Блаже Димески

Потсети се и погледни ја презентацијата

„Агрегатни состојби на материјата“

Блаже Димески
 Краток историјат
Во текот на историјата луѓето биле фасцинирани од мистериозната
убавина на прекрасните облици на кристалите. Пред две илјади години,
римскиот природознанец Плиниј постариот се воодушевувал со
правилноста на “шестостраните призми на кристалите” .
Во тоа време, на древните индиски и кинески цивилизации, веќе им бил
познат процесот на кристализација на шеќерот и солта. Така, Индијците
произведувале шеќерни кристали од шеќерна репка, а Кинезите
добивале чиста кристална сол. Кристализацијата била, исто така,
развиена во Ирак во 8. век од нашата ера.
Двеста години подоцна, во Египет и во регионот на Андалузија во
Шпанија владееле со техниката на сечење на кристали за изработка на
садови и на украсни предмети.
Во 1611 година, пак, германскиот математичар и астроном Јоханес
Кеплер (Johannes Kepler) прв го забележал симетричниот облик на
снегулките и заклучил дека нивната шестоаголна симетрија произлегува
од правилниот распоред во внатрешната структура.

Блаже Димески
 Кристали и кристалографија
Кристалите се супстанци во цврста агрегатна состојба со
правилна внатрешна градба.
Кристалите се ограничени со рамни и мазни површини кои се
сечат под различни агли. Ограничувачките површини имаат
најразлични геометриски форми:
(квадрат, правоаголник, ромб, ромбоид, многуаголник и друго).
Кристалографијата е наука која се занимава со проучување на
кристалите, нивното формирање и нивните структури.

Кристалографијата има допирни точки со другите природни

науки, како што се минералогијата и науката за материјалите
како и нормално хемијата и физиката.

Кристалографијата во другите математички-природни науки е

синоним за анализа на кристалните структури.
 Физички својства на кристалните тела
 Имаат точно одреден облик и волумен-скоро
некомпресибилни
На секоја супстанца во кристална состојба и
одговара одреден геометриски облик
Аголот меѓу одредени рамнини на кристалните
супстанци е константен на одредена температура
(I закон на кристалографијата)

Имаат одредена температура на топење и

сублимација
Покажуваат aнизотропија -зависност на големината
на некое физичко својство (механичко, топлинско,
електрично,магнетно,оптичко..) oд правецот на
наблудување Блаже Димески
 Анизотропија
(еластичен модул)
ἀν: префикс (негација), ἰσόω: еднаков, τρόπος: насока)

Ag Mo
 Физички својства на кристалните тела...
Покажуваат полиморфизам што значи дека
иста супстанца може да се јави во различни
кристални форми
Teмпературата на која се врши премин од
еден кристален облик во друг се вика
преодна температура
пример: сулфур
ромбичен   моноклиничен
95, 6o C

Покажуваат изоморфизам што значи дека

хемиски различни супстанци имаат слична
кристална структура
 Полиморфизам

• Две или повеќе различни кристални структури за иста

супстанца (aлотропија/полиморфизам)
железо:
титаниум:
течно
 (HCP), (BCC)-Ti
1538ºC
BCC -Fe
јаглерод:
дијамант , графит 1394ºC
FCC -Fe
912ºC
BCC -Fe
 Поделба на кристалите според хемиските врски и
меѓумолекулските сили
SiO2 (песок), дијамант,
Aмонијак графит,
Бензен C6H6 SiC, цврст Ne
Нафтален C10H8
Бензоева киселина, C6H5CO2H

CO2 сув мраз

CsCl, NaCl, ZnS

Na, Cu, Li, Au, Ag ковалентни
молекулски

Van der Waals-ови Ковалентна врска

сили Al

метални
јонски

Јонска врска Метална врска

Блаже Димески
 Кристалографија

Кристалографијата
се дели на три
области:

Геометриска Хемиска Физичка

кристалографија кристалографија кристалографија

(кристалохемија) (кристалофизика).

Блаже Димески
Кристалографијата ги обработува следните теми:

Принципи на симетрија

Точковни групи

Квазикристали
Бравеови решетки

Стереографски проекции
Рендгентски зраци за на кристалните функции
анализа на кристали
Типови на раст на
Морфологија на кристали кристалите

Форми на кристали Просторни групи

 Историја на
кристалографија

• 1611 : Johannes Kepler

« L’Étrenne ou la neige sexangulaire »
За шесткратната радијална симетрија на
снегот"..

• 1665 : Robert Hooke

« Micrographia » сугерира постоење
сфероиди кои се слепуваат за да формираат
кристали

• 1669 : Nicholas Steno

Закон за постојаност на агли ... во кварц.
 Johannes Kepler
Во 1600-тите, астрономот Johannes Kepler , познат по
формулирањето на геометриските закони кои ги опишуваат
движењата на планетите, бил фасциниран од симетријата на
кристалите што сочинуваат една снегулка.

Тој ги објавил своите набљудувања во 1611 година во брошура со

наслов "Strena seu de Nive sexangula - За шесткратната радијална
симетрија на снегот". Кеплер препознава дека снежните кристали се
формираат директно од атмосферските пареи. За да ја објасни
симетријата, тој претпоставува дека кристалите се формираат од
мали единици, кои се прикажани како сфери.
Со уредување на тие сфери може да ги формирате потребните
геометриски форми, вклучувајќи ги и триаголниците и конечно
шестоаголникот - набљудуваната форма на снегулка.

Блаже Димески
 Снегулките се конгломерати на
замрзнати кристали!

Има цела наука за снегулките!

Блаже Димески
Снегулкологија !
 Квазикристали
Во 1984 година Дан Шехтман (Dan Shechtman) од
Израел открил кристали во кои атомите не се повторувале
периодично во сите три димензии.
Ова откритие на прв поглед не било во склад со
дотогаш втемелените сознанија за симетрија на
кристалите. Имено, дотогаш се сметало дека во
кристалите може да се појавуваат само геометриските
форми со 1, 2, 3, 4 и 6 страни, затоа што само овие форми
може периодично да се повторуваат во 3D простор.
Меѓутоа, изучувајќи ја легурата на алуминиум и
магнезиум со помош на електронски микроскоп,
Shechtman открил постоење на петоаголник (петостран
облик). Ваквиот вид на кристали се наречени квази-
кристали. За ова откритие Dan Shechtman во 2011 година
добил Нобелова награда по хемија.
 Петострана симетрија

Научниците веќе го користат концептот

на
“живи кристали"!
• 1772 : J.B. Romé de l’Isle Историја на
Општ закон за постојаност на агли кристалографијата
• 1781 : René-Just Haüy
Надворешниот облик на кристалот се одразува Pasteur (aсиметрија)
заради неговата периодична внатрешна структура.
"Татко" на кристалографијата.

• 1849 : Auguste Bravais

Утврдува постоење на 14 видови на мрежи

• ~1880 : Schönfliess и Fedorov

Нашле 230 просторни групи
 Откритија
• 1895 : Wilhelm Conrad Röntgen
X-зраци.
Crookes- ова цевка
Рака (прстен)
на
Г-ѓа Röntgen

• 1896 : Henri Becquerel

Открива радиоактивност кај ураниумот.

Филм
со сол на U

• 1897 : Joseph John (J.J.) Thomson

Го открива електронот, мери q / m.

Крај на класичната физика

Блаже Димески
Рендгенските зраци биле Развојот на апаратура која
откриени во 1895 година. Тоа се овозможува производство на
светлосни зраци кои се интензивна светлина и на
невидливи за човечкото око. високоенергетски рендгенски
Кога овој вид на зраци ќе се зраци (во синхротрони) довел
насочи кон одреден објект, до револуционерен развој на
атомите што го чинат објектот ги кристалографијата
расејуваат рендгенските зраци.
Кристалографите откриле дека
во случај објектите да се
кристали, правилно
распоредените атоми во
кристалот ги расејуваат
рендгенските зраци во само
определен број на специфични
насоки
Блаже Димески
 Докази

• Х-зраците се бранови
• Кристалот е аранжман од
периодични атоми
• 1912 : Max Von Laue, Friedrich, Knipping
• Електроните се бранови
Прво искуство со дифракција на Х-зраци

ZnS бленда CuSO4

• 1913 : William Henry и William Lawrence Bragg

Одредување на првите кристални структури
NaCl, ZnS, FeS2, CaF2, CaCO3…

• 1927 : Davisson и Germer :

Дифракција на електрони.
Х-зраците (брановидни линии) од синхротрон (сина) поминале низ нанокристали
со различни форми (сива) за да обезбедат информации за нивната атомска
структура. Атомите на хлор (зелена), се на среброто и го стабилизираат тој
монослој на врвот на златото.

Блаже Димески
Светлината е расеана од објекти кои се поголеми од брановата должина
Кристалните решетки се премногу мали за видлива светлина
Х-зраците имаат бранови должина од редот на меѓуатомското растојание во
кристалите
Х-зраците се подложни на дифракција од кристалите како видливата светлина
дифрактирана со ролетни
Дифракцијата со Х-зраци е најмоќната алатка развиена за структурна анализа
 X-зраци(рентгенски) за определување на
кристална структура
• дојдовни X-зраци вршат дифракција од кристални рамнини.

Рефлекцијата мора
да биде во фаза со
детектирачкиот сигнал!
eкстра l
што го патуваq q
растојание
бранот “2” простор
d меѓу
рамнините
Мерење на критичниот агол,
qc, овозможува
пресметување на X-зраци
nl
растојанието , d. интензитет d
(од 2 sin qc
За кубичен систем: детектор)
d hkl 
a q
h2  k 2  l 2 qc
h, k, l се Miller-ови
индекси Латински diffringere, "да се разбие на парчиња“
 Рендгенска дифракција
• Сè што знаеме за кристалните структури е добиено од
изучувањата со рендгенска дифракција
• Рендгенска дифракција се однесува на расејувањето на
рендгенските зраци од јоните или атомите на кристалните цврсти
супстанци.
• Добиените слики од расејувањето, или дифракцијата, се користат
за да се изведе распоредот на честичките во цврстата решетка.
• Рендгенските зраци се еден вид електромагнетно зрачење, па
според тоа и бранови, очекуваме дека во одредени услови ќе
покажуваат вакво однесување
• Во 1912 г. германскиот физичар Макс Лауе предложил: бидејќи
брановата должина на рендгенските зраци е споредлива по
големина на растојанието на јазлите во решетката на кристалите,
решетката би требала да ги дифрактира (расејува) рендгенските
зраци.
 Биологија
• 1926-35 : J.B. Sumner, J.H. Northrop, W. S. Stanley
Кристализација на ензими и тутунов мозаичен вирус.

Virus
x
376000

• 1953 : James Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins

Rosalind Franklin
Двојната спирала на ДНК.

X-слика
од ДНК

• 1960-62 : John Kendrew, Max Perutz ДНК

Структура на биолошки макромолекули (мио/хемоглобин).

хемоглобин

Блаже Димески
 Големи инструменти - Центри за синхротроно зрачење

• Зрачење поради забрзување на наелектризирани честички

• Liénard 1898 ; Iwanenko и Pomeranchuk 1944
e-
a •1947 : F. Elder, R. Langmuir и H. Pollock
•Синхротронско зрачење: 1947
Прво набљудување
брилијантност и прилагодливост синхротроно светло
• 1968 Tantalus 1, WI USA, 1971 LURE, Orsay 70 MeV
GE, Schenectady, NY
• 30 центри за синхротроно зрачење
во светот (10 Азија, 10 Европа, 10 Америка)
Извори трета генерација(ESRF, APS, SpRing8)
• 2007 : Synchrotron-SOLEIL, ST Aubin.
• извори четврта генрација (XFEL): USA, Japon,
Europe

• 1912: ладна цевка

SOLEIL (2,75 GeV) ESRF (6 GeV) • 1960: ротирачка анодна
цевка
 Големи инструменти?
• 1932 : James Chadwick Неутронски батерии
• откривање на неутронот (Nobel 1935)
• 1942 : Enrico Fermi (Nobel 1938)
• Предлага да се користат неутрони за проучување на цврсти материи
• 1944 : Реакторот d’Oak Ridge TN, USA
• Интеракција со сите јадра
• Магнетна интеракција
• Енергија ~ 300 K: динамична

• 1945: Први неутронски дифракциони експерименти на NaCl во прав

• 1950: Неутронска магнетна дифузија, Е. Wollan и C. Schull (Нобел 1994)
• 1955: Нееластично неутронско рассејување, Бертрам Брокхаус (Нобел
1994)

1971 институт Laue-Langevin, ILL (Grenoble)

1974 Лабораторија Léon Brillouin, LLB, Saclay
Пулсирачки извори SNS (USA)
• JNSN (Japan)
Блаже Димески • ESS ?
• 1960-70 : директни методи
Jerome Carle и Herbert Hauptman (Nobel 1985) Развој
• 1960-1970 : несензибилизирани кристали
Апериодични структури

• 1984 : квазикристали
D. Schechtman, I. Blech, D. Gratias, и J. W. Cahn
Непериодични структури со неодредена симетрија

дифракција Квазикристали на
од страна на додекаедар
квазикристал
AlNiCo
декагонален

• 1982 : Gerd Binnig и Heinrich Rohrer (Nobel 1986)

Тунелскиот микроскоп(STM) -> нанофизика
1985 : фулерени (Kroto, Curl, Smalley), 1988 : Гигантска магнетосистенција(A.
Aтоми на Fe Површина на
Fert) врз Cu(111) Si(111)
 Принцип на работа
Снопот од рендгенски зраци се насочува на кристал. Атомите во
кристалот апсорбираат дел од упадното зрачење, а потоа
повторно го емитираат. Овој процес се нарекува расејување на
рендгенските зраци.
 Брегова равенка
Двата упадни зрака се во фаза еден во однос на друг (нивните
максимуми и минимуми се во исти позиции). Горниот зрак се
расејува, или се рефлектира од атом во првиот слој, додека долниот
зрак се расејува од атом во вториот слој. За овие два зрака
повторно да бидат во фаза, дополнителното растојание што треба
да го пропатува долниот зрак мора да е целоброен множител од
брановата должина (λ) на рендгенскиот зрак; т.е.

BC + CD = 2d sinθ = nλ n = 1, 2, 3, …

...каде θ е аголот меѓу рендгенските зраци и кристалот, а d е

растојанието меѓу соседните рамнини. За секоја вредност на θ што
ја задоволува Бреговата равенка, засилените зраци даваат темна
дамка на фотографскиот филм
Тесен паралелен зрак на х-зраци е насочен кон
правилен кристал ( протеински кристал на рибулозен
бифосфат карбоксилаза, ензим со централна улога во
фиксацијата на CO2 за време на фотосинтезата.)
Некои од зраците се расфрлани од атомите во
кристалот. Расфрланите бранови се зајакнуваат едни
со други во одредени точки и се појавуваат како шема
на местата на дифракција . Оваа дифракциска шема,
заедно со аминокиселинската секвенца на протеинот,
може да се користи за добивање на атомски модел.

Целосниот атомски модел е тешко да се толкува, но оваа поедноставена верзија, добиена од

податоците за дифракција на рентгенски зраци, јасно ги покажува структурните одлики на
протеинот (α хеликс, зелени; β набор, црвени).
Дифракција на х- зраци

Рендгенска кристалографија —
техника која се користи за
одредување на атомската и
молекуларната структура на даден
кристал.
 Дифракцијата на Х-зраците од протеинските
кристали може да ја открие точна структура на
протеините
• Започнувајќи со аминокиселинската секвенца на
протеинот, често може да се предвиди кои секундарни
структурни елементи, како што се мембраните што го
опфаќаат  хеликсот, ќе бидат присутни во протеинот.
• Во моментов не е можно, сепак, да се заклучи сигурно
тридимензионалната структура на протеинот од
неговата аминокиселинска секвенца, освен ако
нејзината аминокиселинска секвенца не е многу слична
на онаа на протеинот чија што димензионална
структура е веќе позната.
• Главната техника што се користи за откривање на
тродимензионалната структура на молекулите,
вклучително и протеините, при атомска резолуција, е
рендгенска кристалографија.

Блаже Димески
 Х-зраци?
• Х-зраците, како светлината, се форма на
електромагнетно зрачење, но тие имаат многу пократка
бранова должина, обично околу 0,1 nm (дијаметарот на
водороден атом).
• Ако тесен паралелен зрак на Х-зраци е насочен кон
примерок од чист протеин, повеќето од Х-зраците
минуваат директно низ него.
• Меѓутоа, мал дел се расејани по атомите во примерокот.
• Ако примерокот е правилен кристал, расејаните
бранови се зајакнуваат едни со други во одредени точки
и се појавуваат како точки на дифракција кога х-зраците
се снимаат со соодветен детектор.

Блаже Димески
Wilhelm Conrad Röntgen
(1845-1923)

Блаже Димески
Јасно дефинираните точки на сликата се
добиваат само кога кристалот е доволно голем и
се состои од стотици паралелни слоеви.

За секоја вредност на θ што ја

задоволува Бреговата равенка,
засилените зраци даваат темна дамка на
фотографскиот филм.

Техниката со рендгенска дифракција го нуди најточниот метод за определување

на должините и аглите на врските на молекулите во цврста агрегатна состојба.
Бидејќи рендгенските зраци се расејуваат од електроните, од дифракционите
слики, со примена на сложена математичка постапка, хемичарите може да
конструираат контурна мапа на електронската густина.
 Што се точките?

• Позицијата и интензитетот на секоја точка во шемата на дифракција на

рентгенските зраци содржат информации за локацијата на атомите во
кристалот што го предизвикале тоа.
• Тумачењето на тродимензионалната структура на една голема молекула
од шемата за дифракција на неговиот кристал е комплексна задача и не
беше постигната за протеински молекули до 1960 година.
• Но, во последните години анализата на дифракција на рентген зраци
станува се поавтоматизирана, а сега најбавен чекор најверојатно ќе
биде генерирање на соодветни протеински кристали.
• Ова бара големи количини на многу чист протеин и често вклучува
години на проба и грешки, во потрага по соодветни услови за
кристализација.
• Сè уште има многу протеини, особено мембрански протеини, кои
досега се спротивставуваат на сите обиди за нивно кристализирање.
 Значи многу е битно кај се точките!

Мит , сосема неоснован, е дека бројот на точки на грбот на

Димески Блаже
инсектот укажува на нејзината возраст
 Анализа на добиената шема на дифракција

• Анализата на добиената шема на дифракција произведува

комплексна тродимензионална мапа со густина на електрони.
• Толкувањето на оваа карта - преведувајќи ги нејзините контури
во тродимензионална структура - е комплицирана процедура за
која е потребно познавање на аминокиселинската секвенца на
протеинот.
• Во голема мера според методот на проба и грешка, секвенцата и
електронската мапа на густината се поврзани со компјутер за да
го дадат најдоброто можно вклопување.
• Сигурноста на конечниот атомски модел зависи од резолуцијата
на оригиналните кристалографски податоци: со резолуција од
0,5 nm може да произведе мапа со мала резолуција на 'рбетот
на полипептидната низа, додека резолуцијата од 0,15 nm
дозволува сите не-водородни атоми во молекулот да бидат
сигурно позиционирани.

Блаже Димески
 Кристалографија на протеини

Прочистување

Собирање на податоци за дифракција Интерпретација на мапи

Кристализација

протеин + Растење на
резервоар кристал

10 дена
H2O

резервоар 10 години

Пресметка на мапи:
густина на електрони
 Организација на снимањето
КРИСТАЛ

ДИФРАКЦИЈА КРИСТАЛНА СТРУКТУРА

X-ЗРАЦИ

Кристалната структура предизвикува дифракција на влезен рендгенски зрак

(Х-зрак) во мноштво на специфични правци. Со мерење на аглите и
интензитетите на овие дифракциони зраци, кристалографот може да создаде
тродимензионална слика (дифрактограм) за електронската густина во
кристалот. Од оваа електронска густина може да се утврдат средните
положби на атомите во кристалот, како и нивните хемиски врски, нивниот
кристалографски неред и разни други информации.
Определување на структура со кристалографија
со X-зраци

X-зраци :дифракциони податоци

H K L I SgimaI Phi
2 5 9 101 5
3 7 8 49 4
… Фазинг

Фазен проблем: фазните агли не

можат да се снимат со техникава.

Блаже Димески
 Во кристалите позицијата на група атоми
периодично се реплицира во трите насоки на просторот.

Бидејќи многу материјали

можат да формираат
кристали (солите, металите,
минералите,
полуспроводниците и разни
неоргански, органски и
биолошки соединенија)
рендгенската
кристалографија е
фундаментална метода во
развојот на многу научни
полиња

почекај
 КОХЕЗИОНИ СИЛИ КАЈ ЦВРСТИТЕ ТЕЛА

ХЕМИСКА ВРСКА TИП НА КРИСТАЛ

КОВАЛЕНТНА КОВАЛЕНТНИ КРИСТАЛИ [дијамант ]

ЈОНСКА ЈОНСКИ КРИСТАЛИ [ NaCl ]

METАЛНА METAЛИ [ Au]

ВОДОРОДНА МОЛЕКУЛСКИ КРИСТАЛИ

VAN DER WAALS [шекер]

 Идеален кристал

Сепак, во многу случаи,

добивањето на кристал со
дифракциски квалитет е
главната пречка за
решавање на неговата
структура со атомска
резолуција.

Го замислуваме идеалниот кристал како просторно творба добиена со

бесконечно повторување на истата структурна единица.
Во секоја елементарна единка на кристалот се присутни еден или повеќе
атоми .
При дефинирање на идеален кристал претпоставуваме дека атомите мируваат
во нивната рамнотежна позиција.
 Решетки во 3D

Постојат 7 кристални системи со специфични мрежни форми. Но, во 3D

просторот за секоја од овие форми можеме да најдеме мрежи со неколку
јазли на мрежата, односно повеќе мрежи и како да избереме кога има
неколку решенија?
Изборот се води според следниве критериуми:
 наједноставната форма
најмал волумен
мрежата чија симетрија е онаа на ќелијата
Критериумот што преовладува да биде последниот.
Bravais*

Блаже Димески say види ррт „Кристалографија “ и „ Бравеови решетки“

 Bragg-ов закон

Lawrence, Henry
Во 1913, William Henry Bragg(тате) (1862–1942) и синчето му,
William Lawrence Bragg (1890–1971), извеле формула за
објаснување на дифракција на X-зраци од кристал.
 Упаден зрак(со бранова должина λ）ги удира
рамнините „1” и „2 ”
a’
a b’
b A
AB и AC се
1 вертикални со
d B C
2 светлината
d q D q
3 h
Разликата во патеката за зраците од соседните рамнини ：
BD  DC  2d sin q
Состојба на конструктивно мешање :

2d sin q  kl (k  1.2.3)
Bragg-ов закон
 X-зраци(рентгенски) за определување на
кристална структура
• упадните X-зраци вршат дифракција од кристални рамнини.

Рефлексијата мора
да биде во фаза со
детектирачкиот сигнал!
eкстра l
што го патуваq q
растојание
бранот “2” простор
d меѓу
рамнините
Мерење на критичниот агол,
qc, овозможува
пресметување на X-зраци
nl
растојанието , d. интензитет d
(од 2 sin qc
За кубичен систем: детектор)
d hkl 
a q
h2  k 2  l 2 qc
h, k, l се Miller-ови
индекси Латински diffringere, "да се разбие на парчиња“
 X-зраци(рентгенски)
Диференцијален модел
z z z
c c c

y (110) y y
a b a b a b
x x x (211)
Интензитет

(200)

Агол на дифракција 2q

Диференцијален модел за поликристално -Fe (BCC)

Блаже Димески
 Односи помеѓу реципрочниот вектор и
меѓупланарното растојание

1
ko  k 
θ
l
  2 sin q
k0 k g  2k sin q 
l

Bragg-ов закон: 1 2 sin q


d l

g 1
Tака: g
d

Правилна групација на вакви расејувачи продуцира правилна шема на сферични

бранови. Иако овие бранови се поништуваат меѓусебно во повеќето правци по пат
на деструктивна интерференција, во неколку специфични правци тие
конструктивно интерферираат, што е изразено со Бреговиот закон:
 Конструирање на ограничувачка
(лимитирачка)сфера
• Векторска презентација на
Bragg-ов закон
• IkI=Ik0I=1/λ
– λx-rays>> λe = ghkl

Упаден зрак

Блаже Димески
 Ewald-ова (лимитирачка)сфера

Eластично расејување:

1
k  k'
l
k k’
Набљудуваната шема на дифракција
е делот на реципрочен простор кој е
g пресечен од Ewald-овата
(лимитирачка)сфера

Евалд предложил модел на резонатор за кристалите за неговата теза, но овој модел не

можел да се потврди со користење на видлива светлина, бидејќи брановата должина била
поголема од растојанието меѓу резонаторите.
 Ewald-овата сфера е скоро рамна како што 1/l
станува поголема

Cu Ka X-зраци: l = 150 pm => мал k

Eлектрони на 200 kV: l = 2.5 pm => голем k

Макс фон Лауе сфатил дека е потребно електромагнетно зрачење со пократка бранова
должина за да се набљудуваат таквите мали простори и предложил дека рендгенските
зраци можеби имаат бранова должина споредлива со растојанието помеѓу елементарните
ќелии во кристалите
 Структурни фактори
N
X-зраци: Fg  Fhkl   f j( x ) exp( 2i (hu j  kv j  lw j ))
j 1

Координатите на атомот j во кристалната ќелија е rj=uja+vjb+wjc.

h, k и l се Miller-ови индекси на Bragg-овата рефлексија g.
N е бројот на атоми во ќелијата на кристалната ќелија. fj (n) е фактор на расејување на
рендгенското зрачење или амплитудата на расејување на рендген, за атомот j.

z Структурните фактори за рефракција

wjc на Х-зраци, неутрони и електрони се
rj слични. За неутроните и електроните,
c
a b треба само да ги замениме fj(n) или fj(e) .
uja vjb
y
x
Интензитетот на рефлексија е
пропорционален на :
Fg Fg
 Пример: внатрешно центрирана кубична
решетка
N
• eiφ = cosφ + isinφ Fg  Fhkl   f j exp( 2 i (hu j  kv j  lw j ))
j 1
• enπi = (-1)n
• eiφ + e-iφ = 2cosφ
Aтомски позиции во ќелијата:
[000], [½ ½ 0], [½ 0 ½ ], [0 ½ ½ ]

Која е општата состојба

за рефлексија? Fhkl= f (1+ eπi(h+k) + eπi(h+l) + eπi(k+l))

Која е општата состојба

Ако h, k, l се сите исти:
за рефлексија за внатрешно
Fhkl= f(1+1+1+1)=4f
центрирана
кубична решетка? Ако h, k, l се мешани цели броеви (пример 112)
тогаш
Fhkl=f(1+1-1-1)=0 (забранета)
 Проценка на молекулата
• Комплетниот атомски модел честопати е
премногу сложен за директно да се процени,
но поедноставените верзии што ги покажуваат
суштинските структурни одлики на протеинот
можат лесно да се извлечат од него .
• Тридимензионалните структури од околу
10,000 различни протеини сега се утврдени со
кристалографија со х-зраци или со NMR
спектроскопија.

Блаже Димески
 Како да добиете Х-зраци ?
Ротирачка анода
Електронскиот зрак од
катодата се удира во метална
(обично Cu) анода и
произведува Х-зраци
Сноп од електрони
X-зраци
Бакарна анода
Синхотрон
Забрзувач на честички
Со промена на насоката на
движење при големи брзини,
материјата од честички
(електрони или позитрон)
испушта Х-зраци
58
Кристалографските техники може да се применат и
за проучување на макромолекуларни комплекси.
• Методот се користeл за да се реши структурата на
рибозомот, голема и сложена мобилна „машина“
направена од неколку РНК и повеќе од 50 протеини .
• Определбата бара употреба на синхротрон, извор на
зрачење што генерира х-зраци со интензитет потребен за
анализа на кристалите на толку големи макромолекуларни
комплекси.
 Синхотрон?
Синхротроните сега се стандардните забрзувачи на честички
за високо-енергетски судири. Тие се многу флексибилни во
нивните апликации а можат да се користат за позитивни или
негативни честички и за материја и антиматерија.
Најголемиот синхротрон е Европската лабораторија за
физика на честички (позната како ЦЕРН). Таа поминува низ
тунел под границата меѓу Франција и Швајцарија. Има обем
од 27 km и може да даде ефективен забрзувачки напон од 100
GV (сто илјади милиони волти).

Принципот на синхротронот е сосема јасен - иако нивната

имплементација не е толку едноставна. Синхротронот е како
линеарен акцелератор кој е превртен во круг, формирајќи вид
на облик на крофна.
 Општа скица
Централниот круг е местото каде што
наелектризираните честички се забрзуваат.
Надворешниот круг е прстенот за
складирање, формиран од искривени линии,
на крајот на кој се инсталирани
експерименталните станици.
Блаже Димески
Со промена на правецот на
наелектризираните честички се
произведуваат рендгенски фотони,
Х-зраците се појавуваат поради
промена на правецот на
наелектризираните честички.
 Метод

X-зраци Aтоми
Кристал

FT-1
FT

Дводимензионалните слики направени на различни ориентации се претвораат во

тродимензионален модел на електронска густина во кристалот со помош на математичкиот
метод на Фуриеови трансформации, заедно со познати хемиски податоци за примерокот.
Доколку кристалите се премногу мали или доколку внатрешната структура не им е доволно
униформна, резолуцијата може да биде слаба (нејасност) или да настанат грешки.
 Организација на снимањето
КРИСТАЛ

ДИФРАКЦИЈА КРИСТАЛНА СТРУКТУРА

X-ЗРАЦИ

Првиот чекор е да се добие соодветен кристал за материјалот кој се изучува. Кристалот

треба да биде доволно голем (обично поголем од 0,1 mm во сите димензии), со чист состав
и правилна структура, со незначителни внатрешни несовршености.
Во вториот чекор, кристалот се поставува во интензивен зрак од рендгенски фотони,
обично со една бранова должина (монохроматски зрак), кој ја создава правилната шема на
рефлексии. Аглите и интензитетите на дифрактираните рендгенски зраци се мерат, при што
секое соединение има уникатна шема на дифракција. Како што кристалот постепено се
ротира, претходните рефлексии исчезнуваат и се појавуваат нови; интензитетот на секоја
точка бива снимен при секоја ориентација на кристалот.
Контурната мапа на електронската густина ги прикажува релативните
електронски густини на разни позиции во молекулата. Густините
постигнуваат максимум блиску до центарот на секој атом. На овој начин
може да се определат положбите на јадрата, а оттаму и геометриските
параметри на молекулите.
 Методи кои вклучуваат дифракција на влакна

Рендгенска прашкова дифракција

3
Рендгенската
кристалографија
Малоаголно расејување на рендгенски зраци
е сродна со
други методи

Електронска кристалографија

Временска кристалографија

Блаже Димески
 EM или x-зраци
• Eлектронски микроскоп
• резолуција ≈ 1nm
• de Broglie l на e- ≈
големина на атом
• Трансмитирана светлина
• Зголемување на леќи 106
• 2D слика
• мери густина
• примерокот е тенок
пресек
• дифрактометар
• резолуција ≈ 0.1nm = 1Å
• l ≈ големина на атом
• Рассејана светлина
• Нема леќи
• 3D реконструкција
• Мери релативна e-
густина
• примерокот е единечен
кристал
 Експеримент: поставување
Извор на X-зраци Детектор на X-зраци

Стоп

Најпрецизниот метод на рендгенска кристалографија е монокристална рендгенска

дифракција, во која рендгенскиот зрак озрачува еден кристал, со што се создаваат расејани
зраци. Кога расејаните зраци удираат на детекторот тие создаваат дифракциона шема на
точки; јачините и аглите на овие зраци се евидентираат како што кристалот постепено се
ротира. Секоја точка се нарекува рефлексија и одговара на рефлексијата на рендгенските
зраците од еден збир на рамномерно распоредени рамнини во рамките на кристалот.
 Димензии
Детектор на X-зраци

Дебелина на кристал: 0.10-1.00 mm

Ширина на зрак : ~0.20 mm

За монокристали со доволна чистота и правилност во структурата, со податоците за

дифракцијата на рендгенските зраци може да се одредат средните должини и агли на
хемиската врска во рамките на неколку илјадити делови од ангстрем и во рамките на
десетти делови од степен, соодветно. Атомите во кристалот не се статични, но осцилираат
околу нивните средни положби, обично за помалку од неколку десетти од ангстрем.
Рендгенската кристалографија овозможува мерење на големината на овие осцилации.
Елементарна ќелија: ~100Å = 0.00001mm
Tипична молекула на протеин:
~30Å = 0.000003 mm
 Oсцилирачки e- расејани од
X-зраци
…во сите правци.

oсцилации

e-
емисија

Кристалите се структури изградени од повторлива шема на специфично

подредени (организирани во просторот) атоми или молекули, а рендгенските
зраци може да се сметаат за бранови на електромагнетно зрачење. Атомите ги
расејуваат рендгенските бранови, бидејќи стапуваат во интеракција со нивните
електрони. Рендгенскиот зрак кој се судрува со електронот создава секундарни
сферични бранови кои се шират од електронот. Овој феномен е познат како
еластично расејување, а електронот се нарекува расејувач
 Потребни равенки
i Euler-ова теорема
e  cos   isin 
nl  2dsin q Bragg-ов закон

so  s
S Реципрочен простор

l
 x sym  Mx  v Симетрија

F hkl   xyze 2ihxky lz Fourier-ова трансформација

 xyz

xyz   F hkle2ihxky lz Инверзна Fourier-ова трансформација

hkl
Блаже Димески
2dsinq = nl

d*

n=0 1 2 3 4
Блаже Димески
2dsinq = nl

d*

n=0 1 2 3 4
2dsinq = nl

q може да се мери со одредување

аголот помеѓу директното и
расеаното зрачење.

d*

n=0 1 2 3 4
 Елементарната ќелија
2dsinq = nl може да се утврди
од овие податоци.

d*

n=0 1 2 3 4
Забележете дека интензитетот на
местата на дифракција се разликуваат.

Блаже Димески
Интензитетите на дифракција имаат тенденција да се „изгубат“
како q се зголемува

Забележете дека интензитетот на

местата на дифракција се разликуваат.
Секое место на дифракција е збир на бранови
од сите атоми во единицата ќелија.

Забележете дека интензитетот на

местата на дифракција се разликуваат.
 d d

Секој максимум на дифракција вклучува информации за густината на

електроните во повторено растојание.
Конверзија на интензитети на Х-зраци до густината на електроните е многу
комплициран процес.
Голем чекор е одредувањето на атомски координати за моделот.
Штом се утврдени координатите за моделот можно е да се пресмета
(од податоците за интензитетот) како моделот би изгледал
 Определување на структура со
кристалографија со X-зраци
Кристализација

Прочистен
протеин Фазен проблем
Кристал

X-зраци
(дифракција)
Eлектронска
густина

Биолошка интерпретација 3D структура

 Протеински кристали
• Обична низа на протеински молекули
• „влажни“: 20-80% растворувач
• Неколку кристални контакти
• Протеинските кристали содржат
активен протеин
 Eнзимски принос
 Поврзување на лиганди

Пример на кристално пакување

 Пример на кристално пакување

No
Image
Aцетилхолинeстераза  2 Гликопротеин I
68% растворувач ~90% растворувач
(eкстремно високо!)
 Проблематични протеини
• Mултипли домени

флексибилен
• Течните краеви
може да ја попречат кристализацијата:
промена на конструктот хидрофилен
Липиден
хидрофобен
• Мембрански протеини двослој

хидрофилен

• Гликопротеини

Флексибилен и хетероген!
 Eксперимент
• Опции за бранова должина:
монохроматски, полихроматски
променлива бранова должина
Течен N2

Извор на
X-зраци Стоп на
зраците

Детектор
Гониометар
Блаже Димески
 Дифузно расејување

Воден прстен
Директен зрак

Реципрочни вредности
Стоп
(овде хексагонален систем)

рефлексија (h,k,l) со I(h,k,l)

Зголемена резолуција
 Водич за кристалографија со Х-зраци за
раствор на протеинска структура
• Протеините / ДНК / РНК се основните градежни блокови за
целиот жив свет
• Кристалографијата со Х-зраци е најчесто користен метод за
одредување на деталите на атомското ниво на овие структури

• 1: Експресија на
протеини,
прочистување и
кристализација

Техниката на монокристална рендгенска кристалографија има три основни чекори. Првиот, и најчесто
најтешкиот чекор, е да се добие соодветен кристал за материјалот кој се изучува. Кристалот треба да
биде доволно голем (обично поголем од 0,1 mm ), со чист состав и правилна структура, со
незначителни внатрешни несовршености, како што се пукнатини или сраснување.
 Водич за кристалографија со Х-зраци за
раствор на протеинска структура

• Чекор 2: Кристалот
ротира во х- зраци за
да генерира сет на
дифракциони слики
 Водич за кристалографија со Х-зраци за
раствор на протеинска структура

• Чекор 3: Сликите со
дифракција
обработени за да се
генерира мапа за
густина на електрони
за целниот протеин.

Модел за структура вградена во мапа

Блаже Димески
 Водич за кристалографија со Х-зраци за
раствор на протеинска структура

Со кристалографијата може да се одредат структурите на неограничено големи

молекули, додека со NMR на раствори може да се одредат структурите само на
релативно мали молекули (помалку од 70 kDa).
Важно:Протеините и поголемите РНК молекули не можат да се кристализираат
ако не е формирана нивната терцијарна структура;
 Кристализација

Собирање на
Дијамантски софтвер податоци

Обработка на
податоци
CCP4 софтвер
Експериментална Молекуларна
замена
фаза

Модификација
на густината

Изградба на
модел

Рафинирање

Структурна
анализа

Депозиција

Блаже Димески
 Фазен проблем
• Интензитетот на сликата на дифракцијата и фазните
информации се потребни за да се изгради електронска мапа за
густина на целниот протеин
Информации за фазите не се дадени со дифракционите слики.
 Мора да се изведе од други техники -
Експериментална фаза: Врз основа на споредување на Х-
зраци со податоци од две или повеќе малку различни
кристални структури
 Молекуларна замена: Фази земени од слични, сродни,
протеини наречени хомолози
 Не можат да се користат директни методи со оглед на голем
број атоми

Блаже Димески
 Фазен проблем
• Податоците собрани од експериментот се реципрочна просторна
репрезентација на кристалната решетка.
• Позицијата на секоја дифракциона „точка“ зависи од големината и обликот
на елементарната ќелија и внатрешната симетрија на кристалот.
• Се снима интензитетот на секоја дифракциона „точка“, и овој интензитет е
пропорционален на квадратот на амплитудата на структурниот фактор.
• Структурниот фактор е комплексен број, кој содржи информации и за
амплитудата и за фазата на бранот.
• За да се добие мапа на електронската густина, која ќе може да се
интерпретира, мора да се знаат и амплитудата и фазата (мапата на
електронска густина му овозможува на кристалографот да изгради
почетен модел на молекулата).
• Фазата не може директно да се одреди за време на експериментот: ова е
познато како фазен проблем.
 Првични проценки за фазата можат да се добијат на неколку
различни начини:

Избор за помали молекули (<1000

Ab initio решавање на фазниот неводородни атоми) и успешно се
проблем или директни методи користи за решавање на фазните
проблеми кај малите протеини

Ако е позната сродна структура, таа може

да се користи за одредување на
Молекулска замена ориентацијата и позицијата на молекулите
во елементарната ќелија

Аномално расејување на
Користи еден збир на податоци на
р е н д ге н с к и з р а к
една соодветна бранова должина.

Во кристалот се внесуваат
Методи со тешки метални атоми со голема
електронска густина
а т о м и
 Методи со тешки атоми
• Ако во кристалот можат да се внесат
метални атоми со голема електронска
густина, можат да се употребат директни
методи или Патерсоновата функција за да
се одреди нивната локација и да се добијат
првични фази.
• Таквите тешки атоми може да се внесат во
кристалот или со негово натопување во
раствор кој го содржи тешкиот атом или по
пат на кокристализација (растење на
кристалот во присуство на тешкиот атом).
• Како и кај MAD методот, промените во
амплитудите на расејувањето може да се
интерпретираат за да се добијат фазите.
• Иако ова е оригиналниот метод со кој биле
решени кристалните структури на многу
протеини, тој во голема мера е заменет со
MAD методот кој користи селенометионин.

Блаже Димески
 Молекуларна замена

Првичен кристал Тековна кристална

форма

 f,y ,k , x, y, z






 

Блаже Димески
 Разделување

+
(φ, ψ, κ) (x, y, z)
 Rosetta / Quark генерира
1000-2000 модели
"мамка" за нашата цел

Кластерирање

Додадете странични
ланци и извршете
молекуларна замена со
експериментални
податоци

Центроид
Овие податоци се комбинираат во пресметките со комплементарни хемиски информации за
да се создаде и усоврши моделот на распоредот на атомите во кристалот.
Конечниот модел за распоредот на атомите (сега наречен кристална структура) обично се
чува во јавна база на податоци.
 Rosetta

додадениRosetta
Скратен се сигурни
кластер
странични
Реаранжиран модел
ланци
Нескратен Rosetta кластер
Кристална
структура
Блаже Димески
 Твит на денот
•Каква ти е платата таков ти е животот ! Точка

Не мора да значи
 Мисла на денот
• Човекот во животот најскапо ги плаќа
евтините луѓе.
Толку