużanie struktury, zmniejszenie elastyczności i obniżenie gęstości DNA co wpływa na rozluźnienie i
zniekształcenie struktury DNA
- Podczas replikacji może dojść do insercji czy delecji nukleotydów naprzeciw miejsca zajmowanego przez związek interkalujący
- Związki interkalujące mogą przyczyniać się do powstania wiązań poprzecznych między nićmi DNA, prowadząc do zaburzeń
replikacji i transkrypcji
- Czynnikami interkalującymi są:
o Wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne
o Heterocykliczne aminy
o Barwniki akrydynowe
o Leki przeciwnowotworowe należące do antrocyklin

Modyfikacja zasad azotowych:

 Alkilacja
- Przeniesienie grupy alkilowej tj. etylowej lub metylowej z jednego związku na inny
- Grupy alkilowe mogą przyłączać się do każdego tlenu i azotu znajdującego się w zasadzie azotowej, ale są miejsca preferowane: N7
w guaninie, dalej cytozyna i adenina, na końcu tymina
 - Skutki alkilacji: powstawanie miejsc AP, tworzenie wiązań poprzecznych między- i wewnątrzniciowych, jedno- i dwuniciowe
pęknięcia, zablokowanie replikacji, substytucje, delecje i insercje nukleotydów

 Metylacja
- Przyłączenie grupy metylowej, jest związane ze zmianami epigenetycznymi w DNA, które prowadzą do wyciszenia aktywności
transkrypcyjnej bez mian w sekwencji DNA, czyli metylacja związana jest z hamowaniem ekspresji genów.
- Najczęściej obserwowaną zmianą epigenetyczną jest metylacja promotora genu, przez co nie ma produktu danego genu
- Grupa metylowa przyłąca się do cytozyny w miejscu dinukleotydów CpG uniemożliwiając wiązanie czynników transkrypcyjnych,
Wyjątek: wysypy CpG przy genach metabolizmu podstawowego są niemetylowane i ulegają ekspresji
- Geny aktywne położone są w miejscach niemetylowanych, w innych zaś są metylowane i nie ulegają ekspresji

 Hydrolityczna deaminacja
- Polega na odłączeniu grupy aminowej (NH2) z zasady azotowej w obecności wody z wydzieleniem amoniaku
- Deaminacja C przekształca ją w U, który tworzy pary z A, co zostaje utrwalone podczas replikacji
- Deaminacja A daje hipoksantynę, która tworzy pary z C
- Deaminacja G przekształca ją w ksantynę, która tworzy pary z T
- Tymina nie podlega deaminacji, bo nie ma grupy aminowej

…….

 Oksydacja
- Reakcja łączenia się tlenu ze związkami chemicznymi
- Powodowana jest w większości przez RFT
- Przykładem oksydacji DNA jest 8-hydroksyguanina, prowadząca do transwersji GC – TA
- W wyniku oddziaływania rodnika wodorotlenowego na wiązanie C5=C6 tyminy powstaje glikol tyminy, który może zablokować
transkrypcję, replikację oraz indukować mutacje punktowe typu tranzycja
- RFT mogą powodować rozerwanie pierścienia imidazolowego w purynie, np. guaninie, tworząc FapyGua (2,6-diamino-4-hydroksy-
5-formamidopirymidynę), która powoduje zahamowanie replikacji i apoptozę komórki
- Oksydacja powoduje modyfikacje zasad azotowych oraz pozycji cukrowych prowadząc do jednoniciowych i dwuniciowych pęknięć
DNA

Wiązania poprzeczne:
- Powstawanie tych połączeń wpływa na rearanżacje struktury DNA poprzez zaginanie czy rozplatanie heliksu w kierunku dużego
rowka, co uniemożliwia proces transkrypcji
- Mogą zaburzać replikację
- Trudne do rozpoznania przez systemy naprawcze

Dimeryzacja
Jest to tworzenie dimerów pirymidynowych C – C, C – T, a zwłaszcza T – T. dimer tyminowy zawiera dwa zaindukowane wiązania
kowalencyjne, jedno łączy atomy C6, drugie C5
 dimeryzacja prowadzi do powstania pierścienia cyklobutylowego, który powoduje zbliżenie sąsiadujących pirymidyn, odkształcenia w
szkielecie cukrowo-fosforanowym DNA, prowadzące do delecji takiego dimeru podczas kopiowania zmodyfikowanej nici

Fotoprodukt 6-4
Polega na utworzeniu wiązania kowalencyjnego, między atomami węgla C4 i C6 sąsiadujących nukelotydów.

Mutagen – to czynnik fizyczny, chemiczny lub biologiczny, który działając na DNA może indukować mutacje
 mutageny mogą również wywołać mutację w genach odpowiedzialnych za proliferację komórek czy naprawę DNA, prowadząc tym
samym do transformacji nowotworowej:
- Mutacja protoonkogenów – powoduje ich aktywację
- Geny supresorowe (antyonkogeny, strażnicy genomu) – mutacja powoduje ich dezaktywację
- Geny mutatorowe – związane z naprawą DNA

Mutageny wywołują mutacje trzema różnymi sposobami:

1. Działają jako analogi zasad i są błędnie wykorzystywane jako substarty podczas syntezy nowego DNA
2. Działanie bezpośrednie z DNA, wywołując zmiany strukturalne
3. Działanie pośrednie na DNA, które same nie wywołują zmian w strukturze DNA, ale powodują powstawanie w komórce związków
chemicznych, które mają charakter mutagenny

Mutageny:
 Efekt cytotoksyczny
Zdolność indukowania zmian w całej komórce (np. indukcja śmierci komórkowej, zmian biochemicznych, stopnia żywotności,
zmian cytoszkieletu)
 Efekt genotoksyczny
 Zdolność indukowania zmian w DNA bezpośrednio przez określony związek, albo pośrednio przez jego reaktywny metabolit
(obejmują zmiany na poziomie pojedynczego genu, chromosomu lub całego genomu)

Mutageny fizyczne:
Promieniowanie jonizujące, np. promieniowanie X, alfa, beta, gamma, kosmiczne – ma wysoką energię i wywiera różny wpływ na DNA,
zależnie od rodzaju i natężenia
 Promieniowanie jonizujące przechodząc przez komórki, wybijają elektrony z atomów i cząsteczek, powodując ich jonizację
 Powstałe jony mogą inicjować rozmaite reakcje wolnorodnikowe, uszkadzające DNA (zmiany w strukturze zasad, rozrywanie
wiązań wodorowych w DNA)
 Mogą powodować mutacje punktowe: insercje i delecje, a także poważniejsze uszkodzenia DNA uniemożliwiające replikację (np.
przerwy dwuniciowe)
Promieniowanie niejonizujące np. promieniowanie UV – ze względu na małą energię i znaczną długość fali ma mniejszą zdolność
przenikania przez tkanki niż promieniowanie jonizujące, jednak jego promienie są intensywnie pochłaniane przez DNA
 Efekty działania promieni UV:
o Dimeryzacja
o Fotoprodukt 6-4
 Inne efekty działania promieni UV:
o Rozerwanie podwójnej helisy DNA
o Hydratacja C i U
 Temperatura (ciepło)
o Generuje miejsca AP czyli miejsca pozbawione zasady azotowej

Mutageny chemiczne – czynniki alkilujące:

 związki alkilujące:
- Wywołują liczne tranzycie i transwersje
- Blokują replikację uniemożliwiając postęp kompleksu replikacyjnego
- Etyloetanosulfonian (EES), etylometanosulfonian (EMS), metylometanosulfonian (MMS), sulfonian dietylu (DES), nitrozoguanidyna
(NTG), etylonitrozomocznik, diepoksybutan (DEB), iperyt
 analogi zasad azotowych
- Mogą być rozpoznawane i wbudowywane podczas replikacji przez polimerazę DNA, gdyż są strukturalnie podobne do zasad
azotowych występujących w cząsteczce DNA, co powoduje mutacje na skutek niewłaściwego parowania zasad
- 2-aminopuryna (2-AP) analog A tworzący parę z C
- 5-bromouracyl (5-BU) – analog tyminy, który tworzy parę z guaniną
 barwniki akrydynowe
- Są czynnikami interkalującymi, wnikają w łańcuch DNA i powodują rozsunięcie się zasad azotowych, deformując tym samym
strukturę podwójnej helisy
- Wywołują błędy replikacji, prowadzące do delecji lub insercji pojedynczych par nukleotydów, a w dalszej konsekwencji do mutacji
typu zmiany ramki odczytu
- Oranż akrydyny, proflawina, akryflawina, bromek etydyny
 wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne (np. benzo[alfa]piren czy benzo[alfa]antracen
- Powstają podczas niecałkowitego spalania wszystkich węglowodorów z wyjątkiem metanu
- Tworzą addukty z DNA
- Powodują mutacje punktowe typu tranzycja
- Część z nich należy do promutagenów, czyli związków, które stają się właściwymi mutagenami dopiero po metabolicznym
przekształceniu w organizmie
- Wydzielają się w trakcie spalania drewna iglastego, palenia papierosów, produkcji asfaltu, pracy pieców koksowniczych, są obecne
w spalinach samochodowych i smole pogazowej, a zmieszane z cząsteczkami pary wodnej są elementem smogu
- Powstają w żywności podczas jej przetwarzania termicznego, np. smażenia, pieczenia, wędzenia, grillowania lub prażenia

Mutageny biologiczne – wirusy DNA (Herpes, Papilloma, Hepatitis B i C), wirusy RNA (retrowirusy), pierwotniaki, grzyby pleśniowe
- HIV – wirus z rodziny retrowirusów, sam nie jest wirusem onkogennym, ale zwiększa ryzyko wystąpienia różnych nowotworów z
powodu obniżenia odporności organizmu
- Schistosoma sp. (przywra) – zwiększone ryzyko raka układu moczowego czy pokarmowego
- Helicobacter pylori – prawdopodobnie zwiększone ryzyko chłoniaka żołądka, raka żołądka
- HHV-8 – herpesvirus 8 – mięsak Kaposiego
- HPV – ludzki wirus brodawczaka – rak szyjki macicy, rak sromu, rak prącia
- HBV, HCV – wirus zapalenia wątroby typu B i C – rak wątrobowokomórkowy
- EBV – wirus Epsteina-Barr – ziarnica złośliwa (prawdopodobnie), rak jamy nosowo-gardłowej, chłoniak Burkitta, niektóre rzadkie
postacie chłoniaków
- HTLV-I i HTLV-II – ostra białaczkalimfocytów T

Naprawa DNA
  Sprawnie funkcjonujące systemy naprawy DNA mają kluczowe znaczenie w zachowaniu integralności genomu i zapobieganiu
utrwalania się mutacji, w kolejnych generacjach komórek
 Uszkodzenia są naprawione = wznowienie cyklu komórkowego i podziałów, co pozwalana komórce dalej prawidłowo
funkcjonować

 Naprawa bezpośrednia DNA:

 Ligaza DNA naprawia przerwane wiązania fosfodiestrowe poprzez połączenie (ligację) wolnych końców z wykorzystaniem ATP =
pojedyncze pęknięcia nici DNA

…
 Naprawa DNA – BER:
BER (wycinanie uszkodzonych zasad) – koryguje niewielkie uszkodzenia poprzez wycinanie pojedynczych zasad, które uległy modyfikacjom
chemicznym (np. alkilacji, oksydacji, deaminacji)
 Odpowiednia glikozylaza/glikozydaza DNA przecina wiązanie B-N-glikozydowe, a następnie usuwa uszkodzoną zasadę tworząc
miejsce AP
 Endonukleaza AP rozpoznaje to miejsce i przecina wiązanie fosfodiestrowe w kierunku 5’ od powstałego uszkodzenia – powstają
wolne końce 3’ – OH
 Wiąże się do nich polimeraza B DNA, która wypełnia lukę nową nicią syntetyzowaną na matrycy DNA
 Białko XRCC1 wraz z ligazą DNA III łączy obie nici i syntetyzuje ostatnie wiązanie fosfodiestrowe

Naprawy rekombinacyjne:
 Naprawa rekombinacyhna przez łączenie niehomologicznych końców – NHEJ
 Wykorzystywana do naprawy dwuniciowych pęknięć, w przypadku braku homologicznych sekwencji mogących posłużyć do
odtworzenia ciągłości nici
 Zachodzi w każdej fazie cyklu komórkowego, ale preferencyjnie – w G1 i G0
 Wieloskładnikowy kompleks białkowy: białkoKu, kinaza białkowa DNA-PKes, białko XRCC4 kieruje polimerazę A na miejsce
pęknięcia, która uzupełnia lukę, a ligaza łączy wszystko w jedną całość
 Mechanizm ten nie jest dokładny, gdyż w uszkodzonym rejonie mogą występować błędy

 naprawa rekombinacyjna homologiczna HR

Polega na naprawie uszkodzenia DNA z wykorzystaniem siostrzanej chromatydy lub chromosomu homologicznego jako wzoru dzięki temu
jest dokładnym mechanizmem naprawy
 Zachodzi w późnej S i G2, bo są chromatydy siostrzane służące jako matryca do odtworzenia DNA
 Inicjuje ją kompleks MRN (MRE11/RAD50/NBS1), który aktywuje ATM, a ta rekrutuje endonukleazę CtIP i egzonukleazę EXO1,
która dokonuje poszerzenia luki od końca 5’ z pozostawieniem odcinków jednoniciowych (ssDNA) z wystającymi końcami 3’, do
których przyłącza się białko RPA, które aktywuje kinazę ATR, które wraz z ATM rekrutują ChK1 i ChK2 w celu zatrzymania cyklu
podziałowego
 Białko RAD51 gromadzi się w miejscach ssDNA, umiżliwiając inwazję jednej nici (z końcem 3’) do homologicznego dupleksu pzy
udziale białek BRCA1, BRCA2

- dołączenie do końców polimerazy DNA i prowadzenie syntezy DNA wypełniającej brakujące fragmenty powstałych odcinków
heterodupleksowych
- z kolei, ligaza łączy dwuniciowe struktury, tworząc w ten sposób połączenia Hollidaya
- przemieszczanie się rozgałęzienia i rozłączenie struktury Hollidaya

Mechanizm NHEJ Mechanizm HR

Łączy razem końce DNA tworząc z nimi kompleks Naprawa wymaga inwazji homologicznej nici
DNA-białko
Nie wymaga obecności nieuszkodzonej matrycy Wykorzystuje jako matrycę chromatydę siostrzaną
Jest aktywny przez cały cykl komórkowy Jest aktywny w fazie S oraz G2
 Jest podatny na błędy Naprawa jest wierna

- Oba systemy – NHEJ i HR – uczestniczą w naprawach DSB w porównywalnym stopniu

- wyborze szlaku decyduje faza cyklu komórkowego oraz struktura/charakter wolnych końców:
o Białko RAD52 (HR) łączy się preferencyjnie z długimi jednoniciowymi fragmentami końcowymi DNA
o Białko Ku 70/80 (NHEJ) wiąże się ze wszystkimi możliwymi do wystąpienia końcami dwóch nici DNA

 naprawa SOS
Naprawa indukowana, czyli system SOS – ostateczna odpowiedź komórki bakteryjnej na rozległe uszkodzenia DNA
 Jest regulowana przez wiele operatorów i uruchamiana w przypadku pojawienia się jednoniciowego DNA (ssDNA),
oligonukleotydów lub wolnych trójfosforanów nukleotydów świadczących o zahamowaniu replikacji
 System SOS jest mutagenny – obniża wierność replikacji DNA i pozostawia błędy w sekwencji nukleotydów
 Najważniejszymi regulatorami systemu SOS są: białko RecA (aktywator operonów SOS) i LexA (represor wszystkich operonów SOS)
 Gdy w komórce pojawiają się poważniejsze uszkodzenia, sygnał wysyłany przez ssDNA i ATP powoduje zmianę konformacji białka
RecA, które stymuluje autoproteolizę białka LexA i indukcję systemu SOS
 Brak represora powoduje transkrypcję genów SOS, co powoduje dalsze przekazywanie sygnału w komórce, zahamowanie podziału
komórki i wzrost syntezy białek odpowiedzialnych za śmierć komórki

Usuwanie wiązań krzyżowych:

Usuwanie wiązań krzyżowych angażuje białka należące do:
 Szlaku białek niedokrwistości Fanconiego (FA)
 Syntezy DNA z ominięciem miejsca uszkodzenia (TLS)
 Naprawy błędnie sparowanych zasad (MMR)
 Rekombinacji homologicznej (HR) i niehomolicznej (NHEJ)
 Szlaku naprawy przez wycięcie nukleotydu (NER)
Choroby genetyczne:
 skóra pergaminowa (XP)
 Dziedziczenie autosomalne recesywne
 Zmiany skórne, objawy oczne, neurologiczne
 Defekt genów kodujących enzymy odpowiedzialne za naprawę uszkodzeń DNA (helikazy, endonukleazy, polimerazy)
spowodowanych przez promieniowanie UV-C tj. dimerów pirymidynowych
 System naprawy uszkodzeń DNA funkcjonuje nieprawidłowo, mutacje kumulują się
 Dochodzi do mutacji w genach supresorowych albo protoonkogenach, dlatego też u pacjentów z XP występuje znacznie
zwiększone ryzyko nowotworów skóry

 zespół Recklinghausena (nerwiako-włókniakowatość typu 2)

 Mutacje w genie supresorowym NF2 na chromosomie 22, który koduje dwie formy białka merliny, które są białkiem cytoszkieletu
 Zmiany skórne mniejsze niż w typie 1

 ciężki niedobór odporności (SCID)

 Upośledzenie odporności komórkowej i humoralnej
 Zaburzenia polegają na nieprawidłowym różnicowaniu limfocytów B, T i NK
 W zależności od typu może być dziedziczona w sosób autosomalny recesywny bądź sprzężony z chromosomem X
 Mutacje w obrębie jednego z wielu genów: ADA, AK2, CD247, CD3D, CDE3, CORO1A, DCLRE1C, IL2RG, IL7R, JAK3, LIG4, NHEJ1,
PRKDC, PTPRC, RAG1, RAG2, TNFRSF4, ZAP70, PNP powodują zaburzenia limfocytów T i B przy prawidłowej liczbie komórek NK

?????????????????????????????????

Nowotwór – każda zmiana spowodowana niekontrolowanym rozrostem komórek, które nie różnicują się w typie komórki danej tkanki

Rak – nowotwór złośliwy, pochodzący z tkanki nabłonkowej np. skóry, płuc, wątroby, trzustki, jelita grubego…

Nowotwory są nazywane w zależności od typu tkanki, z której się wywodzą:

 Mięsaki – nowotwory tkanki łącznej
 Raki – nowotwory wywodzące się z tkanki nabłonkowej
 Chłoniaki – nowotwory wywodzące się z układu chłonnego
 Białaczki – nowotwory pochodzące z układu krwiotwórczego
 Glejaki – nowotwory z komórek gleju w mózgu
Komórki nowotworowe:
- Zdolność do niekontrolowanych podziałów w wyniku, których guz rozrasta się w obrębie tkanki macierzystej i niszczy otaczające go
struktury, upośledzając czynności sąsiadujących narządów
- Chromosomy komórek nowotworowych często wykazują rearanżacje strukturalne

Komórki nowotworowe – charakterystyka:

- Niezależność od sygnałów wzrostowych
- Niewrażliwość na sygnały hamujące wzrost
- Inwazja tkanek i przerzutowanie
- Nieograniczony potencjał replikacyjny
- Indukcja angiogenezy
- Oporność na sygnały prowadzące do śmierci

Procesy towarzyszące nabyciu przez komórki zdolności inwazyjnych:

 odróżnicowanie komórek
Komórki guza nie pełnią swojej funkcji w organizmie, bo nie są do końca zróżnicowane
- Komórki mogą mieć różny stopień odróżnicowania
o Anaplacja – całkowity brak zróżnicowania komórek
o Dysplazja – zatrzymanie różnicowania komórek na pewnym etapie
- W nowotworach łagodnych komórki nowotworowe nie różnią się fenotypowo od zdrowych i są otoczone torebką łącznotkankową,
dlatego łatwo usunąć je operacyjnie (np. gruszolak)
- W nowotworach złośliwych komórki znacznie różnią się fenotypowo od zdrowych i nie są osłonięte – występują luzek (np.
gruczolakorak)

 przerzutowanie
Komórki nabierają zdolności, które umożliwiają im metastazę (przerzutowanie) tj. wędrują po organizmie i w innym miejscu tworzą ogniska
- cechy ułatwiające przemieszczanie się komórek nowotworowych:
- Wytwarzanie enzymów proteolitycznych, które trawią błony podstawowe co umożliwia im dostanie się do światła naczyń
limfatycznych lub naczyń krwionośnych
- Wytwarzanie białek, które umożliwiają im mobilność
- Nie uleganie śmierci komórkowej
- Tranzycja fenotypu EMT – zmiana fenotypu komórek z nieruchomego (epitelialnego) na ruchliwy (mezenchymalny), może być
zaindukowana przez: cytokiny, czynniki wzrostu, hipoksję, białka macierzy zewnątrzkomórkowej
- Procesem odwrotnym do EMT jest tranzycja MET – zmiana fenotypu komórek z ruchliwego (mezenchymalnego) na nieruchomy
(epitelialny). Kiedy komórki nowotworowe opuszczają światło naczyń krwionośnych i zasiedlają „nową niszę” dochodzi do tej
przemiany: ruchliwe przechodzą na tryb osiadły

Fenotyp epitelialny:
 Morfologia nabłonkowa
 Polaryzacja komórki
 Liczne połączenia międzykomórkowe
 Ekspresja:
o Cytokeratyn
o E-kadheryny
o Plakoglobiny

Fenotyp mezenchymalny:
 Morfologia fibroblastu
 Ruchliwość
 Inwazyjność
 Ekspresja:
o N-kadheryny
o Wimentyny
o Fibronektyny
o Metaloproteinaz macierzy (MMP)

Przerzutowanie:
- Hipoteza nowotworowych komórek macierzystych sugeruje, że niewielka populacja komórek jest zdolna do otworzenia całego
nowotworu
- Zgodnie z tym modelem, komórki macierzyste nowotworu są samoodnawialne i zdolne do różnicowania się w kilka typów
komórek (multipotencjalne)
- Leki przeciwnowotworowe działają na szybko dzielące się komórki stanowiące większą część masy guza, natomiast przynoszą
niewielką szkodę komórkom macierzystym
- Liczne dowody badań in vivo oraz in vitro wskazują, że to właśnie populacja niezróżnicowanych, samoodnawiających się komórek
w guzie nowotworowym jest odpowiedzialna za odtwarzanie choroby i przerzutowanie
Główne markery nowotworowe komórek macierzystych

Transformacja nowotworowa – etapy:

0. Preinicjacja
- działanie czynników kacerogennych na prawidłowe komórki prowadzące do uszkodzeń DNA
1. Inicjacja
- wystąpienie w komórce licznych mutacji
- etap trwa od kilku do nawet 30 lat
2. Promocja
- Ujawnienie się zmian w komórkach potomnych komórki zainicjowanej
- Etap trwa kilka dni
3. Progresja/przerzuty
- Niepohamowane namnażanie się komórek i ich odróżnicowanie
- Komórki nowotworowe powstałe w fazie progresji uzyskują zdolność przemieszczanie się tworząc przerzuty
- Etap trwa od kilku miesięcy do kilku lat

Inicjacja:
- Rozpoczyna się wraz z pojawieniem się pierwszej nieodwracalnej mutacji w komórce
- Pierwotnie zmutowaną komórkę określa się jako komórkę macierzystą nowotworu
- Charakteryzuje się ona trwałą zdolnością do samoodtwarzania i małą zdolnością do różnicowania się
- Ważna rola predyspozycji genetycznych

- Jeżeli jedna mutacja jest odziedziczona to czas niezbędny do tranformacji komórki zdrowej w nowotworową jest skrócony o czas
jednego z wczesnych etapów mutacyjnych
- W konsekwencji proces transformacji, który trwa zwykle kilkanaście do kilkudziesięciu lat, może ulec skróceniu nawet do kilku lat

- Powstała zmiana o charakterze genotypowym może zostać utrwalona, kiedy uszkodzenie DNA nie zostanie rozpoznane oraz
naprawione przez komórkowe systemy naprawcze
- Komórki w których mutacja została utrwalona, określa się mianem zainicjowanych
- Na tym etapie zainicjowana komórka może zostać skierowana na drogę apoptozy, w wyniku utrwalenia mutacji zaburzającej
prawidłowe funkcjonowanie komórki
- Zainicjowana komórka może również pozostać utajona przez tygodnie, miesiące lub lata, dopóki nie zostanie pobudzona do dalszej
proliferacji
Promocja:
- Na tym etapie, komórka jest eksponowana na działanie czynników egzogennych i endogennych, czyli promotorów nowotworów
- Działanie promotorów opiera się przede wszystkim na stymulacji proliferacji komórek uszkodzonych oraz zahamowania apoptozy
- Etap promocji jest procesem odwracalnym. Jeśli czynnik promujący występuje w zbyt niskim stżeniu (poniże wartości progowej)
lub, gdy promotor nowotworu zaniknie, prawdopodobnie nastąpi regresja guza poprzez mechanizmy apoptozy
- Promotory nowotworowe są zazwyczaj tkankowo specyficzne, ale rówież mogą działać jednocześnie na kilka różnych tkanek i
narządów

Zmienione komórki zaczynają wytwarzać dodatkowe czynniki:

 Angiogenne – niezbędne do tworzenia sieci naczyń krwionośnych umożliwiających zarówno wzrost guza jak i przemieszczanie się
w inne rejony organizmy (tworzenie przerzutów)
 Wzrostowe – które działają autokrynnie pobudzając komórki do jeszcze intensywniejszego namnażania
 Peptydowe – wpływające na wydzielanie przez komórki prawidłowe specyficznych białek przyspieszających mobilność i
zwiększających inwazyjność komórek nowotworowych

Oddychanie komórek nowotworowych:

 W obecności tlenu, nieproliferujące (zróżnicowane) komórki, metabolizują glukozę do pirogronianu, który jest całkowicie
utleniany w mitochondriach do CO2 i wody. Kiedy ilość tlenu jest ograniczona, komórki mogą przekierować pirogronian powstały
w czasie glikolizy beztlenowej na drogę fermentacji mlekowej i utworzyć mleczan
 Komórki proliferujące i nowotworowe przeprowadzają proces glikolizy tlenowej, w którym glukoza w 85% przekształcana jest do
mleczanu (w obecności tlenu). Mitochondria (także w komórkach nowotworowych) mogą funkcjonować prawidłowo i w nich
około 10% glukozy jest kierowane na inną ścieżkę biosyntetyczną metabolizmu (cykl pentozowy)

Komórki nowotworowe dzielą się szybko i nie opłaci się im oddychać, stąd wykorzystywanie komórek podścieliska, które dostarczają im
paliwa.

istnieje metaboliczna współpraca pomiędzy aktywowanymi fibroblastami zrębu nowotworu a komórkami nowotworowymi pochodzenia
nabłonkowego
 wysokoenergetyczne związki (pirogronian, mleczan) produkowane przez komórki podścieliska mogą wchodzić do cyklu Krebsa w
komórkach nowotworowych, dzięki czemu zachodzi w mitochondriach tlenowy metabolizm promujący wzrost i rozwój nowotworu.

Komórka prawidłowa:
 Wirusy onkogenne (DNA, RNA)
 Protoonkogeny (aktywacja)
 Komórka nowotworowa
 Geny supresorowe (inaktywacja)

Geny związane z transformacją nowotworową:

  Protoonkogeny
EGF, VEGF, EGFR, VEGFR, Src, ABL, CDK, RAS, MYC, NF-xB, Sis, Her2
 Geny supresorowe (antyonkogeny)
RB1, WT1, TP53, APC, BRCA, ATM

Protoonkogeny – geny obecne w prawidłowych komórkach, kontrolujące proliferację i różnicowanie się komórek. One kodują białko będą
przekaźnikiem informacji, przenoszącym sygnał z błony komórkowej do jądra.
- Produktami białkowymi tych genów są m.in. czynniki wzrostu, receptory czynników wzrostu, regulatory cyklu komórkowego, czynniki
transkrypcyjne oraz białka sygnalizacyjne

Aktywność protoonkogenów – podlega kontroli mechanizmów homeostazy na poziomie komórki: m.in. przez działanie supresorów, jak i
całego organizmy (hormony, cytokiny)

Onkogeny – protoonkogeny zmienione w taki sposób, że białka przez nie kodowane (onkoproteiny) uczestnicząc w procesach życiowych
komórki, przekształcają ją w komórkę nowotworową. Poza tym, onkogeny z uwagi na ich zmutowaną formę, ciągle przekazują sygnał do
podziału komórek, zamiast działać krótko, pod wpływem bodźca.

Aktywacja protoonkogenów:
- Infekcja komórki retrowirusem zawierającym podobne onkogeny do prawidłowych protoonkogenów
- Mutacje punktowe w tym mutacje w mikro-RNA, które kontrolują ekspresję genów
- Translokacje chromosomowe delecje, insercje lub rearanżacje wewnętrzne
- Przeniesienie protoonkogenu pod kontrolę innego promotora lub enhancera lub fuzja genów
- Amplifikacje protoonkogenów

Onkogeny – ulegają mutacjom o charakterze dominującym (do wywołania efektu wystarczy jeden allel)
 najczęściej obserwowanymi zmianami w obrębie onkogenów są mutacje genów z rodziny RAS (K-RAS, H-RAS, N-RAS)
- Około 20% wszystkich nowotworów posiada mutacje w genach RAS (mutacje w onkogenie K-RAS występują w około 90%
nowotworów trzustki, 50% nowotworów jelita grubego, 30% nowotworów płuc)
- Skutkiem mutacji jest brak możliwości dezaktywacji białka, które nieprzertwalnie pobudza komórkę do niekontrolowanych
podziałów
- Zapoczątkowany zostaje proces transformacji nowotworowej

Onkogeny – rodzaje
 1. Onkogeny związane z czynnikami wzrostu – czyli białkami, które za pomocą specyficznych receptorów stymulują wzrost i podziały
komórek docelowych
Do tej grupy należą:
- Onkogen SIS
- Onkogen FMS
- Onkogen RAS
2. Onkogeny jądrowe – czyli takie, które kodują czynniki transkrypcyjne regulujące ekspresję innych genów
Do tej grupy należą:
- MYC
- JUN i FOS
- ERBA
- ABL

o Onkogeny – mutacja powoduje ich aktywację – pedał gazu w samochodzie się zaciął, jest ciągle wciśnięty
o Geny supresorowe – mutacja powoduje ich dezaktywację – hamulce przestały działać!
o Geny mutatorowe i „starość” – mutacje powodują brak naprawy DNA lub jest nieskuteczna – mechanik nic nie warty

Geny supresorowe – strażnicy genomu, antyonkogeny

- Ulegają mutacjom recesywnym, czyli oba allele genu muszą być utracone lub inaktywowane
- Mutacje mogą mieć charakter somatyczny lub germinalny
- Zmutowana forma przekazywana z pokolenia na pokolenie znacząco zwiększa ryzyko choroby nowotworowej
- W prawidłowych komórkach geny supresorowe funkcjonują jako negatywne regulatory cyklu komórkowego:
 Kodowane [rzez nie białka hamują wejście komórki w fazę mitozy, a także odgrywają ważną rolę w indukcji
apoptozy
 Są odpowiedzialne za kontrolę replikacji oraz za stabilność genetyczna komórki

Gen supresorowy – Rb:

- Jest zlokalizowany na chromosomie 13
- Odpowiedzialny za siatkówczak oka – retinoblastomę
- Koduje białko decydujące o wejściu komórek w cykl komórkowy
- Gdy pRb jest nieaktywne w komórce to komórka może swobodnie i w sposób niekontrolowany wejść w cykl komórkowy
- Niska fosforylacja oznacza jego aktywność – może zatrzymać cykl komórkowy przed fazą S

Gen supresorowy – TP53

- Oddziaływuje z 60 innymi białkami
- Zlokalizowany w krótszym ramieniu chromosomu 17
- Koduje czynnik transkrypcyjny o masie 53 kDa
- W małych stężeniach występuje we wszystkich typach komórek

Gen supresorowy BRCA1 BRCA2

PTEN

APC q21

Funkcje:
Gen mutatorowy
CHEK2

Geny modulatorowe
Geny polimorficzne

Wirusy w onkogenezie
Związek różnych wirusów z nowotworami u człowieka
Niestabilność genetyczna – zwiększona podatność niektórych komórek na działanie czynników uszkadzających związana jest z
występowaniem tak zwanej niestabilności genetycznej

Cecha ta może się ujawniać jako:

- Niestabilność chromosomowa – nagromadzenie aberracji liczbowych oraz struktruralnych chromosomów
- Niestabilność mikrosatelitarna – zmiana długości alleli powstała w wyniku zwiększenia lub zmniejszenia liczby powtórzeń
nukleotydowych

Niestabilność chromosomowa:
- Translokacje mogą również przyczyniać się do powstawania nowych genów – onkogenów
- Najlepiej znanym przykładem jest chromosom Filadelfia występujący w 95% przypadków przewlekłej białaczki szpikowej.
translokacja ta prowadzi do połączenia dwóch protoonkogenów BCR i ABL

Niestabilność epigenetyczna:
- Zmiany ekspresji genów niezwiązane bezpośrednio z sekwencją DNA
- Zmiany epigenetyczne mogą być specyficzne dla danych typów nowotworów np. glejaka wielopostaciowego oraz raka jelita
grubego, stercza, płuc, przełyku, pęcherza moczowego
- Ich przyczyną są zaburzenia w rearanżacje struktury chromatyny lub nieprawidłowa metylacja DNA
o Hipometylacja – związana jest zazwyczaj z nadekspresją onkogenów
o Hipermetylacja – wycisza funkcje genów supresorowych

Czy każdy nowotwór zapisany jest w genach?

- Po rodzicach dziedziczymy geny
- Wśród nich mogą znaleźć się takie, które predysponują do rozwoju nowotworu np. te które są zmutowane
- Nie jest dziedziczny, jest nabyty – dziedziczymy predyspozycje
- Nowotwór to efekt działania współdziałania genów i środowiska (ważne jest jak żyjemy, odżywiamy się, czy jesteśmy narażeni na
działanie substancji kancerogennych)

Kiedy komórki nowotworowe przełamują bariery obronne?

- Mechanizmy naprawcze ulegają uszkodzeniu
- Uszkodzenia gromadzą się w pewnym momencie „eksplodują” w postaci nowotworu
- Czynnikiem ryzyka jest też wiek, gdyż z biegiem lat wszystkie mechanizmy obronne czy też pracy naszego organizmu ulegają
osłabieniu, również te naprawiające uszkodzenia

Mutacje:
 Somatyczne – zachodzą w komórkach somatycznych i nie są dziedziczone
  Generatywne/germinalne – zachodzą w komórkach rozrodczych czyli gametach, są dziedziczne

Mutacje – sposób powstawania

 Indukowane
o Fizyczne
o Biologiczne
o Chemiczne
 Spontaniczne
o Błędy polimerazy DNA tautomeria
Mutacje spontaniczne/endogenne:
1. Błędy polimerazy podczas replikacji
Główną rolę w replikacji odgrywają polimerazy replikacyjne 8 (delta) i e. wierność polimeraz zapewnia komórce stabilność
genomową i zapobiega mutagenezie. Jednak, polimerazy mogą popełniać błędy, które, jeśli nie zostaną skorygowane, mogą
prowazić do niekorzystnych efektów w komórce.
Obniżona zdolność korekcyjna polimerazy DNA podczas replikacji, może spowodować wbudowanie do nowo syntetyzowanej nici
niekomplementarnego nukleotydu

2. Tautomeria zasad azotowych

Tautomery – izomery strukturalne zasad azotowych pozostające w stanie równowagi dynamicznej:
Tymina występuje w postaci 2 tautomerów:
 Formy ketonowej i enolowej (mogą przechodzić z jednej formy w drugą (grupa ketonowa – CO, enolowa = C-OH)
 Najczęściej występuje forma ketonowa, ale podczas przechodzenia widełek replikacyjnych może pojawić się forma
enolowa w matrycy DNA
 Prowadzi to do błędu: w formie wnolowej T jest komplementarna do G
Adenina występuje w postaci 2 tautomerów: formy aminowej i iminowej (łączy się z C a nie z T)
Guanina: forma ketonowa i enolowa (G z T, a nie z C)

 konsekwencją błędów replikacyjnych i przekształceń tautomerycznych są mutancje punktowe

Mutacje indukowane – na skutek zadziałania czynnika biologicznego, chemicznego lub fizycznego

1. Substytucje – jedna zasada azotowa w DNA zostaje zastąpiona inną

 Tranzycje – zmiana jednej zasady purynowej na drugą purynową lub pirymidynowej na pirymidynową
 Transwersja – zasady purynowe przechodzą w pirymidynowe lub odwrotnie
 najczęstsza mytacja w DNA: tranzycja G A
2. Delecja – jeden lub więcej nukleotydów wypada z sekwencji DNA
3. Insercja – wstawiony zostaje jeden lub więcej nukleotydów do sekwencji DNA

Mutacje dynamiczne:
 Polegają na zwielokrotnieniu liczby powtórzeń motywu złożonego z 2, 3, 4 rzadziej 5 nukleotydów w sekwencji DNA
 Przyczyna powstawania: zjawisko poślizgu polimerazy DNA podczas replikacji DNA

Poślizg replikacyjny – powstaje głównie w miejscach zawierających krótkie, powtórzone sekwencje

 Przesunięcie nici matrycowej i potomnej o jedną (lub o więcej) jednostkę (zachowane parowanie)
 Najczęściej mutującym motywem jest kodon CAG kodujący glutaminę

Skutki mutacji w obszarach kodujących:

 Zmiana sensu (skutek substytucji):
o Synonimiczna nowy kodon koduje taki sam aminokwas, powstaje niezmieniony produkt genu, mutacja nie ma wpływu na
funkcję genu i jest mutacją niemą/cichą
o Niesynonimiczna – nowy kodon koduje inny aminokwas i w białku zostaje zmieniony aminokwas, przez co może
upośledzać funkcjonowanie białka
 Zmiany typu nonsens (skutek substytucji):
o Kodon kodujący zostaje zastąpiony kodonem terminacyjnym (STOP), co powoduje zatrzymanie translacji i skrócenie
powstającego białka
 Zmiany kodonu terminacyjnego
o Kodon terminacyjny zostaje zastąpiony kodonem kodującym aminokwas co powoduje pominięcie sygnału zakończenia
translacji i w konsekwencji wydłużenie powstającej cząsteczki białka
 Zmiany fazy odczytu/ramki odczytu:
o Powoduje wbudowanie w polipeptyd innych niż pierwotnie aminokwasów lub pojawienie się kodonu STOP i
przedwczesną terminację translacji

Skutki mutacji w obszarach niekodujących:

Mutacje punktowe (delecja) w regionie promotora (P) lub sekwencjach regulatorowych (R) zaburzają proces transkrypcji
  Mutacje punktowe w intronach lub na granicy intron-ekson
o Powodują zmiany splicingu mRNA (niewłaściwe wycięcie lub niewycięcie intronów)

Mutacje punktowe mogą być odwracalne na drodze rewersji lub supresji

 Rewersja (mutacja powrotna, wsteczna) – organizm odzyskuje wyjściowy genotyp i fenotyp w wyniku ponownej mutacji
(wstecznej); mutacja wtórna zachodzi dokładnie w tym samym miejscu co mutacja pierwotna
 Supresja (mutacja supresorowa) – przywraca wyjściowy fenotyp w wyniku ponownej mutacji w innym miejscu niż mutacja
pierwotna
o Supresja wewnątrzgenowa – mutacja zachodzi w tym samym genie, lecz w innym miejscu
o Supresja zewnątrzgenowa – mutacja zachodzi poza genem, który pierwotnie uległ mutacji przywracając jego funkcję

Dupliacja – podwojenie fragmentu chromosomu, najczęściej w wyniku translokacji, inwersji lub efekt nierównomiernego crossing-over
podczas mejozy

Inwersje – powstają w wyniku pęknięcia chromosomu w dwóch miejsach, a następnie odwróceniu fragmentu o 180 stopni i ponownym
włączeniu w to samo miejsce
- w wyniku inwersji geny w odwróconym odcinku będą występowały w chromosomie w odwróconej kolejności
 Pericentryczna – obejmuje fragment chromosomu wraz z centromerem
 Peracentryczna – zawierająca odcinek be centromeru

Translokacje wzajemne – przeniesienie odcinka chromosomu w inne miejsce w obrębie danej pary chromosomów

Translokacja robertsonowska = fuzja centryczna

 Miejscem pęknięcia jest rejon centromeru
 Łączą się całe lub prawie całe długie ramiona chromosomów niehomologicznych akrocentrycznych
 Dochodzi do utraty ramion krótkich a wraz z nimi niewielkiej ilości materiału genetycznego
 W kariotypie stwierdza się brak chromsomu

Translokacje zrównoważone i niezrównoważone

Aberracje

Chromosom kolisty lub pierścieniowy:

- powstaje na skutek utraty obu końców chromosomów i ponownym połączeniu powstałych końców

Izochromosomy:
- powstają na skutek nieprawidłowego poprzecznego podziału centromeru macierzystego chromosomu, przez co chromosomy potomne
składają się z połączonych albo ramion krótkich albo długich

Chromosom dicentryczny
- zawierają dwa centromery

Aberracje genomowe – liczbowe:

 1. Aneuploidy – dotyczą zmniejszania lub zwiększenia liczby chromosomów w pojedynczych parach chromosomów homologicznych
 Prowadzą do monosomii (2n-1) czyli brak chromosomu z pary homologicznej
 Nullisomia (2n-2) czyli brak jednej pary chromosomów
 Do trisomii (2n+1) czyli dodatkowy chromosom z danej pary
 Tetrasomii (2n+2) dodatkowe 2 chromosomy danej pary
Aneuploidy – przyczyny
- Nondysjunkcja (nierozejście się chromosomów) podczas mitozy lub mejozy
- Opóźniony podział centromeru
- Nierówny podział chromosomów do biegunów wrzeciona
- Utrata chromosomów w anafazie spowodowana uszkodzeniem wrzeciona kariokinetycznego

Euploidy – dzielimy na:

 Autopoliploidy / autoploidia – zwielokrotnieniu ulega ten sam homologiczny zestaw chromosomów u jednego
osobnika
 Allopoliploidy / alloploidia – zwielokrotnione niehomologiczne zestawy chromosomów dwóch gatunkow

2. Euploidia (poliploidia) – mają zwielokrotniony cały podstawowy zespół chromosomów

Wyróżniamy:
 Haploidy – pojedynczy zestaw (n)
 Diploidy – podwójny zestaw (2n)
 Triploidy – potrójny zestaw (3n)
 Tetraploidy – poczwórny zestaw (4n)
Euploidy – przyczyny
- Endomitoza, czyli replikacja chromosomów bez podziału jądra i cytoplazmy
- Brak rozdziału chromosomów w mitozie
- Zaburzenia w podziałach mejotycznych
- C-mitozy (działanie czynników uszkadzających powoduje brak wrzeciona i chromosomy metafazowe są przypadkowo
rozrzucone w komórce)

Regulacja ekspresji genów – jest procesem decydującym o tym, który z fragmentów DNA komórki ma ulec ekpresji ( być wykorzystywanym
do tworzenia funkcjonalnego produktu, np. białka)

Ekspresja genów Eukaryota i Prokaryota

Prokaryota Eukaryota
Geny niepodzielone – operator – sekwencja regulatorowa Geny podzielone
Nie ma rozdzielenia czasowego i przestrzennego między Transkrypcja i translacja są rozdzielone w czasie i przestrzeni
transkrypcją i translacją
Geny zebrane w operony; jeden promotor obsługuje wiele genów Brak promotorów; jeden promotor obsługuje jeden gen; każdy gen
regulowany indywidualnie