Az ioncsere kromatográfia a leggyakrabban használt módszer az aminosavak, peptidek, fehérjék és

nukleinsavak tisztítására, mivel ezek a biomolekulák a funkcionális csoportjaik miatt különböző nettó
elektromos töltést hordoznak egy adott pH-értéken. Az ilyen molekulák szennyeződésektől való
elválasztására az állófázisban pozitív töltésű mátrixot tartalmazó anioncserélő oszlopokat, vagy pedig
az állófázisban negatív töltésű mátrixot tartalmazó kationcserélő oszlopot használnak, így a
célmolekulák a töltésüknek megfelelően reverzibilisen kötődnek az állófázishoz. A megkötött
fehérjék és szennyeződések eluálását (kioldását) úgy végzik, hogy folyamatosan növekvő
koncentrációjú sóoldattal (pl. NaCl-oldattal) öblítik az elválasztó oszlopot (gradiens elúció). A Na+
ionok versenyeznek a
pozitív töltésű
fehérjemolekulákkal az
állófázis kötőhelyeiért.
Előbb a gyengén pozitív
töltésű fehérjemolekulák
(például az inzulin),
szorulnak ki és hagyják el az
oszlopot, a nagyobb pozitív
töltéssűrűségű fehérjék és
egyéb szennyeződések csak
később következnek.

Hidrofób kölcsönhatás kromatográfia. Gyakran használják az ioncsere kromatográfia után, mert

lehetővé teszi a többé-kevésbé hidrofób (vízben nem oldódó) biomolekulák elválasztását, megőrizve
a biológiai aktivitásukat.

A hidrofób molekulák spontán kapcsolódnak egymáshoz egy poláros oldószerben, például vízben
(hidrofób kölcsönhatás), és ez a hatás nagy mennyiségű só hozzáadásával tovább fokozható. A
fehérjék (mint nagy molekulatömegű vegyületek) felületének egyes részei többé-kevésbé hidrofóbok,
így a hidrofób kölcsönhatás kromatográfia során adszorpcióval kötődnek az elválasztó oszlop
állófázisának szintén gyengén hidrofób mátrixához.

A megkötött célfehérje és a szennyeződések gradiens elúcióját csökkenő koncentrációjú sóoldattal

(pl. ammónium-szulfát (NH4)2SO4) oldattal végezzük.

Affinitáskromatográfia. Ez teszi lehetővé

a legnagyobb tisztítási tényezőt, ezért
fehérjetisztításra és nukleinsavak
kinyerésére használják, viszont drága
eljárás. A terméktisztítás azon a
reverzibilis biospecifikus kapcsolódáson
(kulcs-zár elv), alapul, amely a
célmolekula és egyedi kötőpartnere
között jön létre; ez utóbbi ligandumként
szilárdan van rögzítve az elválasztó
oszlop állófázisának mátrixán. Miután az
elválasztó oszlopra töltötték az anyagkeveréket, a célmolekulák biospecifikusan megkötődnek, míg a
meg nem kötött kísérőanyagok a későbbi mosási lépés során elhagyják az oszlopot. Az adott
alkalmazástól függően a termék végső leválasztása a ligandumról célzott elúcióval történik, például a
pufferösszetétel, a pH-érték vagy az ionerősség megváltoztatásával (2. ábra). Az utolsó lépésben
regenerálják az állófázist a következő tisztítandó sarzs számára.

Kizárásos kromatográfia (gélkromatográfia). Ez az eljárás a molekulaméretük, szerint választja szét

kíméletesen az anyagokat (fehérjéket, nukleinsavakat, poliszacharidokat, sókat), amikor azok az
elválasztó oszlopra való felvitel után átáramlanak az állófázison. Az állófázis porózus gélrészecskékből
áll, amelyek pórusméretét az elválasztási feladatnak megfelelően választják ki.

A pórusoknál nagyobb
anyagok együtt haladnak
az oldószerfronttal és
azonnal elhagyják az
oszlopot, a pórusoknál
kisebb anyagok pedig a
porózus gél anyagába
diffundálnak, és a
méretüktől függően
hosszabb-rövidebb idei
tartózkodnak a
pórusokban, amíg végül
el nem hagyják az
elválasztó oszlopot. Az
elúciót ezért a csökkenő
molekulaméret szerint
végzik. Működési elvéből adódóan a kizárásos kromatográfia csak korlátozott
mértékű elválasztásra képes. Ezért gyakran csak az egyik utolsó tisztítási
lépésként alkalmazzák, amikor már eltávolították a célmolekulát kísérő anyagok
többségét.