TEMA-2-PROTEINES.

pdf

egmarquez1

Estructura i Funció de Biomolècules

1º Grado en Biología

Facultad de Biociencias
Universidad Autónoma de Barcelona

Reservados todos los derechos.

No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 TEMA 2- PROTEÏNES.
1. Classes de proteïnes i les seves funcions.
Les proteïnes són els principals agents de les funcions biològiques i estan formades per
aminoàcids.
CLASSES DE PROTEÏNES: Segons la seva estructura macromolecular poden ser classificats
en dues classes principals:
- Proteïnes fibroses → Proteïnes en forma de fibres que donen suport estructural i
força de resistència. Són purament estructurals per exemple la miosina, el
col·lagen, les ungles, etc.
- Proteïnes globulars → Proteïnes formades per una llarga cadena d'aminoàcids
que es plega sobre si mateixa i forma una proteïna compacta, encara que no
cal que sigui esfèrica ja que pot ser irregular. Per exemple, l’hemoglobina,
transport
FUNCIONS:
- Catàlisi: ADN polimerasa (en la replicació de l'ADN)
- Transport: Transport de l’hemoglobina (transporta O2 a la sang); lactosa
permeasa
- Estructurals: Col·lagen (teixit connectiu); queratina (pèl, ungles, plomes, banyes
- Moviment: Moviment de la miosina (teixit muscular); actina (teixit muscular,
motilitat cel·lular)
- Regulació: insulina (absorció de glucosa de la sang ...)
En resum les proteïnes son la maquinaria de la vida.
Les proteïnes són les biomolècules més variades i les més presents a la biosfera,
concretament a les cèl·lules on les proteïnes ocupen més o menys un 15% del seu pes
total. Són les biomolècules més complexes i són heteropolímers de α- aminoàcids.
Aquests AA tenen característiques que els fan adequats per formar-les i per dur a terme
diferents funcions biològiques.
CARACTERÍSTIQUES: Els aminoàcids d’aquestes proteïnes tenen la capacitat de
polimerització (per poder formar macromolecules), tenen propietats àcid-base útils,
tenen propietats físiques variades i tenen funcionalitat química variada (contribueixen a
augmentar la variabilitat de la funcionalitat)
2. Estructura i propietats dels aminoàcids.
Són heteropolimers, és a dir estan formats per diferents α-aminoàcids.
Un aminoàcid està format per un grup amino (𝑁𝐻3), un grup carboxilic (COOH),
un grup hidrogen (H) i un radical variable. Tots aquests grups units a un Cα
principal.
Els AA tenen quatre substituents diferents (com hem vist anteriorment), per tant,
són molècules amb un carboni quiral, de la qual es tria la forma L per
incorporar-la a les proteïnes. A mes a mes es tetraèdric.
- Tots (excepte la glicina) són quirals
- Tots (excepte la prolina) tenen un grup carboxil àcid, un amino bàsic grup, i un
hidrogen alfa connectat a l’α-carboni
- Cada aminoàcid té un quart substituent R únic.
Hi ha 20 AA proteinògenics o estàndards i són L-aminoàcids (excepte la glicina), es a dir
generen proteïnes encara que no es trobin a la natura.
Per què havent-n’hi 20, n’hi ha més de vint? Les proteïnes poden contenir més de 20
aminoàcids, els AA addicionals provenen de modificacions posttraduccionals.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-4326856

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 TEMA 2- PROTEÏNES.
Tot i que a la natura hi ha més de 100 aa només 20 poden ser utilitzats per la formació
de proteïnes. Per exemple a les cèl·lules podem trobar D-aminoàcids però només els L
poden formar proteïnes, a mes alguns AA són modificats per enzims específics i afegits
després de la traducció.
Els peptids son molecules mab funcions biologiques que no tenen una estructura molt
clara (hormones, feromones, neuropeptids, antibiotics, protecció,etc.)

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
Hi ha aminoàcids essencials, és a dir, són aquells que un organisme ha d’adquirir de
l’exterior ja que no els pot sintetitzar el cos humà i els ha d’adquirir amb la dieta, cosa
que varia en diferents espècies:
In humans: H, I, L, K, M, F, T, W V
CLASSIFICACIÓ DELS AA: els aminoàcids més comuns poden ser classificats en cinc
grups bàsics depenent del seu substituent R:
- Grups NO polars alifàtics → Grup format per 7 AA (Glicina, alanina, prolina,
valina, leucina, isoleucina i metionina). Presenten grups R no polars alifàtics ja
que els substituents són hidrocarburs petits sense càrregues, és a dir, són
molècules inerts NO solubles en aigua (Hidrofobics → tendeixen a estar dins de la
proteïna) i NO reactives. Normalment faran funcions estructurals.
- Grups aromàtics → Grup format per 3 AA (Fenilalanina, tirosina i triptòfan). Són
hidrofòbics, però al tenir un grup OH (Pot formar ponts d’hidrogen) o un són una
mica polars i una mica més reactius.
Tenen una particularitat anomenada absorbància que és proporcional a la
concentració i és la capacitat d’una molècula per captar l’energia de la llum
que les travessa.
Grups polars sense càrrega → Grup format per 5 AA (Serina, Treonina, Cisteïna,
Aspargina i Glutamina). Aquests AA poden formar ponts d’hidrogen gràcies als
seus grups polars i els podem trobar freqüentment a l’exterior de les proteïnes ja
que són hidrofílics (Solubles en H2O).
- La cisteïna és un cas especial ja que NO té un grup alcohol sinó que té un
grup tiol (En lloc OH té un SH), això l permet ser molt reactiva amb ella
mateixa (enllaç covalent) i poden perdre electrons per formar un doble
AA (mitjançant ponts disulfur). En unir-se els pols disulfur els AA perden el
seu caràcter polar.
- Grups carregats positivament → Grup format per 3 AA (Lisina, Arginina i
histadina). Aquests AA estan carregats positivament quan el pH és neutre
tendeixen a estar cap a l’exterior, si estan a l’interior la càrrega ha d’estar
neutralitzada.
- Grups carregats negativament → Grup format per 2 AA que són aspartat (D) i
glutamat (E). Passa el mateix que en el cas anterior però amb càrrega negativa,
és a dir, estan carregats negativament quan el pH és neutre i tendeixen a estar
cap a l’exterior, encara que en el cas de que estiguessin a l’interior de la
proteïna la càrrega ha d’estar neutralitzada.
AMINOÀCIDS PROTEOGÈNICS NO-ESTANDARDS (Extrany)
A mes a mes dels 20 AA, hi ha dos AA afegits que són la selenocisteïna (cisteïna +
seleni) i la pirrolisina que es troba en bacteris i algues i que s’afegeixen a vegades al

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-4326856

1 descarga sin publicidad = 1 coin

Estructura i Funció de Biomo...
Banco de apuntes de la
 TEMA 2- PROTEÏNES.
sintetitzar les proteïnes i quan ho fa és perquè fa una lectura especial d’un codo
d’stop.
Per tant, si volem ser estrictes, direm que hi ha 20+2 AA
AMINOÀCIDS NO-ESTANDARDS QUE ES TROBEN A LES PROTEÏNES: Tot i això, hi ha altres
aminoàcids que no són estàndards i no formen part dels 20 essencials però que

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
igualment es troben en proteïnes ja que alguns són modificats químicament per enzims
(ex. a la serina se li afegeix un grup fosfat i passa a anomenar-se fosfoserina). Aquests
AA no han estat incorporats pels ribosomes, sinó que apareixen després en
modificacions en la post-traducció i la majoria són reversibles (metilació,
fosforil·lació,etc.)
AMINOÀCIDS QUE NO ES TROBEN A PROTEÏNES: Aquests AA són extranys ja que poden
ser beta o derivats (No alfa com tots els anteriors) i no es troben a les proteïnes ja que,
treballen com a molècules individuals.La dopamina o la histamina són alguns exemples.
3. Estereoisomeria i comportament àcid-base.
L’estructura de les biomolècules és important ja que només s’incorporen L-aminoàcids a
les proteïnes i sucres D als polisacàrids. → Selecció de les configuracions.
Perque hi ha dues classificacions D i L? Pasteaur va estudiar L/D fliceraldehid i els va
anomenar aixi per pura casualitat (Va dir que els L desviaben la llum cap a l’esquerra i
els D cap a la dreta). Com va ser per casualitat, diem que la nomenclatura absolita es
la E i la S
Per mirar si es D/R o L/S un
aminoàcid hem de mirar el grup
𝐶𝑂𝑂𝐻 respecte el grup 𝑁𝐻3:
D/R → cap a la dreta o a favor
de les agulles del rellotge.
L/S → en contra de les agulles
del rellotge.

Com es la ionització dels aminoàcids?

- pH àcid (pH<7) ฀ el grup carboxil (COOH) i el grup amino (NH3+) estaran
protonats i l’aminoàcid es trobarà en la seva forma catiònica ja que la càrrega
neta serà positiva.
- pH neutre (pH=7) ฀ el grup carboxil estarà desprotonat (COO-), mentre que el
grup amino estarà protonat (NH3+). La càrrega neta de la molècula és zero i
ambdós ions s’anomenen Zwitterions. El pK és superior que el primer pH però
inferior que el segon.
- pH alcalí o bàsic (pH>7) ฀ el grup carboxil (COO-) i el grup amino (NH2) estaran
desprotonats i l’aminoàcid es trobarà en la seva forma aniònica ja que la
càrrega neta serà -1.
Corbes del pH dels aminoàcids? Els aminoàcids tenen corbes del
pH i l'única diferència que hi ha entre l'àcid acètic (ex) i un
aminoàcid, es que els aminoàcids tenen dos punts d’inflexió (El pka
del COOH∼2,5 i el pka del 𝑁𝐻3 ∼9,5. Quan el pH=pka hi ha la

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-4326856

1 descarga sin publicidad = 1 coin

 TEMA 2- PROTEÏNES.
mateixa concentració de la forma protonada que de la forma desprotonada (COOH i
COO-) i després arribem al punt isoelèctric (P.I:), en que una de les dues fórmules ha
+ −
desaparegut (COO- queda), per tant la càrrega general es 0 (𝑁𝐻3 𝑖 𝐶𝑂𝑂 ). Si seguim
afegint base, arribarem al segon pKa en que hi ha un moment d’equilibri entre
𝑁𝐻3 𝑖 𝑁𝐻2, si seguim afegint base forta arribarem a la forma completament
desprotonada.
Com es veu a la gràfica hi ha almenys dos zones buffer (capacitat tamponada),
encara que els AA per lliure no tenen aquesta capacitat. El COOH=2,34 i el pka del
𝑁𝐻3 =9,6.
El punt isoelectric (Carrega total=0) → p.I. = (pK1 + pK2)/2
- Aminoàcids amb grups R ionitzables: Quan al grup R hi ha una molècula que pot
ser desprotonada tindra un 3r pka. El p.i. NO es calculara fent la suma dels 3 pka i
dividint entre 3, sinò que es calcula fent p.I.=(pK1+pKR)/2
4. Pèptids i enllaç peptídic.
Les proteïnes es formen gràcies a una anomenada condensació ja que s’uneixen dues
molècules amb pèrdua d’aigua, i es trenquen gràcies a la reacció d’hidròlisi ja que
s’afegeix aigua que trenca la molècula. La reacció de condensació forma l’enllaç
peptídic (CONH → amida) que uneix els aminoàcids.
L’enllaç peptídic és un enllaç amida (CONH) que té un caràcter parcial d’enllaç doble
ja que els enllaços simples poden rotar lliurament donant lloc a conformacions, però els
dobles no poden rotar i donen lloc a configuracions. Com és un enllaç doble és pla i,
per tant, no pot rotar. Això determina el plegament de les proteïnes d’una única
manera.Per ressonància, l’enllaç doble es troba deslocalitzat, no es troba exactament
entre el C i l’O.
Atenció!:Hem d’escriure la seqüència d'aminoàcids amb una orientació, no es el mateix
un dipeptics que comença per COO- que un que comença per NH2. Per tant,
escriurem 5’ → 3’ (Nter → Cter)
L'enllaç peptídic té un caràcter parcial de doble enllaç i és pla. Això determina el
plegament de les proteïnes d’una manera fonamental. L’enllaç peptídic és normalment
trans.
- Proteïna: Oligopeptid prou llarg per replegar-se i formar estructures en tres
dimensions.
- Pèptid o oligopeptid: Estructura oligopeptidica formada per uns quants
aminoàcids (<50) que s’uneixen en una cadena covalent sense 3D. Els pèptids
els anomenem segons el nombre d’AA que hi ha (di-, tri-, tetra-, etc.). A mes a
mes un pèptid comença pel grup N i acaba pel C (d’esquerra a dreta). Com
hem vist anteriorment quan un aminoàcid s’ajunta amb un altre es perd una
molècula d’aigua, així que quan tenim AA dins d’una proteïna tenim residus (un
aminoàcid dins d’una proteïna es un residu).
Els pèptids realitzen funcions molt diverses, quan parlem de pèptids parlem d’hormones
(ex. insulina), també poden actuar com neuropeptids, antibiotics, toxines,etc. Els pèptids
poden tenir un origen ribosomal o no ribosomal.
La proteïna funcional pot portar cofactors o coenzims (molècules que s’uneixen un
moment a la proteïna i l’activen o la desactiven o altres) i grups prostètics (proteïnes
conjugades). Un grup prostètic és aquell que s’uneix covalentment a les proteïnes pero

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-4326856

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
 TEMA 2- PROTEÏNES.
no es un aminoàcid i col·laboren amb elles. Les proteïnes conjugades són les que
contenen el grup prostètic i en distingim dos tipus:
- Apoproteïna ฀ proteïna SENSE el cofactor.
- Holoproteïna ฀ proteïna AMB el cofactor.
La composició de les proteïnes es molt variable, però hi ha una diferència molt
important entre les proteïnes globulars i les fibril·lars (Les proteïnes fibroses son molt

Reservados todos los derechos. No se permite la explotación económica ni la transformación de esta obra. Queda permitida la impresión en su totalidad.
repetites, mentre que a les proteïnes globulars hi haurà composicions molt variables).

5. Anàlisi de la composició d'aminoàcids i de la seqüència de les proteïnes.

Per estudiar les proteïnes podem fer:
- Hidròlisi àcida dels enllaços peptídics: Una molécula es pot unir covalentment a
una proteïna i després amb un trencament adequat podem trencar l’enllaç
peptídic i quedar-nos amb l’AA modificat.
- Cromatografia de productes, detecció i quantificació. Si el compost te color
podem obtenir un cromatograma que ens permet analitzar els pics de la
composició de la proteïna.
- Derivatització d’aminoàcids lliures.
- També es pot realitzar la derivatització post-columna: Ficar en un aa una
caracteristica per ser identificat (ex. fluorescència).
Edman degradation: Aquest mètode consisteix en marcar el primer aminoàcid del
polipeptid i l’uneixen a una molècula fluorescent. Aquest mètode consisteix en la
hidròlisi de l’exposició del polipèptid en un medi àcid. Quan s’allibera el primer aa per
cromatografia es pot saber quin és perque te fluorescencia. Aquest mètode permet
separar per ordre. El problema que només serveix per polipeptids més petits de 50 AA (Si
una proteïna es mes gran de 50 AA es trenca la proteïna amb una proteasa en
proteïnes més petites de 50 AA).

Les proteïnes amb funcions similars tendeixen a tenir seqüències semblants.Això fa

que les seqüències proteiques ajudin a elaborar arbres filogenètics per crear una
història evolutiva.
Actualment fem servir la seqüenciació moderna de proteïnes by tandem MS-MS
(espectrometria de masses). Avaluar els diferents AA mitjançant el trencament i mirant
els aspectres d'emisio de cadascun dels AA. Aquesta tècnica permet calcular masses
moleculars i es pot aplicar a la seqüenciació de proteïnes i es basa en utilitza dos
aparells de MS (Spectroscopy masa): Els productes del pèptid "trencats" a la cèl·lula de
col·lisió (MS 1) s'analitzen a la segona cambra d'MS2

El tercer mètode d'anàlisi de proteïnes es la seqüenciació de DNA, que es molt mes

barat i pràctic.

a64b0469ff35958ef4ab887a898bd50bdfbbe91a-4326856

1 descarga sin publicidad = 1 coin