Protien structure overview

20 ამინომჟავა დაკავშირებულია პეპტიდური ბმებით პროტეინებში . ერთმანეთთან

დაკავშირებული ამინომჟავების წრფივი მიმდევრობა შეიცავს ინფორმაციას , რომელიც
მნიშვნელოვანია პროტეინის მოლეკულის სამგანზომილებიანი ფორმის წარმოქმნისთვის .
პროტეინის სტრუქტურის კომპლექსურობა კარგად ანალიზირებულია მოლეკულის
ორგანიზიული დონეების განხილვით: პირველადი, მეორეული, მესამეული და
მეოთხეული

Primary structure of proteins

ამინომჟავების თანმიმდევრობას პროტეინში ეწოდება ცილის პირველადი სტრუქტურა .

ცილების პირველადი სტრუქტურის გაგება მნიშვნელოვანია, რადგან ბევრი გენეტიკური
დაავადება იწვევს ცილებს ამინომჟავების აბნორმალური თანმიმდევრობით,რომლებიც
იწვევენ არასწორ დაკეცვას და ნორმალური ფუნქციის დაკარგვას ან დაქვეითებას . თუ
ცნობილია ნორმალური და მუტაციური ცილების პირველადი სტრუქტურები , ეს
ინფორმაცია შეიძლება გამოყენებულ იქნას დაავადების დიაგნოსტიკის თვის ან
შესწავლისთვის

Peptide bond

პროტეინებში ამინომჟავები კოვალენტურად უერთდებიან ერთმანეთს პეპტიდურ ბმების

საშუალებით , რომლებიც არიან ამიდური კავშირები ერთი ამინომჟავის α-კარბოქსილის
ჯგუფსა და მეორის α ამინო ჯგუფს შორის. მაგალითად, ვალინმა და ალანინმა შეიძლება
შექმნანდიპეპტიდი ვალილალანინი პეპტიდური ბმის წარმოქმნით.

პეპტიდური ბმები მდგრადია იმ პირობების მიმართ, რომლებიც იწვევენ ცილების

დენატურაციას , მაგ : გათბობა და შარდოვანას მაღალი კონცენტრაცია

Determination of the amino acid composition of a polypeptide - ცილის კონცენტრაციის

განსაზღვრა

პოლიპეპტიდის პირველადი სტრუქტურის განსაზღვრის პირველი საფეხური არის

მისი შემადგენელი ამინომჟავების იდენტიფიცირება და რაოდენობრივი შეფასება .

პოლიპეპტიდის გაწმენდილი ნიმუშის გასაანალიზებლად საჭიროა მისი

ჰიდროლიზირება ძლიერი მჟავით 110°C-ზე 24 საათის განმავლობაში. ეს მკურნალობა

წყვეტს პეპტიდურ ბმებს და ათავისუფლებს

ინდივიდუალურ ამინომჟავებს, რომლებიც შეიძლება გაიყოს კათიონ-გაცვლით

ქრომატოგრაფიით. ამ ტექნიკით, ამინომჟავების მიქსი სვეტზე მაგრდება , ეს კავშირი

სხვადასხვა აფინურობით დამოკიდებულია მუხტზე, ჰიდროფობურობაზე და სხვა
მახასიათებლებზე. თითოეული ამინომჟავა თანმიმდევრულად თავისუფლდება
ქრომატოგრაფიული სვეტისგან. თითოეული ამინომჟავის რაოდენობა განისაზღვრება
სპექტროფოტომეტრიკულად. რომელიც ხორციელდება შთანთქმული სინათლის
რაოდენობის გაზომვით ნინჰიდრინის მიერ (რეაგენტი).

SECONDARY STRUCTURE OF PROTEINS

პოლიპეპტიდის სპირალი არ იღებს შემთხვევით სამგანზომილებიან სტრუქტურას , თუმცა

ზოგადად აყალიბებს ამინომჟავების რეგულარულ წყობებს, რომლებიც განლაგებულია
ერთმანეთთან ახლოს წრფივი თანმიმდევრობით. მათ უწოდეს პოლიპეპტიდის მეორეული
სტრუქტურა. α-ჰელიქსი, β-ფურცელი(sheet) და β მოსახვევი-bend (ან β-მობრუნება-turn) არის
მეორეული სტრუქტურების მაგალითები, რომლებიც ხშირად გვხვდება პროტეინებში .
თითოეული სტაბილიზირებულია პეპტიდის ატომებს შორის წყალბადის ბმებით .

სპირალური სტრუქტურა შეიცავს მჭიდროდ შეფუთულ,დახვეული პოლიპეპტიდის

სპირალისგან, ამინომჟავების კომპონენტების გვერდითი ჯაჭვებით , რომელიც
გრძელდება ცენტრალური აქსისიდან პერიფერიის მიმართულებით , რადგან მათი
ერთმანეთთან დაკავშირება არ მოხდეს.

ბუნებაში გვხვდება რამდენიმე განსხვავებული პოლიპეპტიდური ჰელიქსი , მაგრამ α-

ჰელიქსი არის ყველაზე გავრცელებული. ძალიან მრავალფეროვანი ჯგუფი ცილების
წარმოდგენილია α-სპირალის სახით. მაგალითად, კერატინები არის ოჯახი მჭიდროდ
დაკავშირებული, ხისტი, ფიბრილური ცილების, რომელთა სტრუქტურა თითქმის
მთლიანად α ჰელიქსურია. ისინი წარმოადგენენ ისეთი ქსოვილების ძირითად
კომპონენტს, როგორიცაა თმა და კანი.

კერატინისაგან განსხვავებით, მიოგლობინი, რომლის სტრუქტურაც ძლიერ α-

ჰელიქსურია, არის a კუნთებში ნაპოვნი გლობულური, მოქნილი მოლეკულა.

Hydrogen bonds:

α-ჰელიქსი სტაბილიზირებულია ფართო წყალბადური კავშირით პეპტიდურ კავშირებთან

ერთად , რომელიც თავის მხრივ კარბონილის ჟანგბადებსა და ამიდურ წყალბადებს
შორის ბმაა პირველად სტრუქტურაში. გარდა პირველი და ბოლო პეპტიდური კავშირისა
კომპონენტები ერთმანეთთან დაკავშირებულია წყალბადის შიდა ბმების
მეშვეობით.წყალბადური ბმები ინდივიდუალურად სუსტია, მაგრამ ისინი ერთობლივად
ემსახურებიან ჰელიქსის სტაბილიზაციას.

Amino acids per turn:

ამინომჟავები თითო ბრუნში: α-სპირალის ყოველი ბრუნი შეიცავს 3,6 ამინომჟავას.

β-Sheet
β-ფურცელი მეორეული სტრუქტურის კიდევ ერთი ფორმაა, რომელშიც ყველა
პეპტიდური ბმის კომპონენტები მონაწილეობენ წყალბადურ კავშირში .იმის გამო , რომ β-
ფურცლების ზედაპირები ჩანს "ნაკეციანი", მათ ხშირად უწოდებენ β-ნაკეციან ფურცლებს .
[შენიშვნა: დაკეცვა ხდება თანმიმდევრული α-ნახშირბადის არსებობის შედეგად
ფურცლის სიბრტყის ოდნავ ზემოთ ან ქვემოთ.]

β-Bends (reverse turns, β-turns)

β-Bends პოლიპეპტიდური ჯაჭვის მიმართულებას ატრიალებენ საწინააღმდეგო

მიმართულებით. ისინი ძირითადად პროტეინის მოლეკულების ზედაპირზე გვხვდება და
შეიცავს დამუხტულ უბნებს. β-Bends შედგება ოთხი ამინომჟავისგან, რომელთაგანაც
ერთერთი პროლინია. ასევე გლიცინისგან, რომელიც ყველაზე პატარა ამინომჟავაა . β-
Bends სტაბილიზებულია ჰიდროგენური და იონური ბმების ფორმირებით.

!კავშირების სტაბილიზაცია (მეოთხეული სტრუქტურის)

ურთიერთქმედებების სტაბილიზაცია განისაზღვრება თითოეული პოლიპეპტიდის

უნიკალური სამგანზომილებიანი სტრუქტურით და მისი ამინომჟავების თანმიმდევრობით .

1. დისულფიდური ბმები: დისულფიდური ბმა (–S–S–) წარმოქმნილი კოვალენტური

კავშირია, რომელიც ფორმირდება სულფჰიდრილის ჯგუფის(−SH) თითოეული ცისტეინის
ნარჩენებიდან

წარმოქმნება ცისტინის ნარჩენი. ბევრი დისულფიდური ბმა გვხვდება ცილებში

როგორიცაა იმუნოგლობულინები, რომლებიც გამოიყოფა უჯრედების მიერ .!

ჰიდროფობური კავშირები

ჰიდროფობიური ურთიერთქმედება: ამინომჟავები არაპოლარული გვერდითი ჯაჭვებით

მიდრეკილია განლაგდეს  პოლიპეპტიდის მოლეკულის ბირთვში, სადაც ისინი
ასოცირებულნი არიან სხვა ჰიდროფობიურ ამინომჟავებთან ,
ამინომჟავები პოლარული ან დამუხტული გვერდითი ჯაჭვებით, როგორც წესი ,
განლაგებულია მოლეკულის ზედაპირზე  პოლარულ გამხსნელთან კონტაქტში.

იონური კავშირები

იონური ურთიერთქმედება: უარყოფითად დამუხტული ჯგუფები, როგორიცაა

კარბოქსილატი ჯგუფს (−COO−) ,ასპარტატის ან გლუტამატის გვერდით ჯაჭვში შეუძლია
ურთიერთქმედება დადებითად დამუხტულ ჯგუფებთან, როგორიცაა ამინო ჯგუფი (-NH3+)-
ში ლიზინის გვერდითი ჯაჭვში
ProteinFolding

ამინომჟავების გვერდით ჯაჭვებს შორის ურთიერთქმედება განსაზღვრავს

პოლიპეპტიდური ჯაჭვის დაკეცვას რთულ სამგანზომილებიან ფორმაში ფუნქციური
ცილის მისაღებად. ცილის დაკეცვა, რომელიც ხდება უჯრედში წამებიდან წუთამდე, ხდება
არა შემთხვევით, არამედ გადის გარკვეულ მოწესრიგებულ გზებს. როგორც კი პეპტიდი
იკეცება, წარმოიქმნება მეორეული სტრუქტურები, რომლებიც გამოწვეულია
ჰიდროფობიური ეფექტით (ანუ
ჰიდროფობიური ჯგუფები იკრიბებიან წყლის გამოყოფისას ). ეს პატარა
სტრუქტურები ერთიანდება და ქმნის უფრო დიდ სტრუქტურებს. დამატებითი
სტაბილიზაციის შემდეგ  იწყება მესამეული სტრუქტურის ფორმირება.ბოლო
ეტაპზე, პეპტიდი აღწევს თავის სრულად დაკეცილ, მშობლიურ (ფუნქციურ )
ფორმას ,რომელიც ,ხასიათდება დაბალენერგეტიკული მდგომარეობით . [შენიშვნა :
ზოგიერთი ბიოლოგიურად
აქტიურ ცილებს ან მათ სეგმენტებს არ გააჩნიათ სტაბილური მესამეული სტრუქტურა .
Ისინი არიან
მოხსენიებულია, როგორც შინაგანად აშლილი პროტეინები.]

დენატურაცია

 დენატურაცია იწვევს ცილის გაშლას(unfolding( და დეზორგანიზაციას მეორეული და

მესამეული სტრუქტურების, პეპტიდური ბმების ჰიდროლიზის გარეშე.
დენატურირებადი აგენტები მოიცავს სითბოს, შარდოვანას , ორგანულ
გამხსნელებს, ძლიერ მჟავებს ან ფუძეებს, სარეცხ საშუალებებსა და მძიმე
მეტალების იონებს, როგორიცაა ტყვია. დენატურაცია შეიძლება,
იდეალურ პირობებში, იყოს შექცევადი, ისე, რომ ცილა ხელახლა დაიკეცოს,
როდესაც დენატურაციის აგენტი მოშორდება. თუმცა,
ცილების უმეტესობა დენატურაციის შემდეგ რჩება მუდმივად მოუწესრიგებელი .
დენატურირებული ცილები ხშირად უხსნადია.
შაპერონები

 ცილის სწორი დაკეცვისათვის საჭირო ინფორმაციას შეიცავს

პოლიპეპტიდის პირველადი სტრუქტურა. თუმცა, დენატურირებული ცილების
უმეტესობა ვერ ანახლებს თავის ფუნქციურ მდგომარეობას , ნორმალური გარემო
პირობების მიუხედავად.ეს იმიტომ ხდება, რომ ბევრი ცილისთვის საჭიროა
დაკეცვის გაადვილებული პროცესი, რომელიც მოითხოვს ცილების
სპეციალიზებულ ჯგუფს, რომელსაც ეწოდება
მოლეკულური შაპერონები და ATP ჰიდროლიზი. 

შაპერონები, ასევე ცნობილი როგორც

სითბოს შოკის პროტეინები (HSP), ურთიერთქმედებენ პოლიპეპტიდთან სხვადასხვა ეტაპზე
დაკეცვის პროცესში. ზოგიერთი ჩაპერონი აკავშირებს ჰიდროფობიურ რეგიონებს
გაფართოებული პოლიპეპტიდის,რაც მნიშვნელოვანია ცილის გაშლილობის
შესანარჩუნებლად
სანამ არ დასრულდება მისი სინთეზი (მაგალითად, Hsp70).

მეოთხეული სტრუქტურა

ბევრი ცილა შედგება ერთი პოლიპეპტიდური ჯაჭვისგან და განისაზღვრება როგორც

მონომერული ცილები. თუმცა, სხვები შეიძლება შედგებოდეს ორი ან მეტი
პოლიპეპტიდური ჯაჭვებისგან, რომლებიც შეიძლება იყოს სტრუქტურულად იდენტური ან
არა.

ამ პოლიპეპტიდური სუბერთეულების მოწყობას ცილის მეოთხეულ სტრუქტურას

უწოდებენ.
სუბერთეულები ერთად იმართება, ძირითადად, არაკოვალენტური ურთიერთქმედებით
(მაგალითად,
წყალბადის ბმები, იონური ბმები და ჰიდროფობიური ურთიერთქმედება ). სუბერთეულები
შეიძლება ფუნქციონირებდეს ერთმანეთისგან დამოუკიდებლად ან კოოოპერატიურად,
როგორც
ჰემოგლობინი, რომელშიც ჟანგბადის დაკავშირება ხდება ტეტრამერის ერთ
სუბერთეულთან,რაც ზრდის სხვა სუბერთეულების აფინურობას ჟანგბადთან.

იზოფორმები

იზოფორმები არიან ცილები, რომლებიც ასრულებენ ერთსა და იმავე ფუნქციას, მაგრამ

აქვთ განსხვავებული
პირველადი სტრუქტურები. ისინი შეიძლება წარმოიშვას სხვადასხვა გენიდან ან ერთი
გენის პროდუქტის ქსოვილის სპეციფიკური დამუშავებით. თუ ცილები ფუნქციონირებს
როგორც ფერმენტები, მათ მოიხსენიებენ როგორც იზოზიმებს,
არასწორი ფოლდინგი - protein misfolding

ცილის დაკეცვა კომპლექსური პროცესია, რომელსაც შედეგიბ ზოგჯერ არასწორად

დაკეცილი მოლეკულებია. ეს არასწორად დაკეცილი პროტეინები, როგორც წესი, არის
მონიშნული და

უჯრედის შიგნით განიცდის დეგრადაციას. თუმცა,ზოგჯერ ხარისხის კონტროლის სისტემა

არ არის სრულყოფილი, და არასწორად დაკეცილი ცილების უჯრედშიდა ან უჯრედგარე
აგრეგატებს შეუძლიათ დაგროვება, განსაკუთრებით ასაკიან ინდივიდებში.არასწორად
დაკეცილი ცილების დეპოზიტები ასოცირებულია რიგ დაავადებებთან.

ამილოიდოზი

ცილების არასწორი დაკეცვა შეიძლება მოხდეს სპონტანურად ან გამოწვეული იყოს

მუტაციით
კონკრეტულ გენში, რომელიც შემდეგ წარმოქმნის შეცვლილ პროტეინს. გარდა ამისა ,
ზოგიერთ აშკარად ნორმალურ ცილას შეუძლია, პათოლოგიური პროტეოლიზური
გაყოფის შემდეგ,
მიიღოს უნიკალური კონფორმაცია, რომელიც იწვევს სპონტანურ წარმოქმნას
გრძელი, ბოჭკოვანი ცილებისა, რომლებიც შედგება β-პლისირებული (pleated)
ფურცლებისაგან. ამ უხსნადი ბოჭკოვანი ცილის აგრეგატების დაგროვება , ე .წ
ამილოიდები, რომლებიც  ჩართული არიან ნეიროდეგენერაციულ დარღვევებში,
როგორიცაა პარკინსონის დაავადება და ალცჰეიმერის დაავადება (AD). ამილოიდური
დაფია დომინანტური კომპონენტი,   რომელიც გროვდება AD-ის დროს არის ამილოიდი β
(Aβ), ან უჯრედგარე პეპტიდი, რომელიც შეიცავს 40-42 ამინომჟავის ნარჩენებს. რენტგენი (x-
ray)
კრისტალოგრაფია და ინფრაწითელი სპექტროსკოპია აჩვენებს დამახასიათებელ β
ნაკეციანი ფურცლის მეორად სტრუქტურას არაგანტოტვილ ფიბრილებში . Aβ, რომელიც
დეპონირდება ტვინში AD-ის დროს მიღებულია
ფერმენტული გაყოფით (სეკრეტაზებით) უფრო დიდი ამილოიდის პრეკურსორი
ცილისგან, რომელიც ერთი ტრანსმემბრანული ცილაა გამოხატული უჯრედის ზედაპირზე ,
ტვინსა და სხვა ქსოვილები. AD-ს შემთხვევების უმეტესობა არ არის გენეტიკური, თუმცა
სულ მცირე 5% შემთხვევები ოჯახურია. მეორე ბიოლოგიური ფაქტორი, რომელიც
მონაწილეობს ალცაიმერის დაავადბის განვითარებაში არის ნეიროფიბრილარული
ჩახლართულების დაგროვება ნეირონებში.
ამ ჩახლართული ბოჭკოების კომპონენტი არანორმალური ფორმის ცილაა
(ჰიპერფოსფორილირებული და უხსნადი) ტაუ (τ) ცილა რომელიც თავის
ჯანსაღი ვერსიაა, ეხმარება მიკროტუბულარული სტრუქტურის აწყობაში.
დეფექტური τ, როგორც ჩანს, ბლოკავს მისი ნორმალური ანალოგის მოქმედებებს.