TEMA 1: AMINOÀCIDS, PÈPTIDS I PROTEÏNES

 Què veurem en aquesta unitat?

En primer lloc, veurem les funcions biològiques de les proteïnes, així com els seus
components que les formen: ELS AMINOÀCIDS, per saber les característiques
estructurals i les propietats. També veurem l’enllaç peptídic.

1. LES PROTEINES I LES SEVES FUNCIONS BIOLÒGIQUES

Les proteïnes són macromolècules que desenvolupen funcions primordials en
gairebé pràcticament tots els processos biològics. Entre moltes de les funcions
que tenen, actuen com a catalitzadors, proporcionen suport mecànic, generen
moviment i controlen el creixement.
Són diverses les propietats que permeten a les proteïnes intervenir en tots
aquests processos:
- Les proteïnes són polímers lineals formats per unitats monomèriques
denominades AMINOÀCIDS, que s’uneixen a través dels seus extrems.
Aquesta seqüència d’aminoàcids determina la forma tridimensional de la
proteïna.
- Aquestes proteïnes tenen una àmplia gamma de grups funcionals,
responsables de l’ampli espectre de funcions proteiques.
- Poden interaccionar entre si i amb altres macromolècules per formar
agrupacions complexes. Així doncs, les diverses funcions que duen a
terme les proteïnes són les següents
Així doncs, les diverses funcions que duen a terme les proteïnes són les
següents:
1. CATALITZADORS ENZIMÀTICS
2. TRANSPORT I EMMAGATZEMATGE (hemoglobina i mioglobina)
3. MOVIMENT: CONTRACCIÓ
MUSCULAR, MITOSI..
4. SUPORT MECÀNIC (col·lagen)
5. PROTECCIÓ IMMUNOLOGICA
(defensa, anticòs)
6. GENERACIÓ I TRANSMISSIÓ DE
L’IMPULS NERVIÓS
7. CONTROL DEL CREIXEMENT I
DIFERENCIACIÓ, AIXÍ COM LA
SENYALITZACIÓ (hormones, factors de
transcripció)
En aquesta secció estudiarem l’estructura de les proteïnes, així doncs,
començarem per analitzar les propietats químiques dels aminoàcids:
ELS AMINOÀCIDS : COMPONENTS ESSENCIALS DE LES PRTOTEÍNES
Moltes biomolècules són polímers d’alt pes molecular construïts a partir de molècules
precursores senzilles. Un exemple clar serien les PROTEÏNES, ELS POLISACÀRIDS
O ELS ÀCIDS NUCLEICS. Com ja hem vist abans, podríem definir les proteïnes com a
macromolècules estructuralment i funcionalment més versàtils que trobem en els
organismes vius.
Les seves funcions en els organismes depenen directament de la seva estructura en
3D, és a dir, gràcies a la seva naturalesa química que els hi permet adoptar infinitat
d’estructures, poden tenir una gran diversitat funcional. Això també ve relacionat amb
el fet que les proteïnes contenen un elevat nombre de grups funcionals, fet que els
permet poder interaccionar entre elles o bé amb altres biomolècules, formant
MACROCOMPLEXES.
En resum:
ESTRUCTURA FUNCIÓ
La major part de les funcions s’han transferit a les
proteïnes, capaces de formar estructures en 3D. Per
exemple el bacteri E.coli, podem observar que té
diferents tipus d’espècies de molècules, entre elles les
proteïnes amb un gran nombre. Trobem també gairebé
el mateix nombre de RNA que de proteïnes, ja que
aquestes estan codificades per aquests RNAs, que
actuen com a part del missatge. Veurem la relació entre
l’estructura de la proteïna i la seva funció, de manera
que si fem variar qualsevol d’elles podem fer variar
l’altra, això vol dir que són complementaries.
Una de les propietats que permet que la proteïna pugui INTERACTUAR AMB ALTRES
MOLÈCULES és la seva capacitat de plegar-se de forma molt diversa. Això és el que
s’anomena INTERACCIONS ESPECÍFIQUES ENTRE MOLÈCULES, és per aquest
motiu que és molt important tenir diversitat estructural pel que fa a les proteïnes.
Aquetes proteïnes, per tant, les trobarem interactuant: formen part de complexos
(MACROCOMPLEXOS). Aquesta capacitat de plegar-se i d’interactuar ve donat
gràcies a les cadenes laterals (o grups funcionals, que venen dels aminoàcids que
componen aquests polímers), facilitant la interacció, així com la formació d’enllaços
químics entre elles i les molècules que les rodegen.
 2. ESTRUCTURA D’UN AMINOÀCID, PROPIETATS I CLASSIFICACIÓ
Podríem definir els aminoàcids com els MONÒMERS (part bàsica) que formen
les proteïnes i que tenen un grup amino i un grup àcid (carboxil). De tots els
aminoàcids que existeixen a la naturalesa, només 20 d’ells intervenen en la
formació de les proteïnes, és a dir que les proteïnes estan formades per 20
aminoàcids però en cada una disposats de manera diferent
La seva formació bàsica és la següent:

El centre és un carboni alfa, per això són

alfa-aminoàcids.
Els 20 aminoàcids es diferencien en el
radical.
Entre els aminoàcids hi ha enllaç
covalent, que en el cas dels aminoàcids
s’anomena enllaç peptídic.

Centre Quiral
Presenta propietats òptiques  ENANTIOMERS

*No té res a veure que giri a la dreta o a la

esquerra amb ser L / d

Tal com podem veure a la imatge anterior, cada aminoàcid consta d’un àtom de
Carboni tetraèdric central ASIMÈTRIC O QUIRAL, unit a un grup amino
(esquerra), a un grup carboxil (a sobre), a una cadena lateral característica i a
un àtom d’hidrogen. A no ser que “R” sigui un hidrogen, tindrem una molècula
asimètrica (quan tots els radicals són diferents). Cada tipus d’aminoàcid
posseeix. un grup R diferent. Com ja hem dit, els aminoàcids formen les
proteïnes, però QUÈ ÉS UNA PROTEINA? Les proteïnes es poden conèixer
com a polímers lineals construïts a partir d’unitats estructurals bàsiques
anomenades α-aminoàcids (α-aa)
Per saber si és L o D comparem amb
La majoria d’aminoàcids es presenten en dues formes glyceraldehyde
que són imatges especulars entre si
(=ESTEREOISÒMERS; L/D). Podem trobar dues La glicina no té ni L ni D, no té 2
configuracions. formes, no és asimètric

ISÒMER L: Posseeixen per projecció lineal al grup Les proteïnes sempre aminoàcids L
amina (-NH2) cap a l’esquerra del carboni asimètric.
 ISÒMER D: Posseeixen per projecció lineal el grup amina (-NH2) cap a la
dreta del carboni asimètric

Pel que fa a la estereoisomeria del carboni α, els aminoàcids que formen les
proteïnes naturals sempre seran isòmers L, això vol dir que tots els aminoàcids
que tenim a les proteïnes naturals tenen la forma d’isòmer L. En el laboratori es
poden construir proteïnes utilitzant D aminoàcids, ja que aquestes proteïnes
són molt resistents a la radiació i, per tant, tenen una llarga durada en
comparació amb les altres formes. Però atenció !!!!! HI HA UNA EXCEPCIÓ
EN EL GRUP  EL CARBONI α DE LA GLICINA NO ES ASIMÈTRIC
PERQUE EL SEU RADICAL ÉS UN HIDROGEN, PER TANT, SERÀ UN
CARBONI SIMÈTRIC.

3. CARACTERÍSTIQUES DEL GRUP R

Els aa es diferencien per la naturalesa del grup R en:
- En la mida i forma (més o menys volum)
- En la polaritat: en la capacitat de formar ponts d'hidrogen i en el
caràcter hidrofòbic
- En la càrrega (Els classificarem a pH 7)
- En la reactivitat química
 4. CLASSIFICACIÓ DELS AMINOÀCIDS

Podem classificar els aminoàcids de diferents maneres, però la principal

classificació es fa segons les característiques fisicoquímiques del grup
R.

1. Aminoàcids Hidrofòbics: Grup R apolar. Són alifàtics, per tant

conferiran a la cadena polipeptídica característiques de tipus
hidrofòbic. glicina, alanina, valina, leucina, isoleucina i prolina,
metionina.
2. Aminoàcids aromàtics: les cadenes laterals tenen grups aromàtics
8anells aromàtics) fenilalanina, tirosina, i triptòfan.
3. Aminoàcids polars: Poden formar ponts d’hidrogen i donen polaritat,
tenen grups R no ionitzables però amb polaritat, no tenen càrrega:
serina, treonina, cisteïna, asparagina i glutamina.
4. Aminoàcids carregats positivament o bàsics: histidina, lisina i
arginina. Proporcionen càrrega, tenen un grup R amb càrrega
positiva a pH neutre.
5. Aminoàcids carregats negativament o àcids: aspartat i glutamat.
Proporcionen càrrega, tenen un grup R amb càrrega negativa pH
neutre.

Altra manera de classificar-los és mitjançant el seu requeriment:

- Aminoàcids essencials:
l’organisme no pot sintetitzar, per
tant s’han d’adquirir amb la dieta.
- Aminoàcids no essencials:
l’organisme és capaç de sintetitzar-
los

1. Començarem pel primer grup, AMB GRUPS R APOLARS, anem a

analitzar cada un dels
aminoàcids
Glicina És la excepció en la que
trobem l’hidrogen com a cadena lateral,
no alifàtica, és la més petita.
ALANINA, VALINA I LEUCINA
Aquestes tres últimes tenen cadenes
laterals ramificades i són molt
hidrofòbiques.
METIONINA Es caracteritza per tenir sofre o grup sulfur, es forma l’enllaç
tioèster. (la cysteina també té sofre i és molt reactiu)
ISOLEUCINA té dos carbonis asimètrics i té un metil desplaçat

PROLINA Cadena alifàtica cíclica, + rígid

2. Anem a veure el segon grup, els GRUPS AROMÀTICS, aquests són

plans, cíclics i els més hidrofòbics. Presenten grups hidroxil i anells, i
poden ionitzar-se. Es caracteritzen perquè majoritàriament són
hidrofòbics i poden absorbir llum ultraviolat. Sempre partim d’un
grup metil.

FENILALANINA  és apolar. És l’aminoàcid

precursor de la tirosina. Tal com indica el seu
nom, conté un anell fenil que ocupa el lloc
d’un dels àtoms d’hidrogen del grup metil de
la alanina.
TIROSINA  lleugerament polar, sense
càrrega.
TRIPTÒFAN  és l’aminoàcid més poc
freqüent i és apolar. Té un anell indol unit a
un gruo metilè (-CH2-); el gruo indol consta
de dos anells fusionats que contenen un grup
NH.

3. Ara anem amb el següent grup, els AMINOÀCIDS POLARS, que tenen
cadenes laterals polars o sense càrrega, aquests es caracteritzen perquè
en el seu conjunt són neutres, tanmateix són polars perquè el seu grup R
conté un àtom electronegatiu que acapara els electrons.

La SERINA I LA TREONINA tenen grups hidroxil,

igual que la tirosina del grup anterior. Aquests tres
aminoàcids es poden fosforilar, és a dir, un alcohol
amb un àcid fa que facin la reacció de esterificació.
Aquests canvis poden tenir conseqüències pel que fa
a l’estructura de la proteïna i la seva capacitat
d’interacció. La cisteïna és
CISTEINA  és molt similar a la serina però a l’única que pot
diferència d’aquesta conté un grup sulfhídric o tiol (- ionitzar, la resta no,
SH), en comptes d’un grup hidroxil. Aquest grup -SH tenir en compte
per fer els
exercicis!!!!
és molt més reactiu, per tant, a un pH lleugerament bàsic pot perdre un protó per
formar un grup tiolat reactiu.
ASPARAGINA I GLUTAMINA  es caracteritzen perquè tenen grups amida
(carboxamida terminal).

En relació amb la cisteïna, és un aminoàcid que provoca una unió d’ell mateix, formant
un pont disulfur (CISTEÏNA + CISTEÏNA = CISTINA)  FORMEN UN PONT
DISULFUR, QUE ÉS UN ENLLAÇ COVALENT. Les cadenes laterals de les cisteïnes
poden enllaçar-se entre elles mitjançant enllaços covalents anomenats ponts disulfur
que es formen per oxidació de dos cisteïnes per donar cistina. Ajuda a plegar millor la
proteïnes, dóna molta estabilitat. Un exemple serien els anticossos, els quals tenen
unes estructures que s’enllacen mitjançant ponts disulfur.

*Un cop està format el pot disulfur ja no es polar. A NIVELL DE INTRA/ INTER
PER FORMAR POTS DISULFUR NECESSITEM 2 CISTEINES SI HI HA UNA
SOLA NO

4. Els següents aminoàcids són els POLARS AMB CÀRREGA. Comencem

primer pels que estan carregats POSITIVAMENT A PH FISIOLÒGIC !!!
Aquests es caracteritzen pel fet que com que contenen cadenes laterals
carregades positivament, això fa que aquests aminoàcids siguin molt
hidrofílics.
LISINA I ARGININA la seva cadena lateral és de tipus alifàtic. En el grup carboni
èpsilon (l’últim de tots) hi penja una amina. Pel que fa a les característiques comunes,
podem dir que s’assemblen molt a la estructura de la leucina: les cadenes carbonades
constitueixen un esquelet hidrocarbonat però la cadena acaba amb una càrrega
positiva. , de l’arginina destaquem el grup guanidini
HISTIDINA  El pKr de la histidina està al voltant de 6-7 i depenent de l’entorn, pot
estar carregat positivament o no estar-ho (VERSATILITAT ESTRUCTURAL). Això és
degut a que conté un grup imidazol, un anell aromàtic que també pot estar carregat
positivament. Únic aminoàcid que el pk està a prop del fisiològic.
 IONITZACIÓ DE LA HISTIDINA  La cadena lateral de
la histidina conté un grup imidazol que té un pKa al
voltant de 7, en conseqüència, petites variacions del
pH fisiològic poden fer que estigui ionitzat o no. Per
tant, pot unir-se a protons o alliberar-los.

5. Els que estan CARREGATS NEGATIVAMENT únicament són dos, l’àcid

aspàrtic i l’àcid glutàmic, que posseeixen cadenes laterals àcides que
habitualment es troben carregades negativament.

5. AMINOÀCIDS PROTEICS MODIFICATS

Importants en la estructura del col·lagen, presenta molt 4-hidroxiprolina i
5-hidroxilisina, s’han incorporat els grups hidroxil “extra” sobre el col.lagen i li
donen estabilitat.
*incorporem el grup fosfat afegim carrega – i canviem l’estructura de les
proteïnes, de fet moltes hormones activen quinases i el que fan es fosforilar
Cistina i fosfoserina
Les modificacions es fan a posteriori.
FOSFORILACIONS -OH
Ser
Thr
Tyr
A més d’aquests 20 aminoàcids trobem proteïnes amb aminoàcids modificats. Per
exemple:
SELENOCISTEÏNA  és un aminoàcid present en molts enzims, per exemple, en el
glutatió peroxidasa. La selenocisteïna prové de la cisteïna, la qual es modifica
substituint el grup sofre per un àtom de seleni (HSe). Això sempre passarà un cop la
proteïna ja s’ha sintetitzat.
GLUTATION PEROXIDASA  és un enzim que conté una selenocisteïna. La seva
funció és la de neutralitzar peròxids, espècies químiques molt perilloses per a les
nostres cèl·lules a causa de la seva acció oxidant, provocant l’envelliment cel·lular per
exemple.
La major part de les selenoproteïnes posseeixen activitat enzimàtica, amb la
selenocisteïna en el centre actiu. Mentre que en bacteris aquests enzims realitzen
funcions catabòliques i d’oxidació-reducció.
Durant el cicle de regeneració del GSH, la selenocisteïna agafa els ROOH (peròxid)
reduint-los i, per això, oxida l’àtom de Seleni, perquè rep un OH. Aquest seleni, per
tornar a refer l’enzim, s’ha de reduir mitjançant el glutatió (tripèptid amb una cisteïna
que té un grup SH que és molt reductor, defenses que tenen les cèl·lules), Es
necessiten dues molècules de glutatió per reduir el seleni (GSSG)

6. AMINOÀCIDS NO PROTEICS
Un exemple d’aminoàcids no proteics que apareixen en reaccions metabòliques
són LA ORNITINA I LA CITRUL·LINA. Es tracten de alfa aminoàcids que no es
troben mai a les proteïnes. Són metabòlits intermediaris del cicle de urea (orina).
També hi ha una altra que és de homocisteïna (difereix de la cisteïna perquè té un
grup nitril més). Aquesta es troba en part de reaccions important en reaccions
metabòliques del compost S-adenosyl methionine.. El grup metil de la metionina
actua com a donador de grups metil, els enzims utilitzen aquest substrat (S-
adenosyl), metilant-se i quedant el S-adenosyl homocisteïna. Aquesta ultima es
recicla per formar metionina utilitzant ATP.

*Tiroxina: sintetitza l’hormona T4

 7. PROPIETATS QUÍMIQUES DELS AMINOÀCIDS
*Si l’R pot estar carregat positiva o negativament trobarem diferents formes.
Els aminoàcids són molècules que presenten càrrega, és a dir estan carregats.
Per tant en funció del pH de la dissolució en la qual es trobin, poden acceptar o
cedir protons
- Si la dissolució és àcida, els aminoàcids capten protons del medi i, per
tant, es comporten com una base
- Si la dissolució és bàsica, els aminoàcids cedeixen protons al medi i, per
tant, es compor5ten com un àcid.
A causa d’aquest comportament, es diu que els aminoàcids són AMFÒTERS
A pH neutre ( valor de 7,4 el que anomenen pH fisiològic) el grup α- amino i el
grup àcid dels aminoàcids es troben ionitzats, fet que fa que es comportin com
IONS DIPOLARS (ZWITTERIONS). Això es pot observar en el següent
diagrama.

Si mirem la presència de les tres formes possibles d’aminoàcid, podem

observar que varia en funció del pH del medi: comencem per un pH més
àcids fins a un pH més bàsic.
En un principi es veu que ambdós grups estan protonats amb el 100 % de
pH àcid (CÀRREGA POSITIVA) A mesura que ens aproximem a la constant
d’equilibri, es presenten les formes amb un pH més neutre, de manera que
el grup COOH perd un protó, cedint-lo al medi ( això vol dir que s’ionitza
primer el grup carboxil). Finalment, quan seguim augmentant el valor de pH
a un més bàsic, es desprotona el grup NH3, i s’obté un aminoàcid
desprotona completament, tant pel
grup positiu (amino) com pel grup
negatiu (carboxil). Tenim un 100% de
les formes amb un pH bàsic. Aminoàcid Aminoàcid Aminoàcid

+1 neutre -1
CONCEPTE DE pKa  el pKa és el valor de pH en que el
50% de les molècules tenen el grup ionitzat o, dit d’una altra
manera, la concentració de la forma no ionitzada és igual a
la de la ionitzada. Trobem el pKa que és el valor mig en què
coexisteixen les dues formes (pH = 2 i pH = 9) en aquest
cas. En aquesta taula trobem diferents valors de pKa de
diferents aminoàcids: trobem el pKa del grup carboxil i del
grup amino. També trobem valors de pKa per a grups
funcionals d’alguns aminoàcids (no tots). Es troben en forma
de dipols.

ÀCIDS I BASES: TEORIA DE BRÖNSTED-LOWRY

Àcid: espècie química que té tendència a cedir protons
Base: espècie química que

PRODUCTE IÒNIC DE L’AIGUA

pH: logaritme canviat de signe de la concentració de
protons (H+)
Tampó: barreja d’àcids febles amb la seva base conjugada
Donat que el producte iònic de l’aigua és [H+][OH-] = 10-14, la neutralitat
àcid-base s’aconsegueix quan [H+] = [OH-] =10 -7 (pH =
7)
Per tant tindrem un medi àcid quan el pH sigui menor de
7, i un medi bàsic quan el pH sigui major de 7.
EQUILIBRI ÀCID-BASE
Un àcid fort té una constant d’acidesa (Ka) alta, i per tant
un pKa baix, en canvi un àcid feble tindrà una constant
d’acidesa (Ka) baixa i un pKa alt.
Un àcid és més fort quant més baix és el seu pKa i una
base és més forta quant més alt és el seu pKa.
El pKa és el logaritme canviat de signe de la constant
d’equilibri de dissociació d’un àcid de Brönsted.
Aquest pKa és propi d’un grup i no d’una molècula.
La capacitat tampó és màxima en les proximitats del pKa.
Els aminoàcids són considerats àcids.
*
Forts ka // pKa
Febles ka // pKa
PKa= -logka = log 1/ka
PH= -log (h+) = log 1/ (H+)

8. VALORACIONS

En aquesta taula podem veure els aminoàcids classificats en diferents grups, indicant-
ne les seves característiques fisicoquímiques que els diferencien: trobem el nom
abreviat amb tres lletres i la inicial amb la qual són reconeguts. En la tercera fila
trobem la massa molecular de cada aminoàcid (mitjana = 110kDa). A continuació
trobem els valors de pKa’s i els valors de pKr’s dels aminoàcids que tenen grups
funcionals ionitzables.
 Finalment, trobem l’índex d’hidrofobicitat, que
serà negatiu per aquells aminoàcids que siguin
hidrosolubles i positiu per aquells que siguin
hidrofòbics. En la última columna s’indiquen
les freqüències amb les que es troben aquests
aminoàcids a les proteïnes. ***PUNT
ISOELÈCTRIC  també es un valor de pk (és
el valor de pH en què la càrrega neta de
l’aminoàcid és 0 (no significa que no tenim cap
grup carregat). Si poséssim un aminoàcid en
una solució amb pH igual al seu punt
isoelèctric, la carrega no aniria ni cap al costat
positiu ni cap al costat negatiu. El càlcul del
PUNT ISOELÈCTRIC dels aminoàcids que no tenen grups ionitzables a la cadena
lateral es faria de la següent manera: pK = (pK1 + pK2) / 2
Pk1=(-αCOOH)
PK2= (-αNH3+)
En aquest diagrama, trobem un primer pK1 (COOH), a continuació trobem el punt
isoelèctric amb càrrega neta igual a 0 (COO-), sent el valor de pH iguala 5.97

 Pels que tenen 3 grups ionitzables PI= pk +pk/2 agafem els 2 Pk més
propers numèricament, ex: glutamate 2 i 4
 Si no és iònic, no entra en joc, no pot cedir res, per exemple la glicina
pot tamponar a pH 2 on activa COOH i a pH on activa NH3+. A pH 6, la
càrrega neta és 6.
 Si coneixem el punt isoelèctric, a pH inferior, hi haurà càrrega neta
positiva i a superior negativa.
 Els àcids són bons tamponadors a pH semblants al seu pKa ( + - 1
unitat)
 El pKa és propi d’un grup, no d’una molècula.

VALORACIÓ DE L’ÀCID ACÈTIC

pH = pKa = 4,76
Tampó: mateixa quantitat de forma àcida que de
forma bàsica.
Regió tamponant: es troba una unitat per sobre i
una unitat per sota del pKa. Allà trobem en
quantitats iguals la forma àcida i la forma
bàsica.
VALORACIÓ DEL GLUTÀMIC
En el següent diagrama pI = ½ (pk1 + pKr) = 3.22
(forma de calcular el PI en aquest cas). Es fa el càlcul
del PI dels aminoàcids que tenen grups ionitzables a la
cadena lateral. Aquí es representa

VALORACIÓ HISTIDINE
En aquest tercer cas de la histidina pI = ½ (pKr + pK2) = 7.59 (forma per a calcular el
PI en aquest cas).