ENZIMS

TEMA 4
Xavier Font 1
 ÍNDEX

Bioenergètica
• Introducció al metabolisme
• Bioenergètica

Molècules activades

Enzims
• Propietats generals
• Cinètica enzimàtica

Mecanismes de control de les rutes metabòliques

Senyalització cel·lular

Xavier Font 2
 Propietats generals

Xavier Font 3
 èRealitzen gairebé totes les transformacions químiques que es donen en una
cèl·lula.

èEn cada cèl·lula trobem milers d’enzims, organitzats en seqüències de

reaccions (vies o rutes metabòliques): catabolisme i anabolisme

è Normalment, son proteïnes. Excepció: ribozims (molècules de RNA amb

activitat enzimàtica) è Per exemple, RIBOSOMES: catalitzen la formació
d’enllaços peptídics entre aminoàcids

èLa reacció té lloc en un espai confinat (lloc actiu)

Xavier Font 4
 Classificació d’enzims: segons tipus de reacció que catalitzen

EC Classificació Tipus de reacció catalitzada

1 Oxidoreductases Reaccions d’oxido-reducció
2 Transferases Transferència de grups funcionals
3 Hidrolases Reaccions d’hidròlisi
4 Liases Eliminació d’un grup per formar un doble enllaç
5 Isomerases Isomerització
6 Lligases Formació d’enllaços acoblada amb hidròlisi d’ATP
Transport de molècules a traves d’una membrana
7 Translocases
a partir d’una reacció

Cada enzim té un nom sistemàtic i nom alternatiu, junt amb un número de 4 xifres
per exemple EC 4.2.1.3 (EC=Enzyme Comission)

Aconitasa http://enzyme.expasy.org

Xavier Font 5
 ENZIM REACCIÓ CATALITZADA
Nucleases Trenquen àcids nucleics mitjançant la hidròlisi d’enllaços entre nucleòtids
Proteases Trenquen proteïnes mitjançant la hidròlisi d’enllaços entre aminoàcids.
Nom general per a enzims que sintetitzen molècules en reaccions
Sintases
anabòliques mitjançant la condensació de dues molècules més petites
Polimerases Catalitzen reaccions de polimerització com ara la síntesi d’ADN i ARN.
Catalitzen l’addició de grups fosfat a molècules. Les Cinases de proteïnes son
Cinases
un grup important de Cinases que uneixen grups fosfat a proteïnes.
Fosfatases Catalitzen l’eliminació hidrolítica d’un grup fosfat d’una molècula
Hidrolitzen ATP. Moltes proteïnes amb un ampli ventall de funcions mostren
una reacció de ATPasa de consum d’energia com a part de la seva funció,
ATPases
per exemple, proteïnes-motor com la miosina, i les proteïnes de transport en
membranes, com ara la bomba de sodi-potassi.

Xavier Font 6
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Velocitats de reacció més elevades

Condicions de reacció més suaus

Especificitat de reacció més elevada

Especificitat: complementarietat electrònica o geomètrica

Capacitat de regulació

Presencia de cofactors

Xavier Font 7
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

èVelocitats de reacció més elevades 106 a 1012 vegades que les reaccions
corresponents no catalitzades, i almenys varis ordres de magnitud més
elevades que les catalitzades químicament

Xavier Font 8
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

èCondicions de reacció més suaus. Les reaccions catalitzades

enzimàticament tenen lloc sota condicions relativament suaus
(temperatures inferiors a 100 °C, pressió atmosfèrica, i pH gairebé neutre).

èEspecificitat de reacció més elevada respecte als seus substrats

(reactants) i productes, comparat amb els catalitzadors químics.

Xavier Font 9
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Especificitat

Complementarietat electrònica Complementarietat geomètrica

Xavier Font 10
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Complementarietat electrònica

• forces van der Waals

• unió electrostàtica
• ponts d'hidrogen
• interaccions hidròfobiques.

Complex enzim-substrat

Xavier Font 11
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Complementarietat geomètrica
Enzims que participen en reaccions quirals son estereospecífics: formen llocs actius
asimètrics

(Liasa)

(Quiral)

Esteroselectivitat en la unió del substrat Complementarietat geomètrica

aconitat

Xavier Font 12
 Els enzims actuen sobre substrats específics

Xavier Font 13
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

èCondicions de reacció més suaus. Les reaccions catalitzades

enzimàticament tenen lloc sota condicions relativament suaus
(temperatures inferiors a 100 °C, pressió atmosfèrica, i pH gairebé neutre).

èEspecificitat de reacció més elevada respecte als seus substrats

(reactants) i productes, comparat amb els catalitzadors químics.

è Capacitat de regulació: les activitats catalítiques varien en resposta a les

concentracions de substàncies diferents dels substrats. Aquests
mecanismes inclouen:
• control al·lostèric
• modificació covalent d’enzims
• variació de la quantitat d’enzim

Xavier Font 14
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Cofactors
Alguns enzims requereixen cofactors, per exemple, en reaccions d’oxidació-
reducció (transferència d’electrons)

e s
ita m in
x: V
p .e

Apoenzim (inactiu) + cofactor holoenzim (actiu)

Holoenzim: complex enzim-cofactor actiu

Xavier Font 15
Característiques dels enzims respecte als catalitzadors químics

Cofactors

Cu2+, Fe3+, Zn2+…

Classificació dels Coenzims:

• Transportadors d’Hidrògens (electrons i protons): intervenen en reaccions d'oxidació-
reducció acceptant i donant electrons i protons, sovint combinats formant àtoms
d'hidrogen (NAD+, NADP+, FAD, ...)
• Transportadors de Grups químics: transporten grups químics en les reaccions. Per
exemple el coenzima A que transporta un grup acil R-C=O

Xavier Font 16
 Cinètica enzimàtica

Xavier Font 17
Xavier Font 18
 Lisozim

beta 1,4 entre els residus

d'àcid N-acetilmuràmic i
N-acetil-D-glucosamina Peptidoglicà

Xavier Font 19
 Reacció
més lenta

Número de recanvi

Xavier Font 20
 S?

Xavier Font 21
 P?

Xavier Font 22
 E?

Xavier Font 23
 ES?

Xavier Font 24
Xavier Font 25
 𝐝 𝐄𝐒
𝐕= = 𝐤 𝐜𝐚𝐭 𝐄𝐒
𝐝𝐭
Reacció de primer ordre, que es
caracteritzen perquè la velocitat de la
reacció és proporcional a la concentració
de reactiu (ES) elevada a 1

Xavier Font 26
 A l’estat estacionari ...

k-1 [ES] + kcat [ES] = k1[E] [S]

Velocitat de formació de ES

Velocitat de trencament de ES

Xavier Font 27
 k-1 [ES] + kcat [ES] = k1[E] [S]

Com que [E]lliure=[E0]-[ES]

Xavier Font 28
 Constant de Michaelis

Definim km com
(…)

Xavier Font 29
 Com que V=kcat[ES]à [ES]= V/kcat

Xavier Font 30
 La velocitat de l’enzim depèn de la
concentració de substrat

Sempre?

Xavier Font 31
 Si [S] << à Km>> [S]

𝒌𝒄𝒂𝒕
𝑽= 𝑬 [𝑺]
𝒌𝒎 𝟎

Xavier Font 32
 Si [S] >>

V=Vmax=kcat[E0]

Xavier Font 33
 Km à[S] a la que obtenim el 50%
de la Vmax.
Km baixa indica una bona afinitat
(unió forta) entre E i S
Km alta indica poca afinitat
A [S]<< V es proporcional a S
Xavier Font 34
 Km ens dona l’afinitat entre l’enzim i el substrat

Km baixa bona afinitat

Km= Km alta poca afinitat

A [S] >> à nº de recanvi màxim

Kcat
Constant d’Especificitat =
Km

Afinitat entre enzim i substrat

Xavier Font 35
 Kcat
Constant d’Especificitat =
Km

Si comparem enzims diferents en les mateixes condicions de [E0]

V=Vmax=kcat[E0]

Vmax
Constant d’Especificitat =
Km

Xavier Font 36
 ... I tot això de què serveix?

• Caracteritzar un enzim
• Saber si un enzim es millor que una altre per fer una reacció
industrial
• Veure com afecten paràmetres com la temperatura o el pH a
l’activitat d’un enzim per aplicacions industrials
• Saber l’activitat d’un enzim en medis amb poca aigua, p.ex.
reaccions on s’utilitzen dissolvents
• Veure si una modificació en l’estructura primària d’un enzim millora
o no les seves característiques

Xavier Font 37
 Com ho farem per trobar experimentalment
aquests paràmetres?

Xavier Font 38
Xavier Font 39
 E0=ct

Xavier Font 40
Lineweaver-Burk

Xavier Font 41
 L’activitat dels enzims també depèn del pH

pH estomac 1-2

pH citosol 7.2

Xavier Font 42
 ÍNDEX

Bioenergètica
• Introducció al metabolisme
• Bioenergètica

Molècules activades

Enzims
• Propietats generals
• Cinètica enzimàtica

Mecanismes de control de les rutes metabòliques

Senyalització cel·lular

Xavier Font 43
 MECANISMES DE CONTROL DE LES
RUTES METABÒLIQUES

TEMA 4
Xavier Font 44
Xavier Font 45
 Moltes reaccions están quasi
en equilibri

ISBN 978-0-8153-4432-2

Xavier Font 46
 • Irreversibilitat de les rutes metabòliques
• Control sobre l’enzim
• Control de la disponibilitat de l’enzim
• Modificació covalent de l’enzim: fosforilació
• Regulació de l’activitat enzimàtica mitjançant
molècules reguladores

Xavier Font 47
 • Irreversibilitat de les rutes metabòliques
• Control sobre l’enzim
• Control de la disponibilitat de l’enzim
• Modificació covalent de l’enzim: Irreversibilitat de les rutes
fosforilació
• Regulació de l’activitat enzimàtica
mitjançant molècules reguladores

Xavier Font 48
 Les rutes metabòliques incorporen majoritàriament reaccions quasi
en equilibri, estratègicament trobem reaccions que funcionen lluny
de l’equilibri, de manera que:
àLes rutes metabòliques son irreversibles. Si una reacció
irreversible és part d’una ruta amb múltiples passos, aquesta
ruta serà globalment irreversible (tot i que moltes de les seves
etapes poden estar properes a l’equilibri)
à Cada ruta metabòlica té una etapa (una reacció) irreversible
al principi de la ruta
à Les rutes catabòliques i anabòliques difereixen (rutes
independents)

𝚫G<<0
Xavier Font 49
 • Irreversibilitat de les rutes metabòliques
• Control sobre l’enzim
• Control de la disponibilitat de l’enzim
Control de la disponibilitat
• Modificació covalent de l’enzim:
d’enzim
fosforilació
• Regulació de l’activitat enzimàtica
mitjançant molècules reguladores

Xavier Font 50
 Regulant l’expressió dels gens que
codifiquen per un determinat enzim

Confinant determinats enzims en

determinats compartiments
cel·lulars

Proteòlisi

Xavier Font 51
 • Irreversibilitat de les rutes metabòliques
• Control sobre l’enzim
• Control de la disponibilitat de l’enzim
• Modificació covalent de l’enzim: Modificació covalent: fosforilació
fosforilació
• Regulació de l’activitat enzimàtica
mitjançant molècules reguladores

Xavier Font 52
 Serina
Treonina
Tirosina

Xavier Font 53
 Fosfatasa Quinasa
Xavier Font 54
Xavier Font 55
 Fosforilació: també pot assolir-se afegint
tot el nucleòtid (Proteïnes G) à eucariotes

Xavier Font 56
 • Irreversibilitat de les rutes metabòliques
• Control sobre l’enzim
• Control de la disponibilitat de l’enzim
• Modificació covalent de l’enzim: Molècules reguladores
fosforilació
• Regulació de l’activitat enzimàtica
mitjançant molècules reguladores

Xavier Font 57
 Vmax i Km

Xavier Font 58
 Inhibidor ¹ Inactivador

Inhibició reversible Inhibició irreversible

Dissociació molt ràpida Unió covalent o molt forta
Dissociació molt lenta

Molts fàrmacs s’uneixen covalentment i de manera irreversible a

enzims, inactivant-los ... molts verins actuen igual.

Xavier Font 59
 Tipus d’unió Enzim-Inhibidor reversible

Inhibició competitiva
Inhibició acompetititva (Incompetitiva)
Inhibició no competitiva

Xavier Font 60
Inhibició competitiva

E + S ES E + P
Ki

S
EI S E + P

(isotèric)

Substrat i inhibidor
competeixen pel

i
i

mateix lloc d’unió

Augmentant [S] podem revertir l’efecte

Xavier Font 61
 només substrat

V substrat +
inhibidor

[S]
enzim
inactiu

Efecte inhibidor:
substrat +
incrementa la KM aparent inhibidor
Pendent = aKm/Vmax

1/V D[I]

1/Vmax substrat

1/[S]
-1/aKM a = 1 + [I]/KI

Xavier Font 62
Inhibició acompetitiva

E + S ES E + P
Ki’

ESI S S E + P

(Al·lostèric)
i

Substrat i inhibidor i
no competeixen pel
mateix lloc d’unió S

Augmentant [S] podem NO revertir l’efecte

Xavier Font 63
 només substrat

V D [I]

substrat +
inhibidor

enzim [S]
inactiu

D[I]
substrat +
Efecte inhibidor: afecta tant la inhibidor
VMAX com la KM aparents Pendent = Km/Vmax
1/V
(disminueixen)
Vmax-app=Vmax/a’

substrat

1/[S]
Es dóna sobretot en enzims multisubstrat Km-app=-Km/a’ a’ = 1 + [I]/KI

Xavier Font 64
Inhibició mixta o no competitiva
Inhibició mixta o no competitiva: l’inhibidor s’uneix tant a l’enzim lliure com al complex
enzim-substrat. Normalment la inhibició resulta d’un efecte al·lostèric (inhibidor s’uneix
a diferents parts de l’enzim) on l’inhibidor modifica la conformació de l’enzim.

E + S ES E + P

S
Ki Ki’

EI + S ESI S E + P

i i
La unió amb l’inhibidor afecta la
unió amb el substrat i vice-versa
i i

Xavier Font 65
 només substrat

D [I]
V
substrat +
inhibidor

Efecte inhibidor: afecta tant la VMAX

(baixa) com la KM aparent (quan Ki es substrat + D[I]
diferent a Ki’), que pot augmentar o inhibidor
disminuir. Pendent = aKm/Vmax
1/V

substrat

1/[S] a = 1 + [I]/KI
-a’/ a KM
a’ = 1 + [I]/KI
Xavier Font 66
 només substrat

substrat +
V inhibidor

[S]

Inhibició no competitiva pura substrat + D[I]

inhibidor
Efecte inhibidor: afecta a la VMAX (baixa)
Pendent = aKm/Vmax
1/V

substrat

KM 1/[S] a = a’
KI =K’I
Xavier Font 67
Enzims al·lostèrics
Enzims al·lostèrics: tenen llocs d’unió que s’influeixen uns als altres
§ Lloc actiu: reconeix el substrat
§ Altres llocs (situats en altres regions de l’enzim): reconeixen molècules
reguladores (inhibidores o activadores)
§ Interacció entre els llocs: depèn de canvis conformacionals de la proteïna al
unir-s’hi una de les molècules: pot modificar geometria lloc actiu, modificant la
seva afinitat pel substrat

Xavier Font 68
Enzims al·lostèrics
Enzims al·lostèrics: sovint son multimèrics, presentant una cinètica diferent al
comportament Michaelis-Menten clàssic

Corba de saturació sigmoïdal, reflecteix

interaccions cooperatives entre les
subunitats de la proteïna (no covalents)

Per exemple: la unió d’una molècula de substrat a una de les subunitats provoca
canvis conformacionals que afavoreixen la seva unió a les subunitats restants (cas
hemoglobina)

Xavier Font 69
 Quines son aquestes molècules que poden
regular l’activitat enzimàtica?

Xavier Font 70
Regulació per retroalimentació (feedback)

Control al·losteric o isotèric Rutes metabòliques:

normalment hi ha
múltiples punts de
control, sobretot en les
ramificacions/
intersecció
Xavier Font 71