Trường Đại Học Khoa học Tự nhiên

Khoa Hóa Học – Bộ môn Hóa Học Hữu cơ

HÓA HỌC HỮU CƠ 2

PGS.TS. Nguyễn Trung Nhân

ntnhan@hcmus.edu.vn
2
PHÂN TỬ SINH HỌC: AMINO ACID,
PEPTIDE VÀ PROTEIN

3
Chương 26 – PHÂN TỬ SINH HỌC: AMINO ACID,
PEPTIDE VÀ PROTEIN
 Protein xuất hiện trong mỗi cơ thể sống, và có nhiều
loại khác nhau với chức năng sinh học khác nhau.
 Tất cả protein đều được tạo thành từ các amino acid
liên kết với nhau thành một mạch dài.
 Amino acid có hai chức năng do có chứa cả nhóm
amino có tính base, lẫn nhóm carboxyl có tính acid.

4
 Vai trò của amino acid như là các vật liệu xây dựng để
tạo ra các protein.
 Đối với mục đích phân loại, những mạch có ít hơn 50
amino acid được gọi là peptide, trong khi tên gọi
protein được sử dụng cho những mạch lớn hơn.

5
26.1. CẤU TRÚC CỦA AMINO ACID :
 Amino acid tồn tại trong dung dịch chủ yếu ở dạng ion
lưỡng cực, hay zwitterion.

6
Bảng 26.1 Các amino acid thông thường trong protein

7
8
9
10
 Ngoại trừ glycine (H2NCH2CO2H), carbon a của các
amino acid đều là những tâm thủ tính.
 Tuy nhiên trong tự nhiên chỉ sử dụng một dạng đối
phân để tạo thành protein.
 Do có hóa học lập thể tương tự như đường L (Mục
25.3) nên các a-amino acid xuất hiện trong tự nhiên
thường được cho là L amino acid.

11
26.2. AMINO ACID, PHƯƠNG TRÌNH HENDERSON
– HASSELBALCH VÀ ĐIỂM ĐẲNG ĐIỆN
 Để áp dụng phương trình Henderson-Hasselbalch vào
amino acid, hãy xác định dạng nào của alanine tồn tại
trong dung dịch 1,00M tại pH=9,00. Theo bảng 26.1,
alanine đã được proton hóa [+H3NCH(CH3)CO2H] có
pKa1=2,34, và alanine zwitterionic trung hòa
[+H3NCH(CH3)CO2-] có pKa2=9,69.

12
 Khi pH dung dịch gần pKa2 hơn pKa1 thì chúng ta cần sử
dụng pKa2 để tính toán. Từ phương trình Henderson-
Hasselbalch, ta có:

 Do đó:

 Kết quả cho thấy [HA]=0,83 và [A-]=0,17. Tại pH=9,00,

83% phân tử alanine trong dung dịch 1,00M tồn tại ở
dạng trung hòa (zwitterionic), và 17% còn lại ở dạng
deproton hóa.
13
 Cách tính tương tự có thể sử dụng với pH khác và kết
quả được mô phỏng trong đường cong chuẩn độ như
được trình bày trên hình 26.1:

Hình 26.1 Đường cong chuẩn độ của alanine

14
 Bước nhảy đầu tiên, từ pH 1 đến 6, tương ứng với sự
phân ly của alanine đã proton hóa, H2A+.
 Bước nhảy thứ hai, từ pH 6 đến 11, tương ứng với sự
phân ly của alanine zwitterionic, HA.
 Nếu chúng ta bắt đầu với H2A+ tại pH thấp và sau đó
chuẩn độ với NaOH. Khi thêm 0,5 đương lượng NaOH,
quá trình deproton hóa H2A+ hoàn thành và HA chiếm
ưu thế, khi thêm 1,5 đương lượng NaOH, quá trình
deproton hóa HA đã tiến hành được 50%, và khi thêm 2
đương lượng NaOH, hoàn thành quá trình deproton hóa
HA.

15
 Ở đường cong chuẩn độ trên hình 26.1, trong dung dịch
acid, amino acid bị proton hóa và tồn tại chủ yếu ở
dạng cation.
 Trong dung dịch base, amino acid được deproton hóa
và tồn tại chủ yếu ở dạng anion.
 Giữa hai dạng này là một pH trung gian, tại đó amino
acid tồn tại ở cân bằng của hai dạng anion và cation,
chủ yếu là trung hòa, zwitterion lưỡng cực. pH này
được gọi là điểm đẳng điện của amino acid (pI) và có
giá trị 6,01 đối với trường hợp alanine.

16
 Điểm đẳng điện của amino acid tùy thuộc vào cấu trúc
của chúng, giá trị điểm đẳng điện của 20 amino acid
phổ biến cho bởi bảng 26.1.
 15 loại amino acid trung hòa có điểm đẳng điện gần với
vùng trung hòa, pH 5.0 đến 6.5.
 Hai amino acid mang tính acid có điểm đẳng điện tại pH
thấp để quá trình deproton hóa của –CO2H mạch nhánh
không diễn ra tại pI của chúng.
 Ba loại amino acid có tính base có điểm đẳng điện tại
pH cao hơn để quá trình proton hóa nhóm amino mạch
nhánh không diễn ra tại pI của chúng.

17
 Cụ thể hơn, pI của các amino acid là trung bình của hai
hằng số phân ly acid, bao gồm zwitterion trung hòa.
 Đối với 13 amino acid có mạch nhánh trung hòa, pI có
giá trị trung bình của pKa1 và pKa2.
 Đối với bốn amino acid mang mạch nhánh có tính acid
mạnh hoặc yếu, thì pI là trung bình của hai giá trị pKa
thấp nhất.
18
 Với ba amino acid mang mạch nhánh có tính base, thì pI
là trung bình của hai giá trị pKa cao nhất.

 Sự khác biệt về điểm đẳng điện tạo điều kiện thuận lợi
để phân tách protein thành những thành phần tinh
khiết.

19
 Bằng cách sử dụng kĩ thuật điện di (electrophoresis),
hỗn hợp protein được đặt gần tâm của dải giấy hay gel.
Giấy hoặc gel được làm ẩm với dung dịch đệm của pH
đã cho, và các điện cực được nối với đầu giấy.
 Khi áp vào một điện thế, các protein với điện tích âm
(các protein được deproton hóa do pH đệm nằm trên
điểm đẳng điện) di chuyển từ từ về phía điện cực
dương. Cùng lúc đó, các amino acid với điện tích
dương (các protein bị proton hóa do pH đệm nằm dưới
điểm đẳng điện) di chuyển về phía điện cực âm.
 Các protein khác nhau di chuyển với tốc độ khác nhau,
phụ thuộc vào điểm đẳng điện của chúng và pH dung
dịch đệm, phân tách hỗn hợp thành những thành phần
tinh khiết. 20
21
26.3. TỔNG HỢP AMINO ACID
 Một trong những phương pháp lâu đời nhất để tổng
hợp a-amino acid bắt đầu với quá trình brom hóa a của
carboxylic acid bằng cách cho phản ứng với Br2 và
PBr3 (phản ứng Hell-Volhard-Zelinskii, mục 22.4), phản
ứng thế SN2 của a-bromo acid với ammonia sau đó tạo
thành a-amino acid.

22
26.3.1 QUÁ TRÌNH TỔNG HỢP AMIDOMALONATE
 Phản ứng bắt đầu với sự biến đổi diethyl
acetamidomalonate thành ion enolate bằng cách cho
phản ứng với base, đi kèm là phản ứng alkyl hóa SN2
với alkyl halide bậc 1.
 Quá trình thủy phân nhóm bảo vệ amide và ester xảy ra
khi sản phẩm alkyl hóa được đun nóng với dung dịch
acid, sau đó diễn ra quá trình decarboxyl hóa tạo thành
a-amino acid.
 Ví dụ, acid aspartic có thể được điều chế từ ethyl
bromoacetate, BrCH2CO2Et.

23
26.3.2. QUÁ TRÌNH AMIN HÓA HOÀN NGUYÊN a-KETO
ACID
 Phương pháp thứ ba để tổng hợp a-amino acid là bằng
phản ứng amin hóa hoàn nguyên a-keto acid với
ammonia và tác nhân hoàn nguyên.
 Ví dụ, alanine được tạo thành khi cho acid pyruvic phản
ứng với ammonia có mặt NaBH4.

24
26.3.3. QUÁ TRÌNH TỔNG HỢP CHỌN LỌC ĐỐI PHÂN
 Sự tổng hợp a-amino acid từ tiền chất bất đối xứng
bằng bất kì phương pháp nào được mô tả ở chương
trước đều dẫn đến tạo thành hỗn hợp tiêu triền.
 Tuy nhiên, khi sử dụng amino acid để tổng hợp các
protein có trong tự nhiên ở phòng thí nghiệm, chúng ta
sẽ thu được đối phân S tinh khiết.
25
 Có hai phương pháp được sử dụng trong thực tế để
thu được các amino acid tinh khiết đối phân:
 Cách thứ nhất là biến hỗn hợp tiêu triền thành đối phân
tinh khiết (Mục 9.8).
 Tuy nhiên, một phương pháp trực tiếp khác là sử dụng
quá trình tổng hợp chọn lọc đối phân để chỉ tạo thành
đối phân S.
 Ý tưởng đằng sau quá trình tổng hợp chọn lọc đối phân
là để tìm ra một xúc tác phản ứng có tính thủ tính, có
thể giữ tạm thời các phân tử chất nền trong môi trường
bất đối xứng. Trong môi trường thủ tính, chất nền có
thể ưu tiên hướng phản ứng về một phía, dẫn đến có
một lượng dư một loại sản phẩm đối phân này so với
đối phân còn lại. 26
 William Knowles tại công ty Monsanto đã khám phá ra
rằng a-amino acid có thể được tạo thành chọn lọc đối
phân bằng phản ứng hydrogen hóa của acid Z-enamido
với xúc tác hydrogen hóa thủ tính.
 (S)-Phenylalanine được tạo thành với độ tinh khiết
98,7% với chỉ 1,3% đối phân (R) khi sử dụng xúc tác
rhodium thủ tính. Với khám phá này, Knowles đã giành
giải thưởng Nobel vào năm 2001.

27
 Chất xúc tác hiệu quả nhất cho quá trình tổng hợp
amino acid chọn lọc đối phân là phức của rhodium (I)
với 1,5-cyclooctadiene (COD) và một diphosphine thủ
tính như (R,R)-1,2-bis(o-anisylphenylphosphino)ethane,
được gọi là ligand DiPAMP. Phức này có tính thủ tính do
có mặt nguyên tử phosphorus có ba nhóm thế (Mục
9.12).

28
26.4. PEPTIDE VÀ PROTEIN
 Protein và peptide là các polymer amino acid, trong đó
các amino acid riêng lẻ được gọi là nhánh (residue),
được liên kết với nhau bằng liên kết amide, hay còn gọi
là liên kết peptide.
 Một nhóm amino từ phần nhánh thứ nhất tạo liên kết
amide với carboxyl của phần nhánh thứ hai, nhóm
amino của phần nhánh thứ hai tạo liên kết amide với
carboxyl của phần nhánh thứ ba và quá trình cứ tiếp tục
như vậy.
 Ví dụ, alanylserine là dipeptide được sinh ra khi tạo
thành liên kết amide giữa carboxyl alanine và nhóm
amino serine.
29
 Trình tự dài và lặp lại của các nguyên tử -N-CH-CO- tạo
thành chuỗi liên tục được gọi là xương sống của
protein.
 Bằng quá trình chuyển đổi, peptide được viết với N cuối
cùng của nhóm amino acid (ở dạng -NH3+ tự do) nằm
bên trái và C cuối cùng của nhóm amino acid (của
nhóm –CO2- tự do) nằm bên phải. 30
 Tên của peptide được ghi bằng cách sử dụng những từ
viết tắt được liệt kê trên bảng 26.1. Do đó, alanylserine
viết tắt là Ala-Ser hoặc A-S, và serylalanine được viết tắt
là Ser-Ala hoặc S-A. Viết tắt bằng một kí tự tiện lợi hơn
viết tắt bằng ba kí tự.

31
 Một dạng liên kết cộng hóa trị thứ hai trong peptide
xuất hiện khi có nối disulfide được hình thành giữa hai
phần nhánh cysteine.
 Disulfide được tạo thành bằng quá trình oxid hóa êm
dịu thiol (RSH) và đứt nối bởi phản ứng hoàn nguyên.

32
 Liên kết disulfide giữa những phần nhánh cysteine
trong các chuỗi peptide khác nhau nối các chuỗi tách
biệt lại với nhau, trong khi liên kết disulfide giữa phần
nhánh cysteine trong cùng một chuỗi sẽ tạo thành một
vòng. Ví dụ như trường hợp của vasopressin, một loại
hormone chống lợi tiểu xuất hiện dưới dạng amide bậc
1, –CONH2 hơn là dạng acid tự do.

33
26.5. PHÂN TÍCH AMINO ACID CỦA PEPTIDE

 Để xác định cấu trúc của protein hay peptide, chúng ta

cần trả lời ba câu hỏi sau:
1. Những amino acid nào có mặt trong protein?
2. Mỗi amino acid có số lượng bao nhiêu?
3. Trình tự xuất hiện của các amino acid trong chuỗi
peptide?
 Câu hỏi đầu tiên được trả lời bằng một công cụ tự động
hóa, được gọi là máy phân tích amino acid.

34
 Trong quá trình phân tích, peptide bị bẻ gãy thành các
thành phần amino acid bằng cách hoàn nguyên tất cả
liên kết disulfide, nhóm –SH của phần nhánh cysteine
bằng phản ứng SN2 với acid iodoacetic, và thủy phân
liên kết amide bằng cách đun nóng với dung dịch HCl
6M tại 110 0C trong 24 giờ.
 Sau đó hỗn hợp amino acid tạo thành được phân tích,
bằng sắc kí lỏng hiệu năng cao (HPLC) như đã được
mô tả ở chương 12, hoặc bằng kĩ thuật sắc kí trao đổi
ion.

35
 Trong kĩ thuật sắc kí trao đổi ion, các amino acid được
rửa giải ở cuối cột sắc kí kết hợp với dung dịch
ninhydrin và tham gia một phản ứng nhanh để hình
thành chất màu tím đậm. Màu được phát hiện bởi
quang phổ kế, và thu được sắc kì đồ tương ứng với
thời gian lưu của chất.

36
 Do thời gian cần để một amino acid rửa giải từ cột tiêu
chuẩn có khả năng lập lại được, nên có thể xác định
được loại amino acid trong peptide.
 Số lượng mỗi loại amino acid trong mẫu được xác định
bằng cách đo độ nhạy của màu tím từ phản ứng với
ninhydrin.

Hình 26.3 Phân

tích amino acid
của hỗn hợp
đẳng phân tử của
17 amino acid.

37
26.6. TRÌNH TỰ PEPTIDE: QUÁ TRÌNH GIẢM CẤP EDMAN

 Peptide là trình tự sắp xếp của các amino acid. Nhiều

trình tự petide ngày nay được xác định bởi khối phổ,
bằng cách sử dụng quá trình ion hóa phun sương điện
(ESI) hoặc ion hóa giải hấp bằng tia laser (MALDI), kết
nối với máy phân tích khối phổ thời gian bay (TOF), như
đã được mô tả ở mục 12.4.
 Một phương pháp hóa học khác cũng thường được sử
dụng để xác định trình tự peptide là phương pháp giảm
cấp Edman.

38
 Ý tưởng chung của phương pháp này là tách một
amino acid từ một đầu của chuỗi pepetide. Sau đó,
amino acid này được tách ra và được xác định, phản
ứng tách được lặp lại trong chuỗi peptide ngắn, đến khi
biết được toàn bộ trình tự chuỗi peptide.
 Có những trình tự protein cho phép thực hiện khoảng
50 vòng lặp lại trước khi có những sản phẩm phụ
không mong muốn làm ảnh hưởng đến kết quả.
 Tính hiệu quả của phương pháp này là ở chỗ trình tự
thông tin có thể thu được chỉ với lượng mẫu nhỏ
khoảng 1 đến 5 picomole, ít hơn 0,1 µg.

39
 Quá trình giảm cấp Edman được tiến hành khi cho một
peptide phản ứng với phenyl isothiocyanate (PITC),
C6H5-N=C=S, sau đó phản ứng với acid trifluoroacetic,
như đã được trình bày ở mục 26.4.
 Bước đầu tiên gắn PITC vào nhóm –NH2 của N cuối
cùng của nhóm amino acid, và bước thứ hai tách phần
N-cuối từ chuỗi peptide, hình thành dẫn xuất
anilinothiazolinone (ATZ) và chuỗi peptide ngắn hơn.
 Quá trình tái sắp xếp xúc tác acid của dẫn xuất ATZ với
dung dịch acid làm biến đổi nó thành
phenylthiohydantoin (PTH), hợp chất sau đó được định
danh bởi sắc kí bằng cách so sánh thời gian lưu với
thời gian lưu đã biết của dẫn xuất PTH của hơn 20 loại
amino acid phổ biến. 40
 Không thể áp dụng phương pháp này đối với những
trình tự protein lớn do sự hình thành các sản phẩm phụ
không mong muốn.
 Để giải quyết vấn đề này, đầu tiên chuỗi peptide lớn
phải được tách nhỏ bằng quá trình thủy phân từng
phần để tạo thành những phần nhỏ hơn, trình tự amino
acid của những phần nhỏ hơn này sẽ được xác định và
nối vào nhau.
 Theo cách này, có thể xác định trình tự chuỗi protein
với hơn 400 amino acid.

41
Hình 26.4 Cơ chế phản ứng giảm cấp Edman để phân tích N-cuối
mạch của peptide

42
43
26.7. TỔNG HỢP PEPTIDE
 Quá trình tổng hợp peptide với cấu trúc đã biết có thể
được thực hiện để thu được lượng lớn sử dụng cho
việc đánh giá sinh học.
 Một amide đơn giản có thể được tạo thành bằng cách
cho amine và acid carboxylic phản ứng với
dicyclohexylcarbodiimide (DCC, mục 21.7)
 Tuy nhiên tổng hợp peptide là một vấn đề phức tạp bởi
vì phải hình thành nhiều liên kết amide theo một trình tự
xác định
 Giải pháp cho vấn đề này là phải bảo vệ nhóm chức
chúng ta không muốn tham gia phản ứng.

44
 Ví dụ như, nếu muốn ghép cặp alanine với leucine để
tổng hợp Ala-Leu, chúng ta có thể bảo vệ nhóm –NH2
của alanine và nhóm –CO2H của leucine để làm chúng
bất hoạt, sau đó tạo thành nối amide mong muốn và loại
bỏ nhóm bảo vệ

45
 Nhóm carboxyl được bảo vệ một cách đơn giản bằng
cách chuyển đổi thành methyl hay benzyl ester. Cả hai
nhóm này đều được dễ dàng tạo thành từ phương pháp
điều chế ester (Mục 21.6) và dễ dàng được loại bỏ bởi
phản ứng thủy phân với dung dịch NaOH.

46
46
 Nhóm amino thường được bảo vệ dưới dạng tert-
butoxycarbonyl amide, hay dẫn xuất Boc.
 Nhóm bảo vệ Boc được tạo thành từ phản ứng của
amino acid với di-tert-butyl dicarbonate trong phản ứng
thế thân hạch acyl và được loại bỏ bằng cách cho phản
ứng với acid hữu cơ mạnh như trifluoroacetic acid,
CF3CO2H.

47
48
 Do đó, có 5 bước cần thiết trong tổng hợp dipeptide
Ala-Leu như sau:

49
49
 Những bước này có thể được lặp lại để thêm một
amino acid làm phát triển mạch hay nối hai chuỗi
peptide lại với nhau.
 Nhiều thành tựu đáng chú ý trong quá trình tổng hợp
peptide đã được công bố, bao gồm quá trình tổng hợp
insulin ở người.
 Insulin được tạo thành từ hai chuỗi với 51 amino acid
tổng cộng, được nối bằng hai cầu disulfide.
 Cấu trúc của nó được xác định bởi Frederick Sanger,
người đã nhận giải Nobel hóa học năm 1958.

50
51
26.8 QUÁ TRÌNH TỔNG HỢP PEPTIDE TỰ ĐỘNG
HÓA: PHƯƠNG PHÁP PHA RẮN MERRIFIELD:
 Quá trình tổng hợp chuỗi peptide lớn bằng phản ứng
cộng liên tục một amino acid xảy ra khá dài và khó
khăn, tuy nhiên có thể đơn giản hóa bằng cách sử dụng
phương pháp pha rắn được tìm ra bởi R.Bruce
Merrifield ở đại học Rockefeller.
 Quá trình tổng hợp peptide được tiến hành với sự phát
triển mạch amino acid liên kết cộng hóa trị với hạt nhựa
polymer nhỏ thay vì dạng dung dịch.
 Sử dụng nhựa polystyrene, để cứ 1 trên 1000 vòng
benzene sẽ chứa một nhóm chloromethyl (-CH2Cl), và
sau đó C-cuối mạch amino acid được bảo vệ bởi Boc sẽ
liên kết với nhựa qua nối ester. 52
53
 Khi amino acid đầu tiên liên kết với nhựa, một chuỗi lặp
lại của trình tự bốn bước sẽ diễn ra để hình thành
peptide:

54
55
 Những chi tiết về kĩ thuật pha rắn đã được cải thiện khá
nhiều, tuy nhiên nguyên lý chung của quá trình vẫn
không đổi.
 Nhựa được sử dụng phổ biến nhất là Wang hoặc PAM
(phenyl-acetamidomethyl) và nhóm bảo vệ N phổ biến
nhất là fluorenylmethyloxycarbonyl, hoặc nhóm Fmoc,
thay vì là Boc.

56
57
 Quá trình tổng hợp peptide hiện nay được lặp lại
một cách tự động những bước ghép cặp, rửa và
loại bỏ nhóm bảo vệ với những amino acid khác
nhau.
 Mỗi bước xảy ra với hiệu suất cao và khả năng mất
mát được giảm thiểu tối đa do trung gian peptide
không bị loại bỏ từ polymer không tan cho đến khi
xảy ra bước cuối cùng.
 Bằng cách sử dụng quy trình này, có thể tạo thành
25 đến 30 mg peptide với 20 amino acid.
58
26.9. CẤU TRÚC PROTEIN:

 Protein thường được phân loại theo dạng hình sợi hoặc
dạng hình cầu, tùy theo hình dạng ba chiều của chúng.

 Protein hình sợi, như collagen trong gân và những mô

liên kết, myosin trong mô cơ chứa các chuỗi polypeptide
được sắp xếp liền kề nhau trong một sợi dài. Do những
protein này thường cứng và không tan trong nước nên
được sử dụng trong tự nhiên với vai trò là vật liệu cấu trúc.

 Ngược lại, protein hình cầu thường xoắn cuộn thành dạng
hình cầu. Những protein này thường tan trong nước và di
động trong tế bào. Hầu hết 3000 enzyme là protein hình cầu.

59
 Protein có cấu trúc khá lớn nên từ “cấu trúc” mang nghĩa
rộng hơn so với những hợp chất hữu cơ đơn giản. Thực tế,
những nhà hóa học đã dùng 4 loại cấp độ cấu trúc khi đề
cập đến protein.
 Cấu trúc bậc 1 của protein là trình tự amino acid đơn giản.
 Cấu trúc bậc 2 của protein mô tả trình tự sắp xếp của các
chuỗi peptide trong không gian.
 Cấu trúc bậc 3 mô tả cách toàn bộ phân tử protein xoắn
cuộn thành hình dạng ba chiều trong không gian.
 Cấu trúc bậc 4 trình bày sự liên kết của các phân tử
protein để tạo thành cấu trúc lớn.

60
 Cấu trúc bậc 1 được xác định bằng trình tự protein. Cấu
trúc bậc 2,3 và 4 được xác định bằng tinh thể học tia X do
không thể dự đoán trình tự xoắn cuộn của protein.
 Cấu trúc bậc 2 phổ biến nhất là cấu trúc xoắn a và cấu trúc
nếp gấp b.
 Cấu trúc xoắn a là cấu trúc xoắn phải của khung protein,
giống như chiều xoắn của dây điện thoại (Hình 26.5a). Cấu
trúc này được an định nhờ liên kết hydrogen giữa nhóm N-H
của amide và các nhóm C=O của bốn mảnh ở xa, với khoảng
cách N-H….O là 2,8 å.
 Xoắn a là cấu trúc bậc 2 cực kỳ phổ biến, và hầu hết tất cả
protein dạng hình cầu đều chứa các đoạn xoắn. Ví dụ,
myoglobin, một protein hình cầu nhỏ chứa 153 mảnh amino
acid trong một mạch đơn (Hình 26.5b).
61
Hình 26.5 (a) Cấu trúc bậc hai xoắn-a của protein.
(b) cấu trúc của myoglobin.

62
 Cấu trúc nếp gấp b khác với cấu trúc xoắn a ở điểm
có chuỗi peptide thường duỗi ra thay vì xoắn cuộn và
liên kết hydrogen xuất hiện giữa các mảnh trong hai
mạch khác nhau (Hình 26.6a).
 Mạch kế cận có thể cùng chiều (song song cùng
chiều) hoặc ngược chiều (song song ngược chiều),
mặc dù sự sắp xếp theo hướng song song ngược
chiều phổ biến hơn và ưu thế hơn về mặt năng lượng.
 Ví dụ, concanavalin A chứa hai mạch giống nhau với
237 mảnh, mỗi mạch có vùng nối dài của cấu trúc nếp
gấp b theo hướng song song ngược chiều nhau (Hình
26.6b).
63
Hình 26.6 (a) Cấu trúc bậc hai kiểu nếp gấp b của protein.
(b) Cấu trúc của concanavalin A. 64
 Còn cấu trúc bậc 3 thì thế nào?
 Những lực quyết định cấu trúc bậc 3 của protein cũng là
những lực có mặt ở tất cả phân tử, bất kể kích thước để
phân tử có độ bền cao nhất.
 Đặc biệt quan trọng là khả năng tương tác ái nước của
dây nhánh phân cực trên amino acid có tính acid hoặc base.
 Các amino acid có tính acid hoặc base với dây nhánh
mang điện này có xu hướng tập hợp lại bên phía ngoài của
protein, nơi chúng có thể được solvat hóa bởi nước.
 Các amino acid trung hòa, dây nhánh không mang điện có
xu hướng tập hợp ở mặt trong của phân tử protein, tránh xa
khỏi môi trường nước.

65
 Một vài yếu tố khác cũng khá quan trọng về tính
bền vững của cấu trúc bậc 3 của protein là sự hình
thành cầu disulfide giữa các mảnh cysteine, sự hình
thành liên kết hydrogen giữa những nhánh amino
acid lân cận, và sự hiện diện của lực ion, được gọi là
cầu muối, giữa vùng dương điện và âm điện trên dây
nhánh amino acid trong protein.
 Do cấu trúc bậc 3 của protein dạng hình cầu được
liên kết với nhau bởi lực nội phân tử yếu, nên chỉ cần
thay đổi nhỏ về nhiệt độ hay pH cũng đủ để phá vỡ
cấu trúc và làm biến tính protein.

66
 Quá trình biến tính protein: cấu trúc bậc 1 vẫn duy trì
tuy nhiên cấu trúc bậc 3 bị tháo xoắn khỏi dạng hình cầu
đặc trưng để trở thành những chuỗi vòng xoắn ngẫu
nhiên (Hình 26.7).

Hình 26.7 Một đại diện của sự biến tính protein. Protein
hình cầu, mất hình dạng ba chiều đặc trưng và trở
thành xoắn ngẫu nhiên.
67
26.10. ENZYME VÀ COENZYME
 Enzyme thường là protein lớn và là chất đóng vai
trò chất xúc tác cho các phản ứng sinh học.
 Enzyme chỉ hoạt động để làm giảm năng lượng hoạt
hóa của một phản ứng, làm phản ứng xảy ra nhanh
hơn.
 Thực tế, thỉnh thoảng tốc độ phản ứng tăng đột
ngột do sự xúc tác của enzyme, thường tăng khoảng
hàng triệu lần.
 Enzyme glycosidase thủy phân polysaccaride làm
tăng tốc độ phản ứng lên 1017 lần, làm thay đổi thời
gian cần cho phản ứng từ hàng triệu năm xuống còn
mili giây.
68
 Không giống như nhiều chất xúc tác thường được
sử dụng trong phòng thí nghiệm, enzyme thường có
tính chọn lọc.
 Thực tế, một enzyme sẽ xúc tác chỉ một phản ứng
của một hợp chất, được gọi là chất nền của enzyme
(enzyme’s substrate).
 Ví dụ như, enzyme amylase, được tìm thấy trong
đường tiêu hóa ở người, chỉ xúc tác phản ứng thủy
phân tinh bột thành glucose, cellulose và những
polysaccaride khác không bị ảnh hưởng bởi amylase.

69
 Những enzyme khác nhau có đặc tính chọn lọc khác
nhau.
 Như amylase chỉ dành cho chất nền đơn, tuy nhiên
những enzyme khác hoạt động trong một vùng chất
nền.
 Ví dụ như, papain là một protein hình cầu có 212
amino acid, được phân lập từ trái đu đủ, xúc tác cho
phản ứng thủy phân nhiều loại liên kết pepide. Papain
trở nên hữu dụng trong việc làm mềm thịt và làm sạch
thấu kính đặt vào mắt (contact lenses)

70
 Enzyme hoạt động thông qua một quá trình: bắt đầu
bằng việc hình thành phức chất nền - enzym E • S, quá
trình biến đổi hóa học nhiều bước của chất nền giới
hạn - enzyme thành sản phẩm giới hạn - enzym E • P,
và cuối cùng giải phóng sản phẩm khỏi dạng phức.

71
 Tốc độ phản ứng tăng đáng kể bởi enzyme là do
nhiều yếu tố.
 Một yếu tố đặc biệt quan trọng là khả năng làm ổn
định của enzyme và do đó làm giảm năng lượng của
trạng thái chuyển tiếp.
 Nghĩa là, không chỉ có khả năng liên kết với chất
nền, mà enzyme còn có khả năng liên kết và làm bền
trạng thái chuyển tiếp.
 Thực tế, enzyme thường liên kết với cấu trúc chuyển
tiếp mạnh gấp 1012 lần so với liên kết với chất nền hoặc
sản phẩm. Do đó, trạng thái chuyển tiếp có năng lượng
thấp đáng kể.

72
Hình 26.8 Biểu đồ năng lượng của quá trình không có
xúc tác (đỏ) và có xúc tác enzyme (xanh)
73
 Enzyme được phân loại thành 6 nhóm, phụ thuộc vào loại
phản ứng mà chúng xúc tác, như đã được trình bày trên
bảng 26.2.
 Oxidoreductase xúc tác cho phản ứng oxide hóa và hoàn
nguyên
 transferase xúc tác cho phản ứng chuyển một nhóm ở
chất nền này sang chất nền khác
 hydrolase xúc tác phản ứng thủy phân ester, amide và
các chất nền liên quan khác
 lyase xúc tác phản ứng tách loại hoặc cộng của phân tử
nhỏ như H2O từ chất nền hoặc vào một chất nền
 isomerase xúc tác quá trình đồng phân hóa
(isomerization)
 ligase xúc tác quá trình liên kết hai phân tử với nhau,
thường đi kèm với quá trình thủy phân ATP. 74
 Tên hệ thống của enzyme gồm hai phần, kết thúc bằng
đuôi –ase.
 Phần đầu được xác định dựa trên chất nền của enzyme,
và phần thứ hai dựa trên nhóm phân loại.
 Ví dụ như, hexose kinase là transferase xúc tác cho quá
trình chuyển nhóm phosphate từ ATP vào đường hexose.

75
Bảng 26.2 Sự phân loại enzyme

76
 Ngoài phần protein, hầu hết enzyme đều chứa một phần
không protein nhỏ được gọi là cofactor.
 Cofactor có thể là ion vô cơ như Zn2+ hoặc phân tử hữu
cơ nhỏ, được gọi là coenzyme.
 Coenzyme không phải là chất xúc tác, tuy nhiên
coenzyme là một chất phản ứng trải qua những thay đổi
hóa học trong suốt phản ứng và cần một bước cộng để trở
về trạng thái ban đầu.

77
 Mặc dù không phải tất cả, nhưng nhiều coenzyme được
bắt nguồn từ các vitamin- hợp chất mà cơ thể sống cần có
để phát triển, tuy nhiên cơ thể không thể tự tổng hợp mà
phải hấp thu từ thực phẩm.

 Coenzyme A từ pantothenate (vitamin B3), NAD+ từ niacin,

FAD từ riboflavin (vitamin B2), tetrahydrofolate từ acid folic,
pyridoxal phosphate từ pyridoxine (vitamin B6), thiamin
diphosphate từ thiamin (vitamin B1) là những ví dụ (Bảng
26.3). Chúng ta sẽ thảo luận hóa học và cơ chế của phản
ứng coenzyme ở những chương sau.

78
Bảng 26.3 Cấu trúc và chức năng của một vài coenzyme thông thường

79
80
81
81
82
26.11.ENZYME HOẠT ĐỘNG NHƯ THẾ NÀO?
CITRATE SYNTHASE:
 Enzyme hoạt động bằng cách mang những phân tử phản
ứng lại với nhau, định hướng chúng phù hợp với phản ứng,
và cung cấp những tâm (site) acid hoặc base cần thiết để
xúc tác cho những bước cụ thể.
 Ví dụ như, chúng ta nhìn vào citrate synthase, enzyme
xúc tác cho phản ứng tương tự aldol hóa của acetyl CoA
vào oxaloacetate để hình thành citrate.
 Bước đầu tiên của phản ứng là ở trong chu trình acid
citric, nhóm acetyl được sinh ra từ quá trình giảm cấp các
phân tử thức ăn được chuyển hóa thành CO2 và H2O.
 Chi tiết về chu trình acid citric ở mục 29.7.
83
 Citrate synthase là protein dạng hình cầu chứa 433 amino
acid với khe hở sâu bên trong (deep cleft) được xếp bởi dãy
các nhóm chức có thể liên kết với oxaloacetate. Trên
oxaloacetate, khe hở ban đầu đóng lại và khe hở khác mở
ra để gắn với acetyl CoA.
 Khe hở thứ hai này cũng gắn những nhóm chức tương
ứng, bao gồm histidine tại vị trí 274 và acid aspartic tại vị trí
375. Hai chất phản ứng được giữ bởi enzyme và định
hướng phù hợp cho phản ứng.
 Hình 26.9 trình bày cấu trúc của citrate synthase được
xác định bởi tinh thể tia X, cùng với sự đóng vùng hoạt hóa.
84
85
 Trên hình 26.10, bước đầu tiên của phản ứng aldol hóa là
quá trình tạo thành enol của acetyl CoA.
 Carboxyl mạch nhánh của mảnh aspartate đóng vai trò
base để lấy một proton a có tính acid, trong khi cùng thời
điểm này vòng imidazole dây nhánh của histidine cho
oxygen carbonyl H+.
 Do đó enol được tạo thành sẽ tham gia phản ứng cộng
thân hạch vào nhóm carbonyl ketone của oxaloacetate.
 Histidine đầu tiên đóng vai trò base để loại hydrogen –OH
khỏi enol, trong khi histidine thứ hai cho nhóm carbonyl
oxaloacetate một proton, hình thành citryl CoA.
 Sau đó, nước thủy phân nhóm thiol ester trong citryl CoA
bởi phản ứng thế thân hạch acyl, giải phóng citrate và
coenzyme A là những sản phẩm cuối cùng.
86
87
Hình 26.10 Cơ chế phản ứng cộng acetyl CoA vào oxaloacetate xúc tác bởi
citrate synthase tạo sản phẩm (S)-citryl CoA
88