‫שיעור ‪16.3.

20 5‬‬
‫יציבות חלבונים‬
‫התורם הראשי ליציבות החלבון הוא האפקט ההידרופובי של חומצות האמינו שנמצאות בחלקו הפנימי‪.‬‬
‫חלבונים שעברו דנטורציה (הרס המבנה השלישוני והשניוני עקב חימום למשל) יכולים לפעמים לעבור‬
‫רנטורציה (קיפול נכון מחדש)‪ .‬חלבונים הם גמישים (המבנה לא קשיח ויכול להתכופף מעט)‪ .‬חלבון במצב‬
‫תקין נמצא לרוב במצב שיווי משקל שאינו יציב – ולכן לעיתים בדנטורציה (כשהורסים את מבנה החלבון) ואז‬
‫מנסים לתת לו להתחיל להתקפל מחדש – הרבה פעמים הוא לא יתקפל מחדש באופן הנכון‪(.‬לרוב יגרום‬
‫לחלבון לא תקין מבחינה תפקודית)‪.‬‬
‫הידרופתיה הוא מדד המציין את רמת ההידרופוביות של חומר (חומצה אמינית בהקשר שלנו)‪ -‬כשנבדוק את‬
‫רמת ההידרופתיה עבור כל חומצה אמינית אנחנו נראה שח‪ .‬אמינו טעונות יהיו בעלות מדד הידרופתי שלילי‬
‫(הידרופיליות) ולהפך – כשנבדוק מדד הידרופתיה לשרשרת פפטידית אנחנו יכולים לנחש אילו רצפים יהיו‬
‫בחלק הפנימי של החלבון (רצפים עם מדד הידרופתי חיובי)‪ ,‬ואילו רצפים יהיו בחלק החיצוני של החלבון‬
‫(רצפים עם מדד הידרופתי שלילי)‪.‬‬
‫חלבוני ממברנה – ישנם חלבונים שנתקעים בממברנה של התא (חלבונים טרנס‪-‬ממברנליים)‪ .‬הממברנה‬
‫עצמה היא הידרופובית (מורכבת מחומצות שומן)‪ ,‬והאזור שבתוך ומחוץ לתא הם הידרופיליים (יש מים מחוץ‬
‫ובתוך התא בתכלס) – כך שחלבונים אלו‪ ,‬הם חלבונים שהחלק האמצעי שלהם הוא שרשרת מאוד‬
‫הידרופובית (לרוב הוא יהיה ‪ – )alpha helix‬וזה החלק שנתקע בתוך הממברנה‪.‬‬

‫כחלק מיציבות החלבון‪ ,‬יש תרומה גם לקשרי המימן (פחותה מהאפקט ההידרופובי של החלבון)‪ .‬קשרי המימן‬
‫שנוצרים בין אזורים שונים בחלבון הם מעט חזקים יותר מקשרי המימן שיש בין חומצות אמינו פולריות בחלבון‬
‫למים שמסביב לחלבון‪ .‬התרומה העיקרית של קשרי המימן היא שהן עוזרות לחזק את הקיפול הנכון של‬
‫החלבון על פני אלטרנטיבות קיפוליות (שוות אנרגיה) שייצרו חלבון לא פונקציונלי‪.‬‬
‫חלק מהחלבונים יהיו יציבים יותר רק במקומות מסוימים בגוף – חלבונים בעלי קשרים די‪-‬סולפידים נדירים‬
‫בסביבה תוך תאית כיוון שהסביבה בתוך התא מאוד מחזרת (סביבה מחזרת תפתח את הקשרים‬
‫הדי‪-‬סולפידים)‪ .‬לכן הם יותר נפוצים בחלבונים שנועדו להפרשה מחוץ לתא (למשל‪ ,‬באינסולין)‪.‬‬

‫חלבונים מסוימים לעיתים נעזרים במתכות לצורך יציבות – מוטיב נפוץ שתורם ליציבות הוא ה‪– zinc fingers‬‬
‫קבוצות של ציסטהין והיסטידין על שרשרת פוליפפטידית שנתפסות כולן על יון אבץ (‪ – )zinc‬זה תורם ליציבות‬
‫הדומיין הספציפי על גבי החלבון‪.‬‬
‫דנטורציה – בעצם מדובר ביישור מחדש של השרשרת הפוליפפטידית‪ .‬הגורמים העיקריים הם חום גבוה‪,‬‬
‫רמת ‪ pH‬שלא מותאמת לחלבון (לכל חלבון רמת ‪ pH‬אופטימלית)‪ ,‬דטרגנטים (סבונים כמו ‪ SDS‬למשל)‪,‬‬
‫וחומרים כאוטרופים (אוראה ויונים מסוימים אשר מגבירים מסיסות של חומרים לא פולרים)‪ .‬במצב תקין‬
‫החלבון מתחיל להתקפל למבנה שניוני בהדרגה תוך כדי שהשרשרת הפוליפפטידית שלו נוצרת (כלומר‬
‫תוך כדי יצירת המבנה הראשוני בתהליך התרגום)‪ ,‬לכן כשכל החלבון צריך להתקפל בבת אחת לרוב הוא‬
‫יתקפל לא כראוי ‪ .‬ישנם חלבונים שכל התפקיד שלהם זה לעזור לחלבונים להתקפל מחדש (לעבור רנטורציה)‬
‫אם נפתחו (כמו למשל צ'אפרונים – ‪ .)chaperons‬הוכח כי ברצף הראשוני של החלבון יש את כל המידע‬
‫הדרוש כדי לקפלו באופן הנכון‪ .‬לפי ‪ anfinsen’s dogma‬למבנה הנכון של החלבון יש את הרמה האנרגטית‬
‫הנמוכה ביותר‪ ,‬ולכן אם נשים חלבון שלא מקופל נכון בסביבה פיזיולוגית נכונה‪ ,‬בסופו של דבר הוא יתקפל‬
‫נכון וישיג את פעילותו (וזה נכון עד לרמה מסוימת)‪.‬‬
‫לכל חלבון יש טווח טמפרטורות אופטימלי עבורו (בגוף שלנו זה יהיה עד ‪ 42‬מעלות חום)‪ ,‬אך חיידקים‬
‫במעיינות חמים למשל (חיידקים היפרתרמופיליים = אוהבי חום) פיתחו חלבונים שעמידים בעיקר‬
‫בטמפרטורות גבוהות – לעיתים סביב ‪ 100‬מעלות צלזיוס‪.‬‬
‫הגמישות של החלבון עוזרת לתזוזתיות שלו‪ ,‬ולכך שהוא יכול לשנות קונפורמציות ואת מבנהו‪ .‬בגלל‬
‫התנועתיות הזו הוא גם מאוד סוספטבילי ליציאה מאיזון על ידי שינויי חום‪ pH/‬וכו' (כל הפרעה קטנה יכולה‬
‫להרוס את שיווי המשקל של החלבון)‪.‬‬
 ‫‪ – Intrinsicly disordered proteins‬חלבונים עם שרשרת הידרופילית ארוכה שאין לה ליבה הידרופובית‪ ,‬וכך‬
‫אנחנו מקבלים חלבון בלי מבנה יציב (כמעט בחצי מהחלבונים הקיימים יש אזורים כאלו)‪ .‬המצב הזה מאפשר‬
‫להם לנוע ביתר חופשיות בתא‪ ,‬ולעיתים כאשר נקשרים לחומר אחר בתא (חלבון למשל) הוא עשוי להתלפף‬
‫עליו ולהיות יציב יותר‪ .‬חלבונים אלו בעיקר עושים רגולציה תוך תאית‪.‬‬
‫תהליך קיפול חלבון – כדי שהחלבון יתקפל יחסית מהר יש מסלולי קיפול שהחלבון עובר (במקום להתנסות‬
‫בכל דרכי הקיפול האפשריות)‪ .‬למשל‪ ,‬מבנים שניונים רבים יכולים להתקפל בבת אחת בלי להפריע זה לזה‬
‫(תוך ‪ 5‬מילישניות)‪ ,‬ואחריהם מבנים שלישוניים רבים מתחילים להתקבל בו זמנית באזורים שונים על החלבון‬
‫(עד שנייה אחת מתחילת הקיפול)‪ .‬בחלבונים גלובולרים מתחרש גם ‪ – hydrophobic collapse‬ליבה‬
‫הידרופובית מתחילה להיווצר אשר מתקפלת פנימה‪.‬‬
‫בקיפול הסופי של החלבון המטרה שלו היא להגיע למבנה הנכון‪ ,‬היציב ביותר‪ .‬לעיתים תוך כדי הקיפול‬
‫החלבון יכנס לכיס אנרגטי (מצב אנרגטי נמוך‪ ,‬אך לא הנמוך ביותר – ויציאה מהקיפול הנוכחי כדי להתקפל‬
‫מחדש מצריכה אנרגיה) – ובמצב כזה יכול להכנס חלבון צ'אפרון ולעזור לחלבון לפתוח את הקיפול הלא נכון‬
‫(להוציא אותו מהכיס האנרגטי ולאפשר לו כעת להתקפל נכון)‪.‬‬
‫מחלות של קיפול לא נכון – בהרבה מחלות נוירודגנרטיביות יש בעיה של חלבונים שהתקפלו לא נכון –‬
‫באלצהיימר למשל חלבון מסוים מתקפל לא נכון והופך ל‪ – amyloid‬מבנה סיבי שמעודד אגרגטים (מצב שבו‬
‫חלבונים אוהבים להדבק זה לזה)‪ ,‬וזה מצב שרעיל לסביבה התאית‪ .‬במחלת הפרה המשוגעת‬
‫וקרויצפלד‪-‬יעקב ישנם חלבונים (פריונים) שאינם מקופלים נכון‪ ,‬ואף יכולים להרוס ("להדביק") חלבונים תקינים‬
‫כשהם נוגעים בהם (אפוקליפסת זומבים של חלבונים)‪.‬‬
‫שינוי קונפורמציה של חלבון (שינוי מבני) יכול לתפקד בתור העברת סיגנל – חומר חוץ תאי (ליגנד) נוגע‬
‫בחלבון מבחוץ – החלבון כתוצאה מכך משנה קונפורמציה‪ ,‬והחלק הפנימי שלו כתוצאה מכך יכול למשל‬
‫לשחרר סיגנל תוך תאי‪.‬‬
‫אנזימים‬
‫אנזימים הם חלבונים אשר מאיצים תהליכים פיזיולוגים (פי ‪ 106-1012‬יותר מהר) – בהם יש סובסטרט (חומר‬
‫מוצא) שצריך להפוך לתוצר‪ .‬קטליזה היא התהליך בו האנזים מזרז תהליך ביולוגי (אנזים הוא ‪ .)catalyst‬רוב‬
‫התהליכים הביולוגים מזורזים על ידי אנזימים‪ .‬יוצאי דופן הם ‪ – ribozymes‬אנזימים אשר מהווים מולקולות‬
‫‪( rRNA‬לא חלבונים)‪.‬‬

‫הפעולה של האנזים היא בעצם הורדת המחסום האנרגטי שדרוש כדי להפוך את חומר המוצא למגיב בלבד‪.‬‬
‫הוא לא משפיע על שיווי המשקל בין התוצרים למגיבים‪ .‬כלומר בהשוואה לריאקציה בה אין אנזים – לבסוף‬
‫יהיו לנו אותו יחס של מגיבים‪-‬תוצרים בשני המצבים (עם או בלי אנזים) – אבל בריאקציה עם האנזים‬
‫אנחנו נגיע ליחס הזה יותר מהר‪ .‬האנזים נקשר למגיבים באתר הקטליטי (אתר קישור בין המגיב לאנזים)‪.‬‬
‫קו‪-‬פקטור ‪ -‬מולקולה שלרוב משתתפת בתהליך הקטליטי – היא נקשרת לאנזים ועוזרת לו לבצע את תפקידו‪.‬‬
‫האנזים לא נקשר לכל דבר – יש לו כמה אתרי קישור‪ ,‬ביניהם אחד לסובסטרט‪ ,‬ואחד או יותר לחומרים אחרים‬
‫שמטרתם לעשות רגולציה על הפעילות שלו (למשל בקרה אלוסטרית – חומרים שנקשרים לאנזים ומונעים‬
‫ממנו לקשור את הסובסטרט)‪ .‬אנזימים כמו חלבונים הם אופטימליים בפעולתם עבור חום ספציפי ו‪ pH‬ספציפי‪.‬‬
‫בנוסף‪ ,‬הם לרוב לא מתכלים (אין הרבה תחלופה שלהם)‪.‬‬

‫‪ – saturation kinetics‬עקומה המתארת את שינוי מהירות הריאקציה כתלות בשינוי ריכוז הסובסטרט (כאשר‬
‫כמות האנזים היא קבועה)‪ .‬בריכוזי סובסטרט נמוכים‪ ,‬הוספת סובסטרט תעלה ביחס ישר את מהירות‬
‫הריאקציה (יש הרבה אנזימים חופשיים – הכפלת הסובסטרט מאפשרת להכפיל את התפוקה של תוצר)‪ ,‬אך‬
‫בריכוזי סובסטרט גבוהים‪ ,‬הוספת סובסטרט תעלה במעט את מהירות הריאקציה (זה כיוון שרוב האנזימים‬
‫כבר עובדים)‪ ,‬בנוסף אפשר למצוא את ה‪ Km‬של הריאקציה – בה מהירות הריאקציה היא חצי מהמהירות‬
‫המקסימלית שלה‪.‬‬